RNA id: AMCG00009929


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00009929
length 6549
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 12
gene id AMCG00009929
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 6059242 ~ 6085806 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GGTTCTCTTCAGGGCTCCAGGAGCTCCAGCAGTGACCCTGTTTTCTGTCCTCTCCCTGGCTCTGCAGGCAGCATTGTGTACCTGGGAATGATGGTAGGGGCTTTCTTCTGGGGAGGCCTGGCTGACAAAGTGGGCCGAAGGCAGTCTCTTCTCATCTGCATGTCGGTCAATGGATTCTTTGCTTTCCTGTCCTCCTTTGTTCAGGGCTATGGCATTTTTCTGCTCTGTCGCTCAATTTCAGGATTTGGCATTGGCGGGGCCGTGCCAATCGTGTTCTCCTTCTTCGCGGAGGTTCTGGCTCGGGAGAAGCGAGGGGAGCACCTCAGCTGGCTGATGAAGCAGCGACTGCAGTGTAGAGGGAAGAGGGAGATACAGCCTGGCTGGAGCTTCAGCATGGGCTCGGCGTACCAGTTCCACAGCTGGAGGGTGTTTGTGGTGGTGTGTGCCCTGCCCTGCGTCTCCGCGGTGGTGGCCCTCACCTTCATGCCCGAGAGTCCCAGATTCTACCTGGAGGTTGGGAAGCATGACGAAGCGTGGATGATCCTGAAACAGATTCACGACACCAACATGAGAGCGCGTGGGCAGCCAGAGAAAGTGTTCACTGTGAACAGAATTAAGACTCCCAAGCAGATTGATGAGCTGATTGAAATCCAGTCAGACACAGGGAACTGGTTTTCGCGGTGTGTGGTGAGAATCCGCACGGAGCTCTCTGGGATTTGGTTGACATTCATGAGGTGCTTCAACTACCCTGTGAAAGACAATACCATTAAGCTTGCCATTGTGTGGTTCACACTTTCATTTGGTTACtatggtctgtctgtctggttcCCTGATGTCATCAAACACCTGCAGTCTGATGAGTATGCGTCAAAGGTCAAACAATTCCACAAAGAGAGGATTGAGGATTTCACTTTCAACTTTACTTTGGAGAACCAGATCCACACTAACGGAGAATACATCAATGACAGGTTTATTGGAATGAAATTCAAATCGGTCACTTTCATTGACTCCACCTTCTATAACTGCTACTTTGATGACATCACATCCCTGGGGACTTATTTTAGGAATTGCACTTTTATTGAAGGTTTCTTCTACAACACTGATATTGATGACTCCAAACTCATTGACACTGTGCTCATAAACAGCACGTTCCATCAGAATAAGACGGGCTGTCAAATGACGTTTGATGATGACTACAGTGCCTACtgggtttattttgttaactttTTGGGGACACTGGCAGTGCTGCCAGGAAATATAGTATCTGCATTGCTCATGGATAAAATTGGACGCCTGACCATGTTAGGTGGCTCTATGGTGCTGTCAGGGATCAGCTGCTTCTTCCTGTGGTTTGGAACAAGCGAGTCGATGATGATAGGAATGCTGTGCCTTTACAATGGCCTTACTATTTCAGCCTGGAACTCTCTGGATGTCATCACGGTGGAGCTCTATCCCACAGACAGGAGGGCAACAGGATTTGGTTTTTGTAATGCACTGTGTAAATTAGCGGCAGTTCTTGGGAACCTCATCTTCGGCTCTTTAGTTGGCATCACCAAAGTCATCCCCATTCTGCTGGCATCCGCAGTGCTGGTCTCTGGTGGGCTCGTTGGACTCCGGCTTCCTGACACCAGATCCAACGTCCTCATGTAACCAGCTGTGTTTCTAGGTGCCTAACTGGGGGACTTGAAAGGTGCAAAAGGCTTAGACAAGTTGAAAACAGCAGAAATTGTATGTGtcatttctgtctttctttctttattgattgattgattgattcactGAACCATTCACAGCCAGTCCAGAGAGAAAATTAATTGTTCATTGAACCCTAAATGCTTTGCTTCACAGACAGCAATAATCTGAATTTGTGAATACAGTCtatgcattttaacaaatttgtgaattaaataaaacatagcatttttcttttggactGTTTCAGCATTCAAACTATCTTCATATCTTTTGATAATGTGTTTATATGAAATTATTTGTCAGTAGggattacaaaaacaaacaataacaaactcACTTTAAAGTGAGAGTTATCCACAAATCTAAAACTGTGCATCtaaaattgtgtaaataaatctatttttaagGCACCCTAAAATAGTTATGAAATCAGAGGAACCAATCTTTTTCATATTATTCCtcttaatgtaatgttatatgAATCCTGCATTTCTCCCAAGTTAGTTACTGAAATATATTAGATATTGTACAATGCTGCTGTCTTAAACCTTAATCAGGACTTTTAATAGGAAATTAATAGGAAATAATCTAAATCTGTTACTTTGAGTAATACAAATTTTAACCACTCACCTGAGCTATGCAATTTTAgacatacattgaaaattataaAGCTACTCTCTTTGTTCTAAACCTGCAGTTAAATCTGACAGGTGAAGAGATCAAGTTCTTTCTGGTTATGATTTTAACACTGTGTGGACCGGTACAGCATTTCCGTACATCATTTTGGGACACATagtatttcatttcattcagcCACACAGTGTTTCTGCCAGAGACATATTCTGCTGGGGCCATACTTTGGAGTACTGGGGTACTCGTTAATTGATCCTAAGTCACTTAATTGAGCCTaactttaaatacttttttgatCTAGTATGTCAAGTAGGATTTCAGCTGCGAGTCTCTAAGCCTTTTGCACCCACTGCAGATTTAAGAATAAAAGgccatattttaaaaataaaattaacaattataataatcatcatcattgtaaTGTGTAGTACAAATTGCAGATTTCTTTATCgatattataatttcaaaaaATACTTCAATATTTGTTCTGCTTGTTggggaaattatttaaacatcttAAACATACTTAGTAAGGTCTGTGTAAAGTAGTTTCTGGTTTGGTTGTATTATTCCttcattcagtcattcatttaCAAAGTTCAGTGTTAACAGCTTTGTATTAATTAGACTGTGTTTGGCATTACTGTATGTGAATATATGAAATGCCTCTCAGTGGCAAGTGACAATATCAATATCATACCAGTCATGCTGCTCCTCCAAGCGCATCCATTAAAACACTGAATGGCCTTTTTAACGTGCCTCTCCTTTAGACCTGTGTCCAGAAGTGTTGTCATGTCACCTGTCAAAATGggagaatttaatttaaaaatagatttgaatttattttaacaggtATTTAAATgctacacatatatatgtatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgattaatgTGCAACACACAAGGGTATGCAATGTTAAACTATGGGCTATGCTGGCTTTAGAATGTCTTGTTTGtaagaatgtaaaaaatacaataattttaaacCACTGCATAGAACAATGCAGAATTACTTTTGTCTACCCAAAGAGAATAGAATCATTTGCTTAGAATTGGGGTGGAATTTATGATGGATTTGTCTGATGTGTCTGTGACATTTATCCATCAGTGGTACCAGTTTGGAAgatgaataatgaaatatttaatagtAATGAAACCATTTCAATTATGTTATGATGAAGGTCCTGAGAACACCTCAAAAATAAGCCAAATCCAGTTATCTTTTACATTAAGAGTACTACACAAAGGGGGAAGGGACATCGCTCGTTACCATCGGGAGCTCATGAATGCATTGTCTATAGGCAACTCCCTCTGACTGTTATAACTAATACAGTACACAGTCTCTGTTTGCCGCTCACCAAGGAGTTGGTCTGTCTCATGATGTCAAAAGGcctctttctctgttttaatattatttttaattcagcagACTGTTGTATTGTTATATAAATTTCTAGTGACGCACTGAGCTAATTAGTAATATTGTTCTATTAATATTAGTTCCTCCATGACATGGGCTTACCTTTTCTGTTAAAATAACCCCCTTTTGATTCAggactttattttcagtttaaaacagGCAAGAGTGCCATGGAGAAATCCCAACTCAGCCTGGCTGAGTCCCTGGGCTCCTGCCTGGATCTCTGACGCTAGAGGGGCTCCTTTCCTGACTTTAACACCAGCTCCAGTCCACGGCTGCAGGTACAGCTTTGGGATCTCGATTCAGCAGATGGACATATGTTGTGCATGACCTGTCTTGGACCTTACCAGGCCCTGGCTGACCTATATGCCATATGTCCTACATGCTCGCACTTTGGGATTTGTTCCCTCCACGATCACTTGTGCTGGGCAACTGGCTCCCGCGCATTGGCTACGGTGACACGCTTGAGGCTCTCTTTAAGCCCATCGCCACCCTCATCTCAGTCGATCCCCTCCCAGCCACCCTCTCGGGGCAGACTCTGCACAGGCTTAGACGTGTCTTGTTGTCTTCTGGCTCCAGGTCACCGTTCAGCCACAGAGGACGGACAGCCTGCAATGCTTGTCCAAGTGCATTGACATGGTGTTGGCCCCTCTGCAGAGTCAGGGCATTAGTGAATATTACTTGaatatctagatgactggctggtttgtgtACACCCCTTGGAGTGCGTCCAAACCCTCACAGCTCTGGTTCTCGACCATATCTAATCTAAGCTGGGAGAAGAGTCCCTCACACTGACAGCAGGTGCATTTCCTTGGACTGTGACTCTATTTGGTCACCATGTCCTGATAATTTGTTATAGCCAGTTGAGGTGACTGGTGGTTTGCAGACACCTGCTGGCCCCTGTTGCCcattcagtgtttgtgtttctatttaCCAGTTGATCATGGCATGGTGGCCCTGTTCCTGGTTTATTTTGATTGGAAGTGTGTGGGTGCCTGTTGGCTCCCTGCTGCCCCTTTACATTATTGTTTGATAAGCTTTAGTCGAGACCTCATCTCTATGCAGACTGTTGTCCCAGAGTCGGTTTCCCTAAGCTTTGCTGCTGACCTCCCTTATGACAGTTTGGGTATAAGgtatcccatccccctttgggtaggtTTCTCAGTTTGAAAGATAAAGATAGCTTGTGAATGCAAacccggttatctgagaaagagaattCTA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Function

GO:

id name namespace
GO:0055085 transmembrane transport biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component
GO:0022857 transmembrane transporter activity molecular_function

KEGG:

id description
K06258 SV2; MFS transporter, VNT family, synaptic vesicle glycoprotein 2

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU95496 lncRNA upstream 108422 5947878 ~ 5950820 (+) True G76486
TU95493 lncRNA upstream 113189 5945706 ~ 5946053 (+) True G76484
TU95468 lncRNA upstream 158260 5897310 ~ 5900982 (+) True G76460
TU95439 lncRNA upstream 283068 5775956 ~ 5776174 (+) True G76434
TU95420 lncRNA upstream 287293 5771674 ~ 5771949 (+) True G76418
TU95571 lncRNA downstream 75650 6161456 ~ 6166615 (+) False G76550
TU95570 lncRNA downstream 79516 6165322 ~ 6166615 (+) True G76550
TU95577 lncRNA downstream 81805 6167611 ~ 6168308 (+) True G76555
TU95708 lncRNA downstream 656126 6741932 ~ 6742239 (+) True G76658
TU95709 lncRNA downstream 668715 6754521 ~ 6754936 (+) True G76659
AMCG00009926 mRNA upstream 60650 5986267 ~ 5998592 (+) True AMCG00009926
AMCG00009922 mRNA upstream 119152 5933021 ~ 5940090 (+) True AMCG00009922
AMCG00009923 mRNA upstream 164265 5890280 ~ 5894977 (+) True AMCG00009923
AMCG00009919 mRNA upstream 264316 5786425 ~ 5794926 (+) True AMCG00009919
AMCG00009915 mRNA upstream 291183 5766337 ~ 5768059 (+) True AMCG00009915
AMCG00009930 mRNA downstream 26490 6112296 ~ 6149391 (+) True AMCG00009930
AMCG00009928 mRNA downstream 64212 6150018 ~ 6154858 (+) True AMCG00009928
AMCG00009936 mRNA downstream 94597 6180403 ~ 6185389 (+) True AMCG00009936
AMCG00009934 mRNA downstream 139730 6225536 ~ 6241567 (+) True AMCG00009934
AMCG00009935 mRNA downstream 164094 6249900 ~ 6284991 (+) True AMCG00009935
TU94664 other upstream 4695408 1360536 ~ 1363834 (+) True AMCG00009851
TU94663 other upstream 4724192 1333967 ~ 1335050 (+) True G75807
TU94657 other upstream 4731678 1322618 ~ 1327564 (+) False AMCG00009844
TU94585 other upstream 5021800 1037206 ~ 1037442 (+) True G75745
TU94510 other upstream 5187507 867680 ~ 871735 (+) False AMCG00009821
TU96625 other downstream 5063820 11149626 ~ 11155469 (+) True G77423
TU96770 other downstream 5614900 11700706 ~ 11701081 (+) True G77541
TU97434 other downstream 9555155 15640961 ~ 15642841 (+) False AMCG00010119
TU97557 other downstream 9971725 16057531 ~ 16060087 (+) True G78198
TU97783 other downstream 11138076 17223882 ~ 17225340 (+) False AMCG00010164

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00059420 False 2569 mRNA 0.50 13 NC_007116.7 45976130 ~ 46066558 (+)
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000039_02497017_02533586.mRNA True 4646 mRNA 0.43 16 CI01000039 2495467 ~ 2533613 (-)