RNA id: TU32014


Basic Information

Item Value
RNA id TU32014
length 7486
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G25531
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030123.1
NCBI id CM030123.1
chromosome length 53548854
location 26053701 ~ 26061246 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTGGAAAGTATATCACTgggaaagggaaataaatgatACAGTGACAGGAGATGCAACAGTTTCAATTTAATATccatcagaaaaagaaaaaatattaaaacataaataatacaagatCCCCTTcaaactgtatttcagtttctttgaCAACTGAAATGTCCCTTTAAAGGAGCATAAAACAAGTGATCTCTCACTATACTGTACATGTAGGTACAAGCTGAGGGGTTTTAATCAATTGAGTTAATCTTaccatttataatattaatgaattaatgtaaccTGACTGAGTTTCACTAACTAGCTACACAATGTAATTACTAAGTATCTATTTACTAATTGATATACAGGAGTTATGGTAAATGCTTTGGTAAATGTTTAAACTTTCACTGAAATGATAATGAATGCTGTGCTAGAACTCTGTCTGATACAAATCCTTTAAATACTTATTATTGAATGTTAAAGGACAAAATGTTATAGGcctacttaattgaactaagaCAATGTATATTCATTAAAGTCATAGacctctgacacacactgaatcactacaatacaagaaattaagttaaattaaaacccCCAATAAACATACCCAAACCACATGTACAGCAGGTGTCAGAGAATACATGTATCTTCCCTTGCAATTTAATCCACAGGTTTACAGAAACAACACTTTTAAGTTCCGTTATTTTACACAGAGTAGACTCTAATATGTTCTATCTAACAAATGTGCGCATACTTCTGCATATCATCATTAAACATGTCAGAGCTGTGCTCTGTTGCTGGCCAACGGGAGGGAAGATGGTGGATCTCAGGCTCAAGCTGCCTTAAATCACAAGGTTCATTTGAACAGACTCGTGCTTTCCGTGTTCTCTTTGCATGGGTGGTGTATCAGAACATGCAATAGGAGCACGGGCATCTTAACCATCCACCAGCTTGGTACTGCATTAGAATTTGGCAcctaattttgaaatgtatagaCCGAATGTTCAGGTTGCTGGCAGACCAGGGGTGTATCACAGATTGCTTCATGTCTAGGACGTGCACAAAGGTTAGTATCAAGACACTATGGACGACAGTATGGCTTGCATGCCCTGTGCAAAACCATCTCCAACTTCTTTGTGGCATAGGATCTGTTTTGCATTGATACAGGAGAAACTAAAAGAATGCCTGCATGTCTATTATGTGAAGGCAACACATGGAAGTCTATCTAAAACGTACTACAGTAGGAATACTGGAGAAAAAATTATTAGGTGCCAACGGATATTTcatatatgttgttgttgagtCCCATTCCTACCAGGTACTAAAAGGCAGAACAAGCACTGTCACATACACAACAGCaacactgattaaaaacaataaagcacaaATCTATATACacgttaattaaaaaaaaatatatatatcacagatACAATTGCACCTACAGGTCAGTCACTCCATAATTGAAATTACTGGCACTATGTTATGTTACATGCCTATCATAAGTCATCATACAACTTGAACAAATTGAACTATACATTTCTTAGGAATATCGTCTTTAACATAATCCCATTAGTCTTTTCCTTTTAGAACAtaaagacaatgttttattaaataagtaacAGCCCCACTAACACACACAGCGCTCACTGGATTTAGAAGTCAAGACTGCACCAAGCTGCTGGATCAAAAACAGTGCCTTTTACAAACTCAACAGAACTCAAACCCAGATTCAGAAAAGGTGGATCAAGTGTCAGATTAAGCCTCCCCAAAGCCACCCCCGACAAATCACAATACTACATGTTATATACCTACCAATTGTATAAGATACTGACACTATTTAGACAAATTAACCACAttatgaattcaattaattagctgagaaacaaaatgctgaaCGATGGGATGAGAACTGATAAAACCTGCCTCACTCTGCATATCAATGTTGTCAACCTGTTATGTTCATGCTGGATATAGTAAGCAGTATCCCTAGTCTGGTACATAAGGCACCTGGCCATTCtttgatgtatatatgtatttatttaaataagccCTGCTGTCTAATCTTTGGGGCTGCATTAGAATCCATTAAAATGTCCTTAACTTAATGGATAACACAttcagtataatttatttaatgtttaggTTAGTTGAtagaaaaaaactcaaatttaaaatcctaatttaattattcttacTCGGTATCCATCAAgctgatacatttaaaaaacactgagaAGTTCatatcaaaacagaaaaatggcCTTGCCAATACTGTGAATTCAGCTTTCTGTTTCGTCCCCATTTTTATGTGCTTAGAGTGTCTCTGTGGAAAGCTCGTGATAGCTTATTTGAAATCCACATTGTCCTCTATATCAGCCTTGCAAGTCTTTTCTTTGGTTCCTTATGTAAGTCATCTCCCATCCTAACCCTCTTCATTAatcaaatcttaaaaataaaatattacagagCATATAGGGCCTTGATTAGAACTTCAATCAGAacagtattttcattttcttgacaCAAACCTAAAACATTAAGAACCTTTAGTGTACTTGAACATCAAACCTTAGTAAAATTAATTTACCTTGCTATTTTGGGGTTTCTTTATAACTCCAAAAGATTTCCTTTACCTactgagaaaataattcagCAAGTGTTAAACTGAAGACAACAATGAAAAAATGGGTCTGTAATTTTGAACACTGATCCAAACTGGCATATCATCAAAATATGAACTTATCCCACAGCTGATTTAAGCATTAGTTAAGTATTGGAGCAGTAGCACTTCTGTTCACCCTCATAGAAAGTATCCATCATAAATGCACATAGATATTGCATATTCCACAGcaatgaaaatacacagctCTGTGAGCCTTGCATTATAAAACTGCAGTTGAGAGGTACTGAAACTagacaaatcaattaaaaacgcTTCCAAATTCTTACACAGTCTGTGACCTTTGATTTAAAGGCTACATGGTCCTTTAAAGAATTCTCTGGATGAAAACTGAGGGATTGCTCGGCTGAAATGGAAATTCCTGGCAATTAACTGTTTGTAAATGAGGAACCGAGTAGCCAAGtaaggtgacattgattcaacTGCTGTAGTTCCATAGTGCAATCCTCAACTTATTACATTATAGCAATGTGGATGGTCTCTAGGCTCTAGTTAATTACCACAGTCTTATGAAACTGAAGGACAGACGTGTTTACTAGTGGAACATAATGGGACATGGACATAAGAAAAGGGAGGAATTCAGTTTATAGACCAGACTATATAAGAGGTGGTTAAATTAAGAACTTGTTCCATTTTGGATCTGTTACTTCAATTACATACAAGGCAACTGAATGGAAATTGTGGCTCgagaatattattaatattccacatattttacaatgtctgtgttttgccACAATGACTACAATGGCACTGTACAGCTGCCTTTTGTATATAaccatacattaaaacaaaatatacaatgtttAATGGCATGAAATGCATACGATGGAAGTATGATCCATCGATGTACAGGAAGTAGAAAAAGACTGGAGTTATTTTAGGGCTTTGTAGTGAACTCCTATAAAAAGCAGCACATCAGCTTATAGAGCACACTGTCCaatcattgtattgtagtgtTGAGGTCTGTTTTTATGGAAGAGATTCCAAGCCTCAACAGTAACCCTGTAATTACACAAAGgtgcaaaacacagaaacacatccAGATATAAagttcagtaaatatatattagtgcCGAGTTGTTTTAAAACCTCACTGGGCTCTCAATTATGGAGttgtaaaggggaaaaaagacagTTCATCATACAGATTGTTTGAAATGAGAGAAGACGAGCATGGACTGACCTAGAGTAATAGGAAGAAAGCAGGTGCTAGCCTATTACCCAGATTTGTAGCTCTGAAGAGGTGCACTTAATTCCGCCTTATGTCCGAAATGAAAAGCTGTTTTGTATACGAGTAATATCCAGCCTCATTCCATTGTAGTCCAGACCACTAATCTATCATGAACATAGTAAAACAGGGCAAGGTAAtcatgaaaatgtgtatttaggGTGAGACAGCCACCTACTGGCCTACCCTGAACTACCCTGTAAGTCAAAGGCCCCTTGAGTTCTGTAGTGAGGCACTTTGGTCGAGCGGTTCAATATGGGAACAACCTAGtgtcaaaattatattttaaatgctatgTCACCTGTTATGCTCTCAAGATAAGCTGATGGTGATCGGCCCAGAAAACGGGTCATGTTCAGTTCATTTACTGCAGCTCTGTAATATTAAAGGGTAAAATGCATTACACTCCACACAGGTTGCCCAATCTTCAGTGAAAACCACGGACTTACAACAGCGAGGTAAGGACAAACAGGTTAGACATTGACCTATAGGGATTAGACTGTTACCTTAGCACTAATATGTATTCCCAAAGCACAGAAAGTAAAGGTAAAATAAGTAGAAGAAATAAACCAAATGTAGTGGACACTGTTATTCATAGTTGTTAACCATATGATTATATTTGTAACATCATTATTTATAGGATAGTTATATACCTGTTTAGTATCGGGGAGATGTGAACATCATGTTCACTGCCATTTCCgttagtataaaaataaataaaaataaaattgatgtCAAATGTCGATGCATTCTTCACTTAAACAATGAAAGACTGCATGCACATTATGTCATCCACAACtcaatttaatgtatattacaaAGAGCTGTATCTCTGAGTGCAATGTAAAACAACTGTTTGGTGTTTATTAGTTCAGAATTTGAGGCATACTGCAGACTTTGGGATTCTTAACTTGATttttatatgtttacatttttatattttactgtcaCATTTACAGCAACATTTAGTTTTCACTGTCACCAACAAActcacagacatttttttttctttttgttttagtttcacatAAGACCTTTTATGTTTAACATACTACAACCTTCGATTTATTGAAATTATATGAGTATAGGGAATACAAGTCT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Function

