RNA id: AMCG00012599


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00012599
length 5464
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 11
gene id AMCG00012599
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030138.1
NCBI id CM030138.1
chromosome length 24262032
location 24043955 ~ 24069451 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GAGTTATTGTGGTTTTCCTCCAAGATGCAGTTCTTGCCCCTTTCACAATGACTGGTCTCGGCAAACAGAGGAAGTCCCTGTCTTCTGTTCAACTCCGCACCAGTCACAGACGCTCAGTGGTGTTGGACACACTCACTCTCTGAAAGCCTCCAACCAGCGTGCCATCTATCTCCCAGTCTGTGGCACTGTGGAAATCCTCTGGTCTCtctttgcctcctctccacgTGGGCGCAGGATCAGTCATCAGTATGACATTGCGGAGACTAGCATCCGGAATCGTGCTGCATGTTTTGCTTCAAACCGTCACATGGGCAAAACTCACCCCCCGAACTTCCTTCATTAATGGGAACCCCGGTAGAGTGTTGGCCATGTTCAACCCCACTGGCACCTGGAACACCACCACACTGCTGCTAAGTGATGATGGAAACAAACTGTACGTGGGGGCCCGGGATACTGTGCTCTCATTGGATGTCAGTCAGCGGGGGGTCATCAACATGCGAAAGCAGctgaaatggaaaacaacagaTGAAAAGGCTAAAGAATGTTCCATGAAGGGCAAAGATAAAGAGGAAGCACAGactttttcatttgtgaatgcaAGCAATGGGGAACAGATCACAGAAGATGGCAAAGGTCGATGTCCCTATGACCCCTATCAGAAGTTGACGGCTATCACTGTTGGTGGTGAACTATACACAGGAACAGTCTCAGATTTCCAGGGCAATAAGCCTGTGATCTCACGCTATCTGGGGGAGGAAGGCCGTGTTGACATGAAGGTGGACGACAGCCTGGGCTGGCTACAAGAACCCATGTTTGTCAGCTCCTCCTTCATCCCAGGAGATCGTGGAAATGACAAAGTCTACTTCTTCTTCAGCGAGCTGGACAAAGAGTACGACTTCATCAAGAAGTTCACTGTGTCGAGGGTCGCTCAGGTCTGCACGAATGACATAGGGGGTGTGCGGATCCTCCAGAAGCGCTGGACCACTTTAGTGAAAGCTCAGATCCTCTGCCTGGCCCAAAATGAGCTGCCGTACAATGTTCTGCAAGACATCTTCACCCTGTTGCCACCCGAGGGCGCTTCTAGGGATGACACATGTGGGCTGCACAATGACACAGACCAAGCTCTTACGTTCGTAAAGGAGAACTTCCTGGCAGATACCAATGTTCATCCTATGGGTGGCCTGCCGTCCCTCATCTCCAGCGATCAAAGATACCGCAAGATCGCTGTGCAGAGGAAAATGTCAGCAGATGGCAAACAATACACTATTCTCTTCCTCCTAACTGGCTCTTCAGAGGGAGTCTTCCAGGTCCCAGTGTCCAACTGCTCTTTCTATTGGAGCTGTGCTGACTGTATTCTCGCCAGGGACCCTTTCTGTGGTTGGGATCCTGTCAAGAAAGTCTGTGCTGATGTCTCCCTCACCGAGAGTAAACTTGCTCAGGATGTTGAAAAGGGGAATGTGGAGGTGATGTGTTCCTCATCAATTGGTCCCAGAGCCAGATTTCCTTCCCAGCAGCAACTGCTCCTAGATAAACAGATGACCGTGTCTCTGAACTCTGTGCTAAAGTTGTCTTGTCCCAGCATCTCCCACCTGGCCACGCTACAATGGGAGCGAGATGGAAAGCCTGTCTCCAGTGAGGACTGCGTTCAACTGCAGGATGGCAAGCTCCACTTCTTGGCCACCAACCAGTCACAGGGTGAATATGTATGCCTTGCTATTGAGAATGGCTTTAGACAGCCTTTGGCCCGCTATGTGCTGAGTGCGATTGAAGGCCCTGTCCCAGACCCCAGCACGGAGGACAAGGAAGAGGGGCAAAGAGTGGGGGAGGACAAGGAAGAGGGGCAAAGAGAGGAGAAGCCTATCATCAAGCAGACCAGCAGTCCCTCTTTCAAAGAGCGCAGCTTTCCTTCAGTCAACAAGACCCCAAATCCCCCTGGTACAGAAGTACCAGAGAAGTCCAGTACCAATGGCCCAAGCTACTATAAGGAGCTAGTGGCTGTGTCCATTTTCCTAGCGTTGGCACTAACTTTGCTTTTGGTGGGCACCCTCTATGGCTGGCGCCAGAGGAACCGGGGAAAGGCCAGGGTGCAAGGCTGTCAGAAGAGCCCCAAGAAAAATCCAGAAGCTGGTAGCACCCCAGAGCATGTTCCCCTAACCCAAGACCATGGTCCAGTAAGCGTGGTGGTACAGAACAGTCAGGGTACAGGAGGCAAGGAGCATGAAAACAATGCACAGCATGCTTCCAATGGGCATCTTCCTAGTGCCACTTAACATTCAGGGATACCACCTCCCAATTAATCAATTCCTTCATTGTATACAGGACATTTAAGAAGAGAATGAGAGGAAAGGGGTGAAATACTCCAGAAACAATTGTCAAACATTGTCTTGTTTTCTGTGACAGATGTAtcaatgaaaaccacaaatcacttcctgttccaaTCAATCACCACTAATTCAGACACGGGTCcaattttcattgttttttcccAGATTGCTGCGGAACAAAAATTATCAGTggacatttttctgttttagaatTTCCTTAGAAGCCAGGGTCAAACTGGTCAATCTTGTAGAATGTATATGGACATGTTTATGCATCTGCTGCCTTCCCTACATCCCTACAAAAAAGCTTTCGTAACAGCACTGGACATTGATAATAACCCATcttaatggaaattaaaaatcttaaggaaaataacaaattgtGCCCTACTTTGTACCTGACACGATGAAGAATGTTGATTCACATTgtgatttccaattaaaaaaaaaaaaaaaaaactatttgcacTGTTTTGACAATAGAATGGGTGTTATTTAACCACTAGAGGGCTACATTTTGGCAAACCATTCTTGGGGGGTGGAGTGGAAcataactctgaaatgaaatTTAACCACTGATTTAATACATCTTTGTATACAGATCAactgcaatattttttattaaaatatattcttttaattgtgttaatgaatgcttttgaaaatgtattattgatgaATGTTCTATTTGTATGTGCTATGACTAGATCTGGATGTCAGTAGacagtgtgtctgtttttttttattgaaggtaCTGCCAAATATGTATGCTTTActgacaaaacaacaaactggTGTAGTGTTAAATTTTGGGCAATCGTGGAAACCGGAATCTTAAAAATGGAAGACTTAATGGACTACCACTTTAGTATTATATAAagccaagaaaaaaagaaaaagaaaagtttaggGATCTTGTTCTTGTTAAACTAAAGAAAGCTTCTGACTGCTTATGAgatgtatatttatgttttctgtatttcagagaTAAGATGATGTTGTCcacagattttaaaagcacaattacCTATTCCCATCTGATCACTTTGAGACAGGATATTTGCCTTAAACTGAAgcaataaatgtgaaatatgagcGGTAAACCTGTGCTCAGTTGATATTTTGCTGTATTATCAGACAGTTTGACACTAtaattccaaaatgtattttgaatattttgtattattattttcaatatgaatAATGGTTTTGTAGTTAATTATTTTGCCTTAAATTGCACAGACTTTTCCTGATCAAATACGTCATACTGGTCAGCTGTTCGCTCAGTTTTATTGGCAACAGGAATGGTGGTCAGTTGTACTTAATTGGAGGATAACCTAGTAAAATTAGGATGGTATATCATTTGTAAATCTAATAGGAGTAACAAATGTAGcttaagaaataatgaaaaaaatactactatgtttttttcttttaaataaatctggtttattaaaatataacaattgcATCACCGACCAGGCTGTCATGCCTTAATTAATGGTCAATATTTAACAAGTGTTTAAAATATCAAAGTAATTTTAAGGCAACAGAAAAAGACCTGTCTCAAAGTGCTCTGCAATTATAGGGTCTAGAGACCACCCTACCCCTAACTTTAAAGTTACATGTCTACAATTGTACCTTTTTAAtgattatgtattaattaagatcagcttgttgttgtttttaatattgtaatcaCTACTACTACATTCCAGACACGGGTCTCTGTCAGGACCTTGCCTTGCCCTGACAGAATAAAAAGTGTGGTACCGTTGCAACCAATTTGAAAATTGTAGTttttcaccatttatttatttgttggaatGCATCAGCAGAAAATTCAGCTTCAACTAGCAATCACCACAGAAGAATGTCTAATAATTTGCCCATTTCAACGCATCAGTTTGGGTTGGTCTCAGAAGTGTGCATTGGTAACTGAAAACGACAGATAGAGCTGTTATGAGTACAAGGCTGATAAGTAGCCTCATCTCAAGGTACAATTGCGTTACTATGCTTGTCTTAACCACTGTTTGTGTAATACACTGTCTGtgatttttatctttattttatttatatactatctttaaatgcaatgtttgaagagtttaaattaaaatatggcAAAGCAGGTGTGATATAATCAAATGTGATGAAATTAGTTCAACTTAATTTGTTGATGTTTGAATGGTATAAACCAGGCTTTtggtatttttacactttttggACTTAACCCAAAGGGAAGCAAACATAATATTAAGAGGGGGGGTGCATTACATTCACAAAGTGTTTATCCAGTATGGTGGATGTTTTTCCAAACCAcctaaaataattttgtttgatttaatatgaCAAAATGGTGATAGTATTAGAGTATATTATTTACTCAGccattatattaatttgctgTCTTATGGTAATTTCATACTGCTTGTTGCTACAGTGCAAATATGCTCACacataaatttaaatatatttcagaagtAATTTGAATGTTAAAGAACCCAATCAGGCATCTTCATAATATTTGACTTCACCAGGTACTGCCACTCTGTATAAGAGgaagaaaaatgtgaataatttatttctccACGAATAAATTCCACTACTAGTGATTTGCATTGAAGGTTTGAATAATTACTCATCCTGAGTCaactggaaaataatataatacaa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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU173721 lncRNA upstream 122086 23920076 ~ 23921869 (+) True G138118
TU173617 lncRNA upstream 200744 23804627 ~ 23843211 (+) False G138042
TU173839 lncRNA downstream 167211 24236662 ~ 24236977 (+) True G138209
TU173842 lncRNA downstream 171688 24241139 ~ 24241424 (+) True G138212
AMCG00012596 mRNA upstream 67386 23952192 ~ 23976569 (+) True AMCG00012596
AMCG00012595 mRNA upstream 144618 23859829 ~ 23899337 (+) True AMCG00012595
AMCG00012593 mRNA upstream 333885 23697424 ~ 23710070 (+) True AMCG00012593
AMCG00012592 mRNA upstream 354414 23663228 ~ 23689541 (+) True AMCG00012592
AMCG00012591 mRNA upstream 394114 23628460 ~ 23649841 (+) True AMCG00012591
AMCG00012598 mRNA downstream 146916 24216367 ~ 24222350 (+) True AMCG00012598
TU173653 other upstream 301364 23709518 ~ 23742591 (+) False AMCG00012593
TU173480 other upstream 1155899 22887538 ~ 22888056 (+) False AMCG00012579
TU173473 other upstream 1225497 22817953 ~ 22818458 (+) True G137947
TU173418 other upstream 1477849 22565424 ~ 22566106 (+) True G137899
TU173274 other upstream 2085797 21932295 ~ 21958158 (+) True G137775

Expression Profile