RNA id: AMCG00016490


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00016490
length 8214
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 17
gene id AMCG00016490
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 21782106 ~ 21832148 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CTGCACTGTTGGTCAATGTTGGCTCTCGCTGTGGACGATGGCCGCGTCTGAGACCTCAGAGTCGGCTAGAGCAGCGGAGAGGCTCGGCCCCACCACAAAGACCCCCGAAAGATGGAAACGTCACATTGTCCGGCAGCTGAATCATCGGGACAGATCtcagaaattaatgtttcagGATGTCATAGGATCATACATCAGGCTGCTGGAGAAGTCCCAGCAGAGGGCTCAAATCACACAAGGGCTTCTGGGCTCAGTGATGAGACCTGACATGACAAAGGCAACATCTGCGGATTCCCTGGACATAATGATCACCCGGCATGAACACCTTGTGACGGACCTGAAGAAGACCACTGGGGAGCTGGCCTATCAGGTTATTGAACTTCAAAAGAAGATACAAATCAGAGACTCTGTACTGGAGGAGCAGCATGCCAGGATGTTTGAGCTGAAGAGCCGCCTGGGGGTGGTGGAGTCGGACTGGAGTGACCTTCAGTGCCGGGTAGAGGAGGTGCAGGAGGGGAACAGTGTCTTGAAGCAGGAATACGACACCCTGCTGGAGCAGCACCGGGACATGGACGAGACGTTCCGCCGGGAGAAGGTGCAGGGCTCAGAGTTGCTGGAGGACATCATCAAGGGGAAGGAGCTGGCCGCCGCGCAGATGAATAACAAGAACGAGAAGAGAGTACGAGCAAGAGAAGCCACTCTGAAAAAGGAACTTGAGACCGCTGTGAAGAGGAAAGTGAATATAGACGTtgGTTTTGGAAATCTGATGCCCACCAAAGCAGCAGCTGAAAAGGGAGAGTTCAGAGAAAAAACAGACAGGCGACCGACAAGATCCATTAGATCAGCCTCGGTCACCTCACCTAGGATTTTAGATTCCATTAAGGAGCTTTTTGAAGTTTATCGCTCGTTCCGTTTCAGGATCCGCAAGCGAGGGAGCTCTGTCAGCAGTGTGGAGGAAGACCTGTATTTGCCTGCTGGGGTGTGTGTTGTAGCCAGGGTACCTGCCAGAGCACTACACATCCTGGACGCCCATGAACTGGGAATCAATGCAGTGAAATTCAGCCCTAATTCTAAGCTGCTGGCTACAGGGGGTACCGACAGAGTCATCAAGCTCTGGGATGTAAGAGCAGGCAGGCTGATCAGCCGAGGAACACTAGAGGGCAGCAATGGGGGAATTACAAGTATAGAGTTTGACCCAACATTTACCTTGACGGGTCACTCACGCAAAGTGACGGCTGCCAAGTTCAAGTGCAATCTGCGCCACGTGGTCACTGGCAGTGCGGACAGGACAGTGAAGCTCTGGGATCTGCAGCGGGCGGCCTGCACAAGGACCATAGATGTTTTATCCTACTGCAGTGATTTGGTGTGTTCAGAGTACTTCGTGGTCAGCGGACACTTTGACAAGAAGATTCGGTTCTGGGACAGCAGATCTTCAAGCTGCACAAAGGAGGAAACCCTGCTGGGAAAGGTGACGTCACTGGACATGAGCCCTGACCACAGGCAGCTTCTCAGCTGCGTTCGAGACGAATGCCTCCAGGTTATTGACCTGAGAATGAGCAATGCCAGGAGTTCCTTCAGAGCTGATGGATTCAAGTGTGGATCTGACAGCAGTAAGGCAATTTTTAGTCCTGATGGAAACTATGTGGCAGCTGGATCTGCTGATGGTGCTGTCTATATCTGGAATGTGAATTCGGGAAACCTGGAGACCTGCTTACCTGGGATGCACTGCTCCTCGATAGATGCTGTGTCCTGGTCTCTGTCAGGGGAGTTTTTTGTTAGTGTGGACAAGAGCAGACGGGCTGTGCTGTGGAGTGACATATGATCCGTCCAACTCCTGATCTGGACTTTAGAGGGAAATTCACACACGAGTTCAGACACTCCTGGATGAATAGAAGGTCTCATCGTCACAAGTGACACACTTACCGTCACATAAAAGTGAACCAACATCAGAGTTGAGGTGGAAGGTACTGCAAACCACCTCTACCAGACTTCATAGGCCCTGGTTTGAGCCAGCTCCAATACAgtgttttctaaaaaaaaaaaaaaaaaagggaagacCTGGTGTTTTTTGGACAAAACCCTTTCAATCTTCCACTCCTGTGCCATAACTGTTTTGTGAAGTGCAACAGACGGCAAAGCGGAAAGGTATTATATCGGCGAAACAAAGTATAGATGTTGACGCTGCCGCAGTCCTTTGTGCGTGACTTGATTGCAGGTTGGCGCGTCTTATGCACAACGAATGGATATATCTGAAGACAGACCTTCCTTGCCACCATTTATTCTTGTTACTAATTCCATCTACAGTTACACACGTCTGCATTGTGGAAGACCAGAAAAATGCTTACATTGAATGTTCTTCTCCCTTCTGTCGCACTTTTGAGCACATTGCTTACTTGGAGTGCATATACCTTCCTACTGAGGGTAATGTTTACAGGAAGTGTTCTTTgctgcctttaaaaaaatgcagagatGTCTTAATTTAGGATGTGAATTCCAATTTTCTCATGAGAGCTGTATTTAAACTCTGGAAAGCACACAGCGTAAATAAGTCTTTTAAAGACCTTTGTGCCCTTTGCTTTGAAAGCtgtaaagaaaaggagagagtgATGTCTGTGATTATCTTCAAAGACTCCAGCTGTAAAATATGAGCATTATCCCTCTCCCTTTGCTCTATTGATAGTGTTATGGGGTTGTTATGACTCATGGAAGCAATATTCCAAGGCACTTACGCTGCTTTGATAATTATAAGTCTTTTTATTATAAGGCTTTGTAATAATTGGTCAGGTTCTTCTCCTTGAATTTGGTGTTGGAGGTTTATGTCGCTGTTGTTGCTGAAGTGCCTGGGAGGTGCCCTAACACAGCCTGTTAGTGCTAATACAATATAATCCCAAAGGAATTTTTGCATTTCTAGGATAACAATTCTTGTACAGGAAGACAATGCAAGAGTAATTTTGGTGCTTTTTCCACTCACAAACTCCACTATAATCTGTAAAACCAATACAGCCTTGCTCTCTGTAAACAGTCCTTCAGAACAGGGAAAATACGTAAACCTGATTTCATTATCCTGTGAGAGCTACAGTATTGTCATGATATAACACGACAGAGCTGCACAGCTGTTCTTTTCCCACCATTTCGTTTCCTCTCCCCAAAAAACTGTTTCCCTCATTAGATAATGACAAACAACTCTGTCAATATAATGATTAACATGTAGAAATTAAAATCTGGaggaaataacaaaacaagaagcacttacaaataaataccttCCTGTTTCTGTTGGAATTTGATTTAGAAAATGATGTACATGATTTAAGCCACTTTAATCTCCTGGTACATAGTGCTGTCTGTCCATTGGTAGGAATTATGGTCctttattagtttatttggCTGTACAGTGCTCTTCCAGTTTCATATTGTGACAGACCAGTGTTCAGCTTTCCTAAAGCCCTGTTTACTTCTTTGGAGTCTCATTATCTTTTGATCAACTTCCTAATTGAGAAGAAAGGGAGGTACAAAGATGACTTCTTACTTGGAAAGCTTTATGCTATTACTACCAATACAGCAGGAAGGTAAAATGTATCAGGGACTGACAACTAAAATTTGGTTGTCCAATAGGGCAGGTGCCTTGAAATTGTACTTGCCCCTCAAAAAATACACCTGCTCGACTTTTTGCACAAAGATTATAAGCAGTGGTGGTGtattggtaaaataaatgtaccGGAGAAGTCCCAATGGGAATTGTTGACCGATGGGACTGACGGAAGTTTGCTGAGTACCGAGTGCTTGTGTTCGGAAACAAATACTTTGTAGATTGCATGTCCATTTCCGATGTAATCAAATCAGCTGAGATGACATAGAATAAAATTTTCACTTGCCCCGTCGGGCATGTAATCTACCAAATAAGCCTGCCCAACAGAACTTGGAACCTgtgtcaagcagtcaggccatCCCTTATGTCGAACCATGTATATAAGAAATGTTCATTGCTGCTTCTGTTGCTGACTGGCCATGGCTCTTCTCGGATACTTAGTTGTACATAATTAAATCTGTTCTGTCTGTGTGGTTCTACGGACATAAATACACACTACACCCCCCAGGGGGCGAATGTAAAGAGCTGAAAAAGCTAAAGAAAGCATGAGTGGATCCGACAACCGTTCATTGCCGCACCAACTGAAATTGCAATGGATAAACTGATTCCTTTTACATCAACCTATCTCTGTGAAACTACTTTTTCTACACTTAGATTCATTAAACACAAACTACGGTCACGACTCACAAGCGTGGAAATCGGTTCTCGGATTATGCCATATCCAGTaatggccaatcagaatagaggattgtcaGGTAGCAGTGCTTCTTGGTAGTTTCAGATTAAACTACACAGCAGTTAATGTGAGGTGAtgattacagtaaaataaagacataataGTGGGAAACGAGCTTGCCAGGaatctctgctgcaatattttcaaaatgcattaacaaacaaattaaatggcaGTAAGAAAAAATCAACGACTGAGGCCAATAGTGAAGAGACGACAACACTGCAGCTGGAGTCCATGGTTAAACATTGAGTTCAGGTAGGAGAAGAAAAACTATACACTTCCCTTGATCGTGCAGATGGTAATCTGGGATGTTGAGTGTAGACACGTTTCtacttttgtctgttttaaaaagttggcaactgcagaaatgtgttaattattattattttttttttaacaaagtcgctatatattattttttaaataactggtaaaattgtatgaaatggaaagagggcATTATCATCATCTTTAACTACGTTTATTGATTCTGATTGGGGCTAATTTAtggataatgtatttttaaccaaGAGTTTTAATGTCAGTAGAGTTGGCCTTGTTGGAACTGTATGCACATTATGGAGTTTGCTCAGGTCTTTCCTGTTCACttaattgaaaaattgaataaaCTAGCTTGGTAGAAACTAgactaaaaacacacaaacagacata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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K20868 ATG16L2; autophagy-related protein 16-2

