RNA id: TU140973


Basic Information

Item Value
RNA id TU140973
length 7706
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G112566
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 21024279 ~ 21031984 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tataaattcacttcttaaattgaaatttataagtgtaccttacgctacacattGAATAAACCAATAGTGTAGCTGCAGTGGATTTCATATGCACTAAGTATAACCTTAAGGTGACTTCTAATGAGTTATGTAACAATGTTAATGGAGGTGTCATGCCGTGTCATTGACAACACTTCacctttaaattatattactaTTCAGCTTGCTCAGTCTGACAGAATGGGGACGGTAAGAGTAACAGTTGAAAAGCCATTTATGAGTCAAGTTAGCAGTGTAAAATAGGAACAATCTGTTCAAAGACATGGGTTTGAACAGATTGTGTCTTCAATTAATTCAAGTAGAGACTCCAACAGTGAACAAATCCATTATCTTCTGAGCACGCTCAATAGAAGTGGATAACCGCTTTGTATAAATGAACGTCACAGAACAGAAATCATCCAGctatatgtacatttaatttatactgACACACTACGACAGAAGGAACAAATGGTTATATTTACATCCAGATCCAGACAAGCAGTTGAATGGGTAATGTCATTGGTTTATTCTGTCAGAGGGgacaacattttcaaaggagacaaaaaaagagtggtgggggggaagaaattaaaagtatacaaaaataaatctaaaagttagacaaaaataaatgcatcttacGTATAGCTTGGGATTTGTCTTGCTCTCTTATTTAAAACagctcttttattttaatattacaaaagGCTGAGCAGGTGTATAAAGGTTCCTGCTGACCTTTCCTGGCACACCTCAAGAGAAAGACAATGGAGCACCATTGTAAAACAGATTGGAGAGGCACCTGGTACAGCGAAGTTTAAAAATACCTcgaaacatttttcataatcAGCACATCTCTCTGTGCCTTTGTGTGTCCCAAGACTGCTCTCATTATGAATAAAATTAGTAAAGGGAAAAGGGGCAAACAGGAACAGAAACAGGGGAACagaaagcaaaatacaaaactcaaAATACAGAAGCCTCCCCCGGAAGCGGCATCACTGATTAAAATGATACTCCACTGGAAGTGTGGCATGTTAGAGatgttaattaatgttaatgttaatttcacACTTGGCCCTGTTCTCCCAGCCTTGATCTatacatgttttactttttaagcttttcccaaaaacaaacacaaatatgctGCTCTTCTCTGCCACACATTTAAGACATGTGAATGCCCCAACCAATGATAATGCCAATAGTACAGGTTGCTTAAATCAACCATTGTATCCAATTCCAATACGTGGCATACCTCATGTCCTGTATTTATAAGGTCTGTAATGAGGAAATAAATCGCAGAAATAACTAAGTAGCAGAATTCCACAATAAAACATTGGCAGCTATCaaccttatttttctttccaactTCGGCCCCACTTTGTCTTTACAGGAAAAGCTTTAAGTCTTTGTCAGCTGTCATGTACTTTTTCAATATCAGTATGGTGTGGTCTGCCCTTTGATCCAtaagcacaatttaaaaactacatTATCAAAGCAATTGCTAGAACACCATAGGGAACAAACAAGCCAAAgcaattgctgtttttgttcttcctgTAGGGTCATCAGAGACACAGTCTAAATAAGGAATGAGGCTGACCAGCAGGTATTTGTACAAGCCTGCCAGGAAGGAAAATAACCAGGTGTCGTATAAACAGCTGTAGCAATGTTTGgtagaaaacaatgttaaaaataaataaatacaattaaaaaaaaactccctgTGGGCCTGAGGGCAGCACTTTCACTGCCTGCGTATCACCAAATGTTGAAATGAACTCCAAAGAGGAAAGACTCAAATGTGTGTCGGACTCCTCCTCTTCCCAATCAAGTCTAGAAAATGTCAGAAAGCTGGATGAAGGGTAGATATGACTCACACACACTTGCCTTCTTGGGAAACATTGTACAGTTTATTCATTTAGCTAAATTCATCTCTAGGGGTTCCTAAGTAATAATACAGACTGAATATAGCACAAAATAACTTAAACTCTTCGCTCAGAACCTCAGTGTGTTATACTAAGTCACATGCATCAGTCAAAAGTCTTCACATGCCAAAGAGATAATCCTTATCAATGTCTGGATTTTGTTTAAGACATTCACATTTAGTTTGACCCCTCTGTGTTTACATAATGCGCTAGTTTTTGATCACCTGCGACATACAgtagtctttaaaaaaataaaattcaataataataataataatttaaaaacaaatccacaaaatAGTATTATACAAAACGCACTTCACAGTAACTTAGActacaattaatgtttttccattacAGATTCAAATACAGAAAGGATGCACGTATATCTGCTTCTTAGTATTCCTGCACTTTACTGGGGAATCTGTTGTTGTCAATGATGTGCTGCCAGGGAATTAgcagtttgatttgattttaagaACCAGATGTTTCTTataaagatttttaaatgcattaagcaaaagaaaaacaatattactttgttttacCTGGTGCCTTAAAATTAATTCTATTTACTATAATCATTGTGAAGATTACATCTGAAATAGACCTTTATTCCATGCTAGAAGCCATCTTAAAACGTTTTATTCTGATATCAAATTCACTTAATAGAAGCTTCCCTGCCATAAGTAAGACCTGCTAATTGTTTGAATGGTACTTCTATCATTTAACTGTCAAACAGGTTTATATTTGATACGCAAGCCACTGGATATAAACCTCTAaagcttttaaatgagatatagTGGCAAAGTTCACACAGTTCTCCAGATCAGTTCAAAGCTTTCTTTTCCCAGTCTTTAAAATCTTTAGGGGGTATAAAAAAGAGCTTCTGTGAAAAAAAGGGGTTTCCCTTGAGATGGGATGATTCACTATGTATGTAGTCATGTAGGTAAATTAAAACTAAGGGAAATGGCTgttataaatttaaaaaaattggatgttagaaataaacctttttcaacatgtcatgttttgaaaaatggGAGTAAGGGTTATGTAGTTCAGGTCCCTGACTGAGTAAAAACATTGGAAACCTAAATAGACATAGTCAGTAATATCTAAAACGCCACAGCTTTATTTGAAGCACTACAAAAAACAACTGTTAGCTGTAGGTTGAAGACCATTGCTACATATCTTTTTAGGTTCAACAGTTTAAAGGAAAACTGACATTTGCACATGaggtagtttatttttaaagaagcaaaTGCCATCAACCTGCGTTTCAATTTTAGTCTTTTGACGTCGCTTTCGTTTCTCTCTTCAGGCAAAAGCAGCAATCAGCTGTTTTTCTTAAGGGCCTAATTTGCATTgtggaataaaaagaaaacaattcagtatttttgcacttttttatataaaaaacaatgctCCACATGagcactgtaaaaaatatagttcaaactacaaaaaatactcaatttaaaaaaataaaagaattcATAGCTTTGGAAACATACAAATAAGAATCAACCTTTTTTCGgatttggagaaaaaacaaatcaccccCTGTTCAGCTGATTCATAGAAGGATCACAGAGACAGTGAAAGTTCAGTGCTAAAAATGTGTCCTACTTGTATGGAAGCAAAGATAAGATTATACAATTTTTGTAAATTACAATGACAACAATGAAACAGACCAGACCACCAGCCTTTAGCAGTCAGCAGAGCAGTTATATCCAATCCCAGTTCACCAGAGCTGCATTTGTCATTTTTCGGTTTTAAGCTCAGAGTAATTGGAAAGAATAAGCACAGCTGTAGACCTTACCAAGCTAATAACTAACAGTGCCCCCAAGACTTTATTAAGgaaacccccaacacacaaagCTTGACATGTGGTGGCGGCTCTATCACTGCACAGTACAGTTGCCTTTCATCTTTGTTACTTGTGTAATAGGAGCACCTTGGTTGACTGAATgggatgtttttatatatattgtatttgggGAAAACTCTCACGTCAAAGCCAGCAAACAGCCTCTAACGCATAGTGCCTGCCAGTCGTTTGATATGTGGCTCTGTGGGGTTATGCACGGGTCGGGGTGGGGCGGGGGATGGGGGGCAACACACAGTAATTACAACTGAATTCACAGAAACAACTGGATACAGATCTGCAATGTCGACGTACTAACAGCGAAACATGAACAATTAGCAATTATTGTTGagttcatttaataatttaaaagtttgtgtttttggtcTGGCTCATTGCCCATGAAAGAACCTTTACTTGGGCAACTGTAACTAAAGAGTATACAGCTATTTCAGGCATAGTCAGtcaatgcaaatgtaaatagATTTACCCTGGCAGTTCTCTGTACCGTCTCGGGACCTAAGAGTTAATACATGCAGACTGTGGCACAGCAACATTTTGGAGTCTTACATTTCTATCAAATAATATTTCACAAGGGTTATTAACACAGTCAACCAGACGGCATTTGGTACTAGTCATtataatatcaaattaaaaacaacaacaggtattttatttatatcaagGCAGTGGGGGAAAGTCAAATGTAAATCTGAACCCTTTTTAACTTGTACTGTAATTGTGATTCAATTTAATCCTTGCATGTTAATTTATCCTTGTAGATTTCATCACACTGCTGGTTTTCCAATCAATGCCTTTAGAAACGAGTTCAACAGCTTTAGAATCATTGAGAAACTAAACTAGAGAAATTCCATGTTAggcaaaatagaaataaaattataactCCACATTCAAAAAATTTacattgtaacaattataaaaagaaaactttaatACTTCGGATTGAATCATGTGCCCAAGTATTCTGAGCATTACCTAAATAGATATAATAGATAGTATAATGCTATTTGCAATGTTAGGCgtttcagtcattttattttaattggcaaCTTTCCTTAGTGTGCCGGTTTCCACCTTGACAGCTCCAGCTCTATTTTACACCCAACCCCCCCCTAGTCACATGTAAATGCAAATTTGTGAAAAAATGACAACTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU140971 lncRNA upstream 1000 21022933 ~ 21023279 (+) True G112564
