RNA id: TU22537


Basic Information

Item Value
RNA id TU22537
length 4470
lncRNA type sense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id G18186
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 44623367 ~ 44714164 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TCActtttaatatagttttatttaataaatccaGCAATTTACAAACACACCAGTATCTTGCCTTACTGATGAATTAGAACCCTATTACATAGTTCTCcatacatactgtactgtacaacaTAATTTGGGGCTCTGGCGTGCCTCACTGCTTTCCGACTGCTTTACAAGGGGGTGGGTGTCTAGgtcataaatacaaatgtaacatcccgacaagaaaaataaaaataatttaaaagttaaaagacTGGAATATTTCAGTAAGGTGCAAGTACTGAGCATAAGAGAGGTCTCATACATTCCAAGTTAATCAGAGGAGTGGCTTTCATGTATTCATGAAACTACGGGAAATGTctaattaatattcatatagTTTCTTCCCCATTTATGAGTAATTATGGCtacaaagaatgaaaaagatgAGCTAAGGCATCCCATAGGTCTCTACACTAGGATTTTAAATTATGGATACCTCCCACACATTTCAGATTGAGGATTCAAGTTