RNA id: TU141218


Basic Information

Item Value
RNA id TU141218
length 6809
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 1
gene id G112754
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 22051678 ~ 22058486 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GAAAAACTGAAGAGAACCACatactttattttacagtttcattTACACAACAGATAACTTGCGtacaacaaatggaaaaatattctGGTGTAAAACATGAAGGTTCAGTCTGAAGACTTCCTTACCAAAGACCAAAGACTAAGATGAGCATTAGAGCAAAAGACGaggtttcactttatttttatttttttaaagtataaaatgtgAAGCACCAGGATTTGCAATGAAAGTTTGCGGAGAACCACCTATGGTAAAACAGGGCAGATTCAGGATTTAAAAACTGCATGTATTCCAATACTCATAGCTATATTCAAACCTGTacattgcttctgtttttttaaatcactaataACCTGCTCACTTATGTGGCAATTTCAGTACCTAAACCCTCATGTTtcctgtatgtatgtttatatattctttgttttctttattaacaaAATTTCCCCCCATTAAAATAGGCAATTCAATGAACCAGTGAATAAAGGGAGACTGCTGTTCTGGAACCAGACCTTCACTCTTAGAAGGCCGACAGATTGCATTGTTCTTTAGCTTCTTGTCTGTACAAATACAGTTCTGAAGGTTTCCAATTCATCATCCTAACAATTTCAGTGCAAAACGAAATAACCTTTCCACAGGTTAATCTATTACTGCTAAGAtcttggtctctctctctctctcgctctcccaaGCCCCTACAAACTGCATTTGGCTAGAGCTTTGCCAGGCCTTTCTGTATGGCTGGCTGAGGTTGTTAAGTAAATGTGTGGTCTATCAAACAGGGAGCACGTCAGATTACTCAGGCTTTCACTCCACTCAATCAATGAGGTTCATACCAAGCACCCAATAATCAGGACTGAGTGGTTTCCTTTGCGTTTCTGACTCTTGGTTACAAATGAAACCAGGCCTTCACAGTGATCACATGGACACTACTCTTTTATGGTTTGTATCCCAACTGCTAACTTATTTAAAACCTTAAATGAACTGGTTATTTGCTAAATAAGACTAATGTTTTCATGTAATgtttagtgaaaaaaaaaacatcagttgtCTAATTGTTTACCTGTGCAGTTGAGACAATGGCTCATATACTGGCTTGGGGAAccacaaaaactgaaatcaagTTTCACCCTATTAGTGTTAGTAAGTGGAATCTCCAGATGTTTTAGTTCAATATGCCTACTTCTAACACAAGCTGTACTGTAATGACAAGGCTGTAATACGTTGGCTTGCCAACAGTGCTGTTTACCCCTGGCATCCTTCAGAGAACTAATTTCATTACTGTACCCCtcaatcaataattaaataactattagGATGTATAGTGAGTGCCaagctttaaaaaacagatttgttcacaaagtttttcagtttctatttgtaatgttttcttcaaCAGATCCTGGACACACATCACTCACTCACTTCCCCACTGTGTGATCTTTGATCCAGTAATACAACAACATGattgaaatgtgattttcagCCGTAGTtctaagaaaatacaattagatAAAGGTTGAGAGAGAATAAGAAAATCTGAACTGCAATATGCACTCAATTTGTGCTGACAATGCTGCTTGCAATGTACACTGGCCTCGGCCACATGAGCTGTTACTTAGTTTGCTTTATTATGTAATGCATTGAATACCTTATTACTCAATAGGGATGCCATTTCCAGTCCATGTTTTTAGATGGCAAATACTGCTAGTGCACAGACAGTGGCTTCCGAAATCATCTTAATCTTGACATAAATGACATGAATGTATCTCAGAACTCAACggttggaatgaaaaacagGAGAACCTGTAAGTGGGCAGAATCGGGGATAGAGAGTCCTGTACAAAAGTGTCATAGGTTTCAGTGGCTGAGAGTTAACACCTGAATACATGGGCCAATTTAGCCAAATTCAGCTTTTTGCATGTCTTGCttattgaatacaaattgaaCTAATGTATAGGTACTGTATGttgaattacttttatttaaaatcacaaaaaaggtttacaaaatgtaataattagcTTAACTAGACTGGCTTCCAACCCTAGTATTCTACATCCTCCAGATCACGTTTACACTATAacctgttctttttttgttgtttaaactAATGTCTTTGcgaaacaatgtaattaaagaGTGGGAACTGGgatgaaacaaacaacataaaacaacacagtATTAAATGATATCACAATCTCCTcatgcttttgcttttcatgAAGAAAACTTTTTGGTGGATTCTTAATCATAAGTACCTTAAAAGTTGTAATCAGAGTTTTGAATATGGGCAGTATAAATACACCAAAAATATTTTAGTGATTCTTATTATACTTCATGGtctcagtattattatttaattttattttcttgttattgaGAACGCCTTCACCAGTTTTAAACATATGACTTCCaaagtttacaaaaatacattttgatgaacATTTCCCAAAAGGGGCTTCTATTGGGTTAGTAACTCACACAAACTATAAAATGAATCTCGTAACTATCAGTAGTTCAGCCCAGAGAATTTCTGGGGAACAAAATGTTATGAGGGAAATAACAGTAACAACTGAAGTTCAATTAATGCTCCTCACTgtgacattaatttaaaatttagtTTTGGCAATGTTAGacagtgtaaatgtatttaattcaagaCAGATAACTAAGAATTACACCTTAAGATAATACAACTCTTCCAGGTTTTCAGCAGCAGATAAATACCAAGTGCAATATGTAGGCCACggaaaagacaaattaatagataataacaataatagtaatatggTGAATTCAAGGATCTACATTTTTTTGTGATGAAGGCTTCTGTTATAGAGGAAGTAAGATACTAAACTGACCAattaagctttatttttatttttttaataatttattttattcaatcaTTTACTGATGTTTTTGGACAGCGGGATTCAAATCAATTGCTACATGACTCACCTCCGAGCttggttttcattattgtttttaatgtttttagtatttattaatgacatgcacaacaacacacattgTAAATAATCAAAACCTAATAGTCATAAAACATGCAGTTTGTTAAACCACCCATGAGTTGGACCTGCCAACCTTTTTTTTGTcctccacaaaaacaaacatacaaacaagtcaattttacaaacatacaagaaaaaaaaacaatataaagaaacaaaggaTCTGTTAGGTGGTAGAATGACTGCCGTGTGCTGAACAGTTGTGAATAACAGTACTGACACATTAGATTTACCAACTACTATTAGAACAAATTAGTATCTAAACATTTTCAGTCAACCTTCAGGTGTGTTTCATTAATTGTAGGGGAAAACGAATGGCAAACCATCTGAAAAGACTTGCACAGGTGTGGTAAAATTATAAGGCACATACTGGGCTAAGGATTTGTACCAAATGCATGGTAGATAGCTAATTGTGTCTTTAAAGCTTAAgcgttttttttctccttcagacCTTTTGTCACGCTTGTGTTCAATGATGCTACCATTATGCCACCCAGTTCTGCTGAAAAATCCAATTCCCTTCACAGCTTTAGAAATGACCAAAAACCTCTGCGATGCCACACCACATTGAAAACTAACATTATGAATCAGTTACTGATGTCGTCATCAACAAATGGGATTTtaagtcatgtttttgtttctttttagtttttattttaaatactatcAACTGTTCAACATCTACAAAACTTTATTAGATTCAAAACATTCCCACAGAGATGAGGAAAAGTCAGTGAAATGAGCCAACTCAGGTGACAGATCGTTTACTTTGGTCAGACCTTTAAGGGAGAACTTTGCCCTGTGTCTCCAGAACAATCACACATTTGAGATCCCCTGCGTCCAActgatttgatttcagtttAACAATAATTGTAGTTCACACACTGGAGCGATGGATAAAGGAACATGAAACAAGCTCCCAGAATTAGCTGATCTTTCAGGGCCATTTAAAATGGTTCAGATTATCACTGAGCAGTTCATGAAAACATAAGAGaaccaacacaaacaaaatacatttattttggtgcAGCAGTTTTAGTAAactcaatttgtttgttttaaaaagctatCCTGACAGAAAACCTAGTATTGCTGCCTAGTTTAGACATCAATTTGAAAAGCCCAAAGCATTCACAACCTTGTCTGCTGTCTTCACTGTACAGTCCTATCTGATGCAGCATTGAACTAACACATGGGTTATATGACTGTTCTTTGCAAATATTACCTGAAGATGCTGACTCACAGTTAAGAGGCTTCAAAATAAGGCGAGCTTTGGAAGGCAAGCCTAGAAGCTATCAAAACCCATCTTCTTACTGTAGCACTGTAGACAACCATTTGAGAGGAAAATGGGCACTTGAAGGAGAGAAATAGAGACACACAAGGAACTGGGAGAAGAAACATCAAACTGAGTTTAGTGAATTCTGAAATCTAGTCCTCGAGGAccaacaggttttataggtctctACAGGTGaataaattacttcaattaactaattaagggCTCAGGTTGAATATGATTATGAAGCAGAAGTGTTTTGGCCCTTAAAGTCCAGATTTCAAGGTCACTGTACTAGTCCTTCTATAATACTGATAGCTGTCCATTTTTCTGTCTGGTCATTTTCAATTGATCTATTCATACTACGGGTTCCCCAACTAAAATGCTTTACTCCAAATCCTACTGTCGATAATCTACACCTGCTTTTTCTCTTACTTAATGGCAAACTCTGcaacatgatttaaaaacaatggtAAAACTCCTGCTCAAGGTagactaaaataaaatttgttttccgctgaaatacaaaacaccttttaaaaaacaactcatCGGCTGTGTTTTCTGGTTAAAGATCTGCAAGAAGTCAGCTTTAATTCTGATGCAGTCCGGAAGTCAGTGCTCTCCTGTTTCCAACCATTTCTCTGAGATGGACAAGAAGAACAAACTCCAATACCTTTGGGTGTTTC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU141126 lncRNA upstream 431267 21617632 ~ 21620411 (+) True AMCG00006829
