RNA id: TU32910


Basic Information

Item Value
RNA id TU32910
length 5339
lncRNA type sense_over
GC content 0.36
exon number 6
gene id AMCG00007788
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 29622311 ~ 29724734 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GGAAGCCTTGATGTAATCGTATCACAGAACGTAGTAGAAACAAAAATCTTAGGTATGTCTggataaatctttaaaaacgCACTTCCCTATGCAATAACGCATATACACAAGAACTGTGCACGAATTGTGTGTTAAACGCAGAAGGGATTAACGGCATAATAACACAGTCAGTTTCACAAATACGACAGATTACTTTACAATATGGCTATTTGTATTAGGAAATATTCAACCACTCGAAATGTGGACTAACTGCAATCACAACATTGTTCAGCTTTAGGTGGCACCCACGCCTACTGACGTTGAACTACAGCATATGTAACGAGAGTTCCCAGGACCTTTGCAAAGGAGTCGAGCTGATTAATTTTGACAACCTACTGGAACTTTCTTGGAACTAAATTTAAATTTAGCAaACAACACCAAACATTATTGAACCTCAACTTCTGAAACGTCATTCAGATCAACAGGAAAATAACCTAGGACACATGATGACAGCAGagCATGGAGACCTGTGTGAAGGCTCAGAAGCATCCTACTGCTTAAATGGAGGAACATGTTACAGAATCCCTACAGTCTCAAGCCTGACTTGTGTCTGCAAACCAGGCTACAAAGGAAGCAGATGTGAGGAGCTCCAGCTACTGAGCAGTTCCAGCAATGATGACGAGAAGGGCTTGATAGCAGTGATGGTTATTCTGGTGCTCCTTATTCTCATTGTTCTCGCTGTGGTGATCTATTGTGCTTGCAAGTTTCggagaaagaaagacattcACACCAACAGAGTATGAAGTTGCTACAAGGGGCCCCTTTAAgctatttaaactatttaaaatattattgtagacattttaaaatgtagggaGAGGCATTTTTTTGCATAATGTAGGTGTGGGTCTGGATGCTGTTAATGACAGCGATGATGTATCTACAACTTATGGAGGTCAGGGGCTACCTGCAGTGGATCTGCTCCGTGCAGGCCTGGGCTCCGGCTGATCAATAGGCCCTCAGGCACTGCCAGCCCCGTTTTCCTGCACTTTGGCTGTTCAGCCCGCCTCACCACAGCAATTCCATTATCGGGCACTCAGGCAATCTGTATAAAATACCATTCACAAAGGGCTGCTGTGCCTAATGATAAAAGTAGACCCCTTTGTGCAgatgacaaagaaaaaacaaacaaacaaaaaacatatatctgAGTGTATGTAAAACaccagggaaaaaaacacaactttaatcttttaaaaggTAACCGTGGTTATGCCAAAGTATCTATTGAATagatttgtctgtttttgacttcatttcttaatgcatttctgaaaatgtttgtaattattGTCCTAGACTTATGTATAATAGAAAGTACAGGTATACCTCACTTTGCATGAGAGCTAGAATCCTGAACACTATCCTAAATGAAATTCATGCTAAATGGATTCTGTTCTACACATAATTAATGAGAATAGGTTTCataagcatgaaaaaaaaaaacatgaaaattaaatactaatataaatgtggTGTTAATCAGAAAATTGATTTGATAAATTAACAATGATACAGATTTGAAGTTCCTGGTGCCTGACAGATGCTCTTTCACTTCATTTTAGATTCTTCCACAGAACTTTCACTTCTGCACACTTTGGGTCCAttgtcattataataatttttgttaatttgtaacatttttttcctttctttctctaaaATAATGAAGCTAAATGGATCTACCATTGTCAACACTTTAGTCTTTAGGGAGTTATTCTGATTGCAGTGAAGGAGCATCcactttgtttgatttttgactcACTTTGTGAATTTGAATAATTAcgttttttaatttctcagtgTAACTGAACTGAAAGGCTATGCCATCTAAGGCGAGTGCCACAATTCAGTTTTGCTAATATTCTAatgatttttaacatttcatttttaaattcattgatttaataaatTTGTGTTATAAAGGATCCGTGCATAGTGGGGCCATGGAAAGCGGGTTATACCTGTACtagtatatgtgtatttatctgGCTCAGCTGGAAAccacatatatatttcaagtcACATACAACAATTTCAGAAGGACAGGAAATCCTTCCCCTCCTTCCTaatgtagttttgtttaaattatattttccccAATTTACACTCCAGGCACTTgcttaaataattaatctggCACATTGTCAAAATATCTAATATAAAGCACAAAGAAGAAGACAGCATATTGTAAAAAGATTCAGTGTAGATTTGGCAGTTATTACCGCTCATCACGGTCCAAAACTGCCAGCTGTTCCTTAACCCATCTTGCCACTTGACAAGATGTTAACATATTAGGACCTAATGGTTTTTTGCAGCTTTGTAGCTCTAGaacaaaatacagcagacaTCCAGTGCCAACTGAAGGAGAAACCCTTCACCAACTGACAAACAAGTCTCCCAGGAGCCCAGTCAACAAGAGGTCACTTGAAATCCACAAATCCCCTTACACTGAATAATGGTataatagaataatatataatggTTTGGTCTCACACTCTTAGTCTTTGGAGACTGGAGTTCCCAATTACATACTTTATCTAGGTATTCTATTAATTAGAGatgttaaaaagattaaaatgtgcttttgacTCAAGGTAAAGCACTCATAATAATGTCATCAGACCAATTAAGAAACTAAAAGTGTGGTGGGGACAAAAGCCAAAGACAACACGCTCTGTTGGAAGTGCGTCCGAAATCCTTCGAAGCAGCCCATAATGACAACAGTCCCCCATCTCCATCTCAATCACATTAGAAAACACAAAGCCAAATGAGAACAGGAAACAgaaatgatcaaaacaaaattgtgaTGTCACGTAGTCATCGCTATATAATTGAAAAGAATGATACAGAGAAAAGGTAGTACAAGAAAGGAGCACTAAAAAGGAATATCACCTTACCTTCCCATCAGATGGGGGAATTGAAAATGACAAAGAACGCAAGCATTAACAAGGGACACTCCTTTCAAAGCGCCACAGAGCCTGCTCAGTATAGGAGTTGCTAAGTAAATTTtatgtaatggaaaaaaaaaaacacaaagtagtGTTTTTCAGAAAAGGCAGTTTCCCCCGTCCACAGCGCTGAGGACACACCGTCCGCTTGTTCTTCCTTCCTTGAACtctgttcaattaaatacattatgttcGTAATCAGATCTTCCTTTCAGATCTCAAACAGTTGGGAGTTTTTCAAGCTGcctgtaaaaaaagaaattaaaaaatgcacgGATAACTTTAAAATCCCTAGCTTTTTAAAGAGCCGgaaccaattaaaaacatttaatgaatcagattattagttcagttagggatttttattaaataatttagagctcagttggaataaAAGCCAAAACAAAAGCCAGTGGCAAGAGGAGTGAGTATGGACCAGGCAATTATTCAGGCAATAACTCAGAAACCCTCCACAATAACCCCACTTTTAAAACTCTGTCTTGTGATTTGGGGACTCCCAGTGCTGTTATGTATGTGGTCTGTGTAACTTTGTCTTCATAtgaatttgaatgtaaatatatttgatatctTCCTGTGAGGTGGTGCTGTATACCAATTATATTCACCCATGGCCCTGTAGAGCCCTGGGGTcttatgtttttcattccatCTCAGTACTTAACGACTTAATTGATTCAATTTATTTACTAAATTGGTCTAAATTGCCACTTTGAAGATAATTTACCTATAACATCATAATTATAGTCCTGATTCTTAGTAATTTATTGGACACTTTCACCCAAGGAGAATAGGGCTTGTGCAGATTACTGTATCTGTTGGTAAAAACTGCtgcataataaattacaatagaTCCTTCTTTTTCTGCATCTCACCCAAAAGAAAGAGGACATGAGGGTAAAGACCTTTGCCAAGGGTGACTCTCAGCGAAGCAGTGGCAAAGCAAGGACTTGAACTGGGAATCTCCAGATAGCCAGCGCTTTAACTTTCTCTCCTTCTACGTCCTGCAGGCCTATAGCTCCCCAGTCCCAGTCTTCACACACTGGCCACATCATGTCAAGGCACAAACGTATGGAGCGCCGTTTGTACCAAAAGTGTTCGTCCGTCAATTTTCCATACAAAAGtctgaaataatgtatatatttaaaaaaatatataagccTCCTATGGAGGCTTTCACACTGCCAGAGTCAGTTTTACATGACTCAGAAAATTTGAAGACCTCCTAAGgttgtaatgtattttacaaaaaatgtaatttacctCGGACACCTTGGCGGGACACAACCAGTAGGAAAGGACCTTGATTGTCAGTCATTCCTAGTTACCAAAGGATTAATTCAACAGCTTATCTTTAAAGCAAAATGAGGGATTGTGAATTGTTGTTCCAACAATGAAAGGGAAATTAGTTATAAAACAGGACATTAGAAGACAAAACATTTAAGATGCAACCTACAATTCACAGACTACATCAATTTCCATTGGGAGTTCTTCtttgaaaacatctgaaaatgaTAACATGAGGAGAAACTgccaaaacaaataagcaaCTTCTTAAGTAAACCATCTTGCAaattatacagttttaaatatatgtgcttcatattacacacacacacacacatatatatatgataaatgataaatgataagTCTCTctgtttttactatttataggtatgtgtatgaacattcttgttttattctataaactactgacaacatttctcccaaattccaaataaaaatatgaatggaatggaatggctgccatacatgtagagatgctgatttaagaataaattgcaggggtctcttaattgtttgcagagctgtatataattatatatataaattaatattttgttctcaTGTGTTTTATCTTTATACTCTTAAAGAAGAAATGAATTGTTGgtgatttagaaatataaatgtgtttatattatctGTTTTGGTCTAAAATGTGcacttttaataaatacttttaataatactttttaagaCAATCTCAGTATTCTGAGCATGAATCATACTTATGTGATTATGTAATGTGAACATCATTCTACAAAAAAGGATAGATTATTTCATTGTTAAGTTTTAATAGGcaactcatttatttttagccCAGGATGTTGCTCTTGGAGACTGCCCTTTTTTGACTTTATGAGTGAAAGCGCTTGACTCgtaatgaatttaattaatgtgtggATTTCACAATTTCTGTTTATAATCCTTCAGTCAATAttcaatttataataaaaacactttgtCTAAAGGGCCTTGAGGCACTGGACTGTACATTCTTGTGGTGGAATTTATAAATATGATCGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU32864 lncRNA upstream 172437 29539683 ~ 29540062 (+) True G26196
TU32837 lncRNA upstream 336621 29374376 ~ 29375878 (+) True G26171
TU32833 lncRNA upstream 344776 29367373 ~ 29367723 (+) True G26167
TU32804 lncRNA upstream 400555 29311623 ~ 29311944 (+) True G26146
TU32753 lncRNA upstream 630118 29074456 ~ 29082381 (+) True G26103
TU32916 lncRNA downstream 1974 29726394 ~ 29729537 (+) True G26243
TU32926 lncRNA downstream 14282 29738702 ~ 29741082 (+) True G26249
TU32937 lncRNA downstream 30620 29755040 ~ 29819552 (+) False G26258
TU32938 lncRNA downstream 30620 29755040 ~ 29766096 (+) True G26258
TU32935 lncRNA downstream 43773 29768193 ~ 29775035 (+) False G26258
AMCG00007787 mRNA upstream 103902 29586473 ~ 29608597 (+) True AMCG00007787
AMCG00007784 mRNA upstream 227316 29437666 ~ 29485183 (+) True AMCG00007784
AMCG00007785 mRNA upstream 275466 29433012 ~ 29437033 (+) True AMCG00007785
AMCG00007781 mRNA upstream 310498 29392907 ~ 29402001 (+) True AMCG00007781
AMCG00007777 mRNA upstream 351012 29355051 ~ 29361487 (+) True AMCG00007777
AMCG00007796 mRNA downstream 205328 29929748 ~ 29941831 (+) True AMCG00007796
AMCG00007797 mRNA downstream 220700 29945120 ~ 30043181 (+) True AMCG00007797
AMCG00007798 mRNA downstream 663773 30388193 ~ 30401103 (+) True AMCG00007798
AMCG00007799 mRNA downstream 684611 30409031 ~ 30429130 (+) True AMCG00007799
AMCG00007800 mRNA downstream 705420 30429840 ~ 30438133 (+) True AMCG00007800
TU32711 other upstream 708726 29003095 ~ 29003773 (+) True AMCG00007769
TU32501 other upstream 1257792 28453009 ~ 28454707 (+) False AMCG00007735
TU32400 other upstream 1617758 28083822 ~ 28094741 (+) True G25822
TU31514 other upstream 5518018 24192221 ~ 24194481 (+) True AMCG00007631
TU31151 other upstream 6518978 23189460 ~ 23193521 (+) True G24824
TU32939 other downstream 41408 29765828 ~ 29775035 (+) False G26258
TU33841 other downstream 5886696 35611116 ~ 35620801 (+) False AMCG00007873
TU34416 other downstream 8420564 38144984 ~ 38146850 (+) True G27518
TU34423 other downstream 8444150 38168570 ~ 38170061 (+) False AMCG00007952
TU34447 other downstream 8631509 38355929 ~ 38412929 (+) False AMCG00007957

Expression Profile