RNA id: TU62986


Basic Information

Item Value
RNA id TU62986
length 4390
lncRNA type inter_gene
GC content 0.33
exon number 1
gene id G50367
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030126.1
NCBI id CM030126.1
chromosome length 46242406
location 6646950 ~ 6651339 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGAAACTTCAGTAACTACAAGTACACTGTCAGACATCCTGCAAGTCGTACAACTTTTGTCTTGTAATATCTACCGCAAATTGCTGATTTCCACCTTTTCAGTTGACttgctgtaaaaaaacaatctcacatttatcacttttttccagGGGAATATCaggacaaacaaaaacacaaacaacatctTGGCATATGTTTTTACTGGAGGAGGTTTTCTAATAGCAGTCAATGAAAGCCCTTTATTTCTGGTAATGTTGGTCATTTCTTGACTTTCGAGTGAGGTCTAAAAGTATATTAGGCCTACaagttgtgtaaaataaattatacacatcAGTGCATGGAATCACATGTGCATATGCATATTGTTGAGTGCATTAGctgaatgaaatgcattgctTAGTTTTGACTATGGGCCTAGCgatgtttcttttaatgcatcaatttattattgtaccatTTATACTAAtcttaattcaattttattttttgaattagTCAAGGAGCAATTTGTtgatttctatttctattcctATAACCAGGGAGGCCACAGGGACATCTAGGACATAGCAGTTGAACTATAATtggggggcaaaaaaaaaaaaaaaaatgcagggaCCTATTTTTAACTGGGATATGGTACAGCGAAAATATAAGTAATTTCAAGAACACTTGTGACcttttaaagctgttttatGGTGAAATTTAATGGAGGTATTACAACTGTTCACTATTTGTTCTATATAACATAACActgacataaaatacattttgatagtACTAATCCATACTCCCTTTCCCTCTATAGTTCTGGTCAATATCTTCAGGTCCATTCCTTACACTACAGCAGCACCTAGCATAGCTTTCAAATTGTAGTGAGGAAATACAATTGACCTCAAATATACCAGTTGTTTAAGATCAGGAAAAgggattcattttaatatgaatacttcAAATGCCTactgcatacaaaaatacacattgcaacaatttttttttaaaacaataacagtagTACTTAttcaaagaatgaaaaataaatgaaatgctgGATCATGAAATCCAAATTCTGCCACACCTCTTTAACTTCATCTGGAGTTAAAATAACaagtataaaagtgtaaattTGACACAAGAAAATGTGATGTGAAGAATATAGGATTTCAAGTAAACCACATTTCAAAGATTAGATTTTAAACCCAACAACAATACTCAGAAAGGAAACAGTTAAAAATTCAGTCTTCAGCATTTAGACAGCATGTGCTTTTCAATTCCTTAAATTACTCTTGTATGAATGTATACTGTATTAGAATATAACTGTTGCAGAAtgctctttaaaaataacaatttaaaaacattcaacagtATACAAGTACATTACTCTCCTAGACCCTACTTTcgttaatgttattaaaaaacattttccaatacCAATCCTTTGCAAGTACTCTGGCTACATGCTTTAGTGTATGCCACCATCACTTTCACAATTACTGATCGGGTTGCAGAATGTTGCTGGTCTCCTTTTAAAcgtgtttttctagcccataaaAAGGTTAGATTTCTCCAACAGAATGGAGGCAACAACCATATTGTATCTATACTACCCATCAAACGAAGactagatttattttcatgagtACATTACTTTCAGCAAAAATTGATTGTGTCATTTTATCCTGTTTGTTGAGGAATGCAATTCTAAGTTTCCATATAATGATCGAGATCGAGAATTTATTGACTATTGAAATTGTAGCATTTCAATCAAATTCATGTTCCTAAATCGGATTTAGCCTATTTGGTTTAGACACAAGTTCCTTTTAACATCAATCCAAAGACGTTGATTATTGaaactgtggaaaataatgaaaaagtagTCTCTCCCCCTGCATGTATGTGCCCATTATTGAGTTTTTTCTACTCTAAAATAGAGAGTACTGTTAGTGTCCTTTACTGTTAACCTAGAGGGAAAGCAGGTCCAATAGCAGCAGCAATTATAATTTGGCACTCATGCATACATCACGATTGTCAATTTCAACCACAGAGAGCCTAAAATCAACCCAGATCTTTACAATTGCTTTTTGActtaagaaagaagaaaaatctaccaatcataaaaaaaaacaataccagcCTGCAGCTTCTACATAACATGATCTCAATACAGGTATTTACAGATGTTTATTGGGTAGCAATTCAAGTGTTAGTTTATTCCCAGTTCTCACAAAATGCAGGAATGATGTGCAAGtgttaaattaactttttttcttttctttacaattttacacattacacaagGATTGATATGGTAAAACTACTTAAACCAAAACCAATTACTACAAATGTGAAGGATAACTAGACAAGTCAAAATAACTaacaatatttaagttttttctCCCTGATTAGgccttttatgcattttttacactttaatgcatttccttcaGTATTACCATTTTATAAATTTATTACAACTAAAAAGATGAGTCTAGTATTGTAGGAAAAAATCTGAAACCATTTTCAACCCCTTCATCCACTTCCATTATCATGATAATCCAGTGCTCAAAAATAAAGGATAAACTCCACTTCCCAGTCATGTCTGAAGGTATGAAAGCTATGAAAGCATAAGAAAgcataagcaaaaaaaaaaaaatagaatgacACATGGAAACAACCATAAACAAGGGTTTGAAAATGCTACAGACATGACAATCCATatgaaaacacttttctttctGCTGAAGGACATACACAAGTCTGCAAGTGTAATTTTGTTAAATTTACTGGTGGTCAATTCTGGTACTGCAGGTTTGCCTTAGATATTAAAGGCTAAAATATGGTGAAGCCATTAGTTTAATGAATAAGCTGAGCACACACAAggcattaaaatcaatattagaACATAGGACGCTTACTGAGCAGAGGTAATTAATATTGTGAAGTTCGGGATGTTGAAATTCTCATAAAAATACCACTTAGGGAGCACTGTGAAGACAAAAGTGGGGATGGACTTTGTTCTTTGTTCTCAAGGCACTTGACTGACCAGCCAATCAGGTACCATTTCAATCATCTGCATGACCCACCAACTCCCTTTCTTCCCAAGCCTTCAAAAACAATCGACCTCATAAAGAGAACTGGACACTCTTTTGAACTACAGATCTCATTATCCAtcagtggtttaattaaagATCTCCAAGGCAAGTGCCACAAGGTTTATGGTTTAATGGGAGCAATTTATCCCTCCTTCTGAGGTTTGAAGCAGACTATTTAGAGAGGCTTTGAAAACCTGTTGGACTTGAGGAACTTCACAGCTTCGATGGAGAACAGAAACAGGACCAAAGGCATAGATTTACCACTACCTTTACACATTTGGTCCATGATATTTATACACCTGCACAAACTGTAAACTGAAacgaagaaaaacaaaaatccctaGCAGGGATAAAAAGTGTCAGTTCATTCAGAAGACAGAACAGAATATATTAATAGATAATTATGCATGCAAGATGGACATTTCAGcactgtaatgcagtttaaGTCAGTGGTTCAAAGAAACGGCACCAACACAACATGTAAAATTAAGCTGTACTCTAAGCAAAATGTCACTGTGCTCTTAAGTGTAACAGTCACTAAGGTTTGTACATAATAtaccaaacacaataataatttaaattactttagaggtttttcttttttttaaatgattaactaaatttctgaaattgtaatgtttctttagtttttcaaaatcctaacatttgagaatttaaaaacaaaaatacaaaaatattttggacGTAATCTCTTTCAAAAAAGAGTCTGACTTAAAATGTCGGAGACCAAGTAAAAGCTTAAGATAAAATGACACCTTGTTAATTTGAGTAGGCCCTCACATTGTGATGTGGGGATTTAAGTCTTCATACGaaatctgaattatttaattcGGGTTTTGGTAATTTTTTCAGCAAAACTATAAAGTTTCATACAAACCTCTCcccaagtaaaaaaatatataataaagcagCTGTTTTGTAAGTAAGGACTAGACTTATGAGGTAATGGTTATATTCACTTTGTtatatgattaaaaatgttttactgttattGCCTGTAAGAACAGTATTGTTTGCGTtttgtttacacagtgttttaCTCCTTATTtcgaaaataaaatgaaactcgCTATGTATTAATAGTACATCTTTTAGAACACCATTACCTTTTAACAGAAATGCTACAAAAGGATATCAAATActttgcaatgttttgttttgtaaatcttATTTTCAGACAATTATTAGACTTATTCAGTTTCAGATTAACATCCTTAACCAATATTGAAACTAGAAAAACTAAATGGattgggggaagaaaaataaaaaaatcttacatTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU62981 lncRNA upstream 17304 6629438 ~ 6629646 (+) True G50362