TU141058 lncRNA upstream 746800 21265578 ~ 21304878 (+) True AMCG00006820
TU140980 lncRNA upstream 994705 21056350 ~ 21056973 (+) True G112573
TU140973 lncRNA upstream 1019694 21024279 ~ 21031984 (+) True G112566
TU140971 lncRNA upstream 1028399 21022933 ~ 21023279 (+) True G112564
TU141219 lncRNA downstream 886 22059372 ~ 22059605 (+) True G112755
TU141220 lncRNA downstream 5218 22063704 ~ 22064035 (+) True G112756
TU141221 lncRNA downstream 7109 22065595 ~ 22065804 (+) True G112757
TU141222 lncRNA downstream 9735 22068221 ~ 22068423 (+) True G112758
TU141232 lncRNA downstream 78999 22137485 ~ 22211792 (+) True G112762
AMCG00006835 mRNA upstream 37847 22004352 ~ 22013831 (+) True AMCG00006835
AMCG00006834 mRNA upstream 51952 21996225 ~ 21999726 (+) True AMCG00006834
AMCG00006836 mRNA upstream 57350 21937375 ~ 21994328 (+) True AMCG00006836
AMCG00006831 mRNA upstream 183442 21855901 ~ 21868236 (+) True AMCG00006831
AMCG00006830 mRNA upstream 198661 21835875 ~ 21853017 (+) True AMCG00006830
AMCG00006843 mRNA downstream 297094 22355580 ~ 22399845 (+) True AMCG00006843
AMCG00006842 mRNA downstream 341608 22400094 ~ 22447422 (+) True AMCG00006842
AMCG00006844 mRNA downstream 594378 22652864 ~ 22672256 (+) True AMCG00006844
AMCG00006849 mRNA downstream 630698 22689184 ~ 22714844 (+) True AMCG00006849
AMCG00006850 mRNA downstream 696202 22754688 ~ 22772629 (+) True AMCG00006850
TU141018 other upstream 848477 21142865 ~ 21203201 (+) True G112600
TU140974 other upstream 1002640 21048336 ~ 21049038 (+) True G112567
TU140941 other upstream 1113508 20937497 ~ 20938170 (+) False AMCG00006811
TU139270 other upstream 9008230 13011184 ~ 13043448 (+) True G111197
TU138516 other upstream 12484327 9566213 ~ 9567351 (+) False AMCG00006565
TU141703 other downstream 1973627 24032113 ~ 24036112 (+) False AMCG00006878
TU141783 other downstream 2246293 24304779 ~ 24335916 (+) False AMCG00006884
TU141848 other downstream 2450517 24509003 ~ 24587119 (+) False AMCG00006893
TU141973 other downstream 3559581 25618067 ~ 25618445 (+) True G113369
TU142014 other downstream 3756569 25815055 ~ 25832942 (+) True G113400

Expression Profile