RNA id: TU99991


Basic Information

Item Value
RNA id TU99991
length 4383
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 2
gene id G80163
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030129.1
NCBI id CM030129.1
chromosome length 41163702
location 26497769 ~ 26502274 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

caattttcattttcataaatgcGAAAACTCTTTTTTCCTATTGTTTCATGCTTATGTTATACATATCTGTAAAGTATGATGAATGGAAAGCAGCCATAGTAGTGGCAGGCAATAAAATGCATAACAGGCCAATGTGGAGTTAGTATTGCTTGAGAGATGTGATAGGGATGCAATGTGTCTTTAAGGAGAGGGAGTAGTGTCTTTGCACAGTGTGTTAGAAAAAGAACCAtagcacagacacagagggtAGGCACAgtgaaaaaatgcagtttattttactaGGTATACCATACAGAGAAGAAGCCACAAATACAGCATGGCTGCTGGCAGCTTATATCAGAAAGAGTgaaagaaagagatagagagagagagagaaaaaagaaaatagaacattaaaaaaaaaaacacttcaggTTACAAAAGTATAGCAGTTCCAACCAATAAGCACAGCGGTTCCATTGCAAGTTCTTTTATTCACATTGTTTAACTCAGACAAAGGTACACTACTGAAGCCGCAATCCCACTTTTCAAAGCTCTACTCGGCAGTGTTTCTGATACCGAAAACTGTGTGCTACACAACATTCAGGGGTCCAGTCTCACTAGGAATTATGCTGTAAGAGAAATCTTGTGTAATTGCATGTAGATTAGTTAAGGgggcaaacaaaaaaaaaaaacagcattcttTCAAATTGCATACAATCCTGGATTTTCTATttgatttacaataaaatatatgtatttttaatactacTTCACAGCCTACAATGACTGattaattgttattatgaaACTGAGATTacagtattataataatacttttgCTAACATTATTGTCACACTTAATTTcttatatattctgttttatttgggCACTGATTAATTCATCCACAGAATTAATATTCCCCAGATGCATGTATTCCACCTTTATAGTAAAATACTATTAGAatgataaattataatattggCTTCACtagccaatatatatatttacttctACTGATTAATTATCTGACCCAAATATTCTgaattataaacaatataaattccCATTTCACAATGTCAGAGACTTCAGGGACTGCTCTCTGCTAGTAAGAATTTGCCAAGACTATTACAGCTTATTGACATTCTTGACTGTTCCCattggaatacattttattatgtggcATAATGAACACATACAATCCAAAACCAAAATGAGTTTACTATAGTTATAGCTGGATAAAGTAAactatctatttttatttttcatcattattaaaaataaaccattctcCTCCAAAATTGTAtgaattttatatatacagtatgcataTATCTTTCTGTAAATCAATTAAGGTAAAATGCAATTAGACAGTGTAATTGTCAAAAGATGGCTCATATCCACCATGATCTATACGCTATACCAAGTGAAGAATAGGAACTTTGACTTTAAAACAGAGGAGCAGATTTATAAAGGACAGCTGCTGGTTCTACCTTTAATATAAGTTGGAGAAATGCTATGGATTCATACTTTTTCCTTCACTTCATGTTCAGGTTTGTTGGATGCTTCCATTTGAACACGCCAGATGGTTGCTCATCATTAAGGGAATTCATGTTGTACAGGCCTTGTTTGGGAATTTGGTTTCCTACAGTCCAAACTGCCACATAATAAAAGAGCTTTTGCTACACTAGCCATATACGGCATATATGTCCTCTTTCATAAACCATCCACCAACATCCTTGCATAGTTACTTTACCCAGAGCAGAAGGGTCTGGGATAGTCAAACTCAGTCTCACATTGGCTTTTCATTTAGATCggttttcacattttctctgtTGCCACCTAAGGTTTGTGAAAAACATGGTAAggttaaaaaatgcttttattttttctgttcgacttgtcatttttattattaattgtaatggAAGTGAATAATCTAAGACGAGTGCTGTTGCCTACCATAATGTCATCATTATGATGGTTCATACAATAATAGGTGAAGATTCATGTCAAATTCAGTGATAGGAACTGTTCAGAAATTCTTATCTGAAGATAAGACCCATTGCAGAGTATGTCTATTATGTTATCTTTGTTGTATCACAGACATCTCAAAGGaaaattgtgtttaatattttatcttACTGAATATTGAATGCAGTACAAATATGTATGGCTCTTGCCATTAAACGTGTAACCTACATTGTTATTGTCTTTTAGACACATTGGCTTGTTGTGAAATGAGAGCATACTTGGTATTTCAGCAATCCTAAACAAACttagcttaaaaaaatatggcTATGGTCCCATCAGCATTACTTTGTAGTTTGGTGGGCCTCATTGATAGGGATCAGTACAAGTAAacttcaaacaattaaaaattacCATTAAAAAATGGTACCCATTAGTAAAAGCCCAAACTATTTTTTCCACTAatattatttcaacattaaaaacagtcatgtgtttctgaaaatgaaaagcccaaaacaaacaaacaaacatttgaaatgaatgttGCATAGACacagaaaaagtaatactttgtaaaattgtaaatacCAACCTAAAGGTTGcaattcttttctttctgtatttggtTATTAAACCTAAAAACAGTACCTGGCCTTTGTTTGACTAATAGTGTCACTAACCCTTCAACAAAGGGTttgaagttaaataattaaaataaatacaaataaataatttaaaagattatCACAGcctcactgaaataaatatttcaggcaatgtgattatatgaaaatataaatatgataaaaagttaaaatggtgacctgataattaaaaaaataatgtttttgatagaatgtatttttaaatggcacCTCAATGTTAAAAAGCCTTGCGTAACTGCAAAGAAAGGTTATTATGCTGTCTGCTTTGTAGCTATTTTCTAAAAGaccacaatataaatataactaaaaatatgaagaaaaaaaatacttcagaaaAGTAAGAACAGATTCCTGCATCTTCagctaaaatgaataaataaatgcacttggCACATTACATGTTAATTACTATACCAAATGTATGGTGGGTCAAAAATAGATTGTGCTTAGGACTAGAAACCTGGAATTTTCTTagctacaataaaaaaacaaaacaaaaaaacttgtcCTCCCAAAAGCACAAAAGAGATTTTGAGCAACATTTACAAAGCCCCACTTTTCACTGCTGGCAATACTGATCCTGCAATATCATTAACTTTTCTTATACAGCctggctatttaaaaaaaatacataatgataataataatacactttagTAGGTAGGACAGTCACCTTGAATATAATTTAATCTCAGTCTACATTTTGCCATAAtcacacatatgtatattaatacttAGAACATTTAATTAGTTCTGATTTAATGTCTGATtcattaaatctaaatgtatttctttgtccATAAGGTGGATTTTAGATTAAAATTACAATAGCTGTAATTCTACAAGGTCCCATGTTGGACCCTTACCTCAATGTAACGGTATTTGGTACAAAAGGTGCCATTAAAGTGCCAGATCTAATTACTACTTCAGTTTGcctatggaaaacaaaacaatccgaGATATAAAAGTAGTATGAgggaattaaaaagaaactgaaggCATGACAGTGTTAATAGGAGGAGATGCATGGctgcaaaaaatataacattttgaatctgtgttgaatatatataacataagttatttatctatatatacaaataaacagggaaggttttaaataaaaagtttgttcatatacagtatatacatactTTATCtacacatatatactgtatacatctTAACCTTAAATATTATCATTAACTCTCTTTGCAAATTACTTCCAccttcatgtaaaaaaaatatacatttttattcttgttgACAGCCAAAAATATAAGCATCTCTAACATCTTTTCAATTAATACCTAATTAAATTCCCTTCACATTGCTGAGGCTGTATAAAGTGGCCAGGAAATTCTTAGGTTCCCATAACAGAATTAGCCACTGTCAATTCCTCTGAGTTTGTAATTACAGAGGTTACTCCATCTTCCTTCATGTGAGTCTTCAGTTTGGGCCCTTGTTATAAAGGCCATTGATATAATGACCATTTAATTATGTCTTGagagtatatacagtatatacagctctggaaaaagaactggaattaagagaccactgcaaatgtttcttaaatcagcatctctacatgtatggcagccattccattccattcatatttttatttggaatttgggagaaatgttgtcagtagtttatagaataaaacaaatatgttcattttacccaaacactttacttttactataaatagtaaaaccagagaaactgattattttgcagtggtctcttaattttNNN

