RNA id: AMCG00005532


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00005532
length 9646
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 10
gene id AMCG00005532
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 2197354 ~ 2329684 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGGTTCTGTTCGCTCCGTACCACCTCTTCGAAGCAACAGTGGGTATAATCTGGCCTCAGGTTATCACTGGTGTGGTGGGCAATGTTTTAAACGCGCTTATAAACTACGTCTTTCTGTTTGTGCTGGATCTGGGAGTGCCCGGATCGGCGGCAGCCAACACTCTCTCCCAGTACTCCCTTGCATTGCTGCTGTATGCGTACATCATCTGGAAGAAACTGCACAAAGCGACATGGGGAGGCTGGTCCACCGAGTGTTTGCAGGAATGGGGTCCCTTCATCCACCTGGCCATTCCCAGTATGCTCATGATGTGCCTGGAGTGGTGGACCTTTGAGCTCGGAGGATTCCTGGCAGGACTGGTGAGCGAAGTGGAGTTGGGATCACAGTCTGTTGTTTATGAACTGGCCACCATTGCATACATGGGTCAGAGTCGGTCAAGGACACCCTGGGCCCCGCAGTCAGTGACATTCTTTACATTGCCCTGCCCGACCCCCGTCTCTGCCTTGGTCCTCCATAACCACCAGCCCTGCCGTTCGCTGGTGCACTGCGGGAACACCAAAGTCTTCATCACTCATGCCATGGTAAGCAAACTGAAGTTCAagccttcctcttcctcttccacaGCTGAAGCTACTGGAAGCCGAGTGGGGCTGAGCTCTCTCCCGCCAAGCGGCCTGCATCCAGTGGTGCTGGAGGCATTACCGCAGCAGGAAGCAGGGCAGCCAGAGACGCACTGCAATGGTCACCCAAGTAGTGACGAGACCTTTCTTTCCGTAGCTGTGTGTTCCTGGTTACTGAGGAGAGAGGTCCTCAAGTGGCACACGGTGGTGTGGACGGTGACGATGGAGGCCGGCGGTAAAGCAGAGCTGGACGACACACTGGAGACCTCATCTGAAGAACTTAGCAGCTCTGACTCTCCACCTCTGCCTCCCGGAAGACACGCTCTCCAGCCCTGCTCTCGGCTTGGAGTCTCCTCGCCCAGCCCTCTCAGGAGGATGTTCAAGTGGCAGAGAACCTGCACCATCGTCCCAAAGAAGGTGTCTGAGGCTCTCCTTCCGGAAGCAGGGAGTGTTTGCCTTCAGGACCAAGTCTCAGGTAATCCAGCCTCTGCTCAGGGTACTGTGGGTGTCTGAGAGTGAATGGCAACCTGCTAACATGActaatgttaaaacatttatcatCTTCATAGGCTTTAGTTTTATTTGCAAATGAATCCCTACATTTAGTTTTGGATTAGAACTGCAAACCTAATAACTAATCAGGTTCTCACccccaagaaacaaaacaaaacgtacCGTGAATAACTTCACATATCAAGAGGACTTTTTCATTTTGCCTTTTCAAAAAACTTGACTCCATACATATGGACCATGTTTCGCTTTCCTATGAAACATTACACTCCTGCATTTACAAAGCTTTACATCTGCTTTCACTTGGGCACAACTGTGTCCTTGTAATACACATGGTCAAGTATCTGTTGTGTACACAATTCTGTTGTGAGAAATCTGTATTTGATTCAGTCGTTAAGACTTAACCCACTGTTTTTTCTATTGCTAGTAATCGATCTCTGCCATGATTCCAAGTTTCTCAGTTGACATCGTTGTAGAGCCTGTCAGGTACTGGCTGACTGGTTCTGGTCACACTTCCTGAAGCATTATACTGTACCTTTTTCTGTGATCCTGGCACTGGGTCCAGGCCCCGGACCAGATTCTTCCCCAAATCCATAGACTTTGCCGTTTGTAAAACTTTCATAACCGGGGCACATTGCGGACTTCTTAGTACAACCAAACGAGAGCCTGCCCTGTTGAACTGTGACAGAAGTCTGTGCGGTCAGACGGGTTCATCTGTGGTAAATACACCCTCCTGTGACGTCACACATGCAATACGGATACACGCGGATGCCTTGATTCCACTGGCTTCAGTGTCCGGGCCATGCCGTACTGGGCcggacaattattattattattaagtcctATTCAGAGAATAGGGTTTGCAAAGCACAGTGTCCTGTACCATATCACTGTACCTTGTGGGGGCCTGTGTCTAAGAATAGGAACTGACAGAACAATTCAAAatcaggattaaataaaaagcatttattgGCACGTGTAGTGTCACCTTAAAAATCAACAATTGGGTTATTCAATAGATTTTTCTTTCAGCAAATAATTCCAGATGCAGTACTCCTGAAGGCTTGCAAGTTTTATACAATAAAGTGTCAAATGCAAAGACAACATCAATAAGACAGTTGTCATCAGACAGGAATATTCAGACCGTGTGTTTAAAGATGGAAGAAAACGCTTTCTTTGACTGCCTCTATAAGCGGTTACATCTCCTGATTAACAACCTCAAAACTACTCACTATCAGCGCCAACTCTCCGATATTAACACACCGACACATTTGCTCACTCCGTTTTTTATTTCTCCCGCCCTACTTTTATAAATGAGCAAGGCGATtggccacaaaaaaaaaaaacattgacaagtATTTCCTGCAAAGTAACTGGCTGCATACAATCGGATTGACAATTAATCAATGACCAATGCAAGCGTTTCTAATCCTGTGTGGGCGTAGCTTTCCTGGAAGAGGAGTTGGTTTCAGAATAATGCGATGCCACCACTGCGCCTCTGGAGCCAAGCAGATAATattggggggacaatttaacgtTCTCTCAACATGGGGGGCCGCgtccccccctaaacctacgcctatgcATGAAGTGATGCCCATAACAGCAGGGATACAGCAGCTCGTCACAGTCAAACACAGCCCATATGAACCTCCAGAGGGAGAGGGTGGTTTCTTCTTGGGCTCATGCAAAATGTCTTGAGTGTGAATACAACAGACCCGTAAACACCACCGCGGATTGCAAATCAATCAGATCAGTATGGCCCTGCATTCTGTTTCCACAATCACAGTAATTGCTTTAGGTTGTGTAACTAGTACCACCACACTACAGATAGATgatctagagcaggggttcccaaagtgcagcccaGGGGCCAAATGCTGCCCTCAaagatgtttggtgcggccccccaaagccaaccctCAACAACCCCTTTTCTGAAGATTTACGATATTTATACacttcattaacattttctgttacaaatttcACATGTAACTtgcaggaaaataattaaacaattcaagttaataaatgttccctaacagaaaagTATAGCAAATAAAAGTGGTGGTTCATTTTGTACTgcagcccccccatcccatgcaacctcaggaaattggccctccatcaccagacattgggaacccctgatctagaCGAATTGCTTCAGATCTCTTTGTTTTTGCCGTCTATGCGTCCGTTACCTCTCAAGTCtatgatttagaaaaaaaatcaattcgTTTTTTTGCTCAATTCCCTTATTTGAGCAAATATATTTGTCATCTAATGCTACAATATACGCCTTTATGCTGTTCTCTGTAATGTGTGgctgaatatgtttttatacgTTAACcccttgtaatattgtgtaCATGTTACTAATACTAAAAACAGGTACAAGAAAACAATGCCAACATACAAGGAGCCACCTAAATAGAAGAATTCAAACCAATAGGTCAAGTAACAAGAAAGCTTTTGAGCACACTTTGTCAGCATAGAGACATCAATCTCTTTAGTAAAGTTATCAAAAAATATTGGGGCAAACTTGGTCAGCACCAAGCAAAGTCCACATTGTAAAAGTGGCACTGGCCAAGTTTGCCCCAATTGTTTCCTGTAACGTGACTAATGAGTCATTACTTCACCACCTGcgataaaaaagaaattaataaaacagacttTGGGACATTTTGCAACAAGGGATGATATAATCTTTATTTCggtttgttctttaaataattagaACTTTCATAAAATAACCTGACTTTACATCAGTTAATCAGAACATTTTCCCTTCCCATGCCACATAACCATTCTATGATTTGCAGCCTTCTGGATGCATTTAGAGAGGTATGCTGGCACTTCTGCCTGAACTGCACACCTCTGTTCACAGACCTCCATGTCAGTCTGTGAAACAATACTATAGTAACATCGCAAAGGGCTCACACCAGCCCTGGGAAACGAGGGGGACTCAGAGAGGATATCCCTCATAAAAATGATCTTTCACAGATACTCATCttccatctttttcttttttttttttttttttttaaggagagTTTTAAACAAGacaattctaaaaaaaatatgaaatgcagaGGTTCCTATGCATTTTACATCTACACTGCTCTTTGCATCCTCTCCTGTAACTGGAAAACAAGAGTTCCTGTAATGTTGTTTTGAACATTAGCCCAAATGAGAGAGTTCATATGCATTTGTATTCAGGCTAATGTGGATAACATAGCACATTAAACCACTGTTTCCCAAAtggctaaatatttattttctattgtacTAATGCTcgattttatttcacaaacataATCTACAGGCTTTGACGGTTGCAGGACAAAAACCCtgtgactgaaaaaaaaaaaaaaaaaacacagattgagCTCTGATGACGACACTAACCACCAAAGCGTCAGACATGACCTCATTTGTTTGTGCTGAAACCGAAGAAAAACAGAGTACAAGGGGTAAAAATGTTTGGCATTTCGGTCTTCACTGCTTCGATCTTGGCCAGGTACCCTCTACCAGCTGTATCCAGCAGGGGGCGCCTTGTCATCTTTGTTGCTTTCCAGGGAGAAGGGGGGGATGCGGACGTCGAAGTGAGAGCCGTCAGTCCTCTCGATGCGGAAGGTCCCCctgcagggagaggagagggattATACACCTTGAGAATACACAGCCTCTCTGACCAGTCTTaaaaacatcttgaggaggGGGGTTAGTCTTGTCACAGTTtaattagcactagtcttggactactctacctaaaataacattgataatcCTATCTggagtctgtgaaaccagctctttgtgttttaaagcagtAACCATAATAATTGTTATAACTGTACgagaca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Function

