RNA id: TU142003


Basic Information

Item Value
RNA id TU142003
length 4423
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id G113395
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030134.1
NCBI id CM030134.1
chromosome length 29342575
location 25741068 ~ 25745985 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTAGTTCAGTTGCTCCATCTACTAGCTTCTTAATATAAAGAACATTTTGGTTCAGATGAATTTGTGCACCCTTAAAAGCTGAATTTACTGTGAAAACTTATTTATTCCTCAGACTGATGCAGAGCTTAGTAGCTCCATAGTTGTGCACTGGATTTTAGTAGCCAAATACTGGAATAGAGGCCTTGGAAATGTCTTACTAGGGGAACAGGCCTACATCCTAGTCTTACTGTATTGTTGTGGACTCGACAAAGTGAgtgctgcttttttcttttggaagcACCTTGATTGTTTAAGAATGCTTTCTCAGCTGTGAGAAAATGGCCTTAATTTACACACAGTCAAGCAGTAGGGGTGGGGATAGGTCCTCACCCATCTAAGGCCACTTTTTCCTGCCTCCACTAATATGAAGCGCATGAATCTCCAGCAAATAATGTGAGAGTTTTCTTTGGCTGTTCCCCTTTCAGTTCTGTGCATGTGCTTTAAAAGTGTTAAAGTGTATAGTGTTCTTAAACATCTAAAAAGATCAAGATAACAGCAAGGAAAGGTTAACAACATATTGCTATAACTTACAACTGGTTTATTCATTTAGGTTCTTGTGAACTAAATTGGACATACTATACATTAGGTAAGATATTGTAGTGTAGATTCCTTTTCTTGTCCTAATGTCctaattttgtttcttcttttgttttctttttccacatttgtatatttaaaaacaatgaactAAATATAATTCCCCAcaagaaattaatgaaatgtatacTCAGGGTGTATGtgtaacagtgttttaatacgggtattttttaattactttatttgaaGGACAGTATTGATAGAGGAAATTAAGTGACTTCTCTACTATGATGGACAAACTAACCACAGTTCCTGacattttcctttgaaaatTCATTAAACGTCTCTAATAAACACTAACTTTTGCCACTTGATTTTTAATTCCCTGCTTGTTTCCTCTGGTAATCTAACTGGATGAGAACTTCCATTCTGCAATTTTGGCCTAATAGGTTTCTTGATCCTGCTGAAAACTTGGGTGATCCATTTCACTTATGTAAAACTTGGTTGACGTTGTTTAGTTTTAGGTTTTAGTTTGGTAGTATGACTGCGCTGAACCttcaagtatatattttttgtacaattgttttagtttctttaaaCCTATGTTGATATAacctgctgttttgttgttgtttgttcattttgtaaagctctttgtatttttatttgtggaaaacaaaatcagtgaCCAATCTATAGTTTACAGCAATACAGATCTTTCACTTAGCCTGTTTCCAAGCAATGGTTGCATGCATTTGAATAGCTTTAGGCTCTGTATATTACCTAATGTTCTTCAGCTTTGGGaaatgatttctgttttttccaAAGTCCTAATACTATACTGACATGTTACTCTTGAAACACTTTGAGAGGTTCAGCTAAAGCCCCTTTGGActttttactgatatttcaaTTTTTCCGCATTGCTATTCTCACCTGTGAATGTTGGGCTATAGTGAGGACAAGTAGGAAAACTACCTCAATGTCATTTCCTGACATCGGATCTGCCCTTCATTGCTGTGAGAACGCATAACGAAGGTGCACGCTACTTGTGCTCTTCAGCTGAGATTCCTCTGCATGCTTATCTGATGAAATAACAGCCACTGTTTTAAGTTCGATGGTGATGGAAGACCCAGAGGAAAGCTGTCTGTCATTCTTAATCAGGTTAAATGAGCTTCCTTGGTGTTTGGATACTGCTGTGTATGTATGcaatatacagacacacaacagaATTGTTAACCCACATCTCTCCTCTCAATAGGTTTTAATATGTCAGATCCTTTGTTTTACCACAGAAATATGAGCAATGATAAAAGATGGATTGCACAGACCCAGACCTCAATGACTGCGATTGTCAGTTAAGTGAGCTGCAAACTGAGGAAATGGCTTGTGATATTCTTCCAATAACCATGTTGTGACACATAAATTCTCTGCCATTCCCTTTCAGTCTTTACTTACTCGGCAGCAAAAAGTAATTCCCAGTGTTGGTCTCACAATAAGAGCCGATTGCATTTTGTGGATAGAGTTGTCGAATACAAATGGAAGTAGTAGTGGTATACATTTGAAAGAGACAttcaatagaaatgtatatttttgctGTATGGAGTCAGAAGTCACCTGTTGTTGCTATGCCAGAACTAACCTTGAGTTGAGAGTATTCATCCTGGACAGTTTTCGATGTGAGAATTAGTCCGGTCTCTTAATTGATTCTTTGACCAGTGGCCATGTGACACCTAGAGAAAAATCACTGTACCTGTACTAGGATGTCCTGACCTACACATAGtgggattttttgttgttgttgtgcaatAGTGTTACCCCAGAATGTACAGCTTTTTGTATAGCTCAGCCTCACAGGTGTGATGGTGCAGACTATTATACAACTTCAGTTACTGTCTGAATACATATCAGTGGTAGACGTAGTGAAGGGAGGGGGAATGCATGTAAACACAGATTGACTGGTTTTGTAAATGGTAATGACATGCTGTGTGAGAATTCATTGCAGTTTTTCTATGAGACAAACTGCCAAAGACATTCTCATAGATGTCACTAGATTTAGacttactttatttaatttaatgtgtattttttctacCATATAACATTTAAGATCAAATTCCATGTGTGTAAGACCCTACCTGtgccattacattttcatgttaatatGGGGGAAGGTAGATAGCTGGTGGAGTGATTAAAATTCTGCTTTCTTAAGCTAtcttcatattaaattaaatgttcaattaCTCTCCAAATCTTTTCACACATACACTGATCCATAAAGGGATAAAAAGTGGAACATTGACGTTCTCTGAGCACCTTCAGAATCTTGCAAACTGCTATTTTGTAGACTGTTGCTTTTGGCTCATTGTAGAAGTTTTGAGCTGAAAACATCCATCTCATTACTGATGCCATGTTAAGGAGGTCTTCAAAAATTCCTAAATATCTTGCGGAAAGTTCTACACAAACCAAACTACTGAACCTACTTGAATgctatagtatactgtaataTTCTTGCTGGCCTGACCATTAACCGCATGTTGAATCGAGCTTAAGAACAAAGAGTGAAGTCTGCCTGTACCTACCTGTACAGTGCCAAGGTCTGGATGCTCCATCACAGACatctaaaattaaaagaaaatgtagcacCTCCTGAACAAATTGCCGGCATCAAGTGTATAGATGTAATATTGGACAAACCGATCCTGTTCTAATAATTAGCAGGGAATGGATGCAATGGTTGGCTCATTTAATATAGAGCTAAAAAAGTGTGCTTCAAAAGAAACCCTAAAAACGTACAAACATCAAAGCAGAAACGCAAGTTCTTAATTAATCTCTTGGGTTTAATAGTGTAGATCCGATAGAGACATTTTCTAGTATCAAGGAGGAGTTGTGAATATAAAACCTTATACAATTATTTGcctaaaagattatttttattaaataacttaaactGATCGATATTTCAATAGCCACACTAAAGGGACTTTTAGAAGTTTGACTTGATTTGAATTTTCTATTAACTACTGTCTGTTCAAATCACAATTTAAGGCGGAAACATTGGTCCCAAAATGCATAACTGCATTCATGATGATTGCATTCTGATGAACATTCCTgtgattaattgaaatgtgtgaCCATTCAAACTTGACTGGAAAATGGATAACAAACTGTTTACTATTAGGAAAACACTGTCAGTACAGTCATTTGTTGCAATTTATACCTCAGTGTGTTATACATTTGTCCGGGAGGGAGGAAtctgttaattgtatttatgcataGTGGGATACATTGCTGTTGatgatctggaaaaaaaaatgcatttagtatACATATTAACATGCAATGAATGTTCTGTTGgaagttgtttttctctttgatGTAATAAATTGTCCACTCCTCCTGATCTGATTGTACAGATATAAAGTTATTAGGGGAAAACGTATCTAACTGTTAAAATGCTGTTAAAATCGTTGCAAGTGTCAAAGAAAAGGGCTACATTGACTTTCGACTCAGAAATTTTGGTTTTAATGTGATACTGCCATCTGGGGGTTGTGGAGTGAAACATCAAACGAGCCTGTGGAATCAGCTCGTTTAGTATACTAGTTCCACAAACTGTCGCTTTGTTTGTCTTCTGGTTTGTCTGCactagtaaaatacattaactagACTGGAATTAATGtgaatcatatttatttgtactttaaattctgtatattttgacttttgttttaaatgtaaatgtgacatttttcttttttaataacatttgacACTTACCTCAATAGAATGTtggaagtttgttttttcagtttatattttgaagTTTACATAAGTTGTTACCTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU141998 lncRNA downstream 2201 25738554 ~ 25738867 (-) True G113393
