RNA id: TU28103


Basic Information

Item Value
RNA id TU28103
length 6691
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 2
gene id G22416
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 9633809 ~ 9640829 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTCACTTCTTCCAAAGCAAATACAACCAGAAGGGTTCCGTTTTGACCATTGGGAGAGGCACATtcactgattttaaaataaaacttaaatgatattttatttaattttttattgatgacggtacatttaaaaacacttgcaaaaatttaaaataaaatgacaatacaaGAACAGAGGGAAATCTTTCTGTGCATCTCACTAAACACTTTTAAGATCAGATCTTTGCTATAGCTGTAGGGCAAAGTTAAAGCCACAGAATTGGGCAGTTTTAtgagagatgtttttttatcaACATGGTAAAGGGTAGTGAATTAGTGGTCTGAGAATCTCTTTCTGCATTTTCATAaactgaactaaaataaaaatagttccGACCACTCAGTGGGAActgtttttaagaaatgtaactCCCACGCAAAATCAGTGGGAATTTTTTGCTTCCACTCGCCCACCGCGGATCgttttacataaatattgcATGTTTGCCGCCTTTTTTCTCTTCATATGTTATGAAGAACTATACAAAGGACCCAATGCAGGAGAGAAGTTCTATTTTAGGAGTCTGAAGACGTGAAATTAAAGAGGTTTAACTGAGCTGAGCGATTTGCTGAAGAGAAGTATCTGTGCAACAAAAACTTCCCTGCTTTACATGTCCCTGTTCATCTGTTCTAAACAGAAATGTTGCCAGAAGGAAGATTTTGTTTCACACAAATGTGCTTTACTTTGCATAGAACACAACCTTCAGAGTCCCCTTTATTCTGTAAAGATCTGGTCTTAATGTAAGTAAAATTGCAATTGCTAAAACCTTTTGTAAGTGCAATAACTTAttgctaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatataacatGAACAAGATTAAAAGtatcaatataattttaaaagcagtacAATATTGCTTAAAGCTgtcaaaaccttaaaaaaaaaagtttattttcaaagcattgtATATGGCAGCCAACAAActgaacaaatgaaacaaaataacctTACATTTCTCATAAAGATACAATACTTTACAACAAGTTAGTTAAATTTTTCaagggtctttttttttttaacactggaAATCaataaatttacaaaaaaaaatccacgcGCGCAcacaaacaaggaaataaaaccccaaaaaaacgaattatactattatattaatttggaaATTATATTGCCTTGCTTCAGTAGTATTAGAAATGGTAGAGGAAAGCAGGGGGGGTAAGGTGGGGATGGTAGACAAGGCACAGATGTGAATATTCCTATTGAAAGCTTTTTGGCTAAAGTGTAATCCCAAAACACAGCACCCCCCAAAGTCTGGGAGGGCTGCCTCATCCCCTGAGACCAAAGGGGGTAAAAGTAGGGGTTTTGGGGGGCAGGAATTTTATTGCATCAGAAGAGGAATACAATTTTAAGCTCAGTTTAACTATATGCAAGAATCTATAAAATGTCTAAGTCAACCCAGTCTAAGTCAAACATAGTCTAATTACTGTATGCACCTAATCTcaagtgtgtgagagagaatgtatcctccttttaaaatgtaaagttttaaatgtcttcatttttaaaaacaacaggattTCTGATTATatagacaaattaaataatatgaaatgctgAAGGTTAAACTTGCAGGAATTTTATCTATGTCTTGCAGCTAACAGACACTCATTGCTGTGAAGATGAGCCGCTGTGCAGCAGAGCACTTGGTTACCGTACCTATTTTCTGCTCTTTCCGTTTGGTCACAGAATCCATTTGCACAGATGGCTCCgtgttaattaaaaatcctATTTGAATCCGAGGTTATCCGTAATGCACTGCAGCGGATCCCAGCTTTCGATTGCGTTTTTGCACCCTGGGGTTGTGTGGAGCTGGCGGGCATGACGATTCTTTGAAAGAGGAGCTATGACAGCTGATGGTAAGCATGTGCaatggttgtttgttttgtatttaactcATTGCAGCTGCATGGACTGTCCTTTTCCCAGGACACTGGATCGCAGTGGCTGTCTAACCCATATGGCCTTTCTTAGCAGAGAGCATAAGCACAAAGGCAATTTTCCCAAAACTACTGCGCAGATTTCAGATGCAAGGAGACAAGTATCTACATACAGTTTAGAGCCATTTCTTAAGGCTATGGCTCTGATGCAATATTTGTTCCTTTTATGGTGAATGGAACAAACAGCCCAAATAGCCTTGTCAACACTGGTCATAAACTgcataatgtttattattttgtaaccaGGAATGAACATTACAACAGGTTTCTGGTTACACTACATCATGGTTCTGGTCAGCTTGCTTTGGGAACAGTTTGATCCTAAACTTTCCTTCAGGGAACTTCATTTTCAAAGGCAGCCAAGGACTTTTCCTCATCCTTATAGggaaattttatttttctgtatttaaaaaatattgattatttattttgcacttttgcaGCTGACAGTGAGTAGCACTTGTAGTTTCTGAATGTCCCTTTAAAGTTCCCATTTATGCTTTGCTTAAATTTCCCTGTAGCTAATGCTGAAGGAGCAGCAGATCTGTGTAGCTGGTGCTGTAGCATTTAGAGCTGCACCTTCATTGAGTGAAGAGAACAAGGAGCAGTCGGCAGGAAAGAATTATCATATGTTAGCGTTATTaatatggagagagaggaagcaATTTCAGCCCTGTGGGGAATTATGTGGATTACGtaaattacattgttaaatACAGGAAAATCCTCTGTTGGGATATATGGGGAAAAAGGTCAATTGACCTAGAATCCTTTGAATTTCAAAAAATCTACTcagtaaatgcattttctcaAATGAAATCTGTTGCaggtttaaaaaacactttttcatcTTACTTCATTCATTCGTTGTTTCTTTGCATTTGCAACACTGGCAAATGTTAATTTCCTCTAacttatatatcagaaatgggTGGATCAAGGCCGATTTTAGACTGTGACCAAAGAACAATACTTTTATTGAAATATGCCAAACTTGCTGCATTTGTACATTATGGAAAGCAGAGAAAAGACCATTGGCTTCATGCCTTCATACTGTTTTCCCTCTCTGGAATAGGGACCCTTGATTATAAGTTCACaatgaacaaatgaacaattccttttcttttttaaagagcTATTGTTCCTTTAGATTCCATTTGGGATTTCAGGGAGATCTCGAATAGAAagcaaataatgtgttttttatttgtaaatttggAATCACTTTCCAAGGAGCTGTGTATCAGATGCAGTTTCAAATTTAAACcggatttgaaaaaaaaaaaaaaaaagatccattATCTTAATCTGACCCCCACCTCCAACCATCACCACCTCTAAAATTGTATAACCCAAGTCCAGCGCCAGCAGTATGGTACAGCCAGTGCAGGTTCGGGTCACCTTGTGTCCATGCCGAGTCCTGAAGTGGTCTGGCTGACGGGTAGGCCTTGTTCTGCACAATGCACTTTTTTCTGGACTGAAACCGAGCACAGACAACAGGGTGCCAAGGAAAGCCCTCGAGCAAGTGGGTGTTAGGGGGGGGAAACCAGATCCTTCATCTGGCACAGCAGAGGTTTTTCTTGAAATGGTTTTGTGAGGGCAGTTGCCAGGAATTAAATGAAGCTTGGCTCAAAATTCAGTCTGAACCTCCGACTCCTTTGCCACCCTTAATTTTCCCCTGGCTTGAGCTGCAGGTGTCCCTGACTCCTCTCTCTGCTTGGATCATGTACAGCTTTACATGGAGATTCGTCCCCCTCTGGGTTTTCTGCTGTGCTTTCACacctttacttttatttttaatataattttaagggCATGAACTTGCCGTTCAAGAAGAAAAATTAATGCAAGTCTGGATTATAACATTTCTCTTTAGCCAGCAGGCCATGAAGTGATTTTCAGGTGTTGCGAAGGTTTCTCGTGGTAGCTTAACAGTAAAAAGCATATTCCTTAGCAGATTAACATGTGGTTTAACACAAGAGGCCAATATAAGAGCAATCCTTTCACCCCAAATAAGATGGTTCGATGTGATCGGTTATCTATCATATGTCTCAGTTTTAATGTAACTTTAACTTTAATGTAGCTTTAATGTTGTGCACCCCATGAAAAGGTATAGACTGATTGgtacagtatgtttttataaattaattccCATGAAAATCACtccatgttttttcttgttatggTTTTTCTCCTACAGACAAAGTTTACTTATTATTGAGATGGGAAAGTCTTCAGTGGAAACTGCCCAACTCCATCACTGTCCGTTTAGGCACAGGAGTTTGAAATATCGTGATTTGTAAACTTTAAAATCTTGATGTTGCAGAACAAAACCTGGAGTCGTCTTTCATACCCCAGCAGACTAATATGAGcacacatttcttttaaaagcagaaatgaaTTATTGCATGACCATTTTACAAGCACTGTTGGGGGTgcggtggggtgggggggtgacgAGGGGAGGAGCAGTTGGAaaaattgtttgctttttctctgCGGTGAGGATGTTGAGAGACGCACTAGAAGTATGAAAAAACGGCCATTTCTTAGGGGTTGTCGATGATGGACTCTAGAAATGAAGCTAAACCAGGCTTTTGGGATTGGTTTCAAGGTTGCTACTCTGTGTTATTCCTGGCCGCTGGGCACTGCGGGAGAGGGGACGCAGTTTTCCTGTAACCTGAGGCTGGGGAAGGGGTTCCTTTGAGGCCCTGCTGAGCAGGGCTGGAAGAGTTACCTGTGGAAATGGCTGGGGAGGAAATAGCATGTCCACTTTAAATCAATGCCAATCTCTCACCTCACTCCTGAAACAGCAGAGGCCTGTCTGGCGCTCCCAGGCCCTGCCGCCCTCGAAGCAGCAGGCCTGCTGTGTTTCGCCAGTTCCTCGTGAATTTGGAAAGCGCTCCTAAAGCTGTCATAGAGCAGCAGAGAGTGTCTGCAGGGAAGTATGGAGAGC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU28102 