RNA id: TU19222


Basic Information

Item Value
RNA id TU19222
length 6671
lncRNA type sense_over
GC content 0.48
exon number 2
gene id AMCG00016740
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 29201872 ~ 29225587 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TGTGtggtttgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacgtatgtatgtgtacgtgtacatttacagtatataatgCGTGAGCTTAAGTTAGCTCTTGGCCATAGAATGTGCAGCCATACAATCTCTGAAGCAGGGTAGAATTCCAgggcttttctgtttgtttgtttttgtttgtgtgtgtgtttcagctgTGTTTGCAGGGTGTGGCCACTTTATTAAGAACTACCCCCTATTAAAGGGCTGAGGGGGCTAGTCAGTTGCCAGAGCACAGGGACTTTTATTTAGAGACTCAaatggagagagatggaggaaaGTTCCCTTGAGCatctgcagctttttttttcctccccatgCTCACAAATGCAGTCATACAGAAATCATCGGTTCACACGTCTCAGACTGAAAGTGCTCAGTTCGGGTTTTTGTCTGTGCAAAGTTCGTTGTTGAGTGTGACCTTACACTTATGCATGATGAATCGCCACATTTCTCTCAGGAGTCGTTTCTGAAGAGTGCTTTGCGATACAACATACATTAACCAAAGCACGGGAAATTTAACTTAGTCACAAATAGGGGTTACGAGAAATCAGTTTGAACTATATCTTAATTGTTTATGCGAcggttttattgttattattatttttatcattataattagtttgttattttgctGCATCATTAAAAATATCCCAGTGTTGTCAGTTTCCATTTTGCTGGGCTTTTTGAACACTGTTTTGTTATGTAAACTACAGGTACACATATAAAGACCGAACAGGGGAGCATTCCACTAGGTTAAAAGACTAGTTGGATGtctctttttttaacattttatttaatgaacttGCTTGCTTTGAATAAATTAGTTGGGTAGGGTTCTCGAACTGACAGCACTGGTGGAAATGAGAGAATCGTGGGGATTCATTTTCAGGGACTGACAGGGTAGACAGACATAGACTGGCTGAGATTATGACATCTGAAAGCCATCAGGAACCCCAAACACTTAATAAAGATAGGATGCAAGCCATACTTTGAGAGAGGGGTTGTCTTGTTATCGTTTGTCATTTTTGTCTtgcctaataaagtggccacatGCTGCATTCTCATTAGGGGAAGAGGTCGTGTCCAGAGAACTGTGAGATGgcagttattttttaagttgGCAGAGGGACAGAGGTAGCAGTGCAGTCTCTTGCCAGCTGTGTTTAAAGAGTGCTTATTCAGAGCCAAGAAAGGGAATTCGGACttgaaaaggcagaaaaaaagaaggaaTCTGAAGTCAGCTTGGGGAAATGTCAGTGACCGCACAGAGCCCAGTCACTGATCAGTGAAGCGCCGCAATGGTGAAAACACAGCTGATTGTGCTATCGGAGGTCTGGGCTCTCTGATAGCAGAATTTAAGCCTGATCATTTCCTCTCTGGAATCACGACCGGCCGAAGCCTGGCTGGCTGCACACCAGGCTACagtttctgtatgttttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttgttttgtttgttcgttcGTATGTTCGTTCAATTTACCTTTTGCACTTGTCTCCTTAAGACCTAGGTGACATCGTACTTTAGTTATGTCAtttttgaggggaaaaaacaaaacaaaagaacgtgactacaaaaaaaaatgtattaaaggcatAGAGAACTTTTTATTAATAACGTAACCATTTAGTTGTACTTTATTTGAGTATCGGaaggcatgtttttaatttcaaagttatttcggtttgttttgcttttcagtgTAATTACGTAGCACTATGTAGCAGTATGAAGCATGTTTTTTGCAAATTCTGGTACTCATTTTTCTTGTTAATATGCCTAGTTTACCCCCTCCATTCTTCACGGTACATTTGTCTTAGAGTTAGAAATCAACATGCCCAGTTCACCCTCCCTCCCTTGAGCCAAAACACTGTCCTGTCAAGCAATATCAGTTGGTTCTGAGCAGTCATCTTAGCCAGCTTCCGGTATGAAATTTGTATTGCACCTATACAATTTCGTAATCCCCTCAATTTTAGTTGAATATTTGTCTTGCTTCGGACCAGAatagaaatgcaaatgaaaaggTTACTTTTAGGACACCGCTGGCTCGAGTCCTGGGTGCGTTGAGTTAGTGATCTGGACAGGCATCCTGGGTGGAGACATGATTTCATCTTTGCCTTTATGCGGGCTTCAGATCAAGAGCAGCCCTTTTCCCTCCCGCATTCAAAATCTCAGCGATCTCTGCTTAGCAGGAAAACTGGGCAGAACCGGAGCGTAAGACCTAAGAAATTAGTGTCAATGAGAAGGAGCTCGAAATGGGGAGAAGTGATGATGCAACTGGGCACGTGCAGTAGAATCAAGGTATACTAAAAAGACAATGCTCACTGTTAAGTGTATTTCACTTGTCCGAAGTTCAATGACGCctgcaatgtttgtttgtgttaggCGAGAAAGAAAAACCAAACTAACGAGGGCTATCTAGTGTATTGAGGTGTTTGTACTTGAGAGCTCAGATCTTTAGATTTATAGAACATTTACAGTCGTGCAATAGAGCTATTAATACTTTAGGGTAGTTAGTTAGCTGTAATCTTGATTTAAATAttctctgtgctgtttttcagtttttttttctcagtagATCTCTAAGTATTTTTCTAGTGATGTATTCTATACTGTATTCTATGTAAAATCCAGGAAAGGAAGGCATTTGAAATACTCTCGGTAATGGAGGGATTGCAGTGAGTGAAGGGCACTGACAGTGTGCCTGACCTGAGGGCCTGTCCTGAGAGGGCGCTTTATGCCACCACAATTCATGTGTGCCTGTGTTACTAACCCCTTTTCTACAACACAAACTATCCCCACAGCAGACATTGGATGAAAAGCATCAGTTTATGGTGAAAAGTTCAGCTTGAACAAGGGTTTTCATTCTGGACAGACTGAACTCTGTAGCAATGCTTAGCATCTTCACCTCCTGCCCTACTGTTGTTATTTATCAGTTTGTGGGCCCCATGAAACTGAGCcagtttttgatttatttcattttaaaacaatcattgtTTGCCAAAGATCAGATTTCTGCAGTTTATTCTTTAGATTAGTTATGTGcacaagtttgtttgtttggtttgtttaattcattttataatttttttaatgtttaactttgaccagtttttactttttgtgtgttttaagttcACTGGCAGAAAGGCAAAAAGAAAATGGCTGAGTTCCTGATATATATCTGTTTAGTTAGTGTCTGGCATATGTGATCCCAGGCCTCATTCCCCTCTTCAACCACAGCTATATCATGCTTTGCCTTTGAGCAAGCTGTCTGTCAATAGTCTGCAAAAATGCTTGTTAGAAAACAGGTGTTTCTAACCTACAAGCTATCTGTGACAGTTGACGTGGTGTAGTTGAGTTGACACGAGCGTTGCAGTTTGCAGGTCAGGGTTTACGCTGTAATTAGGGTATTTTGCGATCTGTCCCTTTGTCCTTCAGAAACTCATCCATGTGTGATGGTTTTGAAAGCACAGACTATGAATGCCattgcagctgtgtgtgtttgtgtgcctggATGTGTGGCGCACTTCAGTGGACctcagcagtccagtccagtccattaAGGGACACTCTAAGCTTATTTGAAAAGGCAGAGCATGTAACCCCAGCCTTGATTTTTATGAAACACAGATGACTGATTCTAAATGTTGACAGCTTCATAGCAGATAGCTGCAACAATAGACATTACCACTGGCTACTTCCCAGCAGTGCCTGCCAAGCACCCATTTCTCCTGACTGGTCTTCCCCTTAAGGCAGCGTACCCTTGGGCCAGGCCGTCTTCTGATTTGTATTTCAGGCCAGCTCTCAGTAACTGCATTGAGCTAAATAATTTCCCCCAGTTACTAATACTGGTGTCGTTGTTGTTTTCAGCTAATAAATATTTGCAGCTTTCATAACATTTTATGGATAGCTTAAACAAAAAAGTCTTAGAGGTGGCAGCATTTCTCGTCAGATTCTTTGTTCAATTAATGAAAAGCTAAGCTGAGGCAGAGGACAGGAGAGACAATGTGCCAAAAGCACGTGGTTCTGGAGTCACTGTCTTAAGGGACTAGTGGCTAGTTGTATAAAATACCTAAATTGCTGAATATCTTAAGAGTTAAGAATGGCAGCTTCCCCCTTCACGAGTAACTTAAACCTAAGGAGTACTGAACTAGAAAACGAAGATGAAACGTCACTTATTTTGAGGCAACGGGCCTCAGGTGAGACTTGCTGCTTTCCTGTGGTGTTTTCCTTCAGCAGTAGTGGTATCTGTGCTCTTGGGCTCATCTTCACATTCATAGGGGCTTTGTCCCATGTTGCTTTAAGTAGACTGCGTGAAGTGTGGAAGCCTCCCTCACAAACGACTGACTGCTCTAAAAAAAGCGCATTGTTCAGAAGTCACATCGTGGAAACTGATAGTTCAGCACCTCCTGCTCATCCGTGCTTCATTTAATGACCTGCTTACTCAGCCAGCCGGGGAAGGGCCCCCTTACATCTTCTCATGATCCCCTCTCTTTACCTCTTCTCTCATGCATCTTaatcttgtgttgttgtttgatttaattccatatacatttttgaacaaGTTCCTAAAATTAGGagcatttttaattcataaagCATTATGCCAATGGGCTATTTTTTGCAGGACAAAAACATGGCTAAAAGTATGTGTTCCCATGTCACTACTTGTCCAGCTGAATTAATGCACAGGTCAGAAACTCAGCTCTTTTACATAGAGGGGCAGGGGGGTGTCAGCAGCAGGCAGCAGGGTGTGGTCAGTCCTTGGTTTTGCAAGCAGCTGATATGCTGTGATAAATCCATTATGTGCTGCCATTTGGACACGGGGATTGTAGCAACTCAGACAAAAGAGTTGCTTTGTAGCACTCATGTGCACCCAGACGGCCCAGGGACTGAATGTTAATTTCAAATTGACTGTAagagagagcgaga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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU19205 