TU141995 lncRNA downstream 21493 25719362 ~ 25719575 (-) True G113391
TU141994 lncRNA downstream 22276 25718417 ~ 25718792 (-) True G113390
TU141993 lncRNA downstream 24081 25716525 ~ 25716987 (-) True G113389
TU141979 lncRNA downstream 342370 25395536 ~ 25398698 (-) True G113375
TU142052 lncRNA upstream 120895 25866385 ~ 25867279 (-) True G113431
TU142099 lncRNA upstream 250151 25995641 ~ 25995929 (-) True G113468
TU142110 lncRNA upstream 255956 26001446 ~ 26038323 (-) True G113479
TU142114 lncRNA upstream 255956 26001446 ~ 26010499 (-) False G113479
TU142233 lncRNA upstream 1313879 27059369 ~ 27059594 (-) True G113573
AMCG00006913 mRNA downstream 5187 25725239 ~ 25735881 (-) True AMCG00006913
AMCG00006909 mRNA downstream 69325 25545313 ~ 25671743 (-) True AMCG00006909
AMCG00006908 mRNA downstream 222745 25516575 ~ 25518323 (-) True AMCG00006908
AMCG00006907 mRNA downstream 292656 25400710 ~ 25448412 (-) True AMCG00006907
AMCG00006906 mRNA downstream 427627 25309625 ~ 25313441 (-) True AMCG00006906
AMCG00006914 mRNA upstream 1646 25747136 ~ 25778618 (-) True AMCG00006914
AMCG00006915 mRNA upstream 93265 25838755 ~ 25847485 (-) True AMCG00006915
AMCG00006920 mRNA upstream 142767 25888257 ~ 25893080 (-) True AMCG00006920
AMCG00006919 mRNA upstream 154061 25899551 ~ 25911582 (-) True AMCG00006919
AMCG00006918 mRNA upstream 192217 25937707 ~ 25949127 (-) True AMCG00006918
TU141596 other downstream 2333861 23404175 ~ 23407207 (-) True G113050
TU140946 other downstream 4791232 20854057 ~ 20949836 (-) False AMCG00006813
TU140776 other downstream 5504862 20235856 ~ 20236206 (-) True G112420
TU140642 other downstream 6105143 19633237 ~ 19635925 (-) False AMCG00006774
TU140430 other downstream 7399858 18339270 ~ 18341210 (-) False AMCG00006754
TU142176 other upstream 754525 26500015 ~ 26500681 (-) True G113530
TU142323 other upstream 1657110 27402600 ~ 27527348 (-) True G113645
TU142485 other upstream 2521772 28267262 ~ 28292598 (-) False G113775
TU142484 other upstream 2545965 28291455 ~ 28292598 (-) True G113775
TU142549 other upstream 2965729 28711219 ~ 28812548 (-) True G113833

Expression Profile