TU140937 lncRNA upstream 90061 20930234 ~ 20934218 (+) True G112541
TU140931 lncRNA upstream 100774 20919527 ~ 20923505 (+) True G112535
TU140886 lncRNA upstream 251213 20767536 ~ 20773066 (+) True G112510
TU140836 lncRNA upstream 298837 20647378 ~ 20725442 (+) False G112470
TU140980 lncRNA downstream 24366 21056350 ~ 21056973 (+) True G112573
TU141058 lncRNA downstream 233594 21265578 ~ 21304878 (+) True AMCG00006820
TU141126 lncRNA downstream 585648 21617632 ~ 21620411 (+) True AMCG00006829
TU141218 lncRNA downstream 1019694 22051678 ~ 22058486 (+) True G112754
TU141219 lncRNA downstream 1027388 22059372 ~ 22059605 (+) True G112755
AMCG00006811 mRNA upstream 79302 20937547 ~ 20944977 (+) True AMCG00006811
AMCG00006809 mRNA upstream 105869 20908714 ~ 20918410 (+) True AMCG00006809
AMCG00006802 mRNA upstream 257218 20760427 ~ 20767061 (+) True AMCG00006802
AMCG00006803 mRNA upstream 272837 20721803 ~ 20751442 (+) True AMCG00006803
AMCG00006804 mRNA upstream 331666 20675866 ~ 20692613 (+) True AMCG00006804
AMCG00006815 mRNA downstream 56377 21088361 ~ 21102151 (+) True AMCG00006815
AMCG00006818 mRNA downstream 144564 21176548 ~ 21200739 (+) True AMCG00006818
AMCG00006820 mRNA downstream 233269 21265253 ~ 21265807 (+) False AMCG00006820
AMCG00006822 mRNA downstream 311658 21343642 ~ 21354607 (+) True AMCG00006822
AMCG00006825 mRNA downstream 334410 21366394 ~ 21385133 (+) True AMCG00006825
TU140941 other upstream 86109 20937497 ~ 20938170 (+) False AMCG00006811
TU139270 other upstream 7980831 13011184 ~ 13043448 (+) True G111197
TU138516 other upstream 11456928 9566213 ~ 9567351 (+) False AMCG00006565
TU138383 other upstream 12300213 8722450 ~ 8724066 (+) True AMCG00006552
TU138304 other upstream 12847493 8175760 ~ 8176786 (+) True G110445
TU140974 other downstream 16352 21048336 ~ 21049038 (+) True G112567
TU141018 other downstream 110881 21142865 ~ 21203201 (+) True G112600
TU141703 other downstream 3000129 24032113 ~ 24036112 (+) False AMCG00006878
TU141783 other downstream 3272795 24304779 ~ 24335916 (+) False AMCG00006884
TU141848 other downstream 3477019 24509003 ~ 24587119 (+) False AMCG00006893

Expression Profile