RNA id: TCONS_00010738


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00010738
length 333
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_004726
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 24944172 ~ 24944504 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTGATAGTATATACTAAGAAAGAGTATTAAATCAGGCTATCATGTTTGTCAATGATGATAGAGCTTCTTTATCGTTCTTTATACAACTTTCAATTATTACCGTCAAATTGTTGATATTGTGTTCCCAGATGTGTAAGAAATAGGATAAAATGATCATTTATATCTCATGCAATGAAGTTTTTAACTTCCGCCTCTCTCAGTAGCAGTTGATGGCTAGTAGACTGGAAATTAAAATGTCAGATGTCTCTGTGAGTGTATGCTGCAAATGAAATTTCCCTACagggacaaataaagttaactaactaactagctaactaactaactaactaacta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010737 lncRNA upstream 1084740 23812530 ~ 23859432 (+) False XLOC_004717
TCONS_00010736 lncRNA upstream 1164995 23778952 ~ 23779177 (+) True XLOC_004716
TCONS_00010935 lncRNA upstream 1293116 23649892 ~ 23651056 (+) True XLOC_004713
TCONS_00010933 lncRNA upstream 1338450 23589024 ~ 23605722 (+) False XLOC_004711
TCONS_00010934 lncRNA upstream 1338450 23590002 ~ 23605722 (+) True XLOC_004711
TCONS_00009368 lncRNA downstream 128801 25073305 ~ 25075120 (+) False XLOC_004728
TCONS_00010739 lncRNA downstream 129014 25073518 ~ 25075120 (+) True XLOC_004728
TCONS_00009371 lncRNA downstream 257039 25201543 ~ 25214727 (+) False XLOC_004731
TCONS_00010936 lncRNA downstream 261027 25205531 ~ 25214727 (+) False XLOC_004731
TCONS_00010937 lncRNA downstream 265507 25210011 ~ 25214727 (+) True XLOC_004731
TCONS_00009365 mRNA upstream 173982 24738962 ~ 24770190 (+) True XLOC_004725
TCONS_00009359 mRNA upstream 303833 24344963 ~ 24640339 (+) False XLOC_004722
TCONS_00009360 mRNA upstream 303833 24344963 ~ 24640339 (+) False XLOC_004722
TCONS_00009358 mRNA upstream 303833 24344963 ~ 24640339 (+) False XLOC_004722
TCONS_00009357 mRNA upstream 303833 24344963 ~ 24640339 (+) False XLOC_004722
TCONS_00009367 mRNA downstream 8398 24952902 ~ 24958792 (+) False XLOC_004727
TCONS_00009366 mRNA downstream 8398 24952902 ~ 24958792 (+) True XLOC_004727
TCONS_00009369 mRNA downstream 141247 25085751 ~ 25092570 (+) True XLOC_004729
TCONS_00009370 mRNA downstream 153250 25097754 ~ 25110974 (+) True XLOC_004730
TCONS_00009373 mRNA downstream 279339 25223843 ~ 25267129 (+) False XLOC_004732
TCONS_00009364 other upstream 378580 24565478 ~ 24565592 (+) True XLOC_004724
TCONS_00009361 other upstream 525832 24418224 ~ 24418340 (+) True XLOC_004723
TCONS_00009355 other upstream 598679 24342331 ~ 24345493 (+) False XLOC_004722
TCONS_00009353 other upstream 729655 24214401 ~ 24214517 (+) True XLOC_004721
TCONS_00009349 other upstream 1012157 23923325 ~ 23932015 (+) True XLOC_004717
TCONS_00009372 other downstream 279295 25223799 ~ 25251787 (+) False XLOC_004732
TCONS_00009380 other downstream 523808 25468312 ~ 25477906 (+) True XLOC_004734
TCONS_00009383 other downstream 703623 25648127 ~ 25648243 (+) True XLOC_004738
TCONS_00009419 other downstream 2190365 27134869 ~ 27134967 (+) True XLOC_004762
TCONS_00009421 other downstream 2212439 27156943 ~ 27163064 (+) False XLOC_004764