RNA id: TU33593


Basic Information

Item Value
RNA id TU33593
length 4528
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 2
gene id AMCG00007854
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 33763513 ~ 33794941 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tatttatgagtttaattttctttatggACAAGTTTGAAATCTATgtaaaacatgagaaaaaaatatataagaccAAAACAAggtcaattaattttaaagctgtaatagctaataaaaggaaaagtcaCTTCTACTGCAATCTCAATCTGAGACAAATTCGTTTATGGTTTTCCTCGAAAGTATGTTTGATAtcaaaagacagaaaatatctctactataataataataataataataataataataataatctactgttattattattattattattattattattattattattattataactcgCATATCGAACCTGCGCCACCCATTCTACAACTCCATCTTCATCCTCCACCCAATCCTCTCCaaacaacttttttattttttagttgtttgAAATTATTAACAAATGCGTATCTGTGTAAGATATTCCTTTACAAATatggtttatattaaaaatgaagaaatactaaacacacacacacaaacacaaaaacgaCTTAAGGACAGGGTCCCCATCCATATCTTATGACTTTATTTCTCACAGGAGACATTGAGCTGCCTGTCGTCGCGTAATTACGAGACGTAACGCTGTTGGTCCCtatcccttgtatttatttatgcaggtTTTTTCAAATAACAAAGCCTTTTCTTTATAGAAACAACAAATTACCATACAACAAATAAAGAGATTTTGTATACACCATTAATTTGCCAATATATAACGTGTGTACATGACTCTTAAGGAAATAGCATTAAATTGAAACATCCAGGGATTGCTTAAATTGActtatatattaacatatagaatatgtattaaacatggaTTGTTTACACAGatttactgttttatatattttttatcgaaaaaaaaaatatatatatatatacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttttcttacaacataaatattgtagttcttcaaacaaatgtattcgtAATTAGTAAACTAATAGTAATACAGCTAAAATTCCTACGGGGAAAATATCAGAATATTTCGTTGTAATGACATGTCATTGTATCGAAATAGTAGCATTACTCTCGCATTACTCTCGCATTACTCTCGCATTAGTATTCGGCTACTAACAATCGGCTGGGACTTGGACATATTTTCCATATTGTGAAATTTTCGTTTTAAACCGATTCGACCTGTATTTTAGTTTACAATGTAaagctaatatttattttcacgaTGTTATATTTATGTTGATATTTATAcgtaattattatataatttgacTGTTTCCGTGCACGCTGCAATACttctatttatatttctatattgtaatataatccattatataacttttataaatattacattatatatttttgtaatgttctcGTTTGGTACTGTTAGTGTAAAACagcatatatatctatatctatatacagtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatttcagcaatattaaaatggcagtaCATCTTCTGACATTCAGATGTATTCCATTGTTCCACTTAATACGGTACTAAAATTCTTAACttaattaattcttaattcttAACTTAGAAAGAGTTAGACTAACTTAGCACCCTGCTTTAGTATCTGCAGCAGTGGGTCTTGGGAACCCAATGTCCTGCTTCTTTTTGTTCTCTCACTCTCATTTAACCATCAATTGGCCGAATCAgagtttatttacaatgttaaaCCATTAGAGACATCAGGCTAAATTTCATTGTATATGAGGCAACCAAATTCTCCAAcgttttataatttaaataattataaattaaggtttcagttaattaactTAGTGTGTAATTGAATCAAAAAGCATCAGGATAGTGGCTCCCCAGGACCACGATTAGGAACCACTGCTATAGAATTTGGGTGccttatatacttttattattttattttattttatattgtactttTATATAATGAAAACTCAAACAGGTCAATAGAATATATTCCAATATGCTGTGAAGAATGATTTTTAAGTATCTCTGTGAGATGTAGTCAGTCTGTACATGTTTACTGGAAGAAGGAGTGAGGaggaaaataatgcaatattaattttgattttaaaaaacagggGCAATGGCTTTGAGACCATACTTTGAAGGGATGAAAAGGGGGGGGGAATCGGGACTCATTTTGTACTTGAATATGACCCTAGATTTGTGCAAAAAATGCTGGGaaagttatgttttaaaaaatccatTACAGGAAAAAGTCACTTGAATACAACTGAAACCAGTTACACTAACTAATTATGAGACAAAAAAGGGTGGATTCCCCTGAATAAGTAGTAGACACCTGACTTTAAACTACAAGACAATCCAGTATTTGTTCAGTAGTGGGAGGTCTGTACTGTCTGACAGTCCCATCTCATCCCTCCTATCCCTTGCCTTTTATCTGGTGGTAAATATACTAGATTCCCTTGTAACATTACTCCTCAAAATGATGTGCAGGTAAGCACATACTTTGATTGGGAGGTTATAAATAGAGAAtatttgcacttattttgtaagttgccctggataagggcgtctgccaagaaataaaaataataataataattctacatCATATGTATAAATCGTTTAATGATCAGAATTGtatacattgctttaaaaatggaTAGCATtttattctggaaaaaaaaagtaataattaatcaaattaaacaaaaaagttggaaaatgttttgaaaaatccTCAGCTATCCAGTGCCAACCTCTGTATTCCTCAGTACACTTGGTAGAGGCAGGTATTTGGTGTCGACACTATTAAACTGGAGTGAAAAGGGGACACAGCGTTCACATGCCAACAAAGCAGCACCTTCCCGCTTGATTTCAGCACTTTGACATTTCTGCTCTCTGCCTCAGTCATCCTGAAATCCAGAAAcgcaaaatataaaataattcacttGGAGATAGacagaaaatgtttgcattttagcttcaaataaattagatttgccttttttgttgtgATATGTCTGAAGCAACACATCCGGTTGCATTATCTACGAAGAACAACTCTTACCTTCTAACTCCCTTCACACAACGTTTCATGGCAGACATACAGACTTTAATGTTGCTATGATATGCAAAACACATGCAACTGTGACAAACTAAATAACATTACAGAGTAGAAGACTGACCATAGATAATGTGAATATATGACCACATCTATTCATGGTAAAGAAATAGATGGACTATTTTTTTTGCCTATTACAGCAAattccctctttttttttttcttacccaCTCGTCGTCATCTGCTCCATCTCCTTGTGCAGCTAGTTTTGCGGTGCTCCCTGTGTCAGACTTGTTGGCCATGATCTTATCAGTCCAGGAGGCCCCTGCCTTTTCATCACCAGCAAAGTTACACTTGGTCACTGAGCCACCATCAAGCTTGGCTAAAGAAACTACAGAAGGAGGCAGATGAAAGGCCCGTCTCCCTTAGTTTTCAGCCTGATTTCCTGgccctcctccagctctgtcttctccatctctccctctggAATCCAGAAGGCCAGGGTCTCACTGGGGGTGTGCCTCCCCGTCACCTTCACCAGGTCTGCCCTGTTCACTGCAGCCCTCAGCTGCTCCTCTGACAGCCGGTCTGTCTCCCCTTTCTCCTCCACCTCTGGGAATTAAAGACATACAGAGCAAGCAATTAGTTCCTAAAGGTCGATTATCACGGTTTCTACAATGATTGGTTTATAATATGTCTCCATGATGCTGGTAGGAATGTATAAGTAAAGTATCTGGGATGTTTCTGTTGAATTCTATGATATTACTATTTGTTTTGCCCCAACTAACAGCTAACAGCAATGGCAGACACCTGCAAATAACAaaacttttataaaaaaaacatggggTCTGATTaagtcaacattttttttatttttgtttaagtgcTACTCTTGTAACACAGAAAGATTCAAACGATGGCCCTTCCACTTATAAAGGTTTACTGAAATATACAATAGTAAAACAACAGGCATGAAACTATattaaaacatgataaaaacTATGGAAAACCAAGGCAAAGCTAAGTTCTTGCTTACCACAAACTGCCACGTTACTGTGCAAACTTACTGTGATACACTTTCTTAACGGTCTCACATTCCCACTACATCAGATTATATAAGAGCATAAATAACCTTATGCAACTGTAGCCCAGATGttatttgttaatttctgtGTCCTTGTGGGCCCTTTTGTTTGCATCAAACAACTCTGCATAATATGACTCTTCTATCATCTATTGTTTCTCCATTCTGTCCCTAATGTTTTCATCCAGCTGACCTTTTTCATCCATTTCCCAAACATTAGCATCTGATTGGTTGGCTCAAGAGCTGCCATTCAGTTGCAAAATATTACTGGccaacaaatatttttcagcTCCAATGCAAAGTCATTGCTCAATTTGTCTCCTgcaatattttttcattctacTAGTAATCTCTTTATGAACACTTTGTCTTTTGTAATTCTGAGGAACGTTCAGTTCAAATGTcga

