RNA id: AMCG00017125


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00017125
length 6006
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 6
gene id AMCG00017125
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 46918360 ~ 46930810 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGGTGCAAACACACCTTGAAAACCCCACCAAGTACCACATTCAGCAGGCACAGAGACAGCAGGTCAAACAGTATCTCTCCACCACACTTGGAAACAAACTTGCCAACCAGGGGATCAGCTTGCCTTGTCCCAATCAGACAGCTGAACATGTAATGCCTCCTGGACCCGGCAACAGCGCTCCCAACAGCCCTATGGCCATGCTTACCTTAAACTCCAACTGTGAAAAAGAGCTCCCTGTCTCTGCTAATCTTCTCGACATGTACAATCAAGGGTTGCCACCACCAGGGCTCAATATTAGCAACTCCTGTCCTGCAAACCTACCCAATATTAAAAGGGAATTCACAGAGGCTGAAGCTAGAGCACTAGCAaaggaaagacagaaaaaggaCAATCACAATTTAAttgaaaGAAGACGGAGGTTTAACATTAATGATCGAATCAAAGAGCTGGGGACTCTGATTCCAAAATCAAATGATCCagaCATGCGTTGGAACAAAGGCACCATTTTGAAAGCCTCAGTGGACTACATCAGGAAACTCCAGAGAGAACAACAACGTGCCAAGGAGCTGGAGAACCGACAGAAGAAACTGGAGCATGCCAACAGACATCTGATGTTGAGGATACAGGAGCTTGAAATGCAGGCTCGCGCACACGGACTGTCGGTTGTTGCCTCATCAGCTCTCTGCGCATCAGAGCTGACAGGGAGGGCCATTAAACAAGAGCCAGTGTTAGGAGACTGCAATCAGGAAGTCTACCAGCACCACACCATCTCTGACCTTTCACGCACAACGACCCTGGACCTCACAGATGGAACGATCACCTTCACTGACGGTCTCTCCAATGTCAGCGAGACTACAGCCTACAGCGTCGCGTCAAAAGTCAGTTCCAAACTTGAAGACATCTTGATGGACGACACTCTTTCCCCAGTGGGAGTGACCGACCCGTTGCTTTCGTCAGTGTCGCCCGGAGCTTCAAAAAGCAGCAGCCGAAGAAGCAGCATAAGCATGGAAGAAAATGACCATGGGTGTtaacagatattttattcattacacTCTGCATATCTTGTGTTAAAACTCTACTAACTCCGTACTGGTGTCAGGTTGTACCATTTCTCCAAAGCATCTTTACCCGCTATTGTGAAGTAAAGCCCATCATCTGAACAAAAATCCCAAACAACGCCCAACCTCCAAAAACTAAACAGGCTCACGCATTTGACGTATGAGTTACGAATTGAGTGCAAAAACACGAAGATAAAGAACTAAGGAAATGTTTCTGTTATAATGTGCACATatgtacaaattatatataaaaaaaaacatttgtttacacTTAATCCCCAATCTGTTTTCTTGATGTTCTAAGAATTATGGTTTGAAAGTATAAAATAGCAAACTGGCAAAACATGGTGAGTATCTGTATAGAAGCTATTTTAAGCAAATCAGAAAATCTTAAATTGTAGatcaagattaattaattaaaagcttaAATATAAGCGAAATGCATATTGTGTGcattatatttttgctaacattgtgcacattaaattaacaaaagaaCATTGTTTGCttctaaaacaatataattgtgTTGATTTGGTATATTATCAACATCTGCCAGCAACTCTAATAAAGTCTATGAAATTCAGTACACACTGGGGGGGTAGAGAGAATTAAGGTagttgaaatgcatttgatatatGTAGAGAGGAGATCAGTGGAGCTTGAAGGCCAGTTTGTTTTGAAGCTGTATGAAGTTATGATGAAGGTCTGAAGAACACAGATGATGTAATTGTGATTCATAGAGGAGACATCCTCCATCACACAGTCAAACTGAATCATAGCAAACTCCTGCTGTCTGAGTGGACCATTCAAGACTCAGAGATATTCGGGACATAATTCACTCTCTCAATGGTCAACTCTAGTGGATTGTTCACCACAGCCAGCTGAATTTCACAGTTACTATTCTGGGTACCAATCCAGGATGAGACTCCAACTTGTTTTGGGGACAGACAATCACTCTTGTCCTGTTGGTCTTCCCCTGCAGATGAACACCATGAACTAGGTCCCTTACCAATTGGAGCATAGAGTCTCAGGGGTGGTCATTAGAATGGAGATACAGAGgtcttgcatttcttctgtCTTGTACCAGCCATCAGAATAGGCTTTTTTTGCCATATTTTAATAAGTGGGATGAAGGCCCTCATctgtttgctgttgctgtttgtgcTTGCCCAGGCACTGAACAGTGGGATCTTGGGAAGCTAGGTGAAAAGCACACACTGGAGCCCTGGTGCTCTTCCACCACATTGTCACTGTCCTCCTCAACCCTGTAAACCCTTTTTCCTTACCCTGGTTCTCTCTGCCCCTCCATGCCTACCTTTTCTGTCCTTTTATCTTGTTCTCCCCATCCTACTTTAGtattttctctccttctttcctCTTCGAATCCATCTTTGCTTCCATCTTTGCATCCCTTTCCATCTTCTTAATTTTTCTTACAGGGCTTTGGTACAAAGAGGTCTGCATGGTAATATCCTGCAGTAGAGTGTCAGGCTGGGGTTTCAGGTgtgaggcagacagagagatgcaGCTGTCCACTATGTCCTCTGATCTGTGCCTCTTTTTTATAGTGGTCGAGCTTCCAAGTGACGCTTAATGACCATCTCGGCCTAGACCTTCCTGAAGTTCAGTTTTCTCACcaacaaataatgtttttcttccttgtCAGAgccatacatatacataaacactaGATGGAGCATACTCCCTTTGGATTTCCTAATGCATAGCTGTCACTCTATTTTGGGTATAAGAATGTCACTTCTCTGTTATTTATCTCCTTATTTTAACATGGTCCTCATGCACTAAATAgcagtaaatgtgttttgtacacAGTAGACTGCTTACTGCATGCTTTATGCACATGCTGAATTCACTAACCAGTGGCACATGCCCTTGCACACTGAATAAATCACGTGGAAAGAGCTATTACGTACGTATCATTTAACAGCTTAAACAAAAGCCATTTCTATGTGATTTTAATCATATaagaataaattatatttttactaaaAGTAAATCCTGTGGAAGTCAGAAATCAACTCAAAGAAGTATTCTGTTTTAAGCGATGAGTCTAGGAAAACTGTTGAactagttgtttttgttttttacagttttcCATAAATAGtttcaatataatacatttttttcaaagcaaGTATAGAATTTTTAATCCGCATTTCATATCTATTGCTGCATTTCTATTGTCATGGTTCATTTAGGTTTATCTGCATACTGTAGTTCAATTCTCAATTCAACATCTTAATattataacaatacattattgtaattCAGTGACAAAGGTGGAATACATGTTTGCAATTCTGAGACAAATTTGAAAATTTAAATACTCATTCTGGATAGCAGccttatatttttaaaattaaattagtttttatacATACAAGTATAATAAGAGTAGATAAGAGCAGAAAACAACATGAGAGTTTTAGACATCAAATGTGTACGATTAGTTACACTAGGTTATGTATTCTTGACCTTTTAAACATAACacagtaataatataataataaaggataGTTTTATTTAGCTTCAGAATTTTTTTCCCTAAATCAGTGTTTTCAAAACGTATTtactaataatttaaatgtaagggaaggatatgtaaaataataattcctttCAGTtagcttattgtattttgtgaattGTTATGGAAgacattcatattcatattaaccTTTTTCTTCATGTCGAAATAGAATGGTCATTTATAGAACATTCATATCCATATTTCCTAAGTGATAATATTAGTGCATATGTGTGTACCCATGATTTGTATGATAATTCaatattatcttttttaattaaagatcaGACAACAGCAGCTTGTacattaataattgttaatGTTAACTTTGTGTCTTTTATGTAGTATTGATCAATGTCTAGAGATCTAAAAAGCAAGTATTCCTCAACACTTTTTCTCCATCTGCAGTCCTATCAGCATTGCATCTCATTCCTACCTAGTACAGCTTCCGAGCCTTTGTATTGCTTCAGGGAGAACTCATTTGGCTGGTTCTATTTAGTGTTAAAGTATGTCTATGGCTTGATTCCCCTATTTCCCAACTCCTGTATTTTTGCTGTTGCAGATTATTTCAAGGAATTTGTTATTTAATCTTTACCATTACAATGATTCAGTAATCACTGagaaactgtatatttaaaactttctttgctccaaaaagaaaagaaaaaaggtatgTGGgcttatattttaatgtacttttcctaatatttaaattattttgttttgtttgcacaaTCATCTGATTTGCATGCCCTTCCTGAGTTTTTGACAGTTATATTCAGGATATTTTTGAATTGTAAGAATGTTTATATTGAACATGATACGGAATATAGTGAGACTGTTGtggtttttgtgcttttttttaaatgtaagataTTTCCTTTGTTAATGAACACTGGAAGGAGGTCTAAATTCAAGGATGGACATTTTGGTATGATAACCAATGTTTTGTATATTCTAACAATGTTATTTAGAATTTATAAAGatacattgtattgtatgaCTGATTGTAGTTAAATATATAACTCACATATGgctttattgttatatttctaCTGTTAAACATGTACAACTGTAGCAGAGTACTTATAAGTACTTAAAAGTATGCCTTTATGACAGTAACTGTTTAAGATATTAGATATTGATTAGCTCTGCATTGCAACATGTGAAAATAAGGTAACTGTTTCTTCAAATAACTGATACTTAATATTAGTGTTTTTACCATACAACATTGTTGTATCAGTCGTTTCAATGCATTATCTACTTCAGTGTAGAACTATgcaattataattgtatttcaatatattgtgCCTAAGTGTTTTACGAAGATATGGTGTTAAGAATAAGGttgaagttttattttacttttcaaaaagtgtactaatattgta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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K09455 MITF; microphthalmia-associated transcription factor

