RNA id: AMCG00017069


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00017069
length 6618
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 6
gene id AMCG00017069
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 43825329 ~ 43841590 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

cgtcaTTTTGTTGAGCACTTGTTCCTGTAAACCAAACTTGCCCGTCTTCCCTTTGGAGGGAGCTCTCCGTGCAGTTCACAGTCATATGACAGAGCGCACTTCCTGCAGACACTTTGCACTCCTGGCTGGGGCTTAGGAGACACAAACAACACGGTGTCCCAGGTTTTGGTCTGGTTGTCTTTCCCACCTCAAGATGCTGGCACTCATCAACAGGCTTCTGGACTGGTTCAAGTCCCTCTTTTGGAAGGAGGAGATGGAACTGACGCTGGTGGGACTCCAGTACTCTGGGAAGACCACCTTTGTCAATGTGATAGCATCTGGGCAGTTCAGTGAAGACATGATTCCGACGGTGGGGTTCAACATGCGAAAAGTCACCAAAGGCAATGTAACAATAAAGGTACTGATCCCACACAGTTgatgaaaagcaatacattaagTTTAGACCAGGCAAAGGCAGCAAGGAAACCTagaaacagcagaaaacaaattgtGGCTACATACAggattatttgtaataaatttaGTACTGTAGTTCAGGAGCTGTTTTAAAGTGAGTGTTTTTACTTTGTCTTTGATTAATTTACATGTATTGAATGAAACCAGGATACCTAGTTTGGTCAGAAGGGACTGTCTGCATCcttaaaagttataaattggGAGTTTGGATTGCTTGCTCAACCCACACTGCAGCATTACAAGTGTACTTCCTTAGTGCGGGGTGAACTCTGTTCATGATTAATAAGAGCTATGCTTTCCAGCTCAGTGGAGTAGCACTGTTCttggaattattatttattttatttattttgaattaatttatttaagcaCCAACAACTAATGTACACCTTAATTTCAGTGCTACTTATTGTAAGTTTATTGATTCAGATtgttcatgtatattttatgtaaagaaGGACAGAATTCATATTCAACATTAGATGAAGATATTCtacaaattaaattgtcttCTGTTTCATGAGTAAGTTTGATCAGCCAGTAAATGCAGAATTATGCTAATTTATGGCTGTGATATTGGATGCAAGTCATTGGCATTTATCCTTAACTATTATGTCTGTTTAACCTTATCCATTAACTTAACCATTCCTGTCTCTCTTCTAGGGCTGGAATTGACCCTTGTCCTTAATCCCACATAGTTATGTGAGCAGCAGTTCAATAGCAATTGTCTTGTAAGAATTGATCAGGTGCTCTGGTTTAGCCCACTcttgtttcttaatttaatcTGGGGGTCTTTGAATTAATATGTGTGGAAATATTTGGGGCTGccatggaataaaataatggtCTAAAATGTTATTACAGGGCTGATGTAGTCTGATCACTGACATCAGATCAGTCTTGCATCTAATCTGAGTGGCCTATGTACAGGGTGGATGTGAGATGCTATTTTCGACTCCCACCTTCTGGGTACAAAATAAAGTCttctgtttggaaaataaatctacagTTTTGAGAGTTGAGGACCTCTTTGTGTGTCTCCTTTGCGATCTCAAATTGTAAACAACTCAATGACTTAACATTGAACTGGACAGCCTCCACAGACTTTCTGAACAAAACctttaacatgtaaatatacAGCCCTAATACCATGATTCCCAGAGTGGATGTACTTCaactattttcaaatttgtaCCTTTGCAGCACGTGCCATCTAGTGGCTAGATAAAAAAATGCTCATTATTTGCACTTTGAGAGATCAAGGTAGTTTGCACTTGGAAACTACTATTCCTAAATGTCAATGGCAACAATAAGGTATTATTGGATTAAATGCAGTATTGCTGTGTGGGTTCTACAATAAGCTGTCAAATCTAGAATGCCttaattatacatgtatagcttttttattatttatttattaattaatttattcatttcccAGATTTGGGATATAGGAGGGCAGCCGAGATTCCGAAGCATGTGGGAGCGATACTGCAGAGGAGTCAATGCTATTGTTTATATGGTAGATGCTGCAGACCGTGAAAAGATAGAGGCATCCAGAAATGAGCTTCACAACCTGTTAGACAAACCACAATTACAAGGAATTCCTGTGCTAGTTCTTGGAAACAAGAGGGATCTTACCAATGCTTTGGATGAGAAGCAGCttattgaaaaaatGAATTTGGCAGCTATTCAAGACAGAGAGATTTGCTGCTACTCAATTTCTTGCAAAGAAAAGGACAACATAGATATCACACTGCAGTGGCTTATCCAGCACTCCAAGTCCCGGAGGAGCTGAGGCCTGAACCCCCCGCCCTCGTCCTGTCGGCCATATCAATCCCAAAATCACCCTGCTCACTCTGTGATGACGTAATCCTTATTCACGACTCACTGTCTCTCTCGTAGCCCCGCTCTTCATTTCCCTCAAGGTCCATTTTGTGTACTGCTAAAGATTGTGTAACCGTCGGTAACAACGACCCGCTTAACATCCTAGAGTTGTCATGATACTGTAAGCGAAAGCTAGAGAACTGTCACACGTTGGTAAATGTAGATCAGCCCAGCATGTCCTATGCCTTCACAATGCCAAATCACaggtatttttcatttttaaatacacctgtGGAGTAAGAGGAGTTCTGCAGCAGATACTTTTATTTGCCAAGTAGATAACTTTACATTCATCTGATATTTTTTCTGAAGAGATGGGAGCTATATCCATACTGTATGTTGGGCAAATTGAGTTTTTGTTCCCTCTCCTAGCCACTGAATATTAGTGTGTTTACAAGTGATTCTGCCAATTTAAATCTGGTTATGTGAGGTTGTACTAATTTTAGGAAGTTTACATTTTGGGTAATAACAAAACAAGTTGTCTCTGtacaggtaaaaataaataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataataatgtgataCATTTTATCATAGTCCAAAACTTTTCCAACTGTAGCAAACCTTTGGAGTAAGAAAACCATTCAGCTTCTGAAAAGATATATCACAATGTGTGGTTTGCTGAAGTCAACATATATATCTCGGAGTTTGAATGTATCAGATTTAAAGATTAAAGATGTATGTAACTCTGGAGTCTTGCAACAAGAATCCTGTGTAATTTTCTAGTGTCAGTTAAAACCTGCAATGCTGTTTCTGTCTACTAGAGTGGTCTGCAGAGTTGAAAGTGCCTTCTGCAATAGCTCTGACTACTGGACCAAAACAGCATTAGAGCATGGATTATGTCTGGGGTACAAAAAAGACTAAGTACACATATAAAatcctgaaagaaaaataaacaggctTGCTTTTTAACCTGGATGATTGTAACTCTTGTGATTATCATGATGCTTGATTGGTCAAATTCACTGTGGGTCTCTCTGTGAAGCAGTTAAGATATTATGACAACTCTAGACATTCCCCCACCTTATTtaatgtacttgtgtaaatATGCTTAAAAGAAGAAGtgtatgataaaatgttgaaGACAGTGATGTAAAAGCACAAGGAGGAGTCAATTAAATTATGCGAATTGTAGCTTAGTTTgtataaaaagaagaaatggGGTTTGTTCTCCTGCAGTTCTCAGAacacattttgcactttttttctttttgttttaatctacaAAACATGCCAGTAAGTGAAAGAAGTCACAGATGTTTCCATACTATTAACAGCATGGTTTAAACTGGATTTCTTGTACCCTGGAAAAATCTATGCTTGTAACCCCCCACATGTGTGTCAGAATGTGCTTTGGGAAATTCTGTAGGAAAAGGGTGCCGCACAATGCCTTGTTGTCTCTGACCTGGTTAACAGATAGCCACAGGGAACTGTTTGGGAGTTATGTTGTTCACACTATGCCTTACTGAAAAGAGATAATATTGCATGTTCAGTCTGTCACTGGGACACTGGATTTGGTACCCTTCTCCCATAGAATGACTCATTGATGGAAGAGATGGACATCATAATCCAATGCCAAATTGATGTATGTTTCATAAACGTTTCCccttaaattaaactgtttagGTAATACCTGTAATAATTGGTCACATGATGTGGACCACTTTCTGTTCATCCTACCGATTTTTATTTACCAGTCttaaacatatttgcatttatatctTTATTAGATTGCTGGTGATCTGTGCCTCCCCACATCTTAgcattttccttgttttgaTATGTTCTTGTATGCACATAATTGTCTTGAATGAATACATTGAAGTGGTCATCTTTAAACCTTGCCTCTCTTTACAGAGCTTGTGTGGCTGGGAAGTTCTATTAGGAAAAGTGAAGCCTGGTCAGGCAGCTTTGGTAATttctttgccattttttttcttcctagaGCTCCGTAGAACAGTATTAGATACCTCGCTGTCCCTCatcaacaaaaacaccaaaaaacacCCATGAGGatctattgaaataaatattacccaattgTAACAtctttttgagagagagagagaggccaaaGACAATTTTCCAGTTGGTGTTTGTGCTAAGAACGATCTCAAAATGACAAATCAGTGGCACAATTCCACAGATGCTatgagaaattattttattgggttttcttttgttatctTGGGATGCTTGCCAGTTATATTTCAATGAAATTGGTCCTGAGCATTGTTCTTTTCAGtcccaacatttttttttatccagtcAACTTCTTTAAGATGTGACATTCTTTTCCTTGAAATATTTCTCCATTCCCCTCAAAACTACCTCAAAACAATTTCAGCAGTGAAACTTGACTTACTTGAGTCAATTAGAGTAGGCACCATCTGTAGGGTATGGCATGATATACGTTTTGTATGTCTGAGAAAATCAACTTGTAATTTGAacacaattaactggattaaatatcagtaaatgttttaattgtaatgggTGTAATTGGTGCAgatggaaacaaatgaaaatggttaCTGCAAATGAAGTAGTACTTGAGTTATAATGGTCAACCTCCATTATTACTAAAGCTTTTTCTCATATTCTTAGCCATGTGGACAGACTC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Function

