RNA id: TU196787


Basic Information

Item Value
RNA id TU196787
length 4828
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G156228
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 16066669 ~ 16071528 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CGCAGTTCCATGtgttattctttattgttttatgtttgaccatttttaaattaaaaaaaaggaagggaaaaaaactaaataaaaaatacaccataTAAGTTAGAGCATAATTGCaccaatattttaatttttctttgtcCTTTTATCTAAAAcaccataaataaaaatctataaacAGTAAAAATGCCATTGCGTTCTTCAATAACGTTCACATATAGAGACAACTTGACAAGTTGAAGTCtaggaaaaagaacaaaaataaaaatgaacaaacggTCCTCATGAATAACAAACCCGATAAGGTACATTCCAGTATTTCTATTACAGCATATAGACAATATTGCCCCAGATATTATActaataaagtattttcttgtTCATAATGATGAATGTGAATTTCAAAAAAATCAAAGACGCAAACAGTGAATCATTTACCCATGttcctatttaaaaaatactgccTAAAATACTTCCCATTTacacttttcttctttaaagTGCTGTGATCAAGGAAAACCCAATGCAAGGTTTCCAGTGAATCTACTTTTCTATTGAATCTATTGCGAACTAAAACTTGCTGCTGGTAATTGCCGtcgatttaaaacaaaataattcagatATGATTGAAAGCAGTTAAGGTGTTCGTGAGATTCAGATATATGTATACAGGGCCTATACATTATAGGCCCATGGCaattgaaaaagaagaaaaagtaggCTGTAATGGTTTTTAAACGCAGGTATAAACgtcaagtgcattttaaattgagcTATCTTAAGGAAAATGTATCggtattcatacattatattttgtgtatcagATTATGAAACAGATTTCTGGTAAAATAGTGATGGTCACTGGCAGATCAAAACTTTGCATTGCAGATTATATATCAATTAGGGTTtatgttattacattttctattatatGGATGCACCTTTTGTAACATTTACGTTCGGTCAAAGCTTGGATTTAATTATTAGAAGGACATAACTCCAAATGAAGTTATAACACAATAGCACTAAATCACAGTCCTAATTGATGTGATTGATATATGACTGATCATTAATGTAATACCTTCCATGGATGTGTAGGCCTATagcttgattattattattatcatgttaATGTATGGAAAAAAGGTGCAAATGACGAACTTTACAACTACTCAGGTAGCTTGTTTAGATTGAAGTCCAGCCTCCCTGCAATGCTTTGCACCTGTTTCACTGCAGTTTTAAACACAAAGTAACCTACGCTTTGGAGTCTTGCATTAGAGACAAAATgggtttaaatgttaaaagacCAGTTATATAAATTGAGCATGTAAAGAAAACCAGACCACACACGAAGACGCCTCTTTGTTTAGAGGAATAAAGTCGAAATTGCTCCAGTCCGAATTCTATCTGGTATTTATAATCTCATAAAGTGGGATGTTAAGGCTCAAATCGCCCTCTGTAACTTCTATTTCATTACTCCAACCCACATAAAACTAAACCCTGCACCCGCTAAGCctaacccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattgatcaTATGATAGTATTGTTCTGTCAAATGTATCTCATAGCAGTTCACATTCGGGAAcattctttataaatgtgtaatgtattgtaCAGGTCTAATTTACAAGACGTTTGCTACCCGTCATGTATTCCCCTATACGTACTTctGCACACTTTTGCCATTGTGTTCAGCTCCAAGAGGGATTACGGACTGCATCAGGAATGTAAAAACATCTATTGCAAGAGTCTAGTTGGGCCGGTTTTGAGGCCCCCTTTTCCATTCCAGGCTGATTGGAGAAGACGCGTTACATgtcctacattttaaatgcatgcaaacaGTCTGCAGGATCACATCCTATTGCAGGCAGAACCGTTCGTCAACCGTTTTGCAATTGTAGTCTACCTATACAGTCTTGAATCTTAATGCAGAAGAAATACGATGCGTTATAAACCAAATGCAAAGGTTCctaaaactgcattaaaaccAGTGTTGTAGtaaaaactattttggtatGCATGCCTACTGAATCCACTTTGTAATGTTGCATCTTTTAAAGTAGAGCTGAAGTCGATTATGTACCTTGACATGAAAGGTTGTTTCACAGTCCTGAACAGCTGTAACTTAAATATGCTTaataaagtttaataaaaacatacaacatagGTTCAGCACCTAAAATTAAAACCGTTCACTACTTGTTCCCCGCATTATATTTTACCTCGCAAACTCGtgattaaaacttaattaaaagcaaactcTGTATTccaattagatttttttctttaaggtCACGgtcaacattaattaattaaccattGCACCATTATCAAAAAGCTGTCGGAGGTGTACCAAATCAAGacaaagaaatctgaaaatgatGGTAACGCTTTAGAGTAATGAACACCAATTCTTAATTGATTCTTCAATTGATTATTGTATGAATCCTACAACACTAACATGATtgcctcatgcacttccactgagttctgatgtccATCACATGTACAAGCCCCAACCCCAAActgtaaccctatccctaacgtTACTATAGCCCTgatggattttgttccaactgaggtcttaattgtttaattgaatccataaattgacctaacaaagcaattcaCCAatcaattaagttattaagacctaggttggaacaaaaaccagcagggcaaggggtactccaggaccgatttgaaaacccctgctatAGCCtaaatgtgattaacagcagaactctcGATTTGCGtgttatttctgcaatattCATACATCCATTCACCAAGAATTGCTGCCCAtgattgtaaagtgtgaccacaATGACAAGTACTTCATTTTGAATGCAGTCCacatgtatttcacattttctaaaataatgcTCACATACTGGAGCATAAAAGTTCGGCGCTCATGCGTTCATTTGTAACTGTATTCAACTACAGTGTGTGTCGTTTAAAGAGACCGGGATCGTTTCCGTTGTTATACCTCCAACCaccaaacaataacaatgaaaaactgGCTCTGAAACGgagcaaaaatgtgtaaatcacaTGCTGCcatttatgaaatattaatattggcCTATGTacatgtattgaaaaaaaatccacagtatatatacacatagtaCGAAAACGACACGATACTACAGCAGTTGCAACAGCAGCGTGTGTTCCATGTGGCTCCAACGTCGCATATATATGACGTCACAAGTTTTCGTCATCATCGCCACTAACTAACTCGACTTCCCCCAACGGTGACCCCGCGCAACACCGTtcatttaatcaaataacatATGATCGTAACCGCTTAAGCGATCTATAAAGTGGCCACCAACACAGATAACATACTTTGCCAGGCCAGCCTTTGTGTAACTGTACACCTTCAACACTTGTAGTTTAATTCTaatgttgcattaaaaaaaaaaaaaaaagtgaatgcagACAATTTTGTAAGACGTGAAGTTGAAGGAATTTTTGACACCAGCAATATTCTATATGCTGGATGtctggtgttcattttaataacccAACAGGTCAttcattgcttttattatttaaaagacacaTAATGTGCTTGTTTCATGGTTGGTGGTTGAACTTGGTTCAAGGTTGGGTCTGGAAAGGTACACCCTCACCCTCTTCCATTCCTCATTCAACTTTCTTCCATTCAGCTTGTGTATCCCCCTCCCTGCTCTCTTAACTTTACTGTCCCCATGTGTGGTACGGCAGGGTATATAAGTCACAGTGTAGATATTCCTGAATACACGTTTGCTTGCAGTTGCACCTTATGCAATTTGAATTCTGGGGGGAAAAATGCTACATTTAACACAAGTAGTCTACAATACTGGGAGATGTTTGGCCAGTTCCTCCTCAAACAATCTGAATAAACCAGACTAATGCCTACACggaagtttaaaaacaaaggtaaaCATTTGGTCTAACTGCAAGAGGACAGCagtattgaaatacatataaatatccAACAGAGTTACTTTTTTACGTGTAGAAATGTAGGGATATCTTCTGTAAACAGCGTTTGATACTATTCCATGATAATAATCAATTACTGgttacaaaaaacaagaagatTGTGTAAACCGGAGAGGGTTTTAGTTGTTAAAACATTGCTTATAAAAGTAGGGCAAGGTGGACACATTGCTGATAGATCAAACCTCGTCTCCACCCTACGActactgcaaaataaacaagctTCCACTGAACGAGCAACGGATCTATAGATCTTAAGTGCTCCGTACAGTCGCATGGTTATCGATTGGCTTGGTTCCAGTCAAGAATCGCTACTTGGCTGCtgcacaattacaaaataatgttagTTCACAGttgacaaaattatttttaaaaaaaagggaGCAAACCTGTTAGGGACACCTTATCatgaacagattaaaaaaaataaaaaattaaacgACATGATCATTTGCTGGACCGCTTTGGGCGCGCACATTAACTCTCCCGACTTTGGCTTTACATTCCCTTTTCCGTCTCAGAAGGTTCAGACAGCGCTGGAGAACACAGAACTTGATCGGCAGTGAAGTCCAAAGAGCAATCTCAATCTACACGTCATACTGGTTGGAGCCGTAACCCATCGTGTAGGTCTGTCTGCTGTACTGGAAGTGATCAGTCAGCACGTTACTCCTGCCGTACTGAAAGTCTGAGCTCTGGGGGAAAGGCCCCGTTCCGTTGGGTTGCATTTTCTCCAACGACACATTTCCGTGATCGAAAGAGACCAGGTCCTGCTTGGAAACTGGCAACAACTTCTTCTTGGCTTCCTGGTTGGCATCGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU196784 lncRNA downstream 3597 16062733 ~ 16063072 (-) True G156225
