RNA id: TU1573


Basic Information

Item Value
RNA id TU1573
length 5875
lncRNA type inter_gene
GC content 0.49
exon number 2
gene id G1343
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030121.1
NCBI id CM030121.1
chromosome length 57050121
location 8661032 ~ 8666927 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTTCTTAATCGTGGAAGTATACTGGGGTATCATGCTCATGTCAATGCCATCTATCAATTTGACTCTCTCGCAAACTGCATCTGTGTTCATGGAGCTGAGCAGCACGGCAGGAGCCCCAGACACCACTGACGCATTGCCCTGTCCAGTACAGAAACAACAGCATCACCACTGAAACAGGCCTGAGAATTTCATTGGCAAATCAAGAttgtaaaaaagaaatgtaggaacctttcaattcattttattgACAGCGATCTGTTAAGCTATTGATTTGCATTAACTTCACTGTGGACTAGGCGCgaatattttgaaaagcagtCCGAGATACTGCATCTTGCCATGACACGTGCTTGTTTGCTGTAGAAGTTAAGAACACACATGACAGCCACCACCTAAAGCACAATCCTTATTTGGTGCACTGTAAAGTGGGGCAACTAACTCCTCAACCACATCTCCATGACAGTGTTCTTGCAGTATAATATCCACTTCTTCCATTTTCTACCAGTGTCTTGAAAAACGCTGCCCTTCTTTGAAGTTTAAGCCCAGTTAATCTTTATTCAAATGAGAAAACACTGAAGAGTCTCGCACGTTCTCCACAGATCGAATATGCAAACATATTCCGCTGATAGAAATAGGTATTAGCGGCTCAACCGAAGGCTATTGTTATCAAAGGATTACAATGCTGCCCGTGTTAGAGCTAGTTAAATGAAACGGTACCTAGATGACACATTTTCTCCATTAATGGTATCATAACTAAAACACTGGCgttttattctatttaaaaaaatccaggTAAACGACATCTACAGGTAAGAAGAGGGATTAAAGGTGTTTCCTACGTACTCAAGGTTGTTTAATGCAAGTGCCCAAAGTCTACCTGATTTGCTTATGTTGGTTGTGTGCCCCCTCCCTTTAGTTCATAAAGAGGACTTCACTACATCATGTTCACTTGTGACCTCTTTGAACtagctttgtattttaaattatctgtACATAATCTGCATTTAACTTCTGcactttttgttaattttaaattgtactttttgtATTATGCTGAATTAGAATATTGTATTGGATTACTGCACTTATGTATTGCTCTTTTAACCTGTacgtcgccctggataagggtatctgccaataaatacataataataataataataataataatagttctaATCTAAAAGATCTGTAAAGGGAATGCCCTTTGCCCTCTGATCCTTCTCCACAGGCTTGTGTAACACAGTTTTAACACAGTGCGTTCACGGTTTTTCATGACTTTCCAGTGTTGCTTACACCAAGCTGTCTAACACAGATTTCTGTTTCGCTTAAGCTTAGGAGAACAGGAAAATCAGTTAAATTGTAGCCTCCAGCAGTGTACAAAAATGTGTCACTGTTTTCAGTTTATGGTAATGCTGTCCAACCTgggcctttaaaacaaatgctctaGATCTGACTTATTGAAAAACAACCACATATTAAATAAGCTCGGCTAGCAGTTATTCATTGGAACGTAAAAACACTCAAGCCCCACATTTTGCTACACCTGATTAATGGTGCTGCGACACCACAGTATAGCATTATATTTCCCTAGATGTTAATCTTCAGAGAAAGCAAAGATGCTCTTTATTGggttattaaataaacacttgaaTAACCTAAATGCAGTTGTAATATGAGAGAGTTTTATGGTGCAGACGCCATGTAGTTTTTATCAGGAGCACACACGTCGCTTCCCGAAAAACGGGCGTGCCCTTTTTCTTGGAACGGAGCGTAATGTGACAATTCTTCCAGCACGAGCGTTTCATAAGCACAGCAAAGCTCGAATTGATTACGCATGCAGAGGGCCTGGCAGCCGAGGCAAATTTCCATGACAGTGCGCTAACTGGCTGCTTGGTAAGCAAGGGTGAACAAAAGCGCAATGATTACAGAAAGACAATGCCGTGTGGTCAGAGGTTCACACTGGTGAAAATGCAGGACCCGTATGAAAGCCAAACAGGGGAAAACTGGCACACTTCAGTCTCTTCATTTGAAAGAAGCACAAGATAATTACAAACCTTCCTTAATATAAACTTAATTACCTAAGCCTGGAGCACTGCAAGTTAATTTGAAGCACTAGAGAATGCTGGGGGATGTAATCAGTCATAAATATAAGAACCATTTGGTGTGTTTTTCAGTCTCTTTCAACAAAACAGTGGCAGTTCTCTGAAGCCACAAAGCCCTATAGATATTGTGATAGATAGATTTTGCTTCGTCGAAGGTTAGGGAACAGTTAATGTACAACAGAACACATTTCCTTCAGAGTCATGCTGAAAACGGAACATTTTATTAAGCTGGGTAAGGCGCACATATAATTGGCTGAGTGAGTTGTGCTTAACCCACGATCACAAGAACATAGACATTTTAGTTGGAATAAAGGAAAGCTCCAGGCCAATTTTTTCACAACATTAAAAGAGGTAAAGCACGGCAATTAAGTTGGGGAAAGCTTCATGCTGTGCAGATTATGTAAATAAGTGATATCATATTTTGTAAGAACCTTAAACGATTCCACATTAATCACTGGTAGGAACAAATGCTTTCCAAAGCGCATTTGTTCTATAGGCTTTCAAACCTGTCCCCAGATAGACTGAATATGCTGAAACTGGAACCTTACAGATCTTTGCTtcggagagagatagagagaggggggaaaatgTAGGTTGCATGGTGATtccagaagtttttttttatcccccctGTTGAGTATAACAGTGAAAATTACATACAGGATTGGACCTCTTACAGTCCATTCCAGATAgaactttttaaaatcagtttcaaacaaacaaaactgagccaATGACTAATTAAGCAGTGATCGAGGTAGCTGTTAGAAAACTGAATGGAATTGCAGTGTTACTAACCATATCGTCTTTCTTCACAATAACTACTAACTAAAAGTAAGCACTGCAAGGCAAACTACTAAGAGCTCTTTACCTCACACTTACACAAACTAATATTTGTTGGCTCTACTGCATAACAGCAAAGGCACAAGTGATCATTCAGTATTCATTAGGATGTATTTCTCCTGTAAGGCCTCCAAAGATTGCAAAACGAGAAAGAGCTGTGGCTACACAGGTTAACCTTAGAGACGGTAAAGAAATGGGAAACGAGGTAGGCATGTCAACATGCCACTCTTAATTGGAGCTCTCTATAAAGCaaacagtgaattaaaaaaactattaacaCTTCCTCACATGTTTTTACAGTTGTTCCAGTAACCCTGGCCCGGTGCATAAAGGTCTACCGAGcagtatttcttaaaaatataattattacacaaaataaaataaaaacaatacataccgATACAGATTTTGAGTTGATTAGTTTATCATACACTGGTGCACATCTATACTGTGCATAATGAGAGACAGTTGTTTTGGGGGTTGAGCTGACCATATTCAGTTGGTTGGGATCTGCAGTCAGACACTTCAGTTAGGTAAACAAACTAACGCTACAAAATCTTAATActaattatgtttgtattttttattttagaaatactgCTCAGTATACCTTTAAGTATAGAATAAAGTATCAAATACCCTGTATGTAGTATATTGACTTCTTTTGATGTGATGTGACATCATGGCTTGTTACGAATAACAAATTAAAGcttgttttaaacaagaataaaccaATTTTCAGGAAACTGTTTAAAGTGCAAGATGCACTCCAATCATTAATCATAAAAAAGATAAGGATTCTAAATATCAAATGAGAAAATCacaggtatgttttttttttttaaacaactgtaGTGACATGTGAGGATGCAGAAAGCTGTGTTTATTGGAACCGTATGGAACAGCtacttatttaaaacaaaataaaacagtaggAGTTTAATACTGAACAATCCCTTAGAGGAGGAGATGATGTGTGAGAGAATGAGTGTCAGGATTACAACTAAGTCTGAATAAAACCATTTGTTAGTATCTAACTGCCAGTCATTTATGGCAATCACGTATCCTGGGCTCTaaccacatttcaaatgaagcatGCAAAATTGTcagtcattaaaacacattagtaAGCGTTGGGGTTTGTTAGGGCAGCAAAACGAGGTTGTTAAGTTTGCATGAGCCAAGTCGAAAGGATTCTGTACCTGCTTCACTTTGAAAGACTGTGACTTAAACTTCTTGGGGAAAATGGAGGGGGGGAAGAGATAGAGGGAAAACAAATTAGGCGACATGCATTGTTCTTCAGAAAGAGGAAACAAGGCAACCCCAGGATTTCTTTATAGAAAAATGGGTCACACTGTTGTAACCATGTAGACTCAATGCTGTAAGGAGagaggaaaacataaataaatctgaatttacACTCCCTGTTCTGCTGAATCTACCTTTGCTCATTTCACACCAGCATTTGAGTTCCCCGcaaaacaacatacacaaaatGATACCAAAAATACAGCCAAACTAACATTTAACATTCCCGGCACGAGCTGTATTGGAAAAACCCTATAGTGGGTTTGAACACATAGAATGGGTTTAACCACATAACATTGGGTTGTTCAGAGTAGTAGAAAGCATGTCAGCATGTGGAAATCCCTGTTTATTATTTCctacataaacattaaaatgaaaataggaCTTCAAGTTCAGCGAGATGGTccctgtgtgtttctttttaaacagacatttgGAAAATCTATCCCAGACTGCTTCAGTATGAGGCTCTGATACAATCTATCCCTGTAGTTCATACACAATCAGTGGTGCGGGTGCTGCAGTTAGGAGGATAAGCACAAAATTGGCGTGAAAGAAAATTGAGCATTTTCACAAAGTGCTtagtgttttagattttttttaaaggggctttttaaacacacacacatacaattggGAAGTTCCATTCTGAGAGGGACTGACAAAAATACAGCACTGAGAAAAAATAAGCAGTCAAAGATAAGGATATAATTACTCAGTTAGTGAAGTAAGACCTAAAGAGGT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU1531 lncRNA upstream 217008 8443740 ~ 8444024 (+) True G1303
TU1519 lncRNA upstream 320440 8340266 ~ 8340592 (+) True G1291
TU1499 lncRNA upstream 384049 8275762 ~ 8276983 (+) True G1271
TU1479 lncRNA upstream 864178 7796451 ~ 7796854 (+) True G1253
TU1466 lncRNA upstream 910567 7523861 ~ 7750465 (+) True G1241
TU1577 lncRNA downstream 32539 8699466 ~ 8700554 (+) True G1347
TU1613 lncRNA downstream 176900 8843827 ~ 8844082 (+) True G1375
TU1625 lncRNA downstream 273224 8940151 ~ 8941751 (+) False AMCG00003541
TU1675 lncRNA downstream 342370 9009297 ~ 9022573 (+) True G1430
TU1676 lncRNA downstream 342370 9009297 ~ 9027632 (+) False G1430
AMCG00003534 mRNA upstream 8562 8649157 ~ 8652470 (+) False AMCG00003534
AMCG00003533 mRNA upstream 323382 8317038 ~ 8337650 (+) True AMCG00003533
AMCG00003532 mRNA upstream 368814 8284827 ~ 8292218 (+) True AMCG00003532
AMCG00003530 mRNA upstream 680835 7978775 ~ 7980197 (+) True AMCG00003530
AMCG00003526 mRNA upstream 1113478 7532553 ~ 7547554 (+) True AMCG00003526
AMCG00003535 mRNA downstream 152485 8819412 ~ 8842419 (+) True AMCG00003535
AMCG00003541 mRNA downstream 233529 8900456 ~ 8941678 (+) True AMCG00003541
AMCG00003542 mRNA downstream 291214 8958141 ~ 8959534 (+) True AMCG00003542
AMCG00003539 mRNA downstream 298784 8965711 ~ 8977843 (+) True AMCG00003539
AMCG00003540 mRNA downstream 312673 8979600 ~ 8982021 (+) True AMCG00003540
TU1569 other upstream 8628 8649125 ~ 8652404 (+) True AMCG00003534
TU1202 other upstream 2166127 6487692 ~ 6494905 (+) True G1012
TU1763 other downstream 588901 9255828 ~ 9263468 (+) True AMCG00003551
TU1883 other downstream 1110581 9777508 ~ 9780902 (+) True AMCG00003570
TU2334 other downstream 2823258 11490185 ~ 11491443 (+) False AMCG00003606
TU2385 other downstream 2906804 11573731 ~ 11577329 (+) True G1989
TU2685 other downstream 4370510 13037437 ~ 13042597 (+) True AMCG00003648

Expression Profile