RNA id: TU98257


Basic Information

Item Value
RNA id TU98257
length 3811
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id G78772
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 19006289 ~ 19010099 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CCTTGGGTACAAGCCCTTCTTCGACCTCATCCGTCCACACTTACAGAAGCTAGTAGAGGTGACGGCAGAGCAGGTGCAGCCTGAAGCCTTCCAGCCGGTCAGCGTCTCCAAGCTGACAGAGCAGGTCTTCCCCCGGCCCGAGGACAGCCGTAGCCCGGCTGGCATCAGCGTCAGCCTGCCCAGTGAGCCGGGGAGCAGTGTCATCAGACCCACGGAGGACAACGTTGGgaaggagcaggaggaggggcCCCTGGAAGAGGGTACCTATGACTGCACACTGTCCTGAATATGCAGCCTGGGCCCATCAGAGACctgcctcttcctcctcctcagatGGCAATGGCAGTCGGCATGTCTTCATTTCAAATACGCTTCTTGTTTCAGTTGTTTgctttaaaccatttaaaccaGTTGAGGTAGGGTGTCCCATGATGTGTTGAATTTGTTGTGCAATTGCTGTTCAAGAATGGAAGGGAGACCCTCCCATGTTAAAACTTTGCATCAAAACaacagtgtggtgcacacactCTTAAATTTCCACACTCactttttatggttttgtttagattatttttggttttacaaTTCTAATTGTTGATTGCCAGACTTTAATAAATGAGACCTAAATGTAACTGGAAGAAGGCTAGTCCTCGGAGGTGTAGAgatgggtttgtttttctattgttttactaAAATCCAATCCAACCTGAGAATGTAAAAGCTTTAAAGGGCTAATTATAATTACCAGGATCTCCTACAACCTACATATCAGGATCCCCTCTGATTTCAATAgctcagtatttttattttaaaagtacattttgtacttatgtaattatgaatattttagaaaaaacCTTCTCTAATTTGCCTCTTGAAGATGCCCATGTCTTTCGGTTGACAAATCTTTATTGATGATTAAGTTATGAACACAAAATGAACACCCTCAGTACATCCCCCTTAGCAGCACAGAATGGACCTCAATAGATCTTTTAAATTGCtaaagtatgttttaaaaaacatggccacatttgtattataatatgcATTTCCTTGTAACATGTCCAAGAAATGAATTTAACAGCTGGAAATGCACTAATTAGCTAGATTGATGTGCTGGATTTGGTCCCAGGTTGTTACTGTCCCCTCCCACATTACAATCATATGTATGGATGAAGTTTGACAGCTAAAACTAGttagcatacatacatacacatttttaattacaggcATCAAAATATTGTTGAATACTGAAACAATTTAATACAAGAAAATGTCTTCAGTGTCACCAGCTTTATTACTGTACACCAGCAGTTTACAAACATGTcttggagtaccccctgccctgctggtttttgttccaactgagctcttaatagTTCAATTagggattcaattaagcaatcagTGCAATATATGGTTGAATTAAGTAAATTAGAGCTCGGTAGGAACAAAACGCAGCAGGTCAGGGggactccaggaccagtttgggaaACCATGCTGTACACAATTAGGTTTTCAATGGTTATGTTTGGCCAGCAGGGGGCAGGCAGCAGTGCTGCTGCAGGTCTTTACCACCCACATGCTAGTGATTGATCTTCTCAGTAAGAATgctacagaatgtttttttaaataaatcaaaaactgaTATTGAAACCAGCAGGGATTCTGATATAGGCAATGTTTTGTATCATGAGATTATATTATGCCTTTATGGACTAAATTGAAGTATGTaggatattttcaaatattcagtCCTTCTGAGTACTTTATGTATTATGATTTTCTTGCTCTTAAGTATGGTTAAATAACAACTTGgttattaaattgaaattaagttTTATGTTGTCAATAAGTGGCAGTCAAAGATTTACAGTCAAGCTGGGGTGGTGTAATATCAGACAATGATCACTAGCAGTTTGCTTATGGCAAGGTGGACAATATTAAagtcacaaataaacaaaaaacaaattacatcatgAATTAACAACTATGGTTTGAATAATCGCCCAATAGAGAGAGGCTGACATCCAGAATattcaaaaaattatattatttacacaaCCAGGTATATTACTGTTCACTATTGGGCTTACAGGGTTTCTAGTACTaaactattttagttttttacattaTCAGTCATTAACTTGGTGTTTCACAATAGTGCATTGTGCTACAAATATGGagctaataattattattactgtgattATAGTATTGGACATTtaagaacaaataattaaatgctaCAGCTACACTATTTCTTATCTGTCCACCAATTATTTTGGCACATTTATGTAATAGCTCAGACTGATTTTTACATCTATAGGGGACTAACTGTTGCCTGGTCTTCAgcttttcaatttttgttttaatatatccAAATATATAgaggtacatttattttacagtgaaccaatagcattttttttcttcagagaaagattgtttgtttaattattttttttaattattttccagtgAGAGTTCCTCtcactgaaaatgttctgttgtgTAACTAACTCCTGGCCCctaaccaatttttttttttttttttttcaaattgtataccagctttatttcaattttgttacattttgtaatttgacTGTGCATATAAATGAACATAAGGGGATGAATTCATTACTTTTCAAAAcctaatgtaatttatttattttttggtgacCTGgtcttttttaaaatcataaataattggTTAGTCAAACAAAAGTGTAAAAGGCTTGGATGTGaaatttcttcaaactgctCAACTACTGTCTGTAACCACAAAATCTAGATTCTACTCAAAAGATATCATACGTCAGGTGCTCCACATTTCTCTACACTTGGGGCTACAGCAGTATTTGAATGTTTGGTAAGGAGTACGGAACGAGTAAGCTGTAACCCTTGAGAACCCTGTTTGACGTGTCAGAAATATTTAATAgacttgagaaaaaataaacaaacttgaCAACTGTTATGGTGGATATGAAAACTCACCTTGCTAAAGCATGGATAAAAAGAAAGATATAACATGCATCATCAAAGTTCTCAGTccttttatttctgtaacaaCTGTTGGGAAGATTTAACCTAgtagacatttgttttcttgcataaaTTATGGTAAATATACTTTTCACTCCATCATTACATTGACAAAAAATactccttttttgtttctcaaactCAGTCAGGCAGTGGAgtccaaatatatattagaaatctATCTTATGAATAATATTGCCTCTAAGATCTTAAGTAACCTTTCCATCATGCAGTGAAAATTCATGtctgttcttatttatttattgttgcttGTGAGTCTTCATCTATGGAATTCAAATGTTATCCAGGAATGTAAATAATACAAGATTAATTTTAAGAAATCTTAAAGCCAGACTTCAGCATATGGcaataataaatgtgttcaaTGAAGTGGGTGGTTTAAGAATCTGATACTGAATTAAGGAGAGGAAATAATCTTTGGCTATTGCTGTACATTAAGAACAGTGTGCTTGAGATATTGTCATAGTATTTTAGAAAGTTATTACCCCCCCATGCATTCTAATAATTTCTACCTACAGCAGTATTGCAGTGATAATAGCAAACATTTGTAATggtgcaatttaaataaatcaatacagaaatGTTACTTATTTTATACAAGAATGGAGTGGTCTATTTTTATAGAGCTTTGTTGTGTAAagattgttcttgttttctttgcttttaatattttgtttcctttttatggACCAAATTATTTGTATCTATATCTCTTACTTTGCTTAACTAACACTACACGGGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU98245 lncRNA upstream 34575 18971295 ~ 18971714 (+) True G78760
TU98243 lncRNA upstream 42564 18963523 ~ 18963725 (+) True G78758
TU98157 lncRNA upstream 555480 18450490 ~ 18450809 (+) True G78682
TU98099 lncRNA upstream 929022 18058719 ~ 18077267 (+) True G78635
TU98069 lncRNA upstream 1028984 17976174 ~ 17977305 (+) True G78607
TU98262 lncRNA downstream 3303 19013402 ~ 19013758 (+) True G78774
TU98458 lncRNA downstream 480558 19490657 ~ 19494085 (+) True G78939
TU98500 lncRNA downstream 618627 19628726 ~ 19629439 (+) False AMCG00010224
TU98631 lncRNA downstream 1272260 20282359 ~ 20282722 (+) True G79081
TU98641 lncRNA downstream 1457210 20467309 ~ 20467696 (+) True G79091
AMCG00010202 mRNA upstream 124498 18874762 ~ 18881791 (+) True AMCG00010202
AMCG00010203 mRNA upstream 139798 18851157 ~ 18866491 (+) True AMCG00010203
AMCG00010204 mRNA upstream 200471 18776456 ~ 18805818 (+) True AMCG00010204
AMCG00010201 mRNA upstream 321649 18678221 ~ 18684640 (+) True AMCG00010201
AMCG00010198 mRNA upstream 787916 18214015 ~ 18218373 (+) True AMCG00010198
AMCG00010212 mRNA downstream 60828 19070927 ~ 19080716 (+) True AMCG00010212
AMCG00010213 mRNA downstream 92769 19102868 ~ 19108097 (+) True AMCG00010213
AMCG00010214 mRNA downstream 106636 19116735 ~ 19119081 (+) True AMCG00010214
AMCG00010216 mRNA downstream 128560 19138659 ~ 19184069 (+) False AMCG00010216
AMCG00010218 mRNA downstream 179783 19189882 ~ 19229691 (+) True AMCG00010218
TU98227 other upstream 84845 18919911 ~ 18921444 (+) True G78743
TU97819 other upstream 1652801 17344419 ~ 17353488 (+) True G78410
TU97800 other upstream 1728291 17274387 ~ 17277998 (+) True G78396
TU97792 other upstream 1759301 17245637 ~ 17246988 (+) False AMCG00010160
TU97783 other upstream 1780949 17223882 ~ 17225340 (+) False AMCG00010164
TU98291 other downstream 77230 19087329 ~ 19087754 (+) True G78794
TU98308 other downstream 127904 19138003 ~ 19139647 (+) True AMCG00010216
TU98991 other downstream 3036019 22046118 ~ 22047542 (+) True G79382
TU99036 other downstream 3347870 22357969 ~ 22378809 (+) False G79420
TU99038 other downstream 3347870 22357969 ~ 22378809 (+) False G79420

Expression Profile