RNA id: TU53136


Basic Information

Item Value
RNA id TU53136
length 5967
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id G42619
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030125.1
NCBI id CM030125.1
chromosome length 49972098
location 23554672 ~ 23560660 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TTcaacagaataaatatttattggttAGGTTTTGCAACAGGTCACTATAAAAGcatgtaaaaaatatacagtttcttCTACAGGTGAGGTGAATTTAAAGTGCATTCACAGAACAGTGTAGACAGACAGGGTAAACCTGACTGTGAAAtcagcttatatatatatatatatacacatacacacacacacagtatgtgtgtatatatgtatatttatatattttcctttcttgaaatgaaatttatatatatatatatagttttttttgtaaataaaaaataacattttagtaCATTTTCACAACTCAATATTACCTCTCCCCCACACACAAGTAGAGGGGTGACATTAAGGGAGAGGGGTGACCCGGAATGACTGACTTCATACTGGCCAAACACAGCTGAAATTACCCACAGCCTGAGCACTCACTACAGACAACTGTGCTCCATGAAAAGTTGTAATGAAGACAATAGCTGGTGTGAAATGCCCCAACGTAAGTCTTCAGCTCAAAATACTGCAGACGACAGAGAACGTAGAGCTTTTACTTTTCAATGGTCTCTGTTGTGAGAGAGAAGGTAGCCCTTGCTgcctacttaaaaaaaaggttCTCCCTCTTTATTGGTGCTAGAGGGGAATATGGCATATTGTTTCAAGCAGCTTTTTCTGCTGTAAACAGGATTACGGTCCAAAGAGAAGGAAGGAAGCTCACAGAGATGCGTTTTCACGTTTGGGTTTATGAAGCACCTCTCCGCATCACaaaaagaatgtgttttaatgttatttgtgCTGGATGCTACATATGCTAATAGTTTGAAGATTTTGAAATTAAGGTCCTGTCTCCCTGCTctgctgctgttattgttatttagatttagtttttttaccaTTCAATTGCCAAATCTCACAGTGGGTTTCTTCTTTCTTACTGTAATTTTCCTGTCTTTCAGGGGAATGCCAGGTTAAAACACTATAGGCTCAATATAGACAGCCAAAGTGTAAGCAGAGGACCTGGGACAGCCTGAGATGCCCTCAGATCTTGTATCATATAAATCTTACTGCTTTTGTTGTCTTCTGCTGAGAATGTGGACATAAAGTGTGCTTTACTTTTGATGATCCTTCTTCTTTACTCGGTGTCATCTATCCAGTGCCAGCCCTAGTTCTAAGTCTAAGTTCTCTCTAGGTGTACAATACGGTAGTTTCTTAAGTAAAAGGGCATTTAAATCGAACAGCATTGTTTCTGGATTGGGTGTAGGTGTGGTATTGCTGTCTTCACAATACAAAGGCTGGTCCCAGAAAGATCTAAGATGGCAGTATGACAAGTGAGCCTTTGCACTCTGGTGTTTTGCCACCCAACAGAAATGTTAAACAAACTTGCTGTTCTTGCAGGACAGAAGAAAAATTCCAACTTTAGAAACAAAGATTGCCTCACCATTTTGGGACACCCCTCcccatttcaaattcaaaagaaacattttacagtCATCATACTCCAAGGTGTGTAATACATTGATACACGTAATATAGACCCACTGAACtctgaaaaacacatacacacgcatacacaaaTACTGTTACAGAGAATATTTTGATATTCAGCCCCCAATAGGggatgcaaaaataataatatacaaaatatcagGACAGATGTATTagatttattgaaataaatcgTCTGCTCTATTTATAGTTTTCTCAAAGAGCAATTATCTCCGTTAAAGCATTGCAACCAACGAGATTGAAGCAGCAATCAAACtgccacagcacacagacacaaataaccTAAACACATTTCATTATGCTAGCCCTGAAATATTCTTCagcatcttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatattttttggctcacattcaaatttgaaacttttgtaatgttaattttTCAAAGTAACTGACTAGAGGATATATTTGAAGAATGTTAGgctacaatgttttttttcatttgcatcatATTTACTATTGAACCTTTCAGAATGCACtttagtgtttgtttaaatacatctaTCATACCACAAGTtagttaaattgttaaaaattGACATATGAAGTCCCATATGAAACCATTTCACCTAAAGGACATTTGGTAACGATATTTGTAAATGAGCTTTCTATTTGTAGAAGTGTAATTTTCAGTCGGGTACAGTCCTTTCTGTATTACCCAGACAAGCAGAATAGattctattatttgtttaatagaaATAATGACCTTTGTAATTGACAGGTTGTAATAATATGAAATCAGCAAtggagttaaaataaaaacatttaatgtgaaaatagaaaaatacaaaaacaacaggatgcatatgcacacatttaatgttaccaaaaaaatgaattaagcTGCAATGTGAGGAAATGTAGTAAAAATTAACCACAACCTCCCCACCCCAGCTGATTTCCTGAGAGGGGAAATGTGGGAGAACACTTCTGTTTCTGTGCATGGTACACACCATTGTGCAAGATGCGAACCTATGCAGACTGATAGATAGGCAGTtatgatgtttttatataataaaaaataaaagaatctcCCTTTGACCATGCATAGTGCCAAATCAGCCTGCTCTCACTTTTCACTGTTGCACACAGGGCCAGTCAGAGTCGAGGACCCTGATTGGGTGCTCAATTAAACTTCCTAGGGTTCTGATTGGTTACACCATCTGCAGCTGTATAATGGGTTTTGGAGCGAGAGAGGGTTGATGGGAATTCTGGGTATTTGAAAGATAGCATCAGTTTGTTAAGAGTCTCTGCATCCTAACCCCACAGTTGCATACTCATGTATTCCCCGCCTTCCATATTAAATGACTTTGGTTAGATCATAATAGAAATTATGGACTAGCCTGCCATTTGACAGTGGACTCAGATATCTTGCCAAAATACTCATTGCTGTATTAGTAAGCAGGTAAGGAAAATGTATAGTTGGCATAATATTGTGTCTTACTGTATTGGAAACTATTTACCAATTACTTTTTGGAgtctttttttaagtattataaGGTagctcccaggcagaaatgtctGAATGGTAAGgcactaaaaaaagaaaaataaagagagagaatcTTACGTGAATGGCACCATCCCATTTCCCTCTTTTGCTGCTGCTTGGCATTTGATGAGGGGGTACACAGCTGTAATGAATGGGATGGAAGGCAGGGGGGGCTATCTGCCCTTGAACATGGGAGTGAAGGCAAGAGCCCACCCATCATGAATGTGTGAGTTGTTATAAATGTTCAAAGAGTTAGTGTAAGGGCTGAGGACCTTGCTCAGGGGTGGATTCTCCCCTGACATCCTCTGTTTTATCTGAATGTGATTGTAAGGCGTGCtattatgtgtttattaatggCTATGACTTGGGCTGATGAGATCTTGGTATCGCTGTGTGACTGCAGCTTCCTGCTTGAACCCTGCAATCTGTGATTCCTTCTGTCTGAGCTTCCTCTGAGCAGCATACATACTCTTGACAGACTACGACATTTCCATAGCTAATGATCATCAGCATatcttcactttttaaaatgtattacaaatttaagcaaagaaaaatgttgGCTGCCGACTGTCCATTTCTTCATTTGCATTGTCTGTTTACATATGACATGTAAACCCTgcccccccaaaacaacaacacaagattAAGTACCAtctatttttctccttttagtTCAGGATTGTAAGGTTATTGAGGAATTAattcctgcttttaaaatgtaccatACACAATAATATCCATAGCACAcaacaaagcttttaaaacagtgtgacacacatacacaacaaatTCAAACACATAGCAGCTGCAAACTCCACAGTCAATGCAACGTtattgtttaatacaaaataaataaaataaacgttgACATCAGACAATGTCCAATTCTGCTTATTCACTAGATATCTGAGACCCATCAGCTGGTTTATCTAATACTGACATAGTGAGATGAAAAttgaagaaaagacaaaaggtGAAATAGGATGTTTGACATTTcaatgcttttaatatttcattgattttttttattttccccaatcAATCTATAAGGGGGTTCTGTAGGCCTCAATGCTTCAATAAACATGAGAAAGACTGATGTAGACAAGGAAGGATGTCCTGAGGGCAGTTGCTTGCATACTTCTtctatgttattattttgctttttatgtaATCCTAATAATTCTATAACGTGTCTGGACTTACACAAGATTCAGAACCATTCTCGTTACTCTACCAATGTGACCTTTATCTTCAGTGTAACTTCCTTCACccacaaaattacataagttCCTCTTATGCACACAAATAAACCTCAGGATTGCCAGATTGGTCACACCCCCACAAGCAGACAAGAACTTTCTCCTCGTATAGtgaaacaacaaagaaattgattacatttatttttaatgttggtttGGACTTTGCCAAATCGCTGCTCAAACAGTCTTCTTGTTAATGCAGAGTTTCTTTTAGGATTAACTGGTTTAATTTTGAATCGCAGTTCAGTAACAAAATGTTCCCTTTGAGGACTGTACAGTCACTCTAACAAACCACCCAAATCCCCCGTAATTTTGGATTAATAGTAATCAAGTACACAGTAATTTCAATTCATCACACAACTTGGGCCCTAGATGGAAATGAAGAGAAATGCAAAATGGCCGCCAATAGTGCTAGTCTTGATGTGGAGTcgtaacactgacaaaacaaacaaacaaacaaaaccacacaaaacaaaacggTAAATTGATTTCCCAATATCTTTGGGAGTTCATGTTTggagtaaagaaaaaacaaaaaaagaattcaaaagcatttttgaaGAAGTCTGTGCCACAACCAGTTTCCCTGGAAAGGCTTCCTTGCTCACCTACCTGCAAAAGCAGATATATAGGCATACCCTCCTGAAACGACAGCAGTGTTCCTCGTGCCATACAAGTGCCACCCTCCTATTCCACTCTTCTTGTTTTACCACTATATTG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Function