lncRNA downstream 135516 29066111 ~ 29066388 (-) True G15448
TU19116 lncRNA downstream 505984 28695698 ~ 28695920 (-) True G15365
TU19115 lncRNA downstream 519566 28681838 ~ 28682338 (-) True G15364
TU19067 lncRNA downstream 750272 28451398 ~ 28451632 (-) True G15330
TU19002 lncRNA downstream 915459 28284362 ~ 28286445 (-) True G15291
TU19300 lncRNA upstream 52668 29261312 ~ 29264667 (-) True G15525
TU19365 lncRNA upstream 594251 29802895 ~ 29807133 (-) True G15585
TU19476 lncRNA upstream 830146 30038790 ~ 30041875 (-) True G15673
TU19477 lncRNA upstream 831151 30039795 ~ 30041875 (-) False G15673
TU19480 lncRNA upstream 833931 30042575 ~ 30044565 (-) True G15675
AMCG00016741 mRNA downstream 184 29191734 ~ 29201720 (-) True AMCG00016741
AMCG00016738 mRNA downstream 177386 29021627 ~ 29024518 (-) True AMCG00016738
AMCG00016736 mRNA downstream 248108 28949450 ~ 28953796 (-) True AMCG00016736
AMCG00016732 mRNA downstream 416405 28781477 ~ 28785499 (-) False AMCG00016732
AMCG00016733 mRNA downstream 463301 28725609 ~ 28738603 (-) True AMCG00016733
AMCG00016743 mRNA upstream 57115 29265759 ~ 29288483 (-) True AMCG00016743
AMCG00016742 mRNA upstream 104744 29313388 ~ 29322785 (-) True AMCG00016742
AMCG00016744 mRNA upstream 147548 29356192 ~ 29362007 (-) True AMCG00016744
AMCG00016748 mRNA upstream 164008 29372652 ~ 29405744 (-) True AMCG00016748
AMCG00016749 mRNA upstream 215952 29424596 ~ 29445568 (-) True AMCG00016749
TU19143 other downstream 416397 28781472 ~ 28785507 (-) True AMCG00016732
TU18749 other downstream 1773253 27424893 ~ 27428651 (-) True G15076
TU18738 other downstream 1797982 27401676 ~ 27403922 (-) True G15067
TU18673 other downstream 1831765 27369590 ~ 27370139 (-) True G15026
TU18636 other downstream 1922570 27268820 ~ 27279334 (-) True AMCG00016671
TU19522 other upstream 992815 30201459 ~ 30202351 (-) True G15706
TU19613 other upstream 1317648 30526292 ~ 30529500 (-) True G15787
TU20184 other upstream 3214414 32423058 ~ 32423438 (-) True G16247
TU20188 other upstream 3288863 32497507 ~ 32503252 (-) True AMCG00016859
TU20192 other upstream 3288863 32497507 ~ 32498895 (-) False AMCG00016859

Expression Profile