GO:

id name namespace
GO:0006855 drug transmembrane transport biological_process
GO:0005886 plasma membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0015297 antiporter activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU191933 lncRNA downstream 63669 2167604 ~ 2175954 (-) True G152424
TU191837 lncRNA downstream 292823 1941023 ~ 1946800 (-) True G152344
TU191821 lncRNA downstream 486885 1745953 ~ 1752738 (-) True G152335
TU191799 lncRNA downstream 546068 1692749 ~ 1693555 (-) True G152320
TU191737 lncRNA downstream 624126 1567118 ~ 1615497 (-) True G152271
TU191973 lncRNA upstream 23510 2294833 ~ 2300752 (-) False G152452
TU191974 lncRNA upstream 23510 2294833 ~ 2318672 (-) True G152452
TU191989 lncRNA upstream 135202 2406525 ~ 2407385 (-) False AMCG00005517
TU192001 lncRNA upstream 143749 2415072 ~ 2445097 (-) False G152473
TU192000 lncRNA upstream 170788 2442111 ~ 2445097 (-) True G152473
AMCG00005533 mRNA downstream 16847 2217709 ~ 2222776 (-) True AMCG00005533
AMCG00005489 mRNA downstream 166327 2070365 ~ 2073296 (-) True AMCG00005489
AMCG00005488 mRNA downstream 180370 2057982 ~ 2059253 (-) True AMCG00005488
AMCG00005431 mRNA downstream 283563 1949221 ~ 1956060 (-) True AMCG00005431
AMCG00005421 mRNA downstream 382418 1839567 ~ 1857205 (-) True AMCG00005421
AMCG00005521 mRNA upstream 13121 2284444 ~ 2300854 (-) True AMCG00005521
AMCG00005520 mRNA upstream 37355 2308678 ~ 2321643 (-) True AMCG00005520
AMCG00005519 mRNA upstream 60532 2331855 ~ 2332896 (-) True AMCG00005519
AMCG00005517 mRNA upstream 135836 2407159 ~ 2410247 (-) True AMCG00005517
AMCG00005485 mRNA upstream 313527 2584850 ~ 2585293 (-) True AMCG00005485
TU191793 other downstream 518421 1708683 ~ 1721202 (-) True AMCG00005461
TU191734 other downstream 624126 1612773 ~ 1615497 (-) False G152271
TU191743 other downstream 731995 1505940 ~ 1507628 (-) True G152277
TU191607 other downstream 867886 1371383 ~ 1371737 (-) False AMCG00005419
TU191554 other downstream 980697 1219327 ~ 1258926 (-) False G152133
TU192197 other upstream 603963 2875286 ~ 2876009 (-) False AMCG00005491
TU192222 other upstream 800537 3071860 ~ 3090714 (-) False G152645
TU192573 other upstream 2017342 4288665 ~ 4289892 (-) False AMCG00005539
TU192831 other upstream 3029446 5300769 ~ 5302198 (-) True G153130
TU193087 other upstream 3809912 6081235 ~ 6082866 (-) True G153342

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00017082 True 1164 mRNA 0.43 13 NC_007126.7 26603395 ~ 26610235 (+)