lncRNA downstream 8931 9624566 ~ 9624878 (-) True G22415
TU28101 lncRNA downstream 34655 9598692 ~ 9599154 (-) True G22414
TU28077 lncRNA downstream 170472 9457792 ~ 9463337 (-) False AMCG00007267
TU28070 lncRNA downstream 196540 9417768 ~ 9437269 (-) True G22393
TU27949 lncRNA downstream 448980 9181018 ~ 9184829 (-) True G22305
TU28210 lncRNA upstream 319233 9960062 ~ 9974326 (-) False AMCG00007282
TU28216 lncRNA upstream 392299 10033128 ~ 10042925 (-) True G22505
TU28217 lncRNA upstream 392299 10033128 ~ 10044315 (-) False G22505
TU28226 lncRNA upstream 444931 10085760 ~ 10086383 (-) True G22513
TU28293 lncRNA upstream 511651 10152480 ~ 10244225 (-) True AMCG00007299
AMCG00007269 mRNA downstream 122470 9495648 ~ 9511339 (-) True AMCG00007269
AMCG00007266 mRNA downstream 146121 9473893 ~ 9487688 (-) True AMCG00007266
AMCG00007267 mRNA downstream 171148 9457488 ~ 9462661 (-) True AMCG00007267
AMCG00007268 mRNA downstream 207027 9411640 ~ 9426782 (-) True AMCG00007268
AMCG00007259 mRNA downstream 250122 9350044 ~ 9383687 (-) True AMCG00007259
AMCG00007272 mRNA upstream 3606 9644435 ~ 9683079 (-) True AMCG00007272
AMCG00007271 mRNA upstream 45277 9686106 ~ 9687263 (-) True AMCG00007271
AMCG00007273 mRNA upstream 49444 9690273 ~ 9750042 (-) True AMCG00007273
AMCG00007274 mRNA upstream 114095 9754924 ~ 9792167 (-) True AMCG00007274
AMCG00007283 mRNA upstream 298362 9939191 ~ 9943224 (-) True AMCG00007283
TU27830 other downstream 1237585 8393196 ~ 8396224 (-) True G22200
TU27501 other downstream 2126934 7499447 ~ 7506875 (-) True G21942
TU27173 other downstream 3619640 6007640 ~ 6014169 (-) False AMCG00007173
TU27087 other downstream 3813525 5816809 ~ 5820284 (-) True G21632
TU26789 other downstream 4576403 5056787 ~ 5057406 (-) True G21429
TU28289 other upstream 546485 10187314 ~ 10190204 (-) False AMCG00007289
TU28633 other upstream 3710688 13351517 ~ 13352073 (-) True G22838
TU28749 other upstream 4304814 13945643 ~ 13946065 (-) True G22931
TU29239 other upstream 6680168 16320997 ~ 16322651 (-) False AMCG00007365
TU29238 other upstream 6680208 16321037 ~ 16322651 (-) False AMCG00007365

Expression Profile