RNA id: TU140975


Basic Information

Item Value
RNA id TU140975
length 7167
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G112568
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 21024706 ~ 21031872 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTTTAAAACTACATTGGGATTTTACATTCAGGGCATTGATAGAAGAAAGCACTAAGGGCTGACGTTAGGCAAATGCTTGCTGGAATAAACTTCACAACTCACTAATTTACAGATACCGGAATTCACTCATTATGTAATCCATTATCAAAGAACATCTATCTATTGTGTCAATGGGAGCATTCGTACTGGCAAATAgacatttctatatatttgcCTTGTTAAGCAAAAGAGGCAAATTACAATTCCCAAGTAGGAATTCCATAAGATTTCTGTACCAGGAGGAAAATACTGTTTAGATCAAAAGCTTTTTAGAAGAAACCGCCCATTTAATGAAGGGCGTTTTAAAATTGCACTGCCATGCTATTTTCATGTGCAGTACTTAGTATAGTTGGCATTGTTTTACTCATGTTTAAAAGTATAATgtgtggttaaaaaaagaaaacattaaaatatcagtaaaatacatCAGTAAAAAGTTGCACtacaaataatgttttgaatcataaccaaaacaaacatactgtgatttaaatgtttgatcATGTTTTGACTTTGCTGTATTCAGTGACTGAGCTCATTTGTGAAAGGTGCTGGTCACCAGGCTATTGGACAATTTATTAACTAAGATATTAGTCAATAGCGAGAGCAAAGCGTGCCAAGCGTATAGTATGTCATTCATGGACTGTCTATTGGTTGTGTGAAGCAAATGCACATCCAGACATTATAAAGCATTGAAAAATCTAGTTTTTACATGCAGCAGAGGGAGTGTACTTGCAATAAATGGCATAGAcgctgcatttgcattttatattaaagacaAGTAGATAACTGATGAAAATCAACCATTTCATATTTTGGCTGATTATATTTCAAACTATTTCCATAAACCTCATTTACAGCGAGAATCCTAGAAATATGATACATATTATTGAGGTTCTCTGACATCTCAGAGCAGAGAAGATAGTATACTGTGAAAGCAGGTACTCTTCAACCAACATTTCATGTGACAATAGGCAAATCTCTTAAAAGCTGTTTAAACCTTTTTTGAGGTCTTCAACATGGCAGATAAATTCTTATAAATATTCTgctacactgtatatatacaattttatgtTTCAACCTACGTCCTTTAACTAAAGCACGTGTTATTGCAAGTTATGATAGTCTTGTAAGAAAGGTGTGTTTAGTGGTTTAGCGTATGTCTTATGTTCAGGATAGAAACACTCCCGACAGCTGTGGAACTGCAGTAATGTCTAGTAGTCCTCCCTGTGTGGTGTCATGTATTTTACCTCCCTGTTTCCTTGCCTCTGCTCTGCTGAACTGTTTCCTTTATTAAACTACTCTTTCGGGGTTAGGCAGCTTTGAAAACCAATGGAAACTCACTGCTGTGAGGGAACTTGAACTCAAATGGAAAGACAGTATAGCAGAAGAACATAATCCTTCCTCTTTACTGTACAATCCTGAACAACAGGAAACAGTGCCATTTCAAAATTAGAAAGGTCTCGGATGGAACCAGTCCATTCAGCCCATCATGCCTCAGCTGGCTGTCTGTGACATAATGAGGCAACCTCTCCATCAGGATTTTCTGGCATGCTGACAGAAGAGTATTGAGTATGGTGACATGATCCTGTAACTCGGGactacatttccatttaacaCTCTGAATGACGGAGTAAATCTCGTGTAAAACCATGTATAATCCTCATAGtgtgttgatttaatttgtattccgACGGGTACAAGTTCTCATTTTCAGTCAGTttattataattgaataatatGTACTCTTTAATTTCATGACTTTAGCAAGAGGTTACGATAAGCATCATAGAACAAAGGGTAAATGTTTGGAAAAAGATCTGAATATttttaacgtttttttttttctctcaatatATTATTGACTTTTTCCTTAGGttgcagatttgtattattttaaatgttgtaattcACTTCGAAAGCCAATATGATGCATGCGTAGAGAACAGAATATCAGATATCGGCTCTAGTAGAGGGTTTGGACAGTCTGGTAAAGTGTTTTTGTGGTTGGTTGACCTCTATCCAAGAAatgaactgcattttttaaagaaCGTGTCATGAAACCTAAGTAGCAGTTAGGTCGCCTAAACAACGTACTAAACCATTAATCAAACGTATCTCTTCTGACAgaaaactgattaaaacaaagaggaaaatCCTCCTTGAATTCTAAAAACCTACAGACTCTGAGCGCAGTATCAGTACTAACGACATTAAAGACAGCATTAACAGAGTAATGTAGAGCATTGCAAGAAAATGCCATTGCGTGTATTGGCCTCAATTCATGCAACATctattgtattctttttttgCTCCTGGAATACTGCTACTGTTGCGGTGTCTATTTCACTACACCCTTCATCTTGTAGATCTGTCGTACCTCGGGAGGAGAGTTCAATGGGAAAAATCACAGTGGAAACTGGAATAGCAAACATCTAGtgggaaatgaaaatgaagatagggactgttttttttttttttcttcttcttcttctacaaTTTGATCAATGTAATGCTATTACTAGTGGTTCGCTGTCGAGAATAACCTGAATTGTAAGTTGTCATTTTTTCACAAATTTGCATTTACATGTGACTAGGGGGGGGTTGGGTGTAAAATAGAGCTGGAGCTGTCAAGGTGGAAACCGGCACACTAAGGAAAGttgccaattaaaataaaatgactgaaacGCCTAACATTGCAAATAGCATTATACTATCTATTATATCTATTTAGGTAATGCTCAGAATACTTGGGCACATGATTCAATCCGAAGTattaaagttttctttttataattgttacaatgtAAATTTTTTGAATGTGGagttataattttatttctattttgccTAACATGGAATTTCTCTAGTTTAGTTTCTCAATGATTCTAAAGCTGTTGAACTCGTTTCTAAAGGCATTGATTGGAAAACCAGCAGTGTGATGAAATCTACAAGGATAAATTAACATGCAAGGATTAAATTGAATCACAATTACAGTACAAGTTAAAAAGGGTTCAGATTTACATTTGACTTTCCCCCACTGCcttgatataaataaaatacctgttgttgtttttaatttgatattataATGACTAGTACCAAATGCCGTCTGGTTGACTGTGTTAATAACCCTTGTGAAATATTATTTGATAGAAATGTAAGACTCCAAAATGTTGCTGTGCCACAGTCTGCATGTATTAACTCTTAGGTCCCGAGACGGTACAGAGAACTGCCAGGGTAAATctatttacatttgcattgaCTGACTATGCCTGAAATAGCTGTATACTCTTTAGTTACAGTTGCCCAAGTAAAGGTTCTTTCATGGGCAATGAGCCAgaccaaaaacacaaacttttaaattattaaatgaactCAACAATAATTGCTAATTGTTCATGTTTCGCTGTTAGTACGTCGACATTGCAGATCTGTATCCAGTTGTTTCTGTGAATTCAGTTGTAATTACTGTGTGTTGCCCCCCATCCCCCGCCCCACCCCGACCCGTGCATAACCCCACAGAGCCACATATCAAACGACTGGCAGGCACTATGCGTTAGAGGCTGTTTGCTGGCTTTGACGTGAGAGTTTTCcccaaatacaatatatataaaaacatcccATTCAGTCAACCAAGGTGCTCCTATTACACAAGTAACAAAGATGAAAGGCAACTGTACTGTGCAGTGATAGAGCCGCCACCACATGTCAAGctttgtgtgttgggggtttcCTTAATAAAGTCTTGGGGGCACTGTTAGTTATTAGCTTGGTAAGGTCTACAGCTGTGCTTATTCTTTCCAATTACTCTGAGCTTAAAACCGAAAAATGACAAATGCAGCTCTGGTGAACTGGGATTGGATATAACTGCTCTGCTGACTGCTAAAGGCTGGTGGTCTGGTCTGTTTCATTGTTGTCATTGTAATTTACAAAAATTGTATAATCTTATCTTTGCTTCCATACAAGTAGGACACATTTTTAGCACTGAACTTTCACTGTCTCTGTGATCCTTCTATGAATCAGCTGAACAGggggtgatttgttttttctccaaatcCGAAAAAAGGTTGATTCTTATTTGTATGTTTCCAAAGCTATgaattcttttatttttttaaattgagtattttttgtagtttgaactatattttttacagtgctCATGTGGagcattgttttttatataaaaaagtgcaaaaatactgaattgttttctttttattccacAATGCAAATTAGGCCCTTAAGAAAAACAGCTGATTGCTGCTTTTGCCTGAAGAGAGAAACGAAAGCGACGTCAAAAGACTAAAATTGAAACGCAGGTTGATGGCAtttgcttctttaaaaataaactacctCATGTGCAAATGTCAGTTTTCCTTTAAACTGTTGAACCTAAAAAGATATGTAGCAATGGTCTTCAACCTACAGCTAACAGTTGTTTTTTGTAGTGCTTCAAATAAAGCTGTGGCGTTTTAGATATTACTGACTATGTCTATTTAGGTTTCCAATGTTTTTACTCAGTCAGGGACCTGAACTACATAACCCTTACTCccatttttcaaaacatgacatgttgaaaaaggtttatttctaacatccaatttttttaaatttataacAGCCATTTCCCTTAGTTTTAATTTACCTACATGACTACATACATAGTGAATCATCCCATCTCAAGGGAAACCCCTTTTTTTCACAGAAGCTCTTTTTTATACCCCCTAAAGATTTTAAAGACTGGGAAAAGAAAGCTTTGAACTGATCTGGAGAACTGTGTGAACTTTGCCActatatctcatttaaaagcttTAGAGGTTTATATCCAGTGGCTTGCGTATCAAATATAAACCTGTTTGACAGTTAAATGATAGAAGTACCATTCAAACAATTAGCAGGTCTTACTTATGGCAGGGAAGCTTCTATTAAGTGAATTTGATATCAGAATAAAACGT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Function

