RNA id: TU133681


Basic Information

Item Value
RNA id TU133681
length 4337
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id G106874
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030133.1
NCBI id CM030133.1
chromosome length 32682731
location 24986838 ~ 24991237 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

aaaaaaaaaagtttgggcTGTTGGAAAGAAACTGGAGCATTCCACTGACCTGAAGGAAAGTCTTACTTTAAGAGGTGCATGTTTGTATAGGTGATGGGCAAAGTGACTTGTTGTTAATAATGTATGTTACGcaataatgtatttgatattttctttgttttgtttcttctctccttttttggttttctttttttaattgccgAATGCTATTGTGAAAGTCTAATTTGCAGTGGTAGAAGGTGCAGTATCGTTTTAAGGCCTGaggtataaaaaatatatatacacaatatattgcTAGGATTGGGGACGATGGACGTACATTCATTTGGAAATTCCCTTGTCGGTTTATGAAAACTTTCTAAGGAAGCCCCCACACCCCCTTTAACGGACAAGAGTCCAGGAAGAGAATTGCCATCGTTGCTCTGGAAGAGTTCGCTTCCCTGCAGAGCCGGCAGCAAAGAAAGACATGGGACTTCACGGCTGTTTCTCTACCGCTGCTGCCGCCACACAAACGCACCGCTAGCTGGCCCAACCTTGGCCGAACACTGCTCGCCCTGTTTAGGGAGCCGTTGCTGTGGATGGCAGCTGTTTCAGGGCGTGTGAGCATTTTGCATGGACTGTGGATTTCAGAAGAGCAATATTTCAATCAAGAACACCGACgtttcaaaatcaaaaggaaatGCCAGGTTAAGCGAGAGCCCCAGGTCGAGCAAGTGACATTCGTCTGCCATTTTGTCCCGGTGGTTGGAATGGGGATGGCAGAGGTGGTAGTGAGGGACAACCACAGGTGACTTCCGGAGAAGCTTGCTTCGTGGCGTTCTGCAGAAAGCAATATTTTTTGCGACGAGTGCCGATTTTAAGTGGAACACTTCTTCCCAGTGTGGGGAGGCCAGGTTTTTCCTTGTTCGTGAGCCAAATATTCAATATACTCTTCTAGTTTTCAGCTCTGCCTTTTCAAGACCTTGACAAGCACAAACGTATTACTTCTCTTTAACGGAACAAATAATCTTTGTGTCATTTCCACTTATTTTAGATTCtcaacagtttttaaatgatttgatgGTTTTATCttatggaaaaagaaaaaaaaaaaagtgaagtacTAACATGAGGCATGTTAGCGGAGTATGTTCTGTGTTTTAGGAAATTTGGTTGTATCCAGAAACCCTTGTGTAAGAGGTATAAAAAAAGATTAGTGTTTTTAAGTAGCTGTGGAGATATCGGCTTAAATTTATCATCTTGTTTTGAAGACCGAAGAATGTTTAAACAACTTGAAAAGTATTGCATAAGGTAACCCTGTGTTTGGCAACATTAATACAGCAGCGAGTTCAAGATTATTCGAcagtaacaaacacaaaattctGTGATTTAAACTTGGAGTTGGATATGTCAGCTCAGTAATGCACTGGACTTGAATCGGACCTTAACGTAATCTGGCAGTGCATGAATTATTAAATGGTTTCAGAGGTCTTCTCAAAATCCTTTGTATGTAATGAGGACCCATTGTAATGCTGCCCCACCTAGCACTTATTGGCAGTCTTTACCCTAAAGATGGAGATGTATTTTCCCCTCTTGAACTGAAATATACACTGGCACAGCTGTGTATATAGAGAGCTTAAGTCTCAAGTGACCCTTTATCAAAAGCCATTTAAAGGAGTTATCCCACAACTTAGATAATgaatctatatctatatatatatacatacatatctgtATGCcggtatatgtatatataaacctttcctattttaatattgtgaatTTTGTGAGTTTTAAGAGATTTTCACTCAGGGTCTTTCagttaataaatgaaaataaaggaaaacagtCAATTTCAAAATGGGAATGATTCCATGAAGGggatgtcttttctttttttttgatttatttatttttttcttcctctgtgtgTTTTCCTCAGGCCGTATATAGGGTTTATAATGCAACCAGTTcaacctttattttttgtttagtttttttttttcattttgcagagAGCAATGGATATCGCATCTTTTAAAGACAGGCatgcaagcaaaaaaaaaaagattttaaaagtttaaaaaaatagaaaacttataaataatttttaaaaaagagGCAATGTGTCACTGCAGCCCATCATCAGAGTGTATGTTAATCTAACTGTTAAAGGTCTGTTTCTGTGTTCTTGTATTtgaatgatatatatacactggtCGTGTtcctattttaaatgtgtgccttTGCACACACTATCCTACCTAAACCACTTCCAAACTTATCCTAAAGGTGTTTGcatgatttacaaaaaaaagtgtgtattttGAGTGAAAGATATCTAGAAAGGGgggaacaaaatatttaaatgtgcataatATGCATGCATGTCTGACCAGCTCTGGACTGGTTTTTAGCTAGCTCTAGTTGGCTGTGGGTTTGGGTGGGGGGACTTTGTGCTCAGCTGATAACTGCcatgcactgtactgcacacatttgtaacacaCTTGAAGGACtgcaagattttattttggtagTAGTCGGTCACCATTCGGAGGATTTCACACTGTTAGGACTCCCGATTTAGTGAAACATACCTGTCGAAAATTGGGCTCACAAAAGGGGTTCTGAAATCGTCGTGTTGTCGCTCTGGTGACTGTAGACGTGGTGAATGGGGAAACTTAGATGTTTGAAAGCCATATAGTGAAATTGGTGCTAGATGTTCTATTGTAAGGTATGTTGCTACATTCACATAGCGGAATGCAATAGTTTGCTATGGAActaacatgtattttaacagcATGCAGAGCTAGTGCCCCACAAAACATGGTCTGCAGTCACCAGAACTTGAAGACACATGGGCAGAAGTGAGACACTCAAACGAAAATGCAAAACGCCTTAACTTTTTTCAAATGCCAATTTTCTCGCTTCCGATTtctattttaacaaaacattgcCAACCGTATCCtcttatattttcattttccccTCATAAAAAGTCCAAGTAATATTTTTAAGCTAGcctaaaacaaaatggaagtcTGTAGCCATATACAATCCAATTTAAAGACATCCAGCAtaggttttctttaaaaaaaaataaaaaaaaatgcacaactggctttttgtaaaacattttgaaccCCTTCTGTCTCTAGAATAACCAAAAATATTGGAAgcttttactttacattttaactcTCTTCTGAATCTGATGGTTCATCGAACAGTCTGGTAGCTCAAGTGGTTTGTCTGTTATTGGCCGTTTCATTTTGCTGCTATCATCATAGCTGCTTTCAAGAAGTATCTTCTCctaatgcatattgtttttggCAATTTGAGATAATGGTTGCAATCATTGTAAATGAATAGCTGTATTAAAAcggcatttttctttctttaatcacACAACGGAAAGTCTTAACCTCGCATTCCTTTTATCGTTGTAAGCGTTAAgtcctgtttttaaaatatattgcttggaaactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttggggaagGGGGGCAGCACATTTCTTAGCATTGCCAAAAACGTAGTGGCCCAAAACAATGATAGTCAGGTTTCTAACGAGCCATCTTGTGGCTCCGCACAGCATTTAGATCAGTAAAGTTCTGTGCACAGATAATACTTATTCAGATCTAATACCACACTGACACGATTGTGTTCACATGTTTGATTGTatggaaaactaaaaatagaatCTTGTAGTCTTTCAGTgatccaattaattaataaataatctcaCAGCTTGTGTGGTGCAAAATTTATTCCAATAAGCAGCTAAAATTCTTTAGGACTTGTGATTTGTTGATTGCTCCGTAGATGCCACTGATTGTTTACCAATGATTTTTGCTGTGGTGGGATAGTGGATTGTTTACTGTTATAATACTCCTTGACCCCTGGGCAGAGCTGGGCTGAGCTCTAGGCAGCCTTTCTGAAAGGGGTCAGGGCACGTGTTCTGTGTTAGGAAGATATTTTGCTTTGGTACTTGCACATTTACAGTTACCTCATTTTTGCCATGTTtgtatttgagaaaaaaaaaaagctaatatatatatataggaaaatGGTTCTTAATgctataatttttttttcattccattgGAATCATATTGTTTGTAGCATTTAACATATAACTagttatattgtattatatatacatctgtATACCGATTGAAATTTTTaagatttgtactttttttaaatgaaagttgCTAGTTCTGCTTTACCGAGTAGtgcaatcatattttttttaattgttgtggCTGATTTGAGAGGGTTGTTCACTAATAAATGTATGATGTATACCAGTATACATAGGAGTCTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU133666 lncRNA upstream 43160 24919851 ~ 24943678 (+) True G106863
