RNA id: AMCG00004142


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00004142
length 6128
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 6
gene id AMCG00004142
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 35301103 ~ 35316365 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GCAcaaggtaaaaacaaaacaacactgcacagacacTTGTTGCTCTTTTCAGGACTGTTAGAGCGGGCAATTAGTAAGAAAATCTATAAATTAAGAAACAGGGTGAAGCAGTGAAGAAGACAGACAGGTATCACACAGGTGCGGGCAAGTACAAGGTAACTCAGCAGCAGTGGGAGAATGTAATTACAGGACTGTGACTCTCTGAAGACACTTGAGGAATATCCTTTATATTTCCTGGGTTTTTGAAAGGAAGGTTAAAATGACAGACTCCACTTCTTCCAATGGAGAAGACAAGGATCCTGATATTGAGCTGTTTGTCAAGGCTGGGAGTGACGGGGAGAGCATCGGGAACTGTCCGTTCTCACAGCGGCTCTTCATGATCCTGTGGCTCAAGGGCGTGGTCTTCAATGTCACCACCGTTGACCTGAAAAGGAAACCTGCTGACCTGCACAACCTGGCCCCCGGGACGCATCCGCCCTTCCTGACCTTCAACGGTGAGGTCAAGACTGACATCAACAAGATAGAGGAGTTCCTGGAGGAAGTCTTGGCACCCCCAAAATATCCCAAGCTTGCTGCTAAGCAAAGGGATTCAAACACTGCAGGGAATGATATTTTTGCCAAATTCTCTGCATACATCAAGAACACAAAGCCCGAAGCCAATGCAGGGCTGGAGAAGGTGCTGGCCAAGGCTCTGTGGAAGCTGGACAATTACTTGAACACTCCTCTGCCTGACGAGATCGACGCTGACAGCGCTGAGGATGAGAAGGCATCGAACCGCAAGTTCCTGGATGGAGACGATCTGACCCTGGCCGACTGCAACCTCCTGCCAAAACTGCACATAGTCAAGATTGTAGCAAAGAAGTACCGTAACTATGAAATCCCCACAGAGATGAGAGGAGTGTGGCGATATCTGCAGAACGCCTACACCAGGGACGAGTTCACCAACACCTGCGCAGCCGACAAGGAGATTGAGTTAGCATACATGGATGTGGCAAAGAGGCTGTCAAAGTGAGCGATGAACACTGAGAAGAAACCATGAAAATGGTATCCGTAGAATCTTAATCTTTAAAAACTGGTTGCTGTTGCCATTTTCGTTCCTCGTGGCATGACCATTTATCAGTATCAATATCTGCTTGACTGGGACAAACCTTGTTTCAATAGGCCTAAATCGTCACAGATTTTTTCCCAGAAAAATGTTATAGCCCTCACTTCATATCACcgaaattcaattcaattttgcTAACCCAAATGTAAACCCTCAGTGTTTCTTTGTGTCTAAGATTTCTCCTGATTTTAATTATCCAGtagaaagacaaagacaaaaacagccACCCGAGTgatgattaaaatacaatgggTGCCAcaatcaataaattatttttataagttCAACGTGTTCTTATTTAATGGCATCAGCACTGACACCTaactgcaatgtttttaaactcCAAAGAAATGCTTGTGTAcagacgcgcacacacacacacacactcactcacgccTGCTTCCATACACCACCATTCatataaaatcataaacatGTCACAGCTTCCAGTTCCCATTCATTAATACACTTACAAAACACCTCACACAGTTTCAGTTTCTGATATTCTAACATTTGAACTAACTTAGCAGTATCTAAGATCCTGGGAGGTTAGGCTCTTGACTATGTCAGTGTTCGCTGTGCTCGAATTGGTTGCTGCTCTTCTAGCTGCGTAATATTACAGTGCTGTACACGCCCAATCCCAAAGGTAACGATCAGAAATCTTGAATCATTGTGACCCTAATTGACAGTTAAGGTGCTTTGGGTTGGTCCTGTGGTCAGATGGTGATATGCATGTGTCGAGGCATGTCGAGACTGAGAAAGTGaagagtttttaaatgtgctaatGTCTCTGAGTTCATTCTGTCCTATATATtgatcttaaataaataaaaaaaatatttacattatatgttGTTGAAGAAATTGAGAAAGGGCAACTCAGCTTAATTACAAGCTTAATTGTACAGCTTAATTGTAAGACTGATTTGAACATTTCTAtacttaatttaacattttcatttcagagtgTAATGGGGAACAATAGAAAAAAATTGCTGTTTGTTGATCTTTTGTTTACTACTTGTTTATTAATCTAAACACAAGAAACAGTCCATTGAATATCTCAAGAGTCTGTTCTCATTGCAGCTTGAGCTCCTTCTCATCCAGATTTACTTTACAGCACATCTCAGTGTAAACTGCAGTGTAAAAATGATCTGTCGTTTGGCCACGTGGATGTCAGTTATTTCAATTACAGCTGCCTCTTGTCGGTCATATGTCTGATTTGATAGAACTACAGCGACAAGTAATGAGGAAGGAGTCAATTTATAATTATGAGCTGAAATTACAGTGACTCAAATGAAAGCAGGATATATTTCATAGTAGAAAACACAATAGTCTACTGTATCACATGTATTGAAGGTATACCTGAGTTCAACAGTATACCagaattgttttcaaattacattgtaccatgaagtatttttaatttactttttaggCATAGATGGCACTATTAAAACCAATGCTTCCATCCAATAAAACAGAGAATGTGACGTGTTTATGAGGGTATAGGCTAGGCATATTTGCTTAATATTTTGCATGCAATTGTAAGAGTATAGAATTATATCAAATAGGTGTGAATAATTACTGTGTAAgcaaatggtaaaaaaaaaaaaaaaaaagtataattcaCAAACTTGGTAATCTTCACCACACATATTTCAGTGTTATtgtaatatcaaaatatatacatactattCATATTATCTGTGgtaaaacccaaacaaaatgaaattgatCTTTCTGACCAAAATATCACTAACAGGTAAGCTGATACCATTAATCATGGTGTACAATCTTAACTTTAATAGTTTATAAGTATTCAATTTTATCTTCtgaatgtggtttatttttcaaggtTTGTCCCACACCTGTGTTTTTGCACCTGCTATGACTTAAAGGAAatctgacactgactgacaataTGTATGATGTCATTGTGTAAGGATTTAGATATTGTCTTCAGGAAATCACATGGCCAATGCGTTTTATAAATACTCATTTGCAAGGCATTGAACTagcaaaaatgttaatatctgAGGGAATTGTTTGGACTGTAgagtaaaaaacattttaaagctgcAACAGGAAATCCTGACAAAACAGAGATTATTCAGCATAAATGATGCAGGCCAGCTTGGATCAAAAAGagatacaaattattattttacaacacaAACATTGCACAAGGACAGGGATTTGAGCACAGAATTCCAAACTAAGGCAACAGCGCCCTCAGCTGTTAGAAACATTTaccatatgtatatgtatgcagaTAAAGGTTCACCCTTTTCAGTAGGATCAGTATTAATGTGCCTTGGCTATTGCCCCCCTGCTGATACTCTCCAGTTTCACATTTTCCAGCGCACTTGGCTGTGCTGAAGTTCAGTCTTTACCGCTGCTCTGGGGATACCCACATGTTGTTTAATTCCCTGTTgtgcttttttgcttttaaatgcagcTCCCACCCCAGACTGATATATCTGCCTTAGAGAACCAAAGTGACTGCTCTTTTTGCTAACTGCCACTTGCATTTTACACTCCTTAGATGAAAAGTCATATATCACTTagctgaattacattttatatatatatatatatatatatatattatatatttttttaatagtatgGCAGAAACCTTGTTAAGCATGACAGCCTGTTAAAAAAGCATCAATTACtggcacagtacagcacagcgaATGACATAGATACTAGAGTTGTATTTTATAAGCCCAATAACtgatataataaataagtataggcactgtaaaataaacaaagcttttatacagGCAATCactgttaaaagaaacattataCGTGGAATTATAAGAATACATGAAATACTACAAATTCATCTCCCTTCAAAATGGGAACTATTGTTTGGACTATAGTTTATTCACAGTGGCCAGATTTTGCAATGGGACTCTGTATGCAGAATGATTACGGACGAAGTTGTGTTGTAGTTATATTGACAGTATATCATGTCAATAAGGAATTTTCTAATTCAGGCAGTTGCTGAAAATCAACATACAAACCGATTGATCTTCTGAATaacacactgaaataaatatttctaatgaatgtgttaattttTTAGGTCTGTCTTTTCTCTGTTGGTGGCAGTCTAACTGAGAAAGTTATTGAACTGTGTTGGCCTCCCTTATCTCGGTCCTGATTTGTAAGACTAAGATACAGAAGGTTTGCGAAGCCTCTCCTTTAGTATGTACAATACACCAATTTCAGTGGTATGAACTGGGATGACAAAACAACTGAGAAAGTTAAACACTGTGTCTCAGATTGCACTGATTGATGCTGAAATAAAAGTGTCTATTTTCAAAAAATGAGAGTTACATGTTCTTTGTACCTAAAGgtgtaaaatatgcattttcaacACCTGCAGTAAGTAGTGTTAACATTAAAGGTGATATATGATGTACAGAATGATTAATAATTCAGCTACTGAATTCAGAATAAGATatgtaatgttaaaaatgttatgacCAACATAAATTCTAATTTGATAGGATctattattgtttcagtttactACGTACTGTATATGAAAACACTTGTTTCTACTACATCTACTGAATGTAGCTCTGTTGAAAATGAGGTAATTTGTAGTATATAATTCTGTCTAATTAAAACCTTCAAGTAAACTAAAGCATAACGGAAGAGAGAGAATGGAATACGCAATATATCGCCTTGGcatagtataatatagtataacaCTTGCAATATAATAATCACCTCGGCAAATCAAGAACCCCAAGTCGTACATAAAATAGGTACTCTCGGTGAACCTAAGCAGtagacacaaagaaaaacacattatgcCATGTTTCTCACTTAGCTAACAGAGTCTAAAATGTTTCAGTCAGTTCATGCT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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K05025 CLIC5; chloride intracellular channel protein 5