GO: NA

KEGG:

id description

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU53059 lncRNA upstream 691690 22861815 ~ 22862982 (+) True G42554
TU53014 lncRNA upstream 862456 22691932 ~ 22692216 (+) True G42518
TU52982 lncRNA upstream 984591 22514864 ~ 22570081 (+) True G42488
TU52945 lncRNA upstream 1249930 22300573 ~ 22304742 (+) True G42464
TU52939 lncRNA upstream 1288036 22266357 ~ 22266636 (+) True G42459
TU53241 lncRNA downstream 223748 23784408 ~ 23831400 (+) True G42705
TU53336 lncRNA downstream 437134 23997794 ~ 24003887 (+) True G42779
TU53337 lncRNA downstream 446693 24007353 ~ 24007850 (+) True G42780
TU53360 lncRNA downstream 680609 24241269 ~ 24331854 (+) False AMCG00013198
TU53362 lncRNA downstream 704571 24265231 ~ 24331854 (+) False AMCG00013198
AMCG00013167 mRNA upstream 14458 23531951 ~ 23540214 (+) True AMCG00013167
AMCG00013166 mRNA upstream 111288 23433840 ~ 23443384 (+) True AMCG00013166
AMCG00013165 mRNA upstream 143757 23401140 ~ 23410915 (+) True AMCG00013165
AMCG00013162 mRNA upstream 630942 22881908 ~ 22923730 (+) True AMCG00013162
AMCG00013161 mRNA upstream 696021 22673202 ~ 22858651 (+) True AMCG00013161
AMCG00013171 mRNA downstream 21051 23581711 ~ 23610831 (+) True AMCG00013171
AMCG00013172 mRNA downstream 57477 23618137 ~ 23651153 (+) True AMCG00013172
AMCG00013173 mRNA downstream 92839 23653499 ~ 23681825 (+) True AMCG00013173
AMCG00013179 mRNA downstream 128158 23688818 ~ 23690170 (+) True AMCG00013179
AMCG00013174 mRNA downstream 161497 23722157 ~ 23735304 (+) True AMCG00013174
TU52922 other upstream 1308882 22242429 ~ 22245790 (+) True G42453
TU52772 other upstream 2067864 21426660 ~ 21486808 (+) True G42344
TU52771 other upstream 2067864 21484907 ~ 21486808 (+) False G42344
TU52773 other upstream 2067864 21485321 ~ 21486808 (+) False G42344
TU52756 other upstream 2135885 21370843 ~ 21418787 (+) True AMCG00013126
TU53407 other downstream 1186832 24747492 ~ 24749395 (+) True G42846
TU53419 other downstream 1207764 24768424 ~ 24770148 (+) True G42858
TU53706 other downstream 1959507 25520167 ~ 25521681 (+) False AMCG00013236
TU53847 other downstream 2694319 26254979 ~ 26257842 (+) False AMCG00013255
TU53939 other downstream 2964166 26524826 ~ 26540049 (+) True G43263

Expression Profile