RNA id: TU197284


Basic Information

Item Value
RNA id TU197284
length 5333
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 3
gene id G156640
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 17973741 ~ 17980637 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TCTTATTTAAATAGAAGATCTTTGATTGTAGCATACAGCGGGTCTAGTGAGGCGCAGTACCCCTTGAGACTTCTTATATTGGCGAACGTGGACAGGTATACCACACGATCTGCAGTTTTTAAGTCATTTTGCCTCGATCACGTGATCACTCGTTAGGCTTGTTATTGTCATGTGACCAGGAAGAGCACGCAGCATCTGATGTGGCTCTTGCTGTATGTCTTTGGAGACGGCGTGCACAGCAAGAATAAGCAACTTCAACGTTAGCAGTGTTGTTTTTGACTGCTGGCTTGAGGAATGAGCTCCAAGAGTAAAAAGCGAGTGGTGCTGCCCAGCCGTCCTGATCCGCCGTCTGTGGAACAAATCCTGGAAGACCTCGGCAAAGCAACCCCGAATGACCCCGTCTTCAGCGTTCTTCAGGACGCCCCTCAAGGTATCTCCTTATTACCTCTGCCCAGGGGCGGACTGGACAaaaaaacggccctggacttttacccaAGGGGGCGACGGCTGGTGAAGCTTGGGTCCCAACAAAGtgcaattaataaatgtattgcgctgtttgccaagtgatcgttcaatttcatttgtaaacgaacttctttttaatgcttgtcaatcacccTGGTGCGTTAGTAGGACACTTTACTGTTTATGTCATGTGCTGATGTAGTGGTTAAAATTAAACACAGCTACGAACCTGAGGTTGTGGGTTTTATCCCACATAGTGGGGAAGATATTTATTATGTAGGTGTCAACGAACAccaaaatcactgctgctgccctctagaggagactaagACCGGGACTAATTTAGTCCTGCTCCACCTACGGATTAACTATGGATGGTACCATAGGGGTACAAAATGTGCcaatcacaatgtattgactacttttgtaactgaactacTCATAACTCGATTCATAACCACTAatcgttttgttttacatatcaaaTAGTTACGTATTTGTTTTTGactgacaaaatgtaatttactaataataatgctcTGGTGTACACTGGTGAAATTGACACCACagctaacaaaaaacataattaaaataagaaccagTGTACAAAGTGTCGGTTGAAAGGTTATAGGTTTAactgagaatatattgaaagctCTACAGGAATTATTGCCCAGCaggaattgtaatgcaatattatgttaataaaatggAGTTATAATGTGCTGTATGAACAGGGGTAgatcttaactttttttttcccactagCCAGCAGGACTAGTGGCTCTCAAGTTGCACTAGCCCGCACAAAGTTTCACTAGCCTGCCAATTCGGAtccagtgatttttttttaattattgtcagaaaaagaaaattgttgaaaatattgacagattgttatttaaaactgtGACAAATTTTGTTCCCctgaaaggaataaaacatgATTGTAAATATGTAGATAATTATTAATCTGCAGCTTCTTTGTGCTCAaattttgtatgattttctgTTGTAGTGAAATTCCACCCTTGCTTGCCTTAAAGTACattgagtgacagtgtgacCTGGCTGTAGTTTAAATACTCCCTGCAAAGTAGAAAATATGGTGGCAGTGCATTGCATGACTTTGTGATAGAACTAAGCACTGgaactttcctttttaatggATATAGTTGCACAAAATAACCTGCTGGAAGTATTTCTGTTGGGTGCCTGTGACAAATTTATCCTGCTTACTGCTTTGTAAATGGAATGCctcaagattaaaaaaatgcttgaaCTTAACCACCTGATACATGAGTTaggttttcttatttaatttgcactcaCTGTCACTCAATGTTTTGTCAATTTGCTGCATCATTCAGGCTTCTAATTGGGCTGTATTTGAACAataccacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatcttattctccccattttttttcttcagtcagctcagctctcattggctgctgatttACATCACCCTCCACGATTGGTGCTGATTGAGTTCAAAATATTAAacgtttaataaaatcgtaggggcTCCAACAAGCTTACAATTGGATCGCAGGGCAAGCGATTGCATCTCAGCCTGTCTCGCACTACACGACTATCGGTTGCGGAGACGCGCCCTGACCAGGCTACTtgtcgtgacgatcagtgccAATTTGTTGTGGGCCAAACCAGGCTCAAATCTATCTTAAAAcctgtagtgtgaccccagcataagattttcattaagtatttattaaaatacttcaactaccaatggttgttttggggcaggttattttaaaatactataatgcagggaaaataatattttcatatacaaataccaattagtatgtGTAATTGACCTCGGTCTGCGCAAAATACCGATCCCTACAATGtgatgatcatactgtgggatggatatagcctgtgtgttgctcacctccagctctcacacagAGTAGACAGGCTGTTGCCCTCGCCTCCCCAGTCATGTCTTCACAcgcatcctcttttctctccgcTTTTTGCGTTTGTCTGCACAAAACCAACATAAACGGCAACATCGGCTTGTGGTCGCgttctttccgcagttttgcacacaTCTGCTCTGCTCCACCAATgagatcagtggatttctgcagatctgtgctaCACAGacgtgacctgtaaatgtccacgtccgtgtttgtttaccttttctctggatggatcacaTGTGTTTCTGCGAGACGTGGGAAGTTTAGAGGCTGTGTCGGAGATCCCCAcgacaaaggatttcagatcagtcgtgaAGTGTGTGACCCCCTGTACTTAAGCTATCGtgtagtgtgcactccttcatgacacaaaagacatacattcagtgcaaaatagtcattaattgtgagctgcccactgttcacaaaattgggtcagattgtagaaatcgtgtagtgtgaccccaaaAGGCACCACTGCTCCAGTGTTTTCCAGAAACTGTGACTTGAATGCTTTAGCCCCTGTTTACAAAATTGTGCATCCTTTTGAAAGATCGTGCAGCAGACAGTGTGGTCGAGAGCCGGTACCAGCAGAGCCAGAGGTACCTGGAGCTGAATGAGAGGCTGCAGCAGGCGAAAGGAGAGCTGGCTACCAAGAGGGATGAACTGTGCCTGGCAGGAGAGAGGTTGGAACAGAGTGTGGCTGAGGTAAAGGGGAGAGCACTGTGAGACATGCCTCGCCTAACCCTGGATACCTGGGTACTGGAATCTGAGAACCACACTACCATGTAGTTTAAGCAAAGTCCACCCTCCACATCtaccttatttttaaaatcatagttGTATTTTAGGAAAAAATTAACGACGCCACAATCCAGATACTTGCCAACAGTTTTGTGATGCCAAATTGCGAACATCTTTCAGAATACGCAGTTTGTTTAATGTgcaattattactttttacagCTGTCTGTGCTGCCAGTGATATAATTTGTCATGCATTGTTCTTTGTGACTTATTTCTTCATCGTTATGAATCTTTTAAAATTGAAGCTGACAAAGTAGTGTTTGACAAAGTAGTGTGGAAAAGGTGCCCAACAATGAAGGTACTAACCTGTCATAAttaacatttgtatgtattcattacaaagtcttgtttaatatttgtatttattaattaaaactgtcTTGTTCAGCACATTTAAGATCTTTTTCATCATTCACCTGTATgtgaatattattatattgacaGCAAAACTTATGGGAAGgcaaagagctttttcatttggttttaaCTGACGAAATAAACATGGTGTGAAGGATCTTATGTTTGAGTGTACATAAATATAGATGTAAAATTAAAGTCTGACTGCATTTCCTAAGTGGGATGTATTGGGAAACATCTCTACAACATAAATTGACAGGTCAAGGATAAACTTGCATGGTGAAGACTTGGATTTTCTGGAGTACATGTAAAGGTAAATTGTAAATACAGATCACCTCATGCGAAATCCACAAAATGTCCTGCAAATAGCTATTCATGTTAGTCTCCAGCCAGGAAGTCTTCCAGGTAGTACATTGGGGGTCCAGTTACCTTTTTGTcaggaaatgaaatgcagaggACTTCTGCATCcccattgtttgtttataatgtgGCTTGTGATATATGTACAGTAACACCCCATTTTGTGTGGCTTCTTTTCTGCATCCTCAATTATTTAGTGGAGTATCGCCACAGTTTCATTTTGCATtctctgtggggaaaaaattaaaagagaaataagTATGTaatctccctcctccctctgtAAAGGAATCCCACAAGAATGGGGAGGGGCTAATCATTTAAGGACAAAGATTAATGTACTTGAAAGATTTGATAAAGGTAAATGTCACTTTAGTAATGGTGCTCCAAAGACTTGCCAAGTTCTTTGTATATACAGggatttacatttgtttaatttactttgtatttgtaaagtatatgtatttagtattttatatataattttgtgtgcatttaatattttcctgGTAGTAAATCTGGTTTGTACACCCTTGAAAAAGCAAAGGTTCCCTCTGGACCCCAATGAGTGCCTAGGCGGCCCCCAGACCCCAACCTCGGTGTTCCATTTCTAAATTGCagatatttttctgttctgcCATCTCTGTCTGTtgtttcataacaaaatagcaaaataaaattataaaaaaataaagaccttTTAACAgttgaaactaaaataaagtaaccaTTTCCACAACAATACCTGTTTTTATTATCTTCTGGAAAGGTGTAGTGCTATGTAatactaaatatacattttaagcataaatctaatattttttataaatctaCATTTATATAGAAGGTATGCAACAAGATTTGTTGTATTCTTTTACAGTTACCTTTGTGTttgggtttacattttttaagattttaatatattttttttgtttcttacctTGTTGTAGACGCATGGAGTTAGAACCTGCATCTCgtaaaacaagaaatgcatcAAACTGCTAGCAATGATCTAGGAGTATTatgcc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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU197237 lncRNA upstream 129765 17842139 ~ 17843976 (+) True G156598
TU197200 lncRNA upstream 195871 17774665 ~ 17777870 (+) True G156567
TU197195 lncRNA upstream 209513 17760748 ~ 17764228 (+) True AMCG00006190
TU197197 lncRNA upstream 265020 17707670 ~ 17708721 (+) True G156564
TU197184 lncRNA upstream 273674 17662190 ~ 17700067 (+) False AMCG00006188
TU197322 lncRNA downstream 178203 18158840 ~ 18223148 (+) True G156671
TU197442 lncRNA downstream 761965 18742602 ~ 18749749 (+) True G156769
TU197444 lncRNA downstream 776289 18756926 ~ 18757205 (+) True G156771
TU197445 lncRNA downstream 776629 18757266 ~ 18757542 (+) True G156772
TU197450 lncRNA downstream 796555 18777192 ~ 18777554 (+) True G156777
AMCG00006162 mRNA upstream 13531 17948523 ~ 17960210 (+) True AMCG00006162
AMCG00006187 mRNA upstream 68117 17879983 ~ 17905624 (+) True AMCG00006187
AMCG00006189 mRNA upstream 96682 17852039 ~ 17877059 (+) True AMCG00006189
AMCG00006191 mRNA upstream 162282 17788983 ~ 17811459 (+) True AMCG00006191
AMCG00006190 mRNA upstream 211274 17746133 ~ 17762467 (+) False AMCG00006190
AMCG00006164 mRNA downstream 23940 18004577 ~ 18008371 (+) True AMCG00006164
AMCG00006169 mRNA downstream 136001 18116638 ~ 18130496 (+) True AMCG00006169
AMCG00006138 mRNA downstream 366107 18346744 ~ 18347302 (+) False AMCG00006138
AMCG00006139 mRNA downstream 392297 18372934 ~ 18379731 (+) True AMCG00006139
AMCG00006177 mRNA downstream 473261 18453898 ~ 18455420 (+) True AMCG00006177
TU197026 other upstream 846187 17123205 ~ 17127554 (+) False AMCG00006149
TU196902 other upstream 1344559 16627793 ~ 16629182 (+) True G156327
TU196796 other upstream 1829118 16140544 ~ 16144623 (+) False AMCG00006089
TU196781 other upstream 1913911 16054035 ~ 16059830 (+) False AMCG00006113
TU196746 other upstream 2000735 15964433 ~ 15973006 (+) False AMCG00006107
TU197332 other downstream 209587 18190224 ~ 18356589 (+) True AMCG00006138
TU197362 other downstream 497491 18478128 ~ 18480087 (+) True AMCG00006174

Expression Profile