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU17101 lncRNA upstream 1126491 20653670 ~ 20655615 (+) True G13799
TU17100 lncRNA upstream 1129834 20646835 ~ 20652272 (+) True G13798
TU17090 lncRNA upstream 1164409 20614745 ~ 20617697 (+) True G13791
TU16972 lncRNA upstream 1356264 20424137 ~ 20425842 (+) True G13700
TU16951 lncRNA upstream 1378600 20393511 ~ 20403506 (+) True G13685
TU17191 lncRNA downstream 117651 21922153 ~ 21922461 (+) True G13873
TU17213 lncRNA downstream 431669 22236171 ~ 22236399 (+) True G13892
TU17215 lncRNA downstream 525561 22330063 ~ 22330299 (+) True G13894
TU17223 lncRNA downstream 673834 22478336 ~ 22478597 (+) True G13902
TU17250 lncRNA downstream 1110294 22914796 ~ 22915056 (+) True G13928
AMCG00016482 mRNA upstream 905630 20872393 ~ 20876476 (+) True AMCG00016482
AMCG00016478 mRNA upstream 1187181 20581946 ~ 20594925 (+) True AMCG00016478
AMCG00016474 mRNA upstream 1279917 20499298 ~ 20502189 (+) True AMCG00016474
AMCG00016475 mRNA upstream 1299110 20478055 ~ 20482996 (+) True AMCG00016475
AMCG00016468 mRNA upstream 1315816 20448350 ~ 20466290 (+) True AMCG00016468
AMCG00016489 mRNA downstream 57286 21861788 ~ 21904114 (+) True AMCG00016489
AMCG00016493 mRNA downstream 100880 21905382 ~ 21906361 (+) True AMCG00016493
AMCG00016495 mRNA downstream 129652 21934154 ~ 21935071 (+) True AMCG00016495
AMCG00016492 mRNA downstream 185904 21990406 ~ 21991423 (+) True AMCG00016492
AMCG00016491 mRNA downstream 240863 22045365 ~ 22056229 (+) True AMCG00016491
TU16114 other upstream 4660174 17116793 ~ 17121932 (+) True G13012
TU15937 other upstream 5296103 16484355 ~ 16486003 (+) True AMCG00016329
TU15942 other upstream 5296103 16484355 ~ 16486003 (+) False AMCG00016329
TU15938 other upstream 5296958 16484355 ~ 16485148 (+) False AMCG00016329
TU15538 other upstream 7343500 14437771 ~ 14438606 (+) True G12587
TU17415 other downstream 2275515 24080017 ~ 24110182 (+) False G14057
TU17581 other downstream 2730516 24535018 ~ 24561807 (+) False AMCG00016537
TU17758 other downstream 3203460 25007962 ~ 25010687 (+) True G14326
TU17806 other downstream 3328696 25133198 ~ 25133879 (+) True G14361
TU17809 other downstream 3345981 25150483 ~ 25157461 (+) False AMCG00016566

Expression Profile