RNA id: TU181943


Basic Information

Item Value
RNA id TU181943
length 6312
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id G144668
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030140.1
NCBI id CM030140.1
chromosome length 22460246
location 11570936 ~ 11577247 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tgtgtgtgtgttaatatacCTGAACTTTTATTCTACCATGATACTATGAGAGTTTGATCATCTTAAATAACTTTATAGTCACCATATGATCACTTCTCATAACAAAGAAagatttgcatttataaaaatacgTGCTTTCAACACCGTTTTCACTGCCATTCCTATCGACAATGCATGAAAGGAGAACAAAACAGTTACAAAAGGCTTTTGTCAAGTTTGTTTATTCTATAAACAACATTTTGACAGTCTTTAAAACTGAATGTACAAAAAGCACTTACAAAGGTTGATGTCATAAGGGAAAAGGGGACactgtaaattacaataaaacaacaagagTATTATAGAAAAGAACAGTTAGTGTTATAAATCAAGTGTTGTGTAATGGAATGCAAaagtaagaaaaacaattaaacctctttacaaaacatatttgcaagtaaaaaaaagtaaaaaaaagaacttAGGGCACAttgaacaaaacccagcagtgtttcacaacaaaaaatgtaaacagtttttCCTGAAATACAGATGTAAAAGGATTTCAGCAGGTTGCCAAGTGAATTTAACACTTATTTTCTTAGCTAACTGTTTCTGAACTAGGACTCCAACCCTTTTTtaagtatgaaaataaacactgttgtaaaaacatttatgtcatttatgattattttattgcaaacagCGAATTCCTTAATTAATCTAGAATACTAGGCCAGGCCAATGGCCATTTTGACCGCTGTGAGGATTAGTTCTGTACTTGAATTTGgcctttaaatcattaacaCAGAAATTACTTTGTTTCACTAATTAACAATactacagatatatattttttaaattcacaggTTAAAGGCTTTCTCCTGCTTTAAAGGACACCATTCTTAACATTTGTTtcttgattaaaacaaaatgattgacaccatggaaaacaaagaaGGATAACACGACTAATAAACCACAGTCATTTTGTGGGTTGAATACTAAAGAGTTTGTACTAAattaacttgaaaataaattaaaaatacacacaatgaaTGGGAAAACCAGGCACTTTACAaagctccttttttttttttttctaacatcctacaattaatttacattttaatgagaacCAAGTAGAATTTGCATAACAGCTATCCATCATGAcactaatgttttaaataaaccacaacTCCAAAGAACATAGATGCACCTAGACCTTTAAGCCATTTGTCTGAAGTAAGATCAAGGTTGTCAGTTAGAACATTTGCATTATTCTTACTGAACTTGCTAAACAGAAATGCCAACAGAAGATAGAAATAGAAGCCGGAGTGTTTCTGTGAGAAGCGACACTTTGATAAAATTAGTTTCTCTACATTTGACAATGCTTGTAATGTACAAATCCTCAAGATGTGTacattttgcagattttttCATAATTCTTCActttaatacagtacaaaacacaTTGCATGTTTCTTCCACATTTcagcataattattttttaattctactTACTTATCTTATTTTGGACTGATAGATGTATATTTCCATACATTGACTTGGAAATATCCACaatactcatatatatatatatatatatattgttttatgtaaacgTAAATGGGTTATTTGTAGTATTTCTAGCAGTaccagtagtagtaataatattaatagtctTGAAGTCAGGTTTGAGAATCTTCCTTTAAAACATATCTGGCAACATATCAGgcaatttcaaaatgatttatgtacatgtttactcataaataaacaaactggaTGCAGTGCTCTTGGCATTTCCAgtcattacaattaaaactcATATTTTGACTCATATGgattgattttcatttctttgtatGATAAGCATCCTCCCTCTTCGAAATGTTATTTCTTTATCCATTTTTTAAGAGGTCTACATTTGCAGTGctttgtacagaaaaaaaatggaaatgattttggttttaaaaggtCAGTTGAAAGAGTAGTCTCTTCATGGTATGCTTAAATTGCCAGTGACCCATTTTCCCACTGCAGAGTAATTTAAAGAAGAACCTGTGCAGTTTTAGCAGGGAGATGATGCCAATGTTAAAATCTTTGCTCGACTGAGACGATTCAAATTCTGAGCAACACTTCGAAGAAATCTTTTTCAGCATTTGGTTACATTCTTAAAATCTAACTCCACTGATGCATTgatgtacaattaaaatgtttgaaatcatAAAGTTTTAATGGATTGCTGTACTTCAAAGCAACAGTATAATACCTCAGTATCCCCTTAGCAAAACAAACCTAACATAACCACTGCTAAAACTTGCAATATGTTTACAGTGCTGTTTTTCAGCACTAGTTTGCTGGTTTActagcagttttgtttttgtttgatattgtcTTCGCACTTGTCGTTATGGCTTCATTTTCTTATGTAAGTACATCTCATAGAGCATCATGTTTGTTAAAGTAGGAATGTATGGTTCTAATAATGAACATTATAACCTGTCTCTCGCCGTATTCAACTTTATCACCTTCAAATCAACAGAAGAAAGCTTTGGTCAGTTATGAATAACAGGAatagaaaattaagaaaaacaacgaAATACTAAAACGATCTCCACTTCACATtttcaccaaaaaaacaacaaaaggtaTCGGTCAGGTTTGGGAGTGACTTTTACAATATAGCATTTAAACTTTCCGTGAGAAAACACTGGgttgtactgtatttacacaGTTCGATGTCTCATCCTAAAGTGACTGAAACATCCCGATGAATAATGGTACTTTCGGTGTCTCACTGACAAACACTGACAGGCGCACACCTGAATGCACAGTTAAGCTTGACACAAATGCAACCTTAACTTGAATCCTCATCAGTCAGTAAATCTCTCCTCTGCTCAGCCCGTaagaccaaaacaaaccaaatcaaataaacaaaaatcgaTTAAAAATCAGAGTCTTCTACAAGTCTGGCTTCTAAAGGATTGTTGGTGATGGCTGGTGATGCTGTTGAAGGTGGTTTGTAGACGTAGTGGCCATTTTATGAGGGAATAAGAAccactttaaatttaaaaaagaaccccaaaaaaaaaaacacttcacacacactacagtacagccAAAGTCCTTTTCAGAGGCACTTATGCGCAGCTATTTCTGGGACGGAATGCAACATCCATTTTTCAGCACAACAGgacacattaaattaaattgcttcTGAACATTTTGTTCAATATTACTGCCACTGAATGATGGAAACTGTGGGGGACAACTAAGAACCCAGAAAAGGACAGACTGCTCAGTGCCTCTACCcccagtgaaaataaaataagtaggTATTGAACAATGTTTTGTGCGTGTTTATTCAAACACATACCAGCGTAGGAATAATTCCTTGCCTACAGTTCAGGGCTCGTTTTGATGACTGGTCATGCCCATCCATGCAGAGCgcaacaataaacaacaataatggtgattattttcataattggCATGGCTCCCTTCTCTTCAGCCTGGTTTCTGAGGCTGATCGGAGCctcaatacacatttctgtatttgtatttcatttaaaatataacctaCACATTGTTACTGATTTTATCTCAGTATTTATTACTTAGTCATGTTTTGACGAGAGATACAACAAAGAACGGCTTGAACTGGTGCAGATATCACCACCTCcacactactactacttcaaTTGACTGTGTGTTAGGAGGTTATCTACACTATTACAGTAGACTGACAACTGCAGAATGCCTTGATAAAATATGAGTTTAAAATTAATCAGGAACATATCAGTCAACAGTCCTAAACTTCTGAAATGTGGGGGATGAGAAACCTTGGCAGCAACTCTGATGAAAAGTACTTATTACGTAAATCATTCTGCATCTGAAACTGTCAAGGCATCACAAGGCAATGGTGAAAGGCTGGTTTTGTTGAGCTGCCAGATGACACAATCGTACATtaattataaagttataaaaCCTTCTTAATATACTACATGCTGTAATGAGTTCTGAAAAGGTTACATAGCAAGGCATAGCTTAATAAATGACATTGACATATATGGCTGACAGTTCAAAGTTAAGGGAAAAACAGCAAATATATGATCATATGGGAGGAAAAAAATTggcacaaacacaatcacatacAGAGAGGCCAAGAGACAGAGAGTAAGTGAGGGGAATGCATTGTGTTGTATCAGGCACCATATGTCACAATATTctacacttaattaaaaaaaaataatgcattaggGCATTCCACAAGTACTCTCCAATGTTGTATagtttcactgcatttgtaggcaTTTGTAGGTATTTTGCAAAgtctcattattttattgttactagtatttcaattaaaatgggAAGCTACAATGATGACCTTTAACCAAGTGTAAAATTCAGTATGTCAGCTGCTGAAGACAGCAGTAAATATGCACTCCATAAATTATGTTTACCCATAATCTCTGTATCATAATATTCAAGAAAACCTATAactgtttatttcagtatttaaaataataccacaGCTTCGATTTGTATCAGCATTGTTTTTCACAGACTACTGTTTGAATTTCctttgaaatcaaataaaacgaATCTAAGAAATCTCTCTGTGACTGAAGGCTGGAGACCACAGCATGCGGAGAATAGGATTTATAATATGTACTGGGACGGACCTAACGGACAAGCCTCAGGCCTTCAGAACTGCAAGAGTAAGCCTTCTGGTGAGATATCCGTCATATTAAATCAGCCGAGATCTCCCAGAACTCGTAGTTTCATTATGAACAGAGTCACTGGGAGGAAGGCTGTAAAGAGGGACTCTGGCACTGGATGCATAAAGACAGACCTGGGAGTCTGAGTGAAACTGGTTTCCATTTGGACTCATACAAGACAGAAGATAAGATGTAGGTAAGCTAGCTTTGACAACAAGTCAGGAGACAATCCTAGGACAGAAATGATGTTCCACAGGTCATTATAATAGTtttacaatcaaaataattcaaatttccCACACAAAAGCCTTTTGCTCCCAAAGTGTTATTTGGATCTTCACTCCCAAACCCAGTACAATGCCTTTGCTTATTGATGTCTCCAGACATGCAACACATCCAGACCTTGTAGAATATTATAACAATTTTCTTTCATACTTGAAGCATTTGAAAACACATCCTCACACGTTTCATTCTGTAGTCACATGAATGACAAATGGATTTTAAGCATACTTAGCCAAATGCTTTAAACATTACTTAACATTACAAGGTCATAGATAGGgaaatcattattaatttaattatagaaCTCAAGAACTAAGTTGTGAATGTGGCGGTTTAGTTAATTTGGCAATAAGGCAAACTCGCTATTCCTATTAGCCTAATCAAGAGACTGCAGGTAGTATAGCTTGGATGCCCATTTATTGTACACTCCTGCTCAGTGTGAACATGGTATAATACTGCTCTTGCACTGTAGACCACAAAATCCACTTTTATGCAACCAGACCCCTGTACTGAATCAAAGAGGAGATGGATAATTGGCTCTCGGGCTTCAGGGAATTGTAAAACTGTGAAAATTATTTCAAGAAAAGCTTTATAGACAAATTATAGCAAAGAAATctattgcattgtttgtttttgtatcttcatgttcatgttctaTGGTAAAAAGTATTAAACTGTTTATAACTTAACGATAACTTAACAACATCAGGCAGCAGCAAAACAGGCGTGAAATCTCTTGAAGGTAGTGTTCGTTGGCTTGATTGAACACTGCACCCAGTTGCATCTCAGTGACATCACTTTGATTTCAGAATTCCACAGTAAAAAAAGaacacatgtaaaatgcatCCGTTTTATAAGATGCAGTtcaatactattttaattacaagTGATTGTCCTTTAGGGGAACCCCTTGTTCTTTCTAGCAGAATTTCCATTGAACTAAATGGAAATGAACCCCCCCTCCCAACAGAAACCTTTGACAGACCCCTCCAGTAAAAATAATCCCCTCTACTCTCTGAGCAGTGGTAATGGATTTGATTTGGTCAGAACACCACTGTATgtcaacttaaaaataaaagtaacaaaaagCTTAAACGGTAGTGTTCTTGAGGTGGTGTCGTCTGATGAAGTGGGTGCTCAGTGTCACGAGACTGACCACACAGGGTGTGAAAATTTAATAGCATGTGTTTTGGCCCATTTAGCGAAAACTGATTTTTCAGTAATGAACCTGTGACCTCCGTACGGGGCACTTTCATGCAAGAGGTATTCGGCACATTCATCTCGGTTCCCGGCTTCGTAGTAGTGGTACGGGACTTTCCTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04146 Peroxisome