TU133676 lncRNA upstream 46015 24939022 ~ 24940823 (+) True G106871
TU133535 lncRNA upstream 1015655 23941012 ~ 23971183 (+) True G106742
TU133524 lncRNA upstream 1141927 23841932 ~ 23844911 (+) False AMCG00011430
TU133503 lncRNA upstream 1153538 23829289 ~ 23833300 (+) True G106718
TU133720 lncRNA downstream 56350 25047524 ~ 25049147 (+) True G106906
TU133765 lncRNA downstream 346378 25337552 ~ 25337767 (+) True G106946
TU133766 lncRNA downstream 380305 25371479 ~ 25371745 (+) True G106947
TU133779 lncRNA downstream 620445 25611619 ~ 25611879 (+) False AMCG00011455
TU133783 lncRNA downstream 674950 25666124 ~ 25667782 (+) True G106961
AMCG00011440 mRNA upstream 115 24971547 ~ 24986723 (+) True AMCG00011440
AMCG00011441 mRNA upstream 69898 24915075 ~ 24916940 (+) True AMCG00011441
AMCG00011438 mRNA upstream 100077 24881356 ~ 24886761 (+) True AMCG00011438
AMCG00011439 mRNA upstream 162809 24817579 ~ 24824029 (+) True AMCG00011439
AMCG00011437 mRNA upstream 178014 24793372 ~ 24808824 (+) True AMCG00011437
AMCG00011443 mRNA downstream 12490 25003664 ~ 25014869 (+) True AMCG00011443
AMCG00011444 mRNA downstream 53031 25044205 ~ 25047214 (+) True AMCG00011444
AMCG00011450 mRNA downstream 80563 25071737 ~ 25093488 (+) True AMCG00011450
AMCG00011451 mRNA downstream 103355 25094529 ~ 25105105 (+) True AMCG00011451
AMCG00011449 mRNA downstream 115154 25106328 ~ 25114493 (+) True AMCG00011449
TU133489 other upstream 1233836 23748674 ~ 23753002 (+) True G106711
TU133383 other upstream 1630279 23356062 ~ 23356559 (+) True G106618
TU133378 other upstream 1645073 23341308 ~ 23341765 (+) True G106613
TU132939 other upstream 4619615 20361208 ~ 20367223 (+) True G106242
TU132823 other upstream 4647751 20296011 ~ 20339087 (+) False AMCG00011365
TU133992 other downstream 1364993 26356167 ~ 26360775 (+) True AMCG00011476
TU134100 other downstream 1779264 26770438 ~ 26771214 (+) True G107202
TU134126 other downstream 1826878 26818052 ~ 26830055 (+) False AMCG00011488
TU134311 other downstream 2721032 27712206 ~ 27727867 (+) True G107394
TU134734 other downstream 4706427 29697601 ~ 29699419 (+) True G107741

Expression Profile