RNA id: TU32026


Basic Information

Item Value
RNA id TU32026
length 7938
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 7
gene id AMCG00007687
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 26053764 ~ 26070848 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTGAGGGCTGAGACGGCGCAGGCAGGAGCAGGATAGGAGGAATGAGAGTCAGACTCTTACACCCACGACctcagcaataataatcataataattctaCAGAAATACACCAGTTCCCCAGCTCATAGCAAACAACATCCTCCAATTGAAGCTGGTTTTCTCTTAGTTCATCTGCAAAAAATAGCATGCAGTAAAAGCGACATTGCACAGTATATTGTTTGGATACAGAAAGAGAAGAGAAGGAAGAAGTGccctgaaaaacaaacccttaaAGTTCAGGTCCATCCATGGCAGAAAAAATCAACAACTTCCCCCCTCTGCCGGGGTTTATTCCCTTGAAGCCATGTTTCTACCAGGATTTCAATGAGATCCCTGAGCAGCACCGCACCTTGGCCAAGCGTCTGTATTACCTCTGGATGTGACAGACAGTTCCTTTAACTTCATGGCTTTTTTCTTCACCTTCATGGCTCAGGTTGTGATTAGCATTATCCAAGCTGTAGGAATTCCAGGTTGGGGAGTATGTGGCTGGATTGCTACAATATCTTTCTTTGGCACTAATATTGGATCTGCAGTGGTCATGCTGATCCCAACAATAATGTTTACAGGCATTGCTGTCATCTCATTCATAGCTCTCACTAagGTGCACAACTTCTATCGTGGCAGTGGAGGCAGCCTGAGCAAGGCCCAGGAGGAGTGGACCACTGGGGCCTGGAAGAACCCCCACGTGCAGCAGGCAGCTCAGAACGCAGCCATGGGCGCTGCTCAGGGTGCCATCCACCAGCAGGAGCCGCAGTATTCTGCCACACCCAACTACTCCTACGATAACCAGATGTAGGCTCCGCTGACTGGGAGCAAACAGCCATGGTGTGGGTGAGCATGCAAATTACGAGTCGGCATCGGTGACCAAACCCTTCCTTGAACCTGGTTAAGACAGGCATGCTTGTACCCCCTTTTTAGGTggtattgttttcctttcctgtttGATATTCCCCTCCAGGCCTCTGTACACTGGCAACAGGGGTTTGTGGTCAGCTGAAGAAGGGTGCTTGTCAAGCAAATTTTTTTAACAACAGGACTGTCCCAGCACTATCTACACAGTGTAAACAGAGAGTAAGACATTTAGTGTCTCTGTCACTGTACCAGCACACATAACACCGCACACATCTCCCCCCACTCCACATTCTCTGGGCTCAAAACGGAGACCCTGACTGTCCTCCTGCAATCAGTAAGGTAATGTTGTACTGTACTGCCCATGGTTGCGACAGTCCAGTCACCACACACGTTTTTAGAATATTATCGTAATCTCCTGTAACTTAgccaaaaataatattttttcttttcattctgaaCATATCTGTACTCTACTCCTGGTGGCAACCCTCACATGGAGAGTCACTCTTCATTTTGTGCCCCCAACACCCCCATCCCTACTCCCAGATTGGGTTTGAGATTTCTATACACAGTGAATGGTCCTGGAGACTAGATCCCTGGCAGCACTATTTAATGAACCTTTGTTTAACTGCACTCCTTTGTATTCTTGGCCAGGatcttaaaatgaattatgCTTATTGTGCACCAGCTTCAGTGTACAGTTCCCGTGTTAGTTTTGGGCCTGTATCATGACCAGGTTTTTGGAAAGTTCTGTCACTGGGTCACTGCTGCCAGCTTGTGGTTTGTCATGACATGTGAAAcgattttgatttttaatttaccttatttttcatgttttgttttttgttaattttatttgtaaccaAATTGAGTGTTGTTGTGCAAggtgtttgtaaaaaaaaaaactaaaaaaaaaaaactttaaaaagtgaaaacctAATATCTTTTTCAAATCATGTAGCAGTCATGGAAACATACAATGTGTtggtgtatgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatatatatatatacatacatatatttagaataCAGTGTGAAATTAACATGTTGATGTTTAAAAAGAGTGCAAGTTTATtccagtcttaaaaaaaaaaaaaaaagatttcctgttatttatttttccttccccTTACTTCTCAGGAAAAAAACGAGTGGTAGTTTGATTTTGTGAATGGGATCATGTAATTAGCCCTACTTAGGTCTACATATTACCTTTTTGTTACCCTGAGTAAATAGGAGAGGAAAGGTGAAAGGTGCTGCATAACAAGTAGATTTGATGGCATACACGTTGAGTTGGTACGGGTGTCAATAGCCAGGGGAGCATTGGCAAGTCTACCCATTGTAATAGATAGCACTTCACTCTCCTGTTTTCTGAACTGTTGTCTTCAGAGACCTTGCAGATTGGAGAATGTTCACAGATTCATCCTGTTCGCAAACATGGATTTGAATTATGGCTTTaatttgtgtaacagtttggtgCTTTACATTAGATTACAGTcttttcatttagttaatttcaGTTGTCTGCTTTTGTTATGATTTTATTGCTGCAGTTTGTAGATTAACTCTTGACCACagcttatttttcttcatagcTGTTTACTTGATGTATTTCCActctaatgcattttttaatgatcaaaAATGACTTGAAACACAAAGTATTAGACTAAGGTATATGTGGTCAGGTAcctttggtttcagttttcacaCTTTTTGCCCTCTGTGTTTGCTCTTCTCTTGATGAGCAGAACTCCTTCATTTCAAACACTAAAATTAGTAGAATTCTAACACTAAAGATAAACAGACCACTGagtatagttattttttatattctacATCTATGGGTAAAAAGAAGATACCatccatttaaatgaaaagcacaaacaactaaatgttgtgtttttaaaatatctgatgAAAGAATAAGAGCTTctacagaatacaataaaatggaaTAAATTAGATACAGCAAAAGGTTTTGGAACAAATAACCTCTTAAAAGTGaccatattttgttttgcttgcaaCACATAATCTTTaaaattttaagtatttttttagtAAATGGAATAGACTTGTATTCCCTATACTCATATAATTTCAATAAATCGAAGGTTGTAGTATGTTAAACATAAAAGGTCTTatgtgaaactaaaacaaaaagaaaaaaaaatgtctgtgagTTTGTTGGTGACAGTGAAAACTAAATGTTGCTGTAAATGtgacagtaaaatataaaaatgtaaacatataaaaATCAAGTTAAGAATCCCAAAGTCTGCAGTATGCCTCAAATTCTGAACTAATAAACACCAAACAGTTGTTTTACATTGCACTCAGAGATACAGCTCTttgtaatatacattaaattgaGTTGTGGATGACATAATGTGCATGCAGTCTTTCATTGTTTAAGTGAAGAATGCATCGACATTTGacatcaattttatttttatttatttttatactaacGGAAATGGCAGTGAACATGATGTTCACATCTCCCCGATACTAAACAGGTATATAACTATCCTATAAATAATGATGTTACAAATATAATCATATGGTTAACAACTATGAATAACAGTGTCCACTACATTTGGTTTATTTCTTCTACTTATTTTACCTTTACTTTCTGTGCTTTGGGAATACATATTAGTGCTAAGGTAACAGTCTAATCCCTATAGGTCAATGTCTAACCTGTTTGTCCTTACCTCGCTGTTGTAAGTCCGTGGTTTTCACTGAAGATTGGGCAACCTGTGTGGAGTGTAATGCATTTTACCCTTTAATATTACAGAGCTGCAGTAAATGAACTGAACATGACCCGTTTTCTGGGCCGATCACCATCAGCTTATCTTGAGAGCATAACAGGTGAcatagcatttaaaatataattttgacaCTAGGTTGTTCCCATATTGAACCGCTCGACCAAAGTGCCTCACTACAGAACTCAAGGGGCCTTTGACTTACAGGGTAGTTCAGGGTAGGCCAGTAGGTGGCTGTCTCACcctaaatacacattttcatgaTTACCTTGCCCTGTTTTACTATGTTCATGATAGATTAGTGGTCTGGACTACAATGGAATGAGGCTGGATATTACTCGTATACAAAACAGCTTTTCATTTCGGACATAAGGCGGAATTAAGTGCACCTCTTCAGAGCTACAAATCTGGGTAATAGGCTAGCACCTGCTTTCTTCCTATTACTCTAGGTCAGTCCATGCTCGTCTTCTCTCATTTCAAACAATCTGTATGATGAActgtcttttttcccctttacaaCTCCATAATTGAGAGCCCAGTGAGGTTTTAAAACAACTCGgcactaatatatatttactgaactTTATATCTggatgtgtttctgtgttttgcacCTTTGTGTAATTACAGGGTTACTGTTGAGGCTTGGAATCTCTTCCATAAAAACAGACCTCAacactacaatacaatgattGGACAGTGTGCTCTATAAGCTGATGTGCTGCTTTTTATAGGAGTTCACTACAAAGCCCTAAAATAACTCCAGTCTTTTTCTACTTCCTGTACATCGATGGATCATACTTCCATCGTATGCATTTCATGCCATTaaacattgtatattttgttttaatgtatggtTATATACAAAAGGCAGCTGTACAGTGCCATTGTAGTCATTGTggcaaaacacagacattgtaaaatatgtggaatattaataatattctcGAGCCACAATTTCCATTCAGTTGCCTTGTATGTAATTGAAGTAACAGATCCAAAATGGAACAAGTTCTTAATTTAACCACCTCTTATATAGTCTGGTCTATAAACTGAATTCCTCCCTTTTCTTATGTCCATGTCCCATTATGTTCCACTAGTAAACACGTCTGTCCTTCAGTTTCATAAGACTGTGGTAATTAACTAGAGCCTAGAGACCATCCACATTGCTATAATGTAATAAGTTGAGGATTGCACTATGGAACTACAGCAgttgaatcaatgtcaccttaCTTGGCTACTCGGTTCCTCATTTACAAACAGTTAATTGCCAGGAATTTCCATTTCAGCCGAGCAATCCCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU31916 lncRNA downstream 601742 25451763 ~ 25452022 (-) True G25446
TU31882 lncRNA downstream 797403 25252716 ~ 25256361 (-) True G25421
TU31876 lncRNA downstream 806385 25207774 ~ 25247379 (-) True G25415
TU31874 lncRNA downstream 807834 25207774 ~ 25245930 (-) False G25415
TU31834 lncRNA downstream 1064710 24988845 ~ 24989054 (-) True G25387
TU32121 lncRNA upstream 929989 26999306 ~ 26999546 (-) True G25615
TU32123 lncRNA upstream 959654 27028971 ~ 27029294 (-) True G25617
TU32126 lncRNA upstream 1000569 27069886 ~ 27070099 (-) True G25620
TU32167 lncRNA upstream 1184912 27254229 ~ 27257033 (-) True G25655
TU32217 lncRNA upstream 1284651 27353968 ~ 27355254 (-) True G25697
AMCG00007688 mRNA downstream 158163 25863022 ~ 25895601 (-) True AMCG00007688
AMCG00007689 mRNA downstream 371907 25672605 ~ 25681857 (-) True AMCG00007689
AMCG00007683 mRNA downstream 395045 25653720 ~ 25658719 (-) True AMCG00007683
AMCG00007684 mRNA downstream 422274 25630792 ~ 25631490 (-) False AMCG00007684
AMCG00007676 mRNA downstream 599361 25390189 ~ 25454403 (-) True AMCG00007676
AMCG00007693 mRNA upstream 67335 26136652 ~ 26161514 (-) True AMCG00007693
AMCG00007694 mRNA upstream 193671 26262988 ~ 26272450 (-) True AMCG00007694
AMCG00007695 mRNA upstream 409714 26479031 ~ 26480878 (-) True AMCG00007695
AMCG00007699 mRNA upstream 1130326 27199643 ~ 27212764 (-) True AMCG00007699
AMCG00007706 mRNA upstream 1224110 27293427 ~ 27307131 (-) True AMCG00007706
TU31949 other downstream 422172 25630795 ~ 25631592 (-) True AMCG00007684
TU31883 other downstream 788813 25264332 ~ 25264951 (-) True G25422
TU31562 other downstream 1785843 24265824 ~ 24267921 (-) False AMCG00007637
TU31390 other downstream 2081099 23971671 ~ 23972665 (-) True G25026
TU30382 other downstream 5581060 20471111 ~ 20472704 (-) True AMCG00007500
TU33771 other upstream 8800118 34869435 ~ 34869807 (-) True G26961
TU34246 other upstream 11170772 37240089 ~ 37242983 (-) False AMCG00007929
TU34303 other upstream 11425594 37494911 ~ 37499392 (-) True G27416
TU34324 other upstream 11498300 37567617 ~ 37569284 (-) True G27437
TU34326 other upstream 11501640 37570957 ~ 37571488 (-) True G27439

Expression Profile