GO:

id name namespace
GO:0031290 retinal ganglion cell axon guidance biological_process

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU31915 lncRNA upstream 601908 25451533 ~ 25451793 (+) True G25445
TU31861 lncRNA upstream 732676 25315787 ~ 25321025 (+) True G25405
TU31813 lncRNA upstream 1100373 24953125 ~ 24953328 (+) True G25367
TU31742 lncRNA upstream 1112121 24934479 ~ 24941580 (+) True G25302
TU31744 lncRNA upstream 1142330 24879365 ~ 24911371 (+) True G25303
TU32051 lncRNA downstream 73115 26134361 ~ 26134577 (+) True G25561
TU32052 lncRNA downstream 75521 26136767 ~ 26142288 (+) True G25562
TU32065 lncRNA downstream 201581 26262827 ~ 26270720 (+) True G25574
TU32092 lncRNA downstream 252117 26313363 ~ 26313565 (+) True G25588
TU32138 lncRNA downstream 1129923 27191169 ~ 27191379 (+) True G25631
AMCG00007686 mRNA upstream 17337 26019814 ~ 26036364 (+) True AMCG00007686
AMCG00007685 mRNA upstream 345563 25698223 ~ 25708138 (+) True AMCG00007685
AMCG00007682 mRNA upstream 380550 25535554 ~ 25673151 (+) True AMCG00007682
AMCG00007681 mRNA upstream 518716 25534509 ~ 25534985 (+) True AMCG00007681
AMCG00007680 mRNA upstream 586465 25454680 ~ 25467236 (+) True AMCG00007680
AMCG00007691 mRNA downstream 9513 26070759 ~ 26083421 (+) True AMCG00007691
AMCG00007690 mRNA downstream 35480 26096726 ~ 26115608 (+) True AMCG00007690
AMCG00007692 mRNA downstream 56850 26118096 ~ 26131010 (+) True AMCG00007692
AMCG00007696 mRNA downstream 1098245 27159491 ~ 27179372 (+) True AMCG00007696
AMCG00007698 mRNA downstream 1153524 27214770 ~ 27226777 (+) True AMCG00007698
TU31514 other upstream 1859220 24192221 ~ 24194481 (+) True AMCG00007631
TU31151 other upstream 2860180 23189460 ~ 23193521 (+) True G24824
TU30868 other upstream 3770743 22281700 ~ 22282958 (+) True G24606
TU30494 other upstream 4986918 21060401 ~ 21066783 (+) False AMCG00007514
TU29920 other upstream 6997568 19051342 ~ 19056133 (+) True G23893
TU32400 other downstream 2022576 28083822 ~ 28094741 (+) True G25822
TU32501 other downstream 2391763 28453009 ~ 28454707 (+) False AMCG00007735
TU32711 other downstream 2941849 29003095 ~ 29003773 (+) True AMCG00007769
TU32939 other downstream 3704582 29765828 ~ 29775035 (+) False G26258
TU33841 other downstream 9549870 35611116 ~ 35620801 (+) False AMCG00007873

Expression Profile