RNA id: AMCG00013144


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00013144
length 5754
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 2
gene id AMCG00013144
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 21924602 ~ 21935718 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGAAACCTCGGATGAACAGCATTCTAACCTCAGCCACGGAGCCGTACGACCTGTCTTTCTCCAGGTCTTTCCAGAGCCTCTCCCATTTGCCACCCTCCTATGAATCGGCAGTCAAATCTGATTTAAGTAAATACTCTTCTCTCAAGAGATTAACCGACAAGGATGTTGACGAGTACTACATGAGGAAACGACACCTGCCCGACCTGGCAGCCAGAGGAACGCTGCCCCTGCATGTCATCAAGATGAGCCAGGAGCAGCAGGGCACGCAGCGCGAGAGACCCAGGAGGGTGCAGAGGGCCATGTCTCAGGACAGGGTGCTGTCGCCCGAGAGAGGTCCACCGCAAGACTACGGCGTGTCGTCGTACGGGGGGCGCATCCTCTCCGACGAGCAGCTGCTGTCGGCCGAGCGGCTGCAGTCCCAGGATCCCCTCCTTTCTCCGGACAAGGTGATGTCACTGAAACGCTCCGGCTTCCGTGAAAAGTCCATGTCTCGGGCCCTATCCCACACAGATGTGTTTGTGACGACACCGGTCATGGATCGGTACAAGATGACAAAAATGCACTCTCATCCCAGTGCCTCAAACAATTCGTATAACACTTTAAGTATGAACCAGACCGCGAACAAGCGGCAGGCCTTTGCTTCCCGACGGACCCACACAGTGGAGCAACTGCACTACATCCCAGGGCATCACCACCACTACCGCACAGCGAGCAAGACCGAAGTAACTGTTTAACCAGGGGGGGAGTCaacagcttttgttttccttggagGGAAATTTCAgtattaagaagaaaaaaaaaagaagaaaaaacactaaattaaaaacaacagaaaaaattgGAACAGTCccagcaaaatacaatacagcgACTTGGGCCAAGTTGACCTCTCTGAACCCTTTCTTGGGCTTTGGTGAgatgtatgaaaaacaaaccaacacaaaacaaaatgtatttgctttcagCACCAGCTTTCCAATTCATCCAGTCATtgaatcatgattatataacaacaaaaatgaatcaattttaaaagaaaggtgGATATAGGCTGCAGAAAGGAAGATGCAACAGTTTCTGTCAAAGAAAGCCGTACATTCTTAGGGCAACTTATAAGGGCTTTGCACGTTGACACATCAGGAGCGATGTATCAGTGGTTAACCTAGTGAAAGAATTAATTTTTAAGGGTGTGAAACTGGAATGGAACTGTAAtaactttataaatatataaatatattgactATTTGTACTTCCAGTCCTAGTAATAGCTTTAGAGATTCTTCTTGAACTGAACTGGTTAGCACTTTTATCAGTGCCTCTCAAAATGTTCCATTTCGGTAATGAAGTGGTTTTGTGGGTTAATAAGCACAATAAATTCAAAAGCtcgatttgtttttctttggaaaaaaacaaacgttttctttttctttttttggtaatGGCTAGCACGTATCAGCTTCTAAAGACAATAGCAATTTACTTTGCATACCAGATTGTAAATAGGCTACGTTAGCAACAGTAAAAGGGAGAGTCATTTCTGTGGGGTATACACAGGCTTTTGAACCAAACATGCTGTTTTTGCAATACACTAGGAAGGATACAGATGAAATCAACAACAAACCATAAACCATAGGCCACCATTTCAGATAAGACATCCCACAAACACATATTTGTAATAATCAATGGGTTTAGTGGTGTGTGTTAGGTTTTTGGACTATATAGTagaatggaaaatgaatgtGGCTGACAGTCACATTTACCACTGTTACAATTACAATCTAATTGAGACTGTGTCCCAGTGCTCCACAGagaaatatatgatttaatgcTTATTGCAATAGCTTCAGATAGTCCTTTTTTTGCCATGCCATACTCGTGTATGTCCTATTTGTGCTTGGCCAGGAAAAGCTGAATCATTTACATATCAATAATTCTGTGTTGTTGTAAATAATAACTGCATATGTCAAAATTGAATAATACTTGTTGTTGTGTAATGGTTAAATTGTTACAGCTGTCTTGACGCAActgaaacaatcaaaaaaacaaaaaaagaacaaaaaaagaaaatatcatTCTAATACTCGCTACAAAAGGATTAAAACTGTGAATTGTTTGTACAGACATGTTTTGATTAAAGCAATTGCCTTATATAACGGAAATCCCAAACAATTAACTTGATTAATTTTCTAACCATTCTTTCGTCGTCCTTCTCAATTATGATGGCAGAACCGGCCtttaattttgaacttgttttGAGACCGCGAAAAAGGAGGATGTAAAGTGTACCAGCAATATATAGACAACACAGGTAATATATACCTCAGATTTgggaaaaatgaatgaattttCTTATGAAGGTATGGGCGACTTAAAACGGGAAGGGGAGGCTTGAGCAGACAAAGAgcatagtatttttttaacctttgcTATATTTATACTGAATTCACTTTTCAATACGGATGAGCAAAGTTCTTACCTAGAACtatagatataaaaaaataaagtctttGTGCAGAAGTAGGAAGCTAAttggatactttttttttttaattcagacaaCCTATTTGCCAGCTATAACTCTCATGAGCCCCAAACATTATTATAATCCAGTAAAGATTGTCCAGAATTGTAaagaaatcatttattttcatgtcgTCTGGGTGGCAGCTGCGGCTTTGAAGAAACTTTGGtgacttttttgtttgattctAACGTTTCACTATCTAAACTTAATTTAGACCCCCATGTTTTTAGTTCCAGCAAATAAATACGTTTCAGCTGCAGTTTAGGCTGCACAACAGGCATATTACAACACGAATTAGTGCCAGAGTCCCTCAGCGAATGTCTGCTCGAACGATTGCCAACTATTGCACACAAAAGTGATGTTGTGCCGTCAACACCAGCCTTCTGTTACTTTGTGCTGTGAGCTGTGTGGAGGTTCAGGTCTGAAACTGCGAGATCTagtgttttttgtaaaaaaaaataaaaaaaaataagctacAATTAGAAAGAGAGCCTTGACTTCACTGACATGTGAGTTTCAATGTGAGAATTTGATGTGGCTATGCCCATGGgcttgaaaacaaacagaaaccgAAAAGAGGGTAGGGAAAATAATTATCTGCAAGGCTTGTGGGACActtgtccttgtccttgtcTTGACATGGATCCCCCCGCATGGCACGAAAGAGCTGTGAAGTTTGcatggctttgtttgatggAAACTGTATTTAAAGGAGCGAAAAGCACTCTGTGACACAAAAGAAATGGCGCACAGAAGAAACAGGCAAGGTTTAGTGGTATCTTGACAGATGCCTGAAATGTAGTCCTTTAAGTGACttctaaaatgtgtttaaggaaaaaaaaaacaagagagaagaaaaaaggagaTTCTTCTAAACACGGACACTGGTACTGATTTTGATTATAGTCTGTGCTGTATGGATGCTTACTTGGCCATTAAGTCTGGCATCCCTGTTGTCTTCTACTGCAAAAGTGAAGGCGACCtcttgcagtacaaacacatgTGCACTGCATTAAACTGCCATCTGAGACAgaggaatagagagagagagagagagagagagagagagaacattgaCCATTTTGAAATTTCAAGCTGCACGTTCTGAAGCAATTCATTTCAGGAAGGACTATTAtgtacatttcacacacacacaagtaaagacagaaagaaaggggTGAGGGGAAAACATATTTACTATCAGTCTATATCTGATTAACACTATTGGTTATCTTTACTAGAATACTAATaattaacaaagaaaagaaTCAATCATGTTTGTGTCTCCTGTTTGTAGGATCATGAGTCTTCTCTTATAACCATGCTTTGTACCCTGTGGGGTTAACTTTTATATCCATACAATTTTGAACTAAGTTGCTTTGTAATAGCTGATTACCTTGAATTATTACATAATTAGAGATTTTGTAGTAAGTACTCActggcttaaaaaaacaaaatgttactgtaacattttatttggggCATAATAATTCCTTAAAGGGGTAAGATGGTAATTTTGTGTTTAGGTCCATTTATGGATTCAATGTTTATGGTAGTATTGATGACAAAGTACCTTTGTATCTGTGACTTTGCACAAACTATTGGTTACTCATTGAATAAGCTTCAAAACGAGCAGTATTTGACTGTTTCTCTGTAATTTTCTTGTTGTTCTAATTTACTTATAAAGCACattctgtatgtactgtataaaaCCTATAATCAGTTTAGTAAACTTAGAGTCTAAAGGactttttttcacttttctcaTTTATAATTACctatggattttaaaaataaataaaatcaataaagagatttcaacaatatattgttaaatacCGACAAAACAATATCACCTATTCTAGTGGCATGACTGCATTTtctttggttggtttgtttgttttttaggaaCTAAGTTCACCTCAAAAACACTGCACCCCATGTACAAAACCTATACATCAAGAGGACAtttcacaggtgttccccaggtatttcattttgtaatcaCAAATAGTCTGAGGACACTTTCTCCTGTCTGGTTAACAACATTCAATGTGTCATTAGGggatggaaaacaaatcacagttGTACAATGTAAGTAAAGGGGAAACAGATATACTACCATGTATCCAAATACCATTAAACTGTGGTGTTTCGctgtacaaaacatttaatgaaggAGATTCATcctgttccttttctttcttttttatatgaaCCAACACAAAAGTGGAAAGTGAGAAAGTTAAACTTACAATAAGTGGGATgctgtgtttgattttattcaggTTAACTATGGCGTGCATTTACGTTAAGATATCCATACAGTTAATTCATGTGTTTAACGTCTGGTTGACAGGAATGTGCAGGTATGTGTACAGCCACACTTGATAATGTTGGGGTTTCTGCCAAGATGATGCTGATACtgattaatttcaaatataatacTGATCTTAGTTAAGGTGCCAAGTATAAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU52907 