RNA id: TCONS_00010935


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010935
length 280
lncRNA type antisense_over
GC content 0.54
exon number 2
gene id XLOC_004713
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 23649892 ~ 23651056 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGCAGTGGATGTGTTCCCTCCTCCAGTGCAGAATCCAAACTCCAGCAGCGTGGCTGGTCTTCTCGAGATGGATGGAGGGCTTCTTCATTCAGTAACTCTGTGGCAGAACTCCGTTGTGAGGGCACCCTTTCGAGAGCATGCTCCAGGAGCCTGCGCATCGCCGGGCTGCAGCTTTGAGGTATGATGGGTAGGCTGTTCTGGGATATCTTCTAACCCACGGAGGGCTGCCACTCATCATGTGTATGATTGTGGTCCCCAAACTGTAGATGTCAGTTTTTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010929 lncRNA upstream 44170 23454429 ~ 23605722 (+) False XLOC_004711
TCONS_00010930 lncRNA upstream 44170 23454458 ~ 23605722 (+) False XLOC_004711
TCONS_00010933 lncRNA upstream 44170 23589024 ~ 23605722 (+) False XLOC_004711
TCONS_00010934 lncRNA upstream 44170 23590002 ~ 23605722 (+) True XLOC_004711
TCONS_00009335 lncRNA upstream 63998 23454729 ~ 23585894 (+) False XLOC_004711
TCONS_00010736 lncRNA downstream 127896 23778952 ~ 23779177 (+) True XLOC_004716
TCONS_00010737 lncRNA downstream 161474 23812530 ~ 23859432 (+) False XLOC_004717
TCONS_00010738 lncRNA downstream 1293116 24944172 ~ 24944504 (+) True XLOC_004726
TCONS_00009368 lncRNA downstream 1422249 25073305 ~ 25075120 (+) False XLOC_004728
TCONS_00010739 lncRNA downstream 1422462 25073518 ~ 25075120 (+) True XLOC_004728
TCONS_00009334 mRNA upstream 219536 23424108 ~ 23430356 (+) True XLOC_004710
TCONS_00009333 mRNA upstream 233831 23371542 ~ 23416061 (+) True XLOC_004709
TCONS_00009331 mRNA upstream 716368 22921492 ~ 22933524 (+) True XLOC_004706
TCONS_00009329 mRNA upstream 734192 22870372 ~ 22915700 (+) False XLOC_004705
TCONS_00009337 mRNA downstream 13279 23664335 ~ 23674621 (+) True XLOC_004714
TCONS_00009338 mRNA downstream 111910 23762966 ~ 23796566 (+) False XLOC_004715
TCONS_00009339 mRNA downstream 111910 23762966 ~ 23796707 (+) True XLOC_004715
TCONS_00009340 mRNA downstream 161474 23812530 ~ 23932576 (+) False XLOC_004717
TCONS_00009342 mRNA downstream 199605 23850661 ~ 23870648 (+) False XLOC_004717
TCONS_00009336 other upstream 72501 23577266 ~ 23577391 (+) True XLOC_004712
TCONS_00009332 other upstream 539615 23110163 ~ 23110277 (+) True XLOC_004708
TCONS_00009330 other upstream 717871 22921477 ~ 22932021 (+) False XLOC_004706
TCONS_00009319 other upstream 904109 22677953 ~ 22745783 (+) False XLOC_004704
TCONS_00009313 other upstream 988512 22657923 ~ 22661380 (+) False XLOC_004703
TCONS_00009341 other downstream 187743 23838799 ~ 23866353 (+) False XLOC_004717
TCONS_00009347 other downstream 259776 23910832 ~ 23910949 (+) True XLOC_004718
TCONS_00009349 other downstream 272269 23923325 ~ 23932015 (+) True XLOC_004717
TCONS_00009353 other downstream 563345 24214401 ~ 24214517 (+) True XLOC_004721
TCONS_00009355 other downstream 691275 24342331 ~ 24345493 (+) False XLOC_004722