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU7287 lncRNA downstream 394130 34903366 ~ 34906973 (-) True G5929
TU7222 lncRNA downstream 403196 34872613 ~ 34897907 (-) True G5869
TU7223 lncRNA downstream 422884 34877500 ~ 34878219 (-) True G5870
TU7145 lncRNA downstream 1008607 34292269 ~ 34292496 (-) True G5805
TU7119 lncRNA downstream 1281592 34015437 ~ 34019511 (-) False AMCG00004120
TU7335 lncRNA upstream 28753 35345118 ~ 35348267 (-) False AMCG00004143
TU7385 lncRNA upstream 156503 35472868 ~ 35475341 (-) True G6009
TU7408 lncRNA upstream 351672 35668037 ~ 35668538 (-) True G6030
TU7412 lncRNA upstream 356086 35672451 ~ 35672679 (-) True G6034
TU7415 lncRNA upstream 357581 35673946 ~ 35676120 (-) True G6037
AMCG00004136 mRNA downstream 214147 35080605 ~ 35086956 (-) True AMCG00004136
AMCG00004135 mRNA downstream 231615 35060062 ~ 35069488 (-) True AMCG00004135
AMCG00004132 mRNA downstream 337218 34954706 ~ 34963885 (-) True AMCG00004132
AMCG00004133 mRNA downstream 351500 34946874 ~ 34949603 (-) True AMCG00004133
AMCG00004134 mRNA downstream 376570 34920611 ~ 34924533 (-) True AMCG00004134
AMCG00004143 mRNA upstream 28298 35344663 ~ 35355767 (-) True AMCG00004143
AMCG00004144 mRNA upstream 58459 35374824 ~ 35375162 (-) True AMCG00004144
AMCG00004147 mRNA upstream 75663 35392028 ~ 35394336 (-) True AMCG00004147
AMCG00004146 mRNA upstream 90882 35407247 ~ 35413748 (-) True AMCG00004146
AMCG00004148 mRNA upstream 103499 35419864 ~ 35423230 (-) True AMCG00004148
TU7292 other downstream 337264 34960960 ~ 34963839 (-) False AMCG00004132
TU7224 other downstream 408490 34891901 ~ 34892613 (-) True G5871
TU7138 other downstream 1165503 34132098 ~ 34135600 (-) True G5801
TU6815 other downstream 2704696 32593627 ~ 32596407 (-) True G5566
TU6786 other downstream 2874540 32407802 ~ 32426563 (-) True G5540
TU7345 other upstream 38256 35354621 ~ 35414446 (-) False AMCG00004143
TU7893 other upstream 2051620 37367985 ~ 37368822 (-) True G6441
TU8320 other upstream 4525570 39841935 ~ 39849123 (-) True G6792
TU8946 other upstream 7060361 42376726 ~ 42379406 (-) True AMCG00004313
TU9361 other upstream 9204549 44520914 ~ 44522213 (-) True G7608

Expression Profile