lncRNA downstream 19005 21893624 ~ 21905597 (-) True G42440
TU52822 lncRNA downstream 475321 21448892 ~ 21449281 (-) False AMCG00013131
TU52830 lncRNA downstream 496886 21340970 ~ 21427716 (-) True G42382
TU52834 lncRNA downstream 524444 21399644 ~ 21400158 (-) True G42386
TU52831 lncRNA downstream 577768 21346475 ~ 21346834 (-) True G42383
TU52919 lncRNA upstream 213863 22149581 ~ 22149792 (-) True G42450
TU53044 lncRNA upstream 638840 22574558 ~ 22574827 (-) True G42544
TU53058 lncRNA upstream 770348 22706066 ~ 22706337 (-) True G42553
TU53062 lncRNA upstream 880438 22816156 ~ 22816369 (-) True G42557
TU53237 lncRNA upstream 1843207 23778925 ~ 23779350 (-) True G42704
AMCG00013130 mRNA downstream 297206 21596075 ~ 21627396 (-) True AMCG00013130
AMCG00013141 mRNA downstream 374876 21546040 ~ 21549726 (-) True AMCG00013141
AMCG00013135 mRNA downstream 380213 21541433 ~ 21544389 (-) True AMCG00013135
AMCG00013143 mRNA downstream 392978 21529413 ~ 21531624 (-) True AMCG00013143
AMCG00013139 mRNA downstream 395556 21527273 ~ 21529046 (-) True AMCG00013139
AMCG00013145 mRNA upstream 88258 22023976 ~ 22039234 (-) True AMCG00013145
AMCG00013150 mRNA upstream 357610 22293328 ~ 22312757 (-) True AMCG00013150
AMCG00013151 mRNA upstream 383944 22319662 ~ 22367010 (-) True AMCG00013151
AMCG00013153 mRNA upstream 435147 22370865 ~ 22375360 (-) True AMCG00013153
AMCG00013156 mRNA upstream 601441 22537159 ~ 22549507 (-) True AMCG00013156
TU52819 other downstream 407425 21336217 ~ 21517177 (-) True G42371
TU52837 other downstream 409909 21512084 ~ 21514693 (-) False AMCG00013133
TU52821 other downstream 509638 21411939 ~ 21414964 (-) False AMCG00013137
TU52829 other downstream 548839 21337067 ~ 21375763 (-) True G42381
TU52823 other downstream 564495 21350660 ~ 21360107 (-) True G42375
TU53293 other upstream 1908365 23844083 ~ 23847477 (-) True G42749
TU53481 other upstream 2946401 24882119 ~ 24902428 (-) True AMCG00013204
TU53519 other upstream 3090158 25025876 ~ 25029004 (-) False AMCG00013216
TU53623 other upstream 3139675 25075393 ~ 25078244 (-) True G43001
TU53641 other upstream 3228265 25163983 ~ 25166758 (-) False AMCG00013223

Expression Profile