TU196762 lncRNA downstream 66630 15994787 ~ 16000039 (-) True G156207
TU196754 lncRNA downstream 119142 15947208 ~ 15947527 (-) True G156203
TU196640 lncRNA downstream 450882 15615562 ~ 15615787 (-) True G156113
TU196629 lncRNA downstream 481903 15581857 ~ 15584766 (-) True G156104
TU196920 lncRNA upstream 580012 16651540 ~ 16671387 (-) True G156341
TU196921 lncRNA upstream 598273 16669801 ~ 16680772 (-) False G156341
TU196924 lncRNA upstream 603270 16674798 ~ 16676047 (-) True G156344
TU196965 lncRNA upstream 793570 16865098 ~ 16922863 (-) True G156378
TU197318 lncRNA upstream 2060801 18132329 ~ 18137505 (-) True G156668
AMCG00006114 mRNA downstream 35492 16024475 ~ 16031177 (-) True AMCG00006114
AMCG00006116 mRNA downstream 54325 16001553 ~ 16012344 (-) True AMCG00006116
AMCG00006087 mRNA downstream 189245 15840912 ~ 15877424 (-) True AMCG00006087
AMCG00006086 mRNA downstream 247813 15789347 ~ 15818856 (-) True AMCG00006086
AMCG00006085 mRNA downstream 282668 15778207 ~ 15784001 (-) True AMCG00006085
AMCG00006115 mRNA upstream 1835 16073363 ~ 16075726 (-) True AMCG00006115
AMCG00006108 mRNA upstream 83778 16155306 ~ 16180536 (-) True AMCG00006108
AMCG00006109 mRNA upstream 119102 16190630 ~ 16208678 (-) True AMCG00006109
AMCG00006110 mRNA upstream 205558 16277086 ~ 16287328 (-) True AMCG00006110
AMCG00006083 mRNA upstream 382756 16454284 ~ 16462165 (-) True AMCG00006083
TU196760 other downstream 109579 15954076 ~ 15957090 (-) True G156206
TU196604 other downstream 575027 15489402 ~ 15491642 (-) False G156088
TU196602 other downstream 629803 15433432 ~ 15436866 (-) True G156088
TU196327 other downstream 1282663 14782631 ~ 14784006 (-) False AMCG00006043
TU196273 other downstream 1383708 14679797 ~ 14682961 (-) True AMCG00006037
TU196870 other upstream 382841 16454369 ~ 16462159 (-) False AMCG00006083
TU196884 other upstream 434065 16505593 ~ 16518111 (-) False AMCG00006118
TU196919 other upstream 598273 16669801 ~ 16671387 (-) False G156341
TU196984 other upstream 876469 16947997 ~ 16950117 (-) False AMCG00006127
TU197609 other upstream 3203672 19275200 ~ 19293820 (-) True G156907

Expression Profile