GO:

id name namespace
GO:0048731 system development biological_process
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0048856 anatomical structure development biological_process
GO:0032501 multicellular organismal process biological_process
GO:0032502 developmental process biological_process

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU140970 lncRNA downstream 6966 21017201 ~ 21017740 (-) True G112563
TU140969 lncRNA downstream 8658 21015373 ~ 21016048 (-) True G112562
TU140964 lncRNA downstream 27177 20997266 ~ 20997529 (-) True G112557
TU140949 lncRNA downstream 60144 20944169 ~ 20964562 (-) True AMCG00006813
TU140871 lncRNA downstream 267920 20714083 ~ 20756786 (-) True G112496
TU141004 lncRNA upstream 63469 21095341 ~ 21096308 (-) True G112589
TU141146 lncRNA upstream 778493 21810365 ~ 21853012 (-) True G112705
TU141258 lncRNA upstream 1022750 22054622 ~ 22058136 (-) True G112783
TU141271 lncRNA upstream 1115918 22147790 ~ 22148893 (-) False AMCG00006841
TU141291 lncRNA upstream 1225677 22257549 ~ 22257974 (-) True G112809
AMCG00006813 mRNA downstream 74960 20948876 ~ 20949746 (-) False AMCG00006813
AMCG00006810 mRNA downstream 90491 20919534 ~ 20934215 (-) True AMCG00006810
AMCG00006808 mRNA downstream 180486 20767762 ~ 20844220 (-) True AMCG00006808
AMCG00006806 mRNA downstream 316748 20689392 ~ 20707958 (-) True AMCG00006806
AMCG00006805 mRNA downstream 357761 20656253 ~ 20666945 (-) True AMCG00006805
AMCG00006814 mRNA upstream 526 21032398 ~ 21048481 (-) True AMCG00006814
AMCG00006812 mRNA upstream 23068 21054940 ~ 21088079 (-) True AMCG00006812
AMCG00006816 mRNA upstream 75338 21107210 ~ 21129674 (-) True AMCG00006816
AMCG00006817 mRNA upstream 132100 21163972 ~ 21172849 (-) True AMCG00006817
AMCG00006819 mRNA upstream 171179 21203051 ~ 21235769 (-) True AMCG00006819
TU140946 other downstream 74870 20854057 ~ 20949836 (-) False AMCG00006813
TU140776 other downstream 788500 20235856 ~ 20236206 (-) True G112420
TU140642 other downstream 1388781 19633237 ~ 19635925 (-) False AMCG00006774
TU140430 other downstream 2683496 18339270 ~ 18341210 (-) False AMCG00006754
TU140351 other downstream 3391261 17632891 ~ 17633445 (-) True G112059
TU141596 other upstream 2372303 23404175 ~ 23407207 (-) True G113050
TU142176 other upstream 5468143 26500015 ~ 26500681 (-) True G113530
TU142323 other upstream 6370728 27402600 ~ 27527348 (-) True G113645
TU142485 other upstream 7235390 28267262 ~ 28292598 (-) False G113775
TU142484 other upstream 7259583 28291455 ~ 28292598 (-) True G113775

Expression Profile