TU62960 lncRNA upstream 128359 6490657 ~ 6518591 (+) True G50346
TU62955 lncRNA upstream 271916 6374665 ~ 6375034 (+) True G50342
TU62953 lncRNA upstream 274039 6372432 ~ 6372911 (+) True G50340
TU62949 lncRNA upstream 303972 6342694 ~ 6342978 (+) True G50336
TU63093 lncRNA downstream 371122 7022461 ~ 7166940 (+) True G50450
TU63094 lncRNA downstream 389582 7040921 ~ 7050362 (+) True G50451
TU63101 lncRNA downstream 561407 7212746 ~ 7219181 (+) False G50458
TU63102 lncRNA downstream 561407 7212746 ~ 7219181 (+) True G50458
TU63103 lncRNA downstream 569401 7220740 ~ 7222856 (+) True G50459
AMCG00008619 mRNA upstream 283920 6305726 ~ 6363030 (+) True AMCG00008619
AMCG00008618 mRNA upstream 439199 6188494 ~ 6207751 (+) True AMCG00008618
AMCG00008617 mRNA upstream 527598 6108963 ~ 6119352 (+) True AMCG00008617
AMCG00008616 mRNA upstream 601080 6030847 ~ 6045870 (+) True AMCG00008616
AMCG00008604 mRNA upstream 763902 5881993 ~ 5883048 (+) True AMCG00008604
AMCG00008626 mRNA downstream 41406 6692745 ~ 6719091 (+) True AMCG00008626
AMCG00008629 mRNA downstream 96372 6747711 ~ 6748885 (+) True AMCG00008629
AMCG00008639 mRNA downstream 660397 7311736 ~ 7315850 (+) False AMCG00008639
AMCG00008641 mRNA downstream 702926 7354265 ~ 7354886 (+) True AMCG00008641
AMCG00008640 mRNA downstream 720689 7372028 ~ 7376143 (+) True AMCG00008640
TU62843 other upstream 904200 5738541 ~ 5742750 (+) True G50243
TU62810 other upstream 1050151 5596023 ~ 5596799 (+) True G50215
TU62655 other upstream 2074216 4561991 ~ 4572734 (+) True AMCG00008580
TU62530 other upstream 2481467 4162058 ~ 4165483 (+) True G49982
TU62528 other upstream 2486888 4156088 ~ 4160062 (+) True G49980
TU63090 other downstream 306272 6957611 ~ 7018125 (+) True G50448
TU63267 other downstream 1282490 7933829 ~ 7939771 (+) True G50583
TU63268 other downstream 1282490 7933829 ~ 7939771 (+) False G50583
TU63407 other downstream 1662086 8313425 ~ 8317602 (+) True AMCG00008664
TU63473 other downstream 1798827 8450166 ~ 8666548 (+) True G50747

Expression Profile