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU33459 lncRNA upstream 901900 32887790 ~ 32888040 (+) True G26704
TU33452 lncRNA upstream 1167410 32622260 ~ 32622530 (+) True G26698
TU33398 lncRNA upstream 1966967 31822740 ~ 31822973 (+) True G26645
TU33371 lncRNA upstream 2008049 31781638 ~ 31781891 (+) True G26625
TU33260 lncRNA upstream 2365249 31414154 ~ 31424691 (+) False AMCG00007827
TU33616 lncRNA downstream 194105 33989046 ~ 33990588 (+) True G26826
TU33615 lncRNA downstream 197237 33992178 ~ 33993982 (+) True G26825
TU33673 lncRNA downstream 454255 34249196 ~ 34253554 (+) True G26875
TU33671 lncRNA downstream 454280 34249221 ~ 34253554 (+) False G26875
TU33704 lncRNA downstream 471180 34266121 ~ 34266418 (+) True G26895
AMCG00007853 mRNA upstream 30098 33758703 ~ 33759842 (+) True AMCG00007853
AMCG00007847 mRNA upstream 142432 33646519 ~ 33647508 (+) True AMCG00007847
AMCG00007846 mRNA upstream 149604 33619303 ~ 33640336 (+) True AMCG00007846
AMCG00007845 mRNA upstream 432255 33350094 ~ 33357685 (+) True AMCG00007845
AMCG00007841 mRNA upstream 939735 32528802 ~ 32850205 (+) True AMCG00007841
AMCG00007857 mRNA downstream 72022 33866963 ~ 33870738 (+) True AMCG00007857
AMCG00007858 mRNA downstream 145461 33940402 ~ 33984780 (+) True AMCG00007858
AMCG00007860 mRNA downstream 206096 34001037 ~ 34010551 (+) True AMCG00007860
AMCG00007863 mRNA downstream 249671 34044612 ~ 34052190 (+) True AMCG00007863
AMCG00007864 mRNA downstream 270190 34065131 ~ 34083321 (+) True AMCG00007864
TU32939 other upstream 4014905 29765828 ~ 29775035 (+) False G26258
TU32711 other upstream 4786167 29003095 ~ 29003773 (+) True AMCG00007769
TU32501 other upstream 5335233 28453009 ~ 28454707 (+) False AMCG00007735
TU32400 other upstream 5695199 28083822 ~ 28094741 (+) True G25822
TU31514 other upstream 9595459 24192221 ~ 24194481 (+) True AMCG00007631
TU33841 other downstream 1816175 35611116 ~ 35620801 (+) False AMCG00007873
TU34416 other downstream 4350043 38144984 ~ 38146850 (+) True G27518
TU34423 other downstream 4373629 38168570 ~ 38170061 (+) False AMCG00007952
TU34447 other downstream 4560988 38355929 ~ 38412929 (+) False AMCG00007957
TU34460 other downstream 4637104 38432045 ~ 38436595 (+) True G27551

Expression Profile