RNA id: AMCG00013761


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00013761
length 8247
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 8
gene id AMCG00013761
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 41764744 ~ 41787394 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ttgtttttattttcttgtagaGTTCAGTGTTGAGTGTTTGGGGTCTGTCAATGTTTCAGTAACTACATATAActtacatattacaaaaatgatATGGTCTCTAACTGTGGCTTCTTGTCTCCCTTTCTAGGGACTGTCTGTTGCCTAGTCGTTCAGCATGAAGTGGAACTTGTTCAAGAAAAAGCCAGAGCCCATCGTGGGCCCGGAGCCCACCGGCACGGTTACGGTGGCCCCAGCCCAAATTGTCTCCACTGTGGCCGACAACTCCACAGAGTCAGAGGGGCCCATTGGAAAAAAGAACGATGTCTTTGAGGAAATCAAGAACAAGTTCTTCAATCAGATCGAAAAAATCCCACTGCCTCCCTGGGCTCTCATCGCCATCGCGGTGGTGGCTGGCCTCCTCATCCTCACCTGCTGTTTCTGCATCTGCAAGAAGTGCTGctgcaagaagaagaagaacaagaaggaGAAAGGCAAGGGCATGAAGGGAGCTCTCAACATGAAGAACATGAAAGGGGGCGAGGTCGGCTCTGACCTCCTGtcttctctctccgtctctctctctcgctcgcatTCTTCGCTGCAGAATAAACAGGATGATGACGACGACGATGCGGAGACAGGTCTGActgaagaggagaaggaggaagaggaaaaggaggaggagaagctgGGAAAGCTGCAATATTCGCTTGATTACGACTTTCAGGATAACAAGCTCACCGTTGGCATCATCCAGGCTGCTGATCTCATCTCCATGGACATGGGCGGCACCTCGGACCCCTACGTGAAGGTCTTCCTCCTGCCCGACAAGAAGAAGAAGTACGACACCAAGGTCCACAAGAAGACCCTGAATCCAGTCTTCAATGAGTCCTTTGTTTTCAAGATTCCCTATCAGGAACTTGGAGGGAAAACTCTGGTGATGGCCATCTATGACTTTGACCGCTTTTCCAAACACGACATCATCGGAGAGCCTGAGAAGTTGGGGGATATCTGCATCTCCTTGCGCTACGTCCCCACGGCTGGAAAACTCACTATTTGCATTCTGGAAGCCAAAAACCTCAAAAAGATGGACGTCGGGGGGCTGTCTGATCCCTATGTGAAAATCCACCTTCTGCAGAACGGCAAGAggctgaagaagaagaagactaCTGTGAAGAAGAATACACTAAACCCCTACTATAACGAGTCCTTCAGCTTTGAAATCCCCTTTGAGCAAATCCAGAAAATTCAGGCAGTGGTCACAGTTCTGGATTATGACAAGATTGGGAAGAATGATGCTATTGGTAAGATCTTTGTGGGCTGCAACGCCACGGGCACAGAGCTGAGGCACTGGTCCGACATGCTGGCCAACCCCCGCCGACCCATCGCCCAGTGGCACCCGCTCAAACCCGAGGAGGAGGTGGACGCCGCACTGGCAGCACTGTCAGGGAAAAAGTAAATGCCTCACTAAGCTAAACTACTAACTAAACAACAATCTGACACTGCATGATATTAACAGACTACCGATACCACAGCCATGGTAAAACACTGAATCAaaacgaaaaagaaaaggaaacaaaagaaaaacaacatgaattCTAATTTTGAACAAAAACCTTGAGCAATTTCTGCAATTCACAACGAAATTCCTGTACAGTGAGCAGGTGAGATGGATATATCTGTTTGCTAGTGTacgtttaaaatgcattttaattttgaaatagtGAGTCacgttgtttatttgttttcatttggcaACTGAGGCAGACAGATTTTATGctaacagagaaaataatatggTGGGGAATATTCAGCTGCAGATGATACATGCATTTTATGGGTATAGCAGTAAATATGGCATCTTCACCTTCTTGCTTCTTGTGTGAAATATTATGCCAAATGTTCTAAATGCTTTATGATGTTTAGGTAAGCCATACAGGCATTTTCACTCAAAAGGTGTCCTTGCCAGGTCCAAACCTATGGAAAATCGACTCGTGTTCATGCAGAACCAGTGTTTTGTATCGGTGCTCTCCATCcgtggggggtgggtgggggtagAGGGGCTGGgtagaaagaaatatatttagttaaaaacaaaaccttacaaaacatttaacccTTTAACATATGAAAGAAACGTCAAAAGTAAATTCATAGTTTGCTGATTGTGACGGAAGCTTTGACTGTgtgcagaacagaacagaactcATCAGAAACCCAACAAGTAGAAGAAAACTTTCTCTGTGCATTAGTGAAGTATTCTCTTTTGATGCATTTCTCCACTTCTTGGTTTTGTCATACAGTGTGAAGATATTGACTTGCACAGATACGCTTAAAGAACTGTtcatatacataaaacaaaaggatCAAATGGTTTAATCACAATGCCAAGTATCTTCTCTGGACACTAGGTGGAAACTTTGTATATCCAGGACCGTcccaacattttattattgttctccTCTGAAAAGCCAACCCCATTACATAGGTTAAGTAAACCTTCttggtacatttatttttaacttggttgttctgttttaaaataccaCAGTTACAAGCAATGCCACTGAAAACAGGCCCAAATTTGTCCCATTGATCAAGTGCAACAGTTTTCTATAGGGTAGTCAAGTTGGAGGCAATATTTATCTGTATTTCCCAGCATCAGAAATATGGTTTGGGTTTTACGTATTAGAAAAACAGcttataaaattgtatatttttttaaaggggtgggaaatttattatttattgtattttattgcataaCCATGTCTTCCACACCCAGGCAGTATCAGAGTAACTGGGTGGACCCATCTTCATATGGACTTTTGCAGACCCTACAACCTAATAGTTTTATTAGGTGTCTATTTTACTGCCTGCAATCTACCACCTCCCTTTTCAACACCACCGGGTCCAACTCCATGGCTTTTACTTTACCTTTCATACAGCTTTACTAAACTAAGTTggtttattgaaaaaacaaaacaaaaaacaagctaAACAAGTCTATTAACGTCACAAAATGAGAAATCATCATCTTTACAAGCAAGAGGGCTTTGCACATGGGTTTCAATGTTGATTAATTTTCCTTAagttgtaaaaagaaaatgtttctcaGAATTAAAATCCTAAATCCTTAACTTCAAATGACGTACACCTTTTTTAGGGTTCTTAGAGAACATGTGTTTTCTGGGAATAAATTAAGGAATGTGAGCAACAAAGTGTTTGTTGCCACAGcactttattgatttattattattattgtattatttatttagtaggGTTGGAATATCCTCTGTGATGTATATGCTTGTAGATAAGGGAAGCCATTTATTTTGATAAGCATATAAAGAATGAACTATTACTAACCGAACTCAGAAGGCCAGGGAGAGATACACCTTTATGTGTGCTTTTAATGTGGATTATATGCTGCCctctttaatatttgtttaagcaAAGGTTAATAGTCttcttattttcaaataatggtTTTCTACTAAAATAATCCACATCTGAGCTGAGTGCAGTGTGAGCCTGTGTTTTAAGTCTGTATCAGAAGGAATCACTCCTTACTATAGAAACATCTTTGAATCTTTACACACTtctaaaagaaaaggtgaatgAATTTGTAATCAGTTGTTACATTGACAGATTGGCAATAGGTCAGGAGAGCAAAGAGATATCCTTCTCCTCGGTAGATAATCTCACACAAAGAATACTTCATTAATTGTATCCAGTTGAAATAGAGAAGATGATGGTGGGTTTGGGATGTCCAAGCTTATCCTAAAAACCATCGGAAAAAACAATAAGGTTAATAGGTCAAATTCCATcatccatttttgtttttaataaaaattgaaaactaaaaatgtctTTTAAAGCAGTGCATTTAACTGAAAGGACCCATGAGTATATTGAAATGTACTTTTGTGACGTTAAAAgccatgatatatatatatatatttatttttacttgtataGAGAATTACTGTCTGTATATAACTCCATGGCATAAATGGATTAGTGAGATGCAGACTTAGAACACTACTTAATGCGTAGATAATTCATTCTCAGTCAACCCTTCGTAGAGAGATCCTTCAAGGAAAATGTTTCTGGCCTTGAACATTAACTTTTTCATCGCGCTTCCCTCAGTGGTACTTATATAAGTGAACACCATAACAAATCCATGGACACAGACCATTTTGTTTATTCCCTCATATATTACTTGTCCTGTAAAATAGTATCAtgcacctttttgttttcttctaccAGTGCAATAAAATCCTTTCTGATAAAGACCAAGCAGAATGGCTGAATTTAGATTCAAGACAAATCATGGCACACCCTGGCAATATATTGTGAATAAACTGCCaccataaatgtatttctgaataCTAAACTCACTATACCTTTCTAGATATGCTTACAAATAAATGGGGGTTGAAATGACAAAATACCAGAATATCTGGGACACAGGGTTCAAGCAGAGACTTGAGAAGAGATATATCCCCAAGAAAAGGGTAACTCAGCATAATTTGGAAAATCAGATGCAAGTATCTATAAAAGATTGGTGGaaaccttgttttattttataatgtgttCCACTGAGGTGAGCAGAAGGTAACTAATAGATATCTTGCAGTTTTTTCCAGTACCAAGTCACTGTTTCACATTTAACGGAGGGCTCCCCAAAAGTAAGATGGCTTGCCATGaactatatttataattatgcaATACAGccacaaaaaaatgaacactaaaatgtaataatgtatgtaataataatgtaataataatttagaatttgggaacatgtattattcatttaattcattcattcatattttatattattgtttattagcCATGTGagccttgtttttgttccaaaatCCAGAAAATCAATAAGTGAAAGACaaggaacaaacacaaacaaaaaaagatatcCAAATCCATTGGTGTGTAgttttgcctatatatatacatagatcaAATTTGTTAATACTTGCATGTTTctatacagtactgtaaatagcagcatgttttaaaagaagcaaaaatctactgtgtatgtgtgtgtcattcgtcattttaataaataataaaaaaagatgcactgactgtatattttctatatGACAAAAAAAGAATCTGTATTTTCCATGAATGGGTACGGGAAAGAATGTAAAATATAGATGAGTAATACAAATATCCAAATTCTTATCATGCCTGTTGTACATGTGAAAAAGGGtgttgtgtagtgcagtgtgaaTTGATTTAGGAAGATAATGTAGCCGCATGCTTCTGTCAGAACAATTGTtcagtgtgtttcttttcttttctgtttgtctgtaaaatattaaatattgaaaaatgtacatatatacagggGGGCTCCAGGTTCAAATAAACAATCTTTTCACATCAATGACCATGAAAGCAATACAGCAATACATAAGTATGTCCAGTCTTGTTTTGCTTTCCCAGTATAATTTATAGATCCACAAAACCATTTTacagtttctattttattatttgaagagCTGACCATCACTGTTTCTTCAGATTCAGTATAAAAGACACTGAAGGACATTTCAGTGCTCAGtcaccttttttgttttgattgttggGCTTATTGATTTGACAACACACCCTTCATAACCTTTCAAGTGACTGCTGGAGGTTGTATTTGTTCTCCTTTTGAACTTGAAATTTTGACACATGAGATTTCAGCCTACTCCTCTGTCTCTGTAAACTTGGCATCTTGTATGTACCTGTATACTGTTCCAATATGAAGAACACAATTCATAAAAGAGAGGCATTCATGCAAGTTTTTGAGGTCAGAAAGTTAAGCTTTGAGGGCCTGAATTGAAGAGCCATGTTTTTAAGAAACATAAACttgaaatagtttaaatgtccAGTCCAGCACCTAAAAAATATTAAGTAATgcttatttgaaaaacattacatacgTTAAATTGCTGCTCTGAGTTACTGGACAGTAGGCTTACTTTTAACCCTCTACccaatatattgatatttatattaatatgtaaaccTAGACAGTTCTAAAActttgttaatgtattattacatatatataatttttaaaaataagcttTATATCTTTCTTCAAGTGTAAGCTCCCAAGAGATTATTACAGCCCTGTATTCCTCAAATTGTTTTCTCCTAGCTCTTTGATGGACAGATATGCTACATATACTAATATGTTTAATTCTATAAAGCATATAACTCTAATAGAAGATAACAAGTATAATTACCAAAGGAACAGCACAAGCAATCTACATAATTGTTCtgattgtaaaaaaacataaaaatgaaattactaATTTAGTATGAAGGCTGACTGCATCACAATGGATGCATCATGCATAATAACTTCAACAAAACTAACCCTGCTCTTTGCTTCTGTGTCTGATTTCATGCCAATACCTACATTTATAGAAGTCCAACTGGCATGAGGTAATGCAGTATGATTCTTTTTTGCTAGTTTTGTTTCAGCCTTAAGTACAAACCTTCTGTCCCAGCAAAGTGCTGTTGAAGTGCCACAGAGAGGAACAGAGGAGGCACAAATGTCCCCTGAAACTTGGAGCCCCCTCTGAATATCCTTTTCtaaagtatttgtattgtgtgtgagcTAAAATATTCTATTTCCTATGCTATAAGCCACGTTTTTCCAAGCTTTTGACTGAaaactatatgtgtgtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgaatgtttgtGGGTATATACagattgttaaataaaaaatttaaaaaagccaTATGACTTGAGCACTAACAACTTAGGGCTCAGCAGTGTAGAGAAAAAATacttgtaaaagaaaaacattgttatcATGAATAGCTTCAATATTCACATTCGTTTCTCCTTTCATTTCTATGTTTTTGTAAGATGTTCGTATTTGGGGTAACAGCAGTGCAGAAGAATCGCAATGTCTTCTGCTTAGCCCAAACAAAGCATATGTGTGTGGAAGAGGctgcttgtattttatttagtttttttattttattattatttgataccAAATGCTTAATTCCTGCCAGATGTAAAGACTATTTTGATGCTAATGTGTACAAGGAGGTTaagtcaaaaaacaacaactatggAATTATATTACATGAAGTCCACTAAATGTTTTCCTTGAGAGACATagattgtattcatttattgctTGTGCAGAAAAACTGTGATGGTAGTATACTGctgatacaaacaaaaaagaatgaCTGTATTACGCTTTGATGTATGTATACTTGTCGGGCTGAGTGCAATTTATAAAACATGGAACCCAATTGACTTCATGTTTGTCTGTGATTTTGTAGGGTAATTTTGTATAATTCATGCTTTGACTTCTTGGCTCATTCTAATTATGAATCCACCAACTGTGATGAAAATAGTCTCTTGACTGCAGAAATGAAATTGATGGCCGATGGATTAATTGACTTGTTGTaatcaaactatatatataatataatatgcattCAAGTTGGGATTTGTatatgataaaatgtatttagtatttattaatatggcTCCGTAATCCATATACaaccaagaaaaatacaagGCACCGATAGTTATTTTTTGGTTACAGTTGTTTCTCtgcattttctatatttgtCTAAAGGGAAGACAAGTTAATGgcccatttaaaataactgccTGTATCTTGTATGGCTCTTTCATTTAATGTTATATCCCCCCCTGCTCTTATAATGTAAGTTTCAATAAAAACCTTAGGGTGGTTTATTAAGAAGATAAAAACTATGATGCTTTCTATTctattattgtttatgtattggAAAAGAATAGAAGAAATAGCTTATGAATAGAAATTAAAGATTCTTATCAGGTGTAGGCAGGTTAGtaggcaaaatacatttaatgtttgtatGTCTTTGTACTAAGACACTAACAAAAGAAAGGTGGATTTGTTATTCTTATGAGCATGAAGTGTTTCATATGATGGAGTTGTATGTTAGCTTTTGGGGGGAAATGCAGCATAAGTCTTTTAAGATGTAGTCCCAATGTGAATGACTACAAAAAAATACCATCACCAACCTTTACTTCAGTTTCATCTGTGTACCAACAGCAAGTGGTTTATGAATGCCTGTGTGTTCATTATTGGTATTGTGAATGAGGATAAAGATGTTATATCCCCTCTGAACAGATGTGCTATAAAACGTAATATATTTTATGGGgcaggggcg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K15290 SYT1; synaptotagmin-1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU58024 lncRNA upstream 351144 41413360 ~ 41413600 (+) True G46538
TU57981 lncRNA upstream 560595 41203064 ~ 41204149 (+) True G46508
TU57909 lncRNA upstream 879115 40882849 ~ 40885629 (+) True G46455