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU99960 lncRNA upstream 88156 26404606 ~ 26409613 (+) True G80140
TU99958 lncRNA upstream 122413 26373652 ~ 26375356 (+) True G80138
TU99820 lncRNA upstream 370461 26127083 ~ 26127308 (+) True G80032
TU99709 lncRNA upstream 915194 25582318 ~ 25582575 (+) True G79952
TU99677 lncRNA upstream 1499272 24998294 ~ 24998497 (+) True G79924
TU100040 lncRNA downstream 413460 26915734 ~ 26916135 (+) True G80207
TU100041 lncRNA downstream 414267 26916541 ~ 26916839 (+) True G80208
TU100043 lncRNA downstream 576015 27078289 ~ 27078504 (+) True G80210
TU100050 lncRNA downstream 700727 27203001 ~ 27203201 (+) True G80217
TU100068 lncRNA downstream 786305 27288579 ~ 27288856 (+) True G80235
AMCG00010369 mRNA upstream 94749 26380582 ~ 26403020 (+) True AMCG00010369
AMCG00010368 mRNA upstream 132708 26363239 ~ 26365061 (+) True AMCG00010368
AMCG00010353 mRNA upstream 148439 26341343 ~ 26349330 (+) True AMCG00010353
AMCG00010357 mRNA upstream 169101 26306640 ~ 26328668 (+) True AMCG00010357
AMCG00010361 mRNA upstream 335838 26146725 ~ 26161931 (+) True AMCG00010361
AMCG00010372 mRNA downstream 120075 26622349 ~ 26638228 (+) True AMCG00010372
AMCG00010377 mRNA downstream 233023 26735297 ~ 26735518 (+) True AMCG00010377
AMCG00010374 mRNA downstream 245294 26747568 ~ 26751936 (+) True AMCG00010374
AMCG00010378 mRNA downstream 415623 26917897 ~ 26921875 (+) True AMCG00010378
AMCG00010380 mRNA downstream 762511 27264785 ~ 27277753 (+) True AMCG00010380
TU99961 other upstream 103247 26380467 ~ 26394522 (+) False AMCG00010369
TU99785 other upstream 471466 26012484 ~ 26026303 (+) True G80014
TU99797 other upstream 501355 25992558 ~ 25996414 (+) True AMCG00010366
TU99599 other upstream 1660381 24833109 ~ 24837388 (+) True AMCG00010333
TU99126 other upstream 3794360 22699809 ~ 22703409 (+) False G79475
TU100084 other downstream 1054141 27556415 ~ 27557007 (+) True G80249
TU100109 other downstream 1367183 27869457 ~ 27874931 (+) False AMCG00010393
TU100171 other downstream 1404223 27906497 ~ 27906829 (+) True G80326
TU100533 other downstream 2992343 29494617 ~ 29503451 (+) False AMCG00010431
TU101485 other downstream 7401541 33903815 ~ 33935416 (+) False AMCG00010529

Expression Profile