GO:

id name namespace
GO:0007264 small GTPase mediated signal transduction biological_process
GO:0007059 chromosome segregation biological_process
GO:0005765 lysosomal membrane cellular_component
GO:0005819 spindle cellular_component
GO:0031902 late endosome membrane cellular_component
GO:0005525 GTP binding molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU22305 lncRNA upstream 324853 43500170 ~ 43500476 (+) True G17987
TU22306 lncRNA upstream 354483 43470070 ~ 43470846 (+) True G17988
TU22284 lncRNA upstream 430830 43394293 ~ 43394499 (+) True G17969
TU22213 lncRNA upstream 589293 43235820 ~ 43236036 (+) True G17909
TU22180 lncRNA upstream 712693 43053086 ~ 43112636 (+) True G17882
TU22414 lncRNA downstream 260436 44102026 ~ 44103399 (+) True G18077
TU22423 lncRNA downstream 275376 44116966 ~ 44201038 (+) True G18084
TU22469 lncRNA downstream 535403 44376993 ~ 44377228 (+) True G18125
TU22471 lncRNA downstream 545853 44387443 ~ 44387949 (+) True G18127
TU22536 lncRNA downstream 781777 44623367 ~ 44667457 (+) False G18186
AMCG00017068 mRNA upstream 11011 43806964 ~ 43814318 (+) True AMCG00017068
AMCG00017071 mRNA upstream 29759 43781424 ~ 43795570 (+) True AMCG00017071
AMCG00017072 mRNA upstream 51877 43768858 ~ 43773452 (+) True AMCG00017072
AMCG00017073 mRNA upstream 93770 43688060 ~ 43731559 (+) True AMCG00017073
AMCG00017076 mRNA upstream 278525 43544654 ~ 43546804 (+) True AMCG00017076
AMCG00017070 mRNA downstream 1824 43843414 ~ 43855324 (+) True AMCG00017070
AMCG00017078 mRNA downstream 284624 44126214 ~ 44137931 (+) True AMCG00017078
AMCG00017079 mRNA downstream 305122 44146712 ~ 44160471 (+) True AMCG00017079
AMCG00017080 mRNA downstream 523016 44364606 ~ 44371508 (+) True AMCG00017080
AMCG00017081 mRNA downstream 531298 44372888 ~ 44385986 (+) True AMCG00017081
TU21955 other upstream 1427542 42391297 ~ 42397787 (+) True G17697
TU21320 other upstream 5321697 38496051 ~ 38503632 (+) True G17193
TU20555 other upstream 9724466 34100315 ~ 34100863 (+) True G16550
TU20550 other upstream 9777609 34047371 ~ 34047720 (+) True G16546
TU20517 other upstream 10152709 33668629 ~ 33672620 (+) True AMCG00016901
TU22431 other downstream 284624 44126214 ~ 44131602 (+) False AMCG00017078
TU22550 other downstream 813062 44654652 ~ 44656098 (+) True G18192
TU23388 other downstream 5561129 49402719 ~ 49403634 (+) False AMCG00017173
TU23515 other downstream 5871934 49713524 ~ 49721471 (+) False AMCG00017183
TU23710 other downstream 6710290 50551880 ~ 50552985 (+) True G19113

Expression Profile