TU57796 lncRNA upstream 1339237 40416632 ~ 40425507 (+) True G46360
TU57791 lncRNA upstream 1352072 40391888 ~ 40412672 (+) True G46355
TU58160 lncRNA downstream 57914 41845308 ~ 41893174 (+) True G46652
TU58217 lncRNA downstream 708352 42495746 ~ 42499599 (+) True G46701
TU58243 lncRNA downstream 862796 42650190 ~ 42654992 (+) False AMCG00013777
TU58253 lncRNA downstream 904812 42692206 ~ 42692546 (+) True G46730
TU58257 lncRNA downstream 906268 42693662 ~ 42695623 (+) True G46734
AMCG00013759 mRNA upstream 127519 41621764 ~ 41637225 (+) True AMCG00013759
AMCG00013755 mRNA upstream 159801 41594817 ~ 41604943 (+) True AMCG00013755
AMCG00013756 mRNA upstream 176805 41573978 ~ 41587939 (+) True AMCG00013756
AMCG00013760 mRNA upstream 212174 41549426 ~ 41552570 (+) True AMCG00013760
AMCG00013758 mRNA upstream 260277 41484312 ~ 41504467 (+) True AMCG00013758
AMCG00013770 mRNA downstream 641383 42428777 ~ 42446480 (+) True AMCG00013770
AMCG00013771 mRNA downstream 690277 42477671 ~ 42487364 (+) True AMCG00013771
AMCG00013774 mRNA downstream 768414 42555808 ~ 42569579 (+) True AMCG00013774
AMCG00013777 mRNA downstream 867598 42654992 ~ 42661844 (+) True AMCG00013777
AMCG00013776 mRNA downstream 877888 42665282 ~ 42689203 (+) True AMCG00013776
TU57778 other upstream 1391584 40350652 ~ 40373160 (+) False G46345
TU57658 other upstream 2202444 39561973 ~ 39562300 (+) True G46244
TU57427 other upstream 2942791 38819409 ~ 38821953 (+) False AMCG00013681
TU57357 other upstream 3199750 38564498 ~ 38564994 (+) False AMCG00013654
TU57196 other upstream 3391546 38370656 ~ 38373198 (+) True G45894
TU58194 other downstream 640707 42428101 ~ 42441245 (+) False AMCG00013770
TU58195 other downstream 640707 42428101 ~ 42441245 (+) False AMCG00013770
TU58196 other downstream 640707 42428101 ~ 42441245 (+) False AMCG00013770
TU58242 other downstream 857593 42644987 ~ 42648754 (+) True G46723
TU58393 other downstream 1252590 43039984 ~ 43044436 (+) True G46840

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
zebrafish (Danio rerio) TCONS_00042665 False 1293 mRNA 0.49 8 NC_007134.7 6272638 ~ 6313351 (+)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) TU153226 False 9337 lncRNA 0.39 13 NC_035909.1 24301547 ~ 24401731 (+)