RNA id: TU141401


Basic Information

Item Value
RNA id TU141401
length 6369
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G112903
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 22766273 ~ 22772685 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GTTTTGGAACACATAGCAATAGAAATAtgacacagaaactgcagatgtAATGCTATATCTTTAtgagtttataaatatatttgtatatctgCTTTTGTTATACACATTTCATACAGATTTCTAATTGCAGAAACCAATCACAATTTCTGGATTTCACAGAGCaaatgtttaacaaatacaCTTGGGGCCTTTCAAACATTGTATATGAAAAGGCAAGACGACAGACAATTAATAGAAAGATGTCTACTTTTCTAACTTAGGAGGCACTCATGCAACTCATCTGAATAGAATTAACATGTCTTCAGTGTAATTATAATTGGTGAAGACAATTGACAAAattgttactttattttttataaaacaatccTTCACATCTTACATATCACGAGGCAAGCAAATGTGTACAGCAACTATGTTTTAATCATGAGTGACTCATATTCCTGCAGTTTAAAGAAAAGAGTAAATTGTCACATGGTACAGCATATTGATATAATcattaaaacagatttacatttatttataatttcagttATACTTTTTATATGTGACGGCTATGAGCACTTTAGCAAATGCCTGTTATGCGGTTTTGCGCTACACTGTATCAAACTCCTTCATCACCTAATCTTCCTGAATTTTAACccatatgtattttaacataaCAGTGCAAAAGAGATGCTGACATCTTGGATCCACAATGCAGCTCTTCAATATAATTCGCAGTAGTTCAGGTTCCTGTGCTTTTACGAAACTCCAGCAGTGTGCATATTAATCGTAACAACATCATTACTTTTACACTTTCAATTCTTTGTGGTAATTTAAATCAAGCCACTGCAGTAGAGAGttgtggaaaatgtataaagtagtataaagtataaagttTTTAGATAACATGAATAAAGCactcatatttttcattttaaatagtaaCAGAAGAGGACCACATAGCCACAAATGGTCAAATGAATTAGACTAAAGCCCAACTAAAACTTAAAAAGGACTCCTAGGAAATGTTGCGCTTTATCggtttttcttatttgttagACAGTGTTCATGTGATGTAAGGTCTGCAGAATATACTTTTGGGAAATCACTGGCAGAGGTAAATTATGTGCTCCAGAAACTCAGTGAAATGCTTCAGGCCTGTTGCTATAGCAAAGCTACATACAGGTTCTCACACAAAATAATTCGAGTTACTGAAGCAGtgccagattttttttcttcttttttctcaaGAACTGACCATCATTAAATTGCTTTAAACACAGTAATTGTCAGTTTTCCGGTGTACATGTAGCTATTTCCGAACTTAATTTTAAGTTTCAGCTTTGTGTCAGATATCCTAGAAAAATTTGCTTGTGTATATCCCGCTCcatattgatacatttaatctaaaaatactgttcatggtttaattaaatccaATACAAAATCTCTAACCGAGACAAAGCTGTCTTTAATGTAATCTATTCCAGGTTCCAGGTTTTGGTAacagtttgattttaatatgaaatgctgtaaagtaatgCGTTAGAACTATTACTATCTGTATGCAATCCACGCATGTAGTGTTTCTATCCTTACCAGCATCCTGATATACAAAACAATCCATTGTAGCATTGTAGCCGAGGCAAGCTTTTGAGTTTTCGTAGCTTTTTTTTTCGGAAATGTGTGCACTTTCCGTGAGTAAGTCCTGAATGCAGCCGAATGAAAGCTGTGACAAggagactgacacacacacacacccagctgAACAGAAAGGCACTGTGCAAGCCAGACCAACATCCTGCCAGTGAAAGGCGAGCTGGCCTAGGTGTGGAAGAGAAGGTCTTGGGAAACTGAAGACACTggatttgaataaaagatcGACCCATTCAGTCCATGCGGGTTTTCCTTTTAAGGTCTCAATTCACAGAGATTAAACTTGAATCAAGGAAGTACAGGGACTGGATTCTTCAGGAAAGTGTGAGGCCCCAACCTCGGTGCCAACAACATCAATCTTGCTCCCATCAACACTGGCCAAACCTGGAAACTAATAATTTCCAATCAAAAGAGCAACAGGCAAATACAGCGGACATTCTAAGCCAGGAAGAATTCTGTCCTGGCCTTTTAGCCTTTCAGCTTTCAAACCCAATAAATCTCCAGACAAAGCCAGCTCTTGGTGCACCAAGATTCACTGAGCTTTAAGAACCCAACGCTTGTGAAGTTAATATTCCTCTGGGAGGATTTAACCAGTAATCTGAGTCTTTTTTGtccattttaatatgaatgtttatGATTGCCCTTTTTATATATGTGCAATTGTAATACTCCCTTGTTTcaacacataaaataacagCCAGTTTTGCACAACACAggttagtaaaaataaaataaaaaagacaatgagaaaaataatcaaCTTCTTGAAACACGGAGAGATGGCAACATCAGTTACAGTAACACACTCAGGTAGTCTAGACTGGAATATGATCATAATTAACTTGCATTGATTCCTTCGACCCAATTTTATAGTGAGAatattttctgtctctttcattTAGTGTATAGCCATATACAGCCATATATAGCTAGGTTTTTCCTATTCTGCCCACAAAAACCACAAGAGTATAAACTATAAATCGGTgtaaggaaacaaaacatggaaCCTACGTGAAGATGCATTCAGTCCTTCATCAAAGGCAAACAGAAACAAGAATAAGtgcatgaaatgtatattatagttCACCATTAatttgtagaaaaacaaaaactgtaaaaaacaaaaccataaaaaagtTCAAAGTACCACAATCAAGCCTCCTTTTGACAACAAATCCATAGAGAGGTTGTAATTAATGTGCTTTTGCATATCCTCAAGTTATCTTTAGGTATATAAAAAAGCAagatgagattaaaaaaaaaaaaaaacatgcctacGTCAGTATATCTGTAAAAACCGATAGACAACAATCTGTCAACTTATCACTAAAAATTAGTGACTGGAAAGGTTATGACTTAAAGAAAGGACCGTAATCACAATTGATCTGCTTAAATCTAAAAGCTAAAAACAACAGTATCATACAACAACAGACATTTGTGTGAGagttaatcaaaaataatacatgatcATGTTCTTTCAAGGCAAGTATCATCCAATAAATATGGAATATTAGGCGAATTGACAGCttcttttactttatttagAATGTCTTACTTGATGCTTTTCCCCATTTAGGCTTACAGGTGCACAAAAAGTGGACTTTGTTATTCTGGGACGGTTCTCCTTGGATTGTTGTTTCCAGTATAACCTAATTGTTCCCTTGGAAACAGGACCTCTGCAATGATCCCAGAGACGTATGATAAGGAAGTAAGTTCTACAATTCTTTCAGAATATTATAGCTGATCTAGGATGTTCTAAAGACTGTGCCATACAGCTTCATTCTGCATAACAAAACACTAGTGTATAAGACACATAGGAGTATGTACCAAGTAAGAAACAAGGTGGCAAAAGTAATCcctaaaaacaaattcaagtcACATATTATACTCACTAGGATGTAATGTGTCATCTTTATGCTCCTTTaaagataatataaaataatttggttacataaatcatgttttgaaAATCCCCTACATCTTCTTgccccttttgaaaataatatgggtcatattcataaaacacgACTAGTTTATCAAAAATGAACTTGATTATGGCATGTAGTGTACATGTTTCAGTCCATGCAAGAGTCCCTGGTTACACATatagtttcctatttttaacagtaaatataGTTAGCCCTGCTGATATGACCCAAGTAACAGGACACCTGCAAAGATGCAGTTGTGTGAAATGTCAAAGATTGTTAATGCATATAAAACTATTATGAGGCATGCAAGCTTTCCCATACAAAGGAATAGCTGAACGGCACTTGTGAGCAGGGATCTCTATGTTGTAAACTCTGGTGTACTATAACTTGGTGtgtaacaaatgtaaaacaattattttcttattaaaatagtATCCTATAGTTTTGCAATTATGCCACATAACACTTTCAAGTCTTATGGCTCTTTCCTCCCCAAAAACAgagcttttcttttctaaattagatctttttcatgtgtttacaaaatatcctgttttgttttggaaatgcctCCCTTAGAAAATGGTGCAAATAGAGAACCTGGCCTTATATGAATGACTCCAGCAGTCACTCTGGAAAATGCTGCTACTGTTTAATAACCCATGTACTCTCCTCTTCTCTACAGCATGTTGCACGAGAGGAGACTGAGCTGGAAGTTGGCCAATCAAAATGCTGAAGTGCACAAGGAAGATGGGATGGGTGAAACACAAGGAAAGCAATCAATGGTTTGGAGGTGTAGCTGGAAGACTTTTTTAAAGGTTCCAGCAATAAGATACTGCAATCCCGGCACCAGTTTTACATTAGTTGGAGGCAGTGCCACATGACTTGCACAAAGCTTATGGATCTAAAAGAAGCAGCCTGGCATACATTCATGGGCAACTAGATTCATATGTAGATTTGTTGAATGGATGCGCATATCAAGCAAAGCAAAATTGGCCTCCTTCCTCTTTAATGATATAAGGTGCATGTTAAAGGGTTTCATATGTATCATtagggagagaaagataactGTAGCCCCATTTCTTGGACAGAGAATAAAAGTGTCATCAGCAGCTAGTGAGTTGGGCACCTAGCATGATGTCATACTTAATGTAGTTACCAAGCCAGGTTTAATCACAGTGGTGTTGCCTTAGAGCAGCCGGGTGGCTTTGTTACAGGTGTACATGTCAGAGTCCATGCACTCTGAACTGGAGACTTCTCTCAGCGAATACCAGAGAGATGAGCAGAAGGAGGAGTCATCACTTTGACTTTCCTtgaacaataatgaaaacacacgGTGGTGTTCTTGCTGAGAGATTAATCACGATCAGGGAGTTAATAAGCTATTAAATTGGATGGGCAGAGGTGCAGGACTTTCATCATCTTatcctt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU141373 lncRNA downstream 95390 22669860 ~ 22670883 (-) True G112878
