RNA id: AMCG00011357


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00011357
length 6290
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 15
gene id AMCG00011357
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 19730492 ~ 19759043 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGGGAGTTGTCCACAGAGACCTGAAGCCTGAAAACCTGTTGCTGGCTTCCAAATCGAAGGGAGCAGCTGTGAAGCTGGCTGACTTCGGTCTGGCAATTGAGGTGGAAGGGGATCAACAAGCTTGGTTTGGCTTCGCTGGCACTCCTGGATATCTTTCTCCAGAGGTCCTCAGGAAGGACCCCTATGGTAAAGCTGTGGATCTATGGGCCTGTGGTGTTATTTTATACATTCTGTTGGTGGGCTACCCTCCATTTTGGGATGAGGATCAACACAGACTCTATCAGCAGATCAAAGCAGGGGCCTATGACTTTCCCTCTCCAGAATGGGACACTGTAACCCCCGAAGCGAAAGACCTTATTAACAAGATGTTGACCATTAACCCTGCGAAGCGCATCACCGCCGCGGAGGCGCTCAAGCACCCGTGGATATCGCACCGGTCCACAGTGGCCTCCTGCATGCACAGACAGGAGACGGTGGAATGCCTGAAGAAGTTCAATGCCAGAAGGAAGCTGAAGGGCGCTATTCTTACGACAATGTTGGCAACACGGAACTTTTCGGGAGCTAAGAGTGTGGCTAACAAGAAGACCGATGGTGTGAAGAAAAGGAAGTCCAGTTCCAGTGTCCAGCTCATGGAATCATCTGAAAGCACTAACACTACCATTGAGGACGAGGATACCAGAGTGAGGAAGCAGGAGATAATAAAGGTGACAGAGCAACTGATTGAAGCGATCAGCAATGGAGATTTTGAGAGCTACACGAAGATGTGCGATCCCAGTGTAACCGCCTTTGAGCCTGAAGCCCTGGGCAACTTGGTGGAGGGACTGGACTTCCATcgattttattttgaaaaccgTAAGCCACTAAGCTTCATTATTTCATCCTCAAGAGTGCTATTACTGTGGGTTGTGTGGTCCAAAAACAGTAAGCCAGTTCACACCACCATCCTGAATCCTCATATCCACCTGATCGGCGAGGAGGCAGCCTGCATTGCCTATATCCGTATCACTCAGTACATAGACAACAATGGCATGCCCCGCACTGCGCAGTCTGAGGAGACCCGCATCTGGCACCGCCGGGATGGCAAGTGGCAGATCGTGCACTTCCACCGCTCCGGCGCGCCATCAGCGATCGCTAAGTAAGTGGACGAGctGAACTATTAGATTGGAGAAAGTGAAGTAAACAAATCTCTCCTCGAAGCCTGAGATCAGCTTTCCACGTGGAAACTGTCAGATGTCGGTTCACCCGGGGAATGATGGCCTCTGCATTTCATATCTTACTTGAAACCTGTTTACAGTTCCACTCAAAACGAATGCTATTATACAAACGCTatcattaatatgtatatataatactgtatatatacataattcatatcttttttttccagcttttcATTTCTGCGTAGAAGCATGagaatcaaaaaaataataatcataacgaATACATTTATTGTTATCTAACTTTATAAATATCCAGTTAAAGTTTGGCTTTCCGTAAACCATTTGCTGTATTCTTGACTTCAAGCTGTGGTAACCCACTTTCTCTCTGACCAACCGGACCATTTCTTTAGAGGATTTATTGATGCAAACGGCAGTTATTCTTTCCAGTGTTTTTGAAACCGTCAGCcactaaaatagaaaaatatgtcAATATTTCCTATGTGCAATACACAATCAAATGTCTTTCTatgacaaaataattgtttaagtTAGTAAtgatcatttaattaatgaatttggTCTAATATGcccatttacaaatacataacatattATCATTCCTGAATGTATGAGGCTGTGACAGTCAGTGTAGTTTAAACAGTGTTAACCTGCGTGTGCATTTATCCCATTTTAatgatgataataataataataataataataataataataataataataataataataataataataataataatgtgtagcTCCTAGACAGATTGAAGGCTATGGTCCCTGATCTGGAAACTGTCGAGGTTATTCATGTATAattaagaatacatttacatatgaaCTAATTTCTTAGTAGTATTAACAGAAACATCAGTAGTGTGGAAGAAACAATGATGGTTTGCCATTTTCCATTTACACAGGGGACATGCAAACCGATTTGCCTGAATGATCGGAGCTAATGATGTACAGCAGAGTATACCTAGAGCACCTGTTCTTCTAGCTCAGTGATtatcaacaaaatgtaattatgaaatcaaattgtaaaaatgGTATATGGCAGATATTTTATAGACATATATATCAATGGAGTGGAAAGAATTtatgattcattttcattgttgaATTGTACTTTTAGTTAGAGGGTAGAAAATACGTAGTTTGAAATAgatttgcataataataatattttgtaaattacacTCTTCAGATATGAAAATACGCACACGTGGCAGGGATATAttcaagcaaagacagggaatACACTGAATAAATAGTAAGTACACTGCAAGGTGATACTGAtcctttgttaaaaaaactcTTAGTAGAAAATGAcctaataactttttttaaagccGCAAAATGATAATCAATGTCAAAATTCTTGCTGATGGAAGAAGATaactaaacacatttaatacagTCAAAGTAGATGGGTTTGACTTTTGCAGGTTTTTGAAGCACTTTGCTATTGTTCTTCCATTGAAGATGAAATCTCGTTTAATGATCACACTCTGTTTTACAGCATATCCATTATCCATAAACATGCAACGATATGCAggtaattataataacagtataTGTGGAAATATGAGTAGTGTACTGCTTGCACgagaataacacatttattgcaATAAGCATATAGGTGTTGTATAGAACTGTGTGCTAAAACCTAAGATCAATAGAGATGCACAGTTATTTACATTAGTTAATGATCATCATTATTTATGTGTTCTATTTCTGATTATAATCACAAGAGTAAATTCCACTATAATGGTTATATATTCAAATGGCGGAAAAATATCACACACCATTcgaattttgtattaaatatatcacCGCAAATCACAACAAACTTTGTTCAAAGTTCAAAGTATCCTGATTGTCTTTTAATCTTGAAATACACTCTGATATGCAAGCATTGTTATGTCTTGCTAATGTTTAGAAGTATCAGTATTTCTAAAGAATGATATAGGTTATATAATCCTTATAGTGTTAGCCAGATAAGTTAGATGATTGCAACACTTACAAATCCTCTATAACTTTGGCTGAATTTGGCATAGATTCACATAGAGATTAATCTATTCATCTCAATCTTAACAAGGATACTCTTCATCTGGAAAACGTAAGGAAACAAACAACTGAACAAACCTTTCAGTGCTTTGGTTTTAGGGGCAGATCCTTTAAAACTGTCAGTACAACATATTCATGAGATTATGTTTGAGCAAATAAACTATTGGAAACAGTGTTCCTCTTAAGGGTATATTGTACATATTCTGATTTCTACTGGGCGTTCTGGAGAGAGACAAACAAAGCCTATTTGTTCTAAACTAGGATCTTGTTTTGAAGATGTGGATATTTTTTATGGCTTAATATACAgattgtatatttgtttctaagtggtttttaatgtgaaaatggaTACTGCAGCTTTAATATCAGAACTTCCAGCAGAAcagttttctgcatttttctttcttgtgcaAGTAAAGCATCTTCCATGCATTTGTGGATCATAGGGATTAAAGAAGGGAAAGAAACGAACGTCTTGGGCCGATGTGCAGAAATGAGTCCACATTAAGAGCGCATGTCTTAGGTCCTGGAACACTCTTGATCCCTGTGTAAAAGGCAACAATTTACAGTAATATTTCTGGTCTCAAATGCAAAGCTCCAGCATTTCCATTAAAGCATGCAGTTTTAGTACTAATGTGGGcctgtgtggtggtgttgttttaaaatagtttaaacatTCAGCCAAAATTGTTAAACAGTACATATTGACTATTTGGGGAAATGTAAATAACTGCCAAATGATTTTCCTAGAGGCATACCTTTAAGGAGTTTTAGAgtaagctatttattttatttatttgccttcaATAGGGTACAGTGGacctgttttattgttgttttttttcttcaaaattatACTTTCCAAAGCAAGATTATTTGGGTTTATAATTAGTGTAAAACACAGAGAAtaattttcaaaatggaaacaaaacattgtttgtttcttggtaATTAAACATAGCAGGAAATCCATGAATGGAAACTGAAGTTCAATTTACAATCATGCACAGTTTACTGTATATTCGGATGCCTTTCTTATTACGAATCAGCGCACAAGGGCATTGTGACTCTGAAATctgattttagatttatttggCATGATTATTAGATACCAAAAAATACAACTGAATGTTTTGGTAGTTGCCCGGCTCTGAGTTATATCACTGACACAAATGGAGAGCCAAGAAAAGCAGATGCAACATAAAAACAGCATATTGTTGCAGACTTTGTTTTAGAAACATGGATTAAACCATCATGCCATGTTGCCCACaatacaatgtcatttttcCCTCGCAGAGTCAGCATTTAATGGGTAGCCAGAGCATCTGGTTCTAACTTGAGTACCAGAGGGCACAAACAAAGGGTTTtcaatgaaattacattaaatcactTCAGTGGAATCCATGTCGCAAACCTTTAAGCTTCAGCAAACCATTAAAAAGCAAGAGAtgaggcagagagacacaccAGTATTTCATTCTTCTTGTGCAAAAGGGCTAATCTCTTTCTTTGAAAACACTTCCCATATATTAGTTTAATTctgcaacaattaaaaaatatactaattcACTTCATAAATAAgccatgattaaaatattaagaacTGAAGAATGAACTCAAAGAACTAATATGCGGTCCAAAGCATGAAACCTTATGCAAGAATAAAAACAGcccataataattaaaacaaaaataataataaaataaactgagtaTTAATTATTCATCTAATTGCTACCGACTTTATAGTCTATCAACTTAATGATTTGTCATTAACACTTATCAAGAAATCTCACGGGCACTATGCTACATTAACCTTTTAAATATCATATTGATGACATAATAGGATGatataatacaaagcaaatggaaacaaacagcTGCACATGTTTTTTCTCCTGCTTCGTGCGTCCTCTGCTGGACTGTAGGaacatttcagtttctgtttttgtatttctctcgCATTTGATTTGGACTTTCAAATACACCATTTTCTTTGGGTATCCTAAATAGGTCCACTAAACCCTTAATACATATgaaggctttgttttttttttctttttggtttgtttgtttaccagAGTTATTTTGATGGTTTGTgtctattttgtaattttttaaaattcTTTAATTCTGCCTGCCTCATgttaaaatgctaaataataagtGCTATTATGTAATGGgcgcaaacacaaaaaaaagagagacaatCTGAGAAGaaatgctgtgctttttcaCACATGGAGTAAAACCAAACACAATAGGATGGGAAATACCAAGGGAATGATAGGGGATACAGTGAAGGAACATACTTCTTTCCAAAAGTCCTGTTAAAGACATCTTCTCTGATAGTTTTGTATAACCCAATAGTTAGCCAAATTAATGGCTATGATCTTTTTATGAACAATGGTTATATATGATCACCAGTTTCAAATGGATTAGTAACCATTCTTTTTTATGGAAATATTGGCACAATAAAGCACAAATTATTGCAATGGGACACCAGTGGTTTCCCTCTGGCCTCCTTGTAATTTTGGATTGTCCATATATTGACAAACTAGCAAGTCAGTATGCTGCAGCACATACGAATGTAATACAGTTTCTTGAGTTACAGAGGAGATGCACATgaattgtatttacatatattgaTTATACAAAAACGAAggcttaaaaatgtatgtttaactCCGTGTGTAGGAAGGCAGTGTTGACCGGTTATAAACGACTGTAGACAATagcagagagggggaaaaatgaatcaaaacaaaacaaaaaacaaacaaaaacgaaaaaaaagCAGGAACTGAATTCTGGTTGTGCATCAGTTGTATTTGTACTTTCTTGTGAATTGAATGACTGccttatgtatattttttgtaggTGACTTTGATATTATTGTAAACTATTGTATCACTGCAGAATGATggtggtttaaaatatataaaaaaagtttgttgtttttcttttgtttactttatttttaatgaatgtttgtAGGTTCTATTGAAAAGATCACTgccaatatataatattaaatggTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K04515 CAMK2; calcium/calmodulin-dependent protein kinase (CaM kinase) II

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU132642 lncRNA downstream 141520 19588175 ~ 19588972 (-) True G106023
TU132569 lncRNA downstream 250408 19422435 ~ 19480084 (-) False G105968
TU132566 lncRNA downstream 302545 19422435 ~ 19427947 (-) False G105968
TU132579 lncRNA downstream 317477 19410368 ~ 19413015 (-) False G105970
TU132842 lncRNA upstream 181986 19941029 ~ 20014274 (-) True G106163
TU132867 lncRNA upstream 312439 20071482 ~ 20115868 (-) True G106183
TU132868 lncRNA upstream 312439 20071482 ~ 20086764 (-) False G106183
TU132869 lncRNA upstream 312439 20071482 ~ 20095242 (-) False G106183
TU132870 lncRNA upstream 312439 20071482 ~ 20112210 (-) False G106183
AMCG00011355 mRNA downstream 4127 19721154 ~ 19726365 (-) True AMCG00011355
AMCG00011350 mRNA downstream 160164 19550227 ~ 19570328 (-) True AMCG00011350
AMCG00011348 mRNA downstream 190852 19517431 ~ 19539640 (-) True AMCG00011348
AMCG00011349 mRNA downstream 217172 19499360 ~ 19513320 (-) True AMCG00011349
AMCG00011345 mRNA downstream 286341 19438223 ~ 19444151 (-) True AMCG00011345
AMCG00011354 mRNA upstream 58424 19817467 ~ 19824152 (-) True AMCG00011354
AMCG00011356 mRNA upstream 107076 19866119 ~ 19867813 (-) False AMCG00011356
AMCG00011362 mRNA upstream 150899 19909942 ~ 19912905 (-) True AMCG00011362
AMCG00011366 mRNA upstream 617899 20376942 ~ 20384649 (-) True AMCG00011366
AMCG00011367 mRNA upstream 627121 20386164 ~ 20390745 (-) True AMCG00011367
TU132572 other downstream 317477 19410368 ~ 19413015 (-) False G105970
TU132457 other downstream 625223 19102293 ~ 19105269 (-) True G105890
TU132382 other downstream 1539297 18184484 ~ 18191195 (-) True AMCG00011316
TU132383 other downstream 1539297 18184484 ~ 18191195 (-) False AMCG00011316
TU132338 other downstream 1730047 17999668 ~ 18000445 (-) True G105793
TU132729 other upstream 106571 19865614 ~ 19867902 (-) True AMCG00011356
TU133362 other upstream 3294273 23053316 ~ 23060966 (-) True AMCG00011409
TU133710 other upstream 5253162 25012205 ~ 25018332 (-) True AMCG00011445
TU134083 other upstream 6747900 26506943 ~ 26516507 (-) True AMCG00011485
TU134703 other upstream 9866041 29625084 ~ 29625387 (-) True G107713

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000040_01065647_01124429.mRNA True 1464 mRNA 0.48 16 CI01000040 1065647 ~ 1124429 (+)