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU22853 lncRNA downstream 354158 46563931 ~ 46564202 (-) True G18421
TU22851 lncRNA downstream 354787 46563094 ~ 46563573 (-) True G18419
TU22837 lncRNA downstream 463964 46440069 ~ 46454396 (-) True G18405
TU22792 lncRNA downstream 811767 46102262 ~ 46106593 (-) True G18366
TU22790 lncRNA downstream 816172 46101960 ~ 46102188 (-) True G18364
TU22974 lncRNA upstream 243836 47174646 ~ 47308372 (-) True G18519
TU22976 lncRNA upstream 247238 47178048 ~ 47196175 (-) False G18519
TU22990 lncRNA upstream 457088 47387898 ~ 47388821 (-) True G18529
TU22995 lncRNA upstream 495437 47426247 ~ 47428085 (-) True G18533
TU23024 lncRNA upstream 696453 47627263 ~ 47627521 (-) True G18559
AMCG00017126 mRNA downstream 2282 46906493 ~ 46916078 (-) True AMCG00017126
AMCG00017122 mRNA downstream 310916 46483937 ~ 46607444 (-) True AMCG00017122
AMCG00017115 mRNA downstream 515059 46386418 ~ 46403301 (-) True AMCG00017115
AMCG00017116 mRNA downstream 535492 46372466 ~ 46382868 (-) True AMCG00017116
AMCG00017111 mRNA downstream 1018514 45867027 ~ 45899846 (-) True AMCG00017111
AMCG00017132 mRNA upstream 116463 47047273 ~ 47051406 (-) True AMCG00017132
AMCG00017137 mRNA upstream 591972 47522782 ~ 47541031 (-) True AMCG00017137
AMCG00017136 mRNA upstream 611283 47542093 ~ 47550598 (-) True AMCG00017136
AMCG00017139 mRNA upstream 738951 47669761 ~ 47722260 (-) True AMCG00017139
AMCG00017141 mRNA upstream 1034717 47965527 ~ 47966591 (-) True AMCG00017141
TU22128 other downstream 4053744 42808711 ~ 42864616 (-) True G17842
TU21619 other downstream 5701129 41216651 ~ 41217231 (-) True G17421
TU21144 other downstream 8859421 38027483 ~ 38058939 (-) False AMCG00016959
TU21143 other downstream 8859421 38054665 ~ 38058939 (-) False AMCG00016959
TU21119 other downstream 9159889 37758157 ~ 37758471 (-) True G17032
TU23267 other upstream 1558317 48489127 ~ 48494349 (-) True AMCG00017158
TU23976 other upstream 4500045 51430855 ~ 51435068 (-) False AMCG00017234
TU23984 other upstream 4514777 51445587 ~ 51449786 (-) True G19335
TU23985 other upstream 4514777 51445587 ~ 51449786 (-) False G19335
TU24132 other upstream 4925436 51856246 ~ 51860142 (-) False AMCG00017251

Expression Profile