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU181933 lncRNA upstream 65053 11505682 ~ 11505883 (+) True G144658
TU181861 lncRNA upstream 239517 11329277 ~ 11331419 (+) False G144603
TU181862 lncRNA upstream 239517 11329277 ~ 11331419 (+) True G144603
TU181831 lncRNA upstream 323128 11244602 ~ 11247808 (+) True G144581
TU181789 lncRNA upstream 371101 11198313 ~ 11199835 (+) True G144549
TU181955 lncRNA downstream 92228 11669475 ~ 11671442 (+) True G144680
TU181956 lncRNA downstream 94308 11671555 ~ 11672485 (+) True G144681
TU181957 lncRNA downstream 95625 11672872 ~ 11673515 (+) True G144682
TU181959 lncRNA downstream 96992 11674239 ~ 11676905 (+) True G144683
TU181958 lncRNA downstream 98677 11675924 ~ 11676905 (+) False G144683
AMCG00004965 mRNA upstream 88703 11472530 ~ 11482233 (+) True AMCG00004965
AMCG00004964 mRNA upstream 160594 11401533 ~ 11410342 (+) True AMCG00004964
AMCG00004969 mRNA upstream 181323 11364432 ~ 11389613 (+) True AMCG00004969
AMCG00004968 mRNA upstream 245273 11316701 ~ 11325663 (+) True AMCG00004968
AMCG00004970 mRNA upstream 256570 11309960 ~ 11314366 (+) True AMCG00004970
AMCG00004966 mRNA downstream 87599 11664846 ~ 11666101 (+) True AMCG00004966
AMCG00004976 mRNA downstream 105586 11682833 ~ 11716049 (+) True AMCG00004976
AMCG00004975 mRNA downstream 140075 11717322 ~ 11757176 (+) True AMCG00004975
AMCG00004974 mRNA downstream 182674 11759921 ~ 11782145 (+) True AMCG00004974
AMCG00004993 mRNA downstream 261699 11838946 ~ 11840697 (+) True AMCG00004993
TU180912 other upstream 3839936 7729389 ~ 7731000 (+) False AMCG00004870
TU180621 other upstream 6146815 5423703 ~ 5424121 (+) True G143626
TU180426 other upstream 7198847 4371709 ~ 4372089 (+) True G143471
TU180351 other upstream 7461281 4109022 ~ 4109655 (+) True G143404
TU180311 other upstream 7621099 3949426 ~ 3949837 (+) True G143366
TU181952 other downstream 85434 11662681 ~ 11663368 (+) True G144677
TU182286 other downstream 1203333 12780580 ~ 12781170 (+) True G144940
TU183002 other downstream 3806996 15384243 ~ 15384612 (+) False AMCG00005105
TU183561 other downstream 6188010 17765257 ~ 17771525 (+) True G145932
TU184056 other downstream 8002326 19579573 ~ 19579807 (+) True G146305

Expression Profile