TU141291 lncRNA downstream 508299 22257549 ~ 22257974 (-) True G112809
TU141271 lncRNA downstream 617380 22147790 ~ 22148893 (-) False AMCG00006841
TU141258 lncRNA downstream 708137 22054622 ~ 22058136 (-) True G112783
TU141146 lncRNA downstream 913261 21810365 ~ 21853012 (-) True G112705
TU141480 lncRNA upstream 168774 22941459 ~ 22941670 (-) True G112953
TU141483 lncRNA upstream 180500 22953185 ~ 22955077 (-) False AMCG00006854
TU141507 lncRNA upstream 381183 23153868 ~ 23154903 (-) True G112979
TU141550 lncRNA upstream 548392 23321077 ~ 23321771 (-) True G113013
TU141551 lncRNA upstream 550248 23322933 ~ 23323151 (-) True G113014
AMCG00006847 mRNA downstream 114756 22626401 ~ 22651517 (-) True AMCG00006847
AMCG00006846 mRNA downstream 158890 22592099 ~ 22607383 (-) True AMCG00006846
AMCG00006848 mRNA downstream 176535 22587660 ~ 22589738 (-) True AMCG00006848
AMCG00006845 mRNA downstream 222870 22534401 ~ 22543403 (-) True AMCG00006845
AMCG00006840 mRNA downstream 536014 22207663 ~ 22230259 (-) True AMCG00006840
AMCG00006855 mRNA upstream 108829 22881514 ~ 22928405 (-) True AMCG00006855
AMCG00006854 mRNA upstream 180491 22953176 ~ 22958306 (-) True AMCG00006854
AMCG00006862 mRNA upstream 514571 23287256 ~ 23302174 (-) True AMCG00006862
AMCG00006864 mRNA upstream 602682 23375367 ~ 23376805 (-) True AMCG00006864
AMCG00006866 mRNA upstream 796199 23568884 ~ 23571133 (-) True AMCG00006866
TU140946 other downstream 1816437 20854057 ~ 20949836 (-) False AMCG00006813
TU140776 other downstream 2530067 20235856 ~ 20236206 (-) True G112420
TU140642 other downstream 3130348 19633237 ~ 19635925 (-) False AMCG00006774
TU140430 other downstream 4425063 18339270 ~ 18341210 (-) False AMCG00006754
TU140351 other downstream 5132828 17632891 ~ 17633445 (-) True G112059
TU141596 other upstream 631490 23404175 ~ 23407207 (-) True G113050
TU142176 other upstream 3727330 26500015 ~ 26500681 (-) True G113530
TU142323 other upstream 4629915 27402600 ~ 27527348 (-) True G113645
TU142485 other upstream 5494577 28267262 ~ 28292598 (-) False G113775
TU142484 other upstream 5518770 28291455 ~ 28292598 (-) True G113775

Expression Profile