RNA id: TU197318


Basic Information

Item Value
RNA id TU197318
length 5177
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id G156668
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030142.1
NCBI id CM030142.1
chromosome length 21087710
location 18132329 ~ 18137505 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tcagcaggggatcaaatacttttttccctcactgtatatatcataAATGCGTTGCAATTTTAGATATTTGGTCTTCACTGTTGTAAGAGTAATATAACAGCTCCACTAATAGGGTAATTCTAACGTACTACATTGTGTAGCAAAAGCTTTGTACAGaacatcatattattttttgccCCTTGCCATTGAGTTGGCAAATACCTGGCTAGGCCCTCTATGGCAAGATCAGAAAAATAGAAAGTTTTAGTCTAATCTGTGATTAATCTATATCAAGTACTAGGTACCATATGAATATAGAGTCTACAATTCAAACCTCCATCAAAAGTATTATCTTACAGTTGTTAATCTTTATCAAATCATGCAAACAATTATTCAGTAATAAGATAAGATTGGGGCAAATGGTCCATAAATAGAACAGATTCAGCATAATCATCTGCAGACAAATAGATCTATGTATGGTTAATGTTTGATTTCCTTCACTGAATCAGATATATTCTTGGACTTTCcaaattgtaaataatttaattgatgaGGACCACATTTCTGAAACAGATAATATTGCATTGGGAATTAAATCCTATAATGGAACAGTGGTAATAATAAAGTGGTTAGATGTTCTTTAGGTGTACAGAATGATTGAAAGTCTTCACCCCCCCTCCACTAGGTCTTtgcacaaaaatgcaaaacacaaggTCTGCATGGTGCAGGCATTGATGAGAGTGAGTTTTTTATTCCTATGTTGTGTGATTCACCCTATGCAGTCCATAGTTCTGGAAGTGTTTACATTAGAATAAAGCTCAGAGAAGGAACATTTTCCAAAAGACTGGTAGGATGACATTGGGCTGTGTGTAAGGTCTAACTTGAGGTCTCcaagcaatttttatttttgtcctgttttattgattcaggaaaaaaaaaacattcatagtAATCTGGGGTGGATGGAAGGCTTTCAGAAGTAAATTATTCACAGTACAAATATAGCACAGGCTTCCTTTTACAGGAATGCCCCTCTTGTGTGACATTGGTATCCCACCCACCCCCCATTACTTAAAATTCAAGTCAAATTGGTGGGTTTAAAAGGTGTCTTTTGAACAAAAGAGTCTGGGGCCTTCCCCCCTGGATACAGGCAGAATCACAAAGCCTTTGCAAGCTCAATtcattttcaccttttgttttggAGACTGGGATTGTGAGTTTAGGAGAGACACAACTTTTGGTTTGTTACTGGATGTTGGTGTCTTCCAACCCAAACCAAAGCTAAGACTGCAGAGGATTCCATTTGAGCTCTTCCTTCTTCATCATTTCTCTGAAATTTAGGGCATTGCAATGTAGAGCAGCATAATCGTAAAGTATGTCCTCCACTGTCACTACAGCAGAAAGCTCTCTGGCCACCTACAAAGTAATTTTAATCCAATATGTAAGATCCCTTGTAATGAACAATCACGTATATCTGTCAGATCAGTGTAAGGAAGTGGTCTCCTAAGTGAACCCCAAACCATCAGGGTTTCTAGGTGACTAGATTAGTTCAATGTCAATCAATCTAAGCTGGTTTGGAGGGCACACCAGAAGGTcctgtagctctccaggaccagggataGGAACCCCTGCTCAAAATCATCTAAAGCTGCTAATTAGATATGAGACATTGAAACATATCGTTATAATGTTGAACCTGATGTTCACAGATTAGAAATGGGGGGGAATCCCCATTCAGTAAGAGGGTTACAGGCTGTTTTTTTTGGGTTacatttttgttgcttttttctgtgtttcaaTCCTTTGCCTACCATTGACACACATACACGCCAAGACAGAATTTGTTTCCCCCACAGCAGTgatctccaaccctggtcctggaggtcCCCAATCCAGTTAGTTTTACAGTGTACCCCTAAATGACCAATTTCTAAAGACTGTGAGCAAGTTAGGTATTGATCATTCAAGCAAGTATAGTCACTTGTTTATGGGatttctggttttaattaaaatactacctgtttaaattaattaaatgtgtccaAGTCTTTATAACTTGAGGGCTTATAGGTGACATATAgtacctatagaaagtctatacCCCCTTGaacttcacattttgttgtcagtgtcTCAgggtttcatgcatttaaatgaggatttatCTACACACCATGCTCTACATTGTTAGGGAGAAAAagttattattgtaaaaaacatatttaaatacaaaactgaaatatcatcaTTAGATAAGTcttcacccccctgagttaatacttggtgtaAGTAACTTTGGCAGCTGTGAGTCTCTTGTCATAATGGCTAGATAGACTACAAAGATTGATAGTCGTGATTTTAATGGCATCTCTTACATGGGCTGGAAGATTGTTCCATAGTTTCAGGGCCCTATAACTAAGTGCTCTGGtacctacatttttatttgtgtattttaaggattgtttattttaggtatcattactcagttttgtcattGCATGATgaacttttaaatgtctgtccttttaaattaggacttctgttttatCAGAGTTAAGCATAAGGGAATTGCTTGTCTTCcaagttttaatctcagacagacagcagattaatGTTTGTATGGCTATGGTATTGTTCGGATTTACTGactaatataattgtgtgtcagCTGTGAAAGTTAAGATTATGTCATCGACAAATATCACTTACTTTTAAAAAAGTACATGTCTGAGAATTGTGgtaacctcagttaaatttgagcagttttattaatttgtacatattggagtctgtttgtcAGATATGATTTTAACCAGGACAGAACATGGTGAGATaaggacataagaaagtttacaaatgagaggaggccattcgatctatcatgctcgtttggtgtccattaataagtaagtgatccaaggatcctatccagtctattttttaatataccaAGTTTTCGGCTTCAACCGCattgctggagagtttgttccagattgtaacaactctgtgtgaagaagcgtctcctgttttctgtcttgaatgccttgaagcccaatttccaattgtgtccccgggtccatgtgtccctgctgatctggaaaaggtcctctggtttgatgtggtcgatgcctgtcatgattttgaagattttaaTCAAATCCCCATGTAGTCGTCTCTGTGTTAGATAGGCCAACACGGTTTTGGTGGTGaagtcatgccacaaatttTCGACTGGAATTAGGTCAGCGCTCtaactgggccactcaaggacatttacttttttgttccttagccactccactgtagttttggctgtgtgcttcaggttgTTGTCATGATGAAAGGTAAACTTCCATCCCATCCCTGTTTCAGTTTTCtggcagagggcagcaggttttcctcaattTCCTCAACTttgctgcatttattttcctttttatcctAACAAGTGCCCCACTCCTTGacgatgagaaacatccccataataTGATGCTACCACCACCATAGGGATAGACTTCTTTGGgtgaaaacattttgcatttaggccaaaatgTTCTGTCAGACCATTAAACCTTTTGTCACATGGCTACAGAAACTACTGAGTGTTTTattgcatacttcaaatgggattcaaggtgggctttcttcCTTAAAATTACCATACAGGTGCTCATGGTTCAGTCTTTGCTTTGCAATGCACTACCCAGGGAACATACAAGAACTGCTGAATCTATCCTGAAATCATATGAATctctacaatttaacacaggtggaggccacctaactttttaaattattttttgataattattattataaaaggtgattgcttacacctgagctaatttaggattgctattataATGGGGGTGGACAGTTATTCAatcaagctatttcagtttttaattttaataaatgtatacaaatgtttagaatattttttttcactagGAAGTTGTgaggtaggatgtgtagataaatgaaaaaaaaacaacaacaacaacatgatttTAATGCCTTCTCATTCCAGGCTATAAGACATGAGAATTATGAATGgcggtgtagactttctatggGCACTATATATAACTTGCTGGATTTGGGCTCTTCATAGTCAGGGTGGGAGATACCTACACTATAAAATCTTCTGGTAGCTCTTTAGTGGCACTGGACTACAAcaaagtgaatacaaaatactgaaaagaaatacagaacatTAACCATGCATGTGATCTTGCATTTTCTTTAGGCTCTCATCCACATTATAGGCCTGAATTTTCCAAGCAGGTAAAGGATTTATGGAGTATTGGCATGTGTTTATTATAGATAATGTAACATATGTACAGCTTATCTTCTCACTCAAATGGTTGTAAAAAGCCCCCATAAATGTTCCTAATTtgcaaaactgcaaaatgaaatacaattaattgaaattgcTGGTCTTACTCATaagtaaataatttacaaacttTGGAAAATCACACTATCCAATAAAGGAATAGATATGGGGTTCTGAAACCAACATGAATAATTTTTGCCAATACACTATATTTTGAGATGCAGTGTCAGACTTGAATTACAGATAACAAAGCAGAGCTCTCTGTAGCTATAGTGagttaatacaatatttaaggAACTCCAAAAGATTGTGGAGAAACTACACTGACACATTTTAGTGTCATCATAGGGGCAGTCCTTTCATTCCATAAATAATGCTAATCTGTTTAAATATTGCACACTGTCTTCTAATATAACCTGGCCTAACATTCTAGTCTGCATATCTAGGTAGCTGTGAATTTGCTATATATATAGGTATTTTACAACAACTGCTTATTTTGAATGGGACTTGACCGATGTTCGTGAAAATGCAACTCTCAGCCATGACAAGGTAGAGTCACACAGGCCACTGCGgatgggaaaataaacaagctCAGGAGTACTTTCccagataattaattaatcagcaCCTTGATGATAAACACTATCCACAGGCTTGGTTGAGAAGGTGGCTTTTAGCAAATGCAGATAGTCTTAAATGGGCTGCTCAGCAATAGTGTTCAATTAAGAATCCTGTGATCTTTAATACCCTCTAAGTTTATTTTATGCTTGGGAGACCATAGGGATCTGCTCACATCTTTGGAttgctatatacactcacctaaaggattattaagaacacctgttcaatttctcattaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU196965 lncRNA downstream 1209466 16865098 ~ 16922863 (-) True G156378
TU196921 lncRNA downstream 1451557 16669801 ~ 16680772 (-) False G156341
TU196924 lncRNA downstream 1456282 16674798 ~ 16676047 (-) True G156344
TU196920 lncRNA downstream 1460942 16651540 ~ 16671387 (-) True G156341
TU196787 lncRNA downstream 2060801 16066669 ~ 16071528 (-) True G156228
TU197320 lncRNA upstream 1014 18138519 ~ 18144775 (-) True G156670
TU197358 lncRNA upstream 296101 18433606 ~ 18434245 (-) True G156696
TU197382 lncRNA upstream 394557 18532062 ~ 18532447 (-) True G156716
TU197383 lncRNA upstream 395678 18533183 ~ 18538243 (-) True G156717
TU197464 lncRNA upstream 603846 18741351 ~ 18742209 (-) True G156791
AMCG00006165 mRNA downstream 100160 18013807 ~ 18032169 (-) True AMCG00006165
AMCG00006163 mRNA downstream 134258 17984542 ~ 17998071 (-) True AMCG00006163
AMCG00006192 mRNA downstream 197944 17906040 ~ 17934385 (-) True AMCG00006192
AMCG00006135 mRNA downstream 280358 17835894 ~ 17851971 (-) True AMCG00006135
AMCG00006134 mRNA downstream 306097 17817521 ~ 17826232 (-) True AMCG00006134
AMCG00006140 mRNA upstream 303957 18441462 ~ 18444082 (-) True AMCG00006140
AMCG00006159 mRNA upstream 499992 18637497 ~ 18668381 (-) True AMCG00006159
AMCG00006158 mRNA upstream 612329 18749834 ~ 18762648 (-) True AMCG00006158
AMCG00006160 mRNA upstream 637420 18774925 ~ 18780393 (-) True AMCG00006160
AMCG00006171 mRNA upstream 676912 18814417 ~ 18821406 (-) True AMCG00006171
TU196984 other downstream 1182212 16947997 ~ 16950117 (-) False AMCG00006127
TU196919 other downstream 1460942 16669801 ~ 16671387 (-) False G156341
TU196884 other downstream 1614218 16505593 ~ 16518111 (-) False AMCG00006118
TU196870 other downstream 1670170 16454369 ~ 16462159 (-) False AMCG00006083
TU196760 other downstream 2175239 15954076 ~ 15957090 (-) True G156206
TU197609 other upstream 1137695 19275200 ~ 19293820 (-) True G156907
TU197648 other upstream 1311426 19448931 ~ 19451861 (-) False AMCG00006201
TU197805 other upstream 2572294 20709799 ~ 20712216 (-) True G157059

Expression Profile