RNA id: TU166030


Basic Information

Item Value
RNA id TU166030
length 11826
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 2
gene id G132392
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030138.1
NCBI id CM030138.1
chromosome length 24262032
location 3420276 ~ 3432121 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CACCAACCTATTCTGCCTGTCTGACTGGTTTATGGTCTACCCCTTAACCTTTCAACTCTCCCATTATCCTTCCCTGTTGCCTTAGCTGCTGGATAGTTTATCAGAAGAACAGAggagatagatagatagcatGATCTAAAGacatatataaagagagagagagagagagcaacagaTACatggaagaaagagagagagagagagagagagagagataatggATATACAGACAGATACTATAAATCCCTCTACCAAACCATATTCACTATTCTTTTGCGTATCCAATCAAAACGAAGACACAGGTATAGATtaacagatagacagagagatacataggtaggtagatagataggGAAGTAGCTAGGAGTAAAGGCAcgatacacacacgcacacacacacacagagatagtTATACGGTGTGAAGGGAAACTCATACTTCAAAAAGGCATACTTCAGATGGACAGACAGTCAGACACCGGGGGAGGACTGGATAGACAGACCGGACTCAGAGCTCCTGTATCTTTCCTGAGCAGCCCTGTGTGTCAGTAACAGACCCCAGAAACAGCCGGGATCTCTCCCAGCACTGGACACCaaaggaattattattttctgttttcttttttttttgtctatttttttcaggtggtattttgtcttttttttcttttctttttttttcgcCGTTTATTTTGGAGGTGTGGTACAAGACAAATCGTACACAGAATCACTATTATACTTAATTGAATCTACAACACAAGAACAACCCCCTTTGCTGGGCAgtttgtctctctttctctctatatatttatataaattaatgtatatttagacctatgtatatatatatatacacaaacacacacacacacacacacacacactactcgCCCTGGCACCACTATACAGCTGACTCCTGACTGAGAGCAATCAGAGCAGAACTACTCTCTTGCAGTACACCCTGGGTGGAAACAGTCTCCATAGCGTGTGTGGCTCGATAAATAATTTGCCGGGCGGAGCGGTGATGTTACTATTTTAAAGCTAGGGGGCGCACTATACACATCTACTTTTGAGCTACAGCAACATTGGGTTTTTAAATGGCACCAAAATCAGGACTGTCCACAAATGCTTGGCTTccatccccctcctccccatGCGACTCATGTTATCGTAATGGGATTAGTCAGTCGATCCCAACCTTgcagcttttcaaaacattgGTCAATCGGAACTGTGCTCATTCCCTGCGAGTCTGGTTGGTCAATACCAACTCTGTTGGACTTTATGCAACCAATCCCCACTGTGATGTGAGCCACTTCGCTTTGAGTCTTATCAGCCAATCAGCATCCAGTTCGACGATTGTGCTTGTCACCAGTTCAGCCTATCAGCACTCAgcttattcatattaatgatcCTCTTTAACCAATCAGCACTGTGGCATGAATTACTGGCTCCTTTCAGACCAGCACAAGCTTCAACAGTAAGCAGGTCTAACTGCGTGACAGGGAAATATAAGCAGTCTTATACCATCACAtattgactgtattttattGGGGCTACAATACTAAATCTGACACTAACATTGTGGTTTGGCTCTGGGCATATTTAATGCAATTACCTTGGCCCATCCATAAGAACAATGGAGAGTTTGTCAGGACAGGTAAACTGGGGGGTGGCGAGTGATAAGAGAGCCACAGAAGGTGAAATACATCCCTCTATAGCAACACTGTTCTCCAGCTTGTCTACAAGAACTGGATTCTACCGCAGACACAATGCGGTCCATTCAGTGACTGGCTATGGCAGTGGGGTCATCTTACATAGGCTCCGGTCAACTGGTGTGAGTCTGTGGTTTGGCTTTGAAAGCCCCGGGCAGTGGCAGGCCCTCTTAAGATTCAAATCAGTTGCTCCATCCCCCGCCCCACTGCCTGCGTGACTATGAAAGTAAAGCACCTGAAATTTCCTCCCCGGGAGCTATTCTCCCCCTGCTCAGACTCTCACAAAACACACCTCTTAGCCCCAGCTCAATATAAACTAGCAACCCGACCCCTATGGAGCACATCAAAGTGCAATCAAAGCACCCAGAATCCATGGTTTAGCCACGCATGGATCGGTGGCATCCAGAGAGAGACTGGTTGCCACAATCGTTCAGCCCTGGTGCGATTTGTATGCttcctaaccctaaccccacAAAGACAGTGTACATGTGGGGCACTGCCACACTGGATCTCTCCAGTTTGGAGGATCTTTTCAccatcatacatttaaatccttttatttgtgtgggggaaggggggaaTTCTGTGATTacttggttgtgtttttttaaggacCCATAGGCTGCGCGGTCACTGTTTTCAGAGACTTGAAGTGCAAGCACTTTCCTATTCGGCTGTGGTTTGCTGCTCCAGGTCATCAAAGCCCAGACGCGACAGCCAAGAACAATAAGGGCAACCAAATCAGTTTTCTATGCCTCAGTTACTCATACTGCTGCCTACTAGCAGCCTAGTATCTAACTACTTCAAGCTTTAGATTGGTAAGGACTGAGGTCTGGTCAGATGTCTAATAAGAAGGGTTCAGGCCAGGATGAAGGTGGGGTATGGGGTATTGGCGTTAGTGTAGGGGTAAGGTTTGAATAGGGGTTGCCATAAAGGTAGGGATAGGCTTATAATGGGGAGGTGGTGGAGGGTTAAGGCCAATCAGGTTGTGCTTTCAAGtcatgttttaaagtttaattttggAGACTGTTAAAGGGCAGGGCAGGGATATGACCTTGTGTCTCCCAGGCTTCAAGTTTGGAGATCAGTAGTTTCCACCCCTGGTCTGGGGGGGATCCCACTgtcctgctggattttgtttcaGCTAAGCTCTTAATaacttaatgacttaattgaacccttaactgTACTCATTAACTGCTCCTTAATGGAGCTACAAGTTCCTTGTAGCATTTGATATGTCCCCTGAATGGTTCAAAACACTTTAAGGCTCCCATTGGCCTAACTATGACTTAAGGGTTTGACTAAGTCATGAAGAACTGAGCTGAAACAAGAGGAAGCAGGGACGTGGGGGCCCCCAGGGACCAGGGTTGAGCACTGTAACTGGAGACGCAGCCCTCCCAATGTTATCCTAATGGATAACAGTTAGGATTttgtcttaatttaatttattttaatttagggCTGGAGTTAGGGTGAGGGTTAGGGTGGAATGGAGATATAGATATAGGTCTGGGGTTAGGGTGGGATTACGGTGAACCATTCGTTGTAGAGTTAAGGATCATGACTGCGGTTACAGATGCTCTGACAGACTTCATATTCATTATACTTGGGGGTTGGTGGTATATCAAAACGTGCCGATTCTCTAAAAGAGGTACGTCCCTCTACCTTTCACACTTCCACTCCGAGTAACTCAGGATTTTCCCAGCGGTGCCATTGAAAAACCAACACTGGCCTAGCTGACTgcctgcttaaaaaaaaaaaaactctgcagGAATATCAGAAACTCTTTGGATCTCCAGTCAGATTTCCACCAAATCTTTAGATTCTCATGGTTCAAGGTTTGCCAAATAGGGAGTGAAGGGGAGGGTGGTGTGCAGGGGAACACTACCTTGTCCTGCAGGTTTCAAGAGTCACgcgacagagagagacatactCCTGGAGAGTTTCATAAGCAGGCAACTGAAAACGAATGACATTACCCCCTGGTGTTGCTGTAGCGCTTGTCCTAAGACACAAAGACTGCCACCCCacgtttatttcttttttttctttttcttttttctcgtTTTACGGCGCTAACACAGGCAATCTCTACTTTGGATCCATCTAACAAACTGCATGCATTTTAAGACAACTacaaaggtttttaaaaaaacaaaaaacaaacaaaactaaaccaaacaaaacaaaaacacaaagaaaatcgTCAAATCAAAATTCTtatcttgaaaaataaagagaccCTGAAACAAGATGGTGTGAGTCCGTAGTTCTGTGTGGCTGACAGGAaaccaattcatttttttttttgttcgtagttttgtttgttttttagtttttctcctaGCTCTGTCACTACAGAAGACACACTACCACTTTTGATTCAGGGTTGACCTTCAAACACTATAACAACAATTACACTATTGTTCACAAGTTCTACTTTACACACTGTTGcgggtgcttttttttttgtctgctttcACAATGTAACAGCGTCCACTTTTGCAAAACAATCCGACTGCTATCTACCTCTagacgtgtatatatatagagagattcACACTAGGCTACTGTCTGTTTGCTATATAAAGAGAGGCTCTCCTTTAAAAGGATACAAGTACAtgttattacaatgtttttagaacgcaagcaaaaataaaaaataaaaaggggaaacGAAGCATACTTATTACTAACACGACTATCTGCATTTGCACAACCATCaagttattatattatacagagttttaaaaaaatcttcattTTATGGCTAGGTTTACAACGAaattctttattattgttattactcgTGTTAACCTTTTCTCCCTCATCTCAccctacatttaatttaatctctaGTCCCCAGTTTAAGTGTAGtatccctctctcctttcctccGATACAGCGCCTGACAATACAAGTCAACTAGCAAACTATCTtgtgttctatttattttttaatatataatctatttatgtatttatttgtcacaAGGCTCGTTGTAAACCTAGCCACACGTTTCCCGCCATCCCATGACCCCCGACGTTCACACACACTTATTGCGTCAcaatgaaaaaagaaagcatcCCATAGACCTCtcgtgttttgttgttttttaaaaaattctttgtatttaaaatagttcTGCATCTTTaacattagaaataaaataagcaaataaaaaaaatgggggCACTGACGGCGCTTGAAAATAAGCGCTATCAGTTTGGGGTTTCTTTGCCCCATGATtgtaaacaaacatgaaaaactaaaaacacacagaga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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04727 GABAergic synapse

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU165992 lncRNA downstream 130985 3283821 ~ 3289291 (-) True G132362
TU165993 lncRNA downstream 130985 3283821 ~ 3289291 (-) False G132362
TU165979 lncRNA downstream 182363 3236273 ~ 3237913 (-) False AMCG00011745
TU165850 lncRNA downstream 330744 3078531 ~ 3089532 (-) False G132261
TU165852 lncRNA downstream 330744 3078531 ~ 3089532 (-) True G132261
TU166033 lncRNA upstream 9274 3441395 ~ 3457472 (-) True G132395
TU166079 lncRNA upstream 135766 3567887 ~ 3568440 (-) True G132434
TU166134 lncRNA upstream 196641 3628762 ~ 3702912 (-) True G132482
TU166157 lncRNA upstream 321707 3753828 ~ 3785207 (-) True G132504
TU166160 lncRNA upstream 356111 3788232 ~ 3788441 (-) True G132507
AMCG00011753 mRNA downstream 28812 3364086 ~ 3391464 (-) True AMCG00011753
AMCG00011752 mRNA downstream 62876 3350453 ~ 3357400 (-) True AMCG00011752
AMCG00011751 mRNA downstream 71862 3343434 ~ 3348414 (-) True AMCG00011751
AMCG00011744 mRNA downstream 166697 3242200 ~ 3253579 (-) True AMCG00011744
AMCG00011745 mRNA downstream 180276 3236139 ~ 3240000 (-) True AMCG00011745
AMCG00011756 mRNA upstream 67519 3499640 ~ 3502460 (-) True AMCG00011756
AMCG00011758 mRNA upstream 83248 3515369 ~ 3520747 (-) True AMCG00011758
AMCG00011757 mRNA upstream 114712 3546833 ~ 3560686 (-) True AMCG00011757
AMCG00011760 mRNA upstream 180731 3612852 ~ 3620728 (-) True AMCG00011760
AMCG00011768 mRNA upstream 364564 3796685 ~ 3800396 (-) True AMCG00011768
TU165976 other downstream 212922 3201370 ~ 3207354 (-) True G132352
TU165967 other downstream 246440 3169708 ~ 3173836 (-) False AMCG00011741
TU166201 other upstream 444925 3877046 ~ 3878397 (-) True AMCG00011765
TU166322 other upstream 732510 4164631 ~ 4166439 (-) True G132642
TU166351 other upstream 786428 4218549 ~ 4218983 (-) True G132667
TU166381 other upstream 1042484 4474605 ~ 4476979 (-) True G132693
TU166383 other upstream 1042484 4474605 ~ 4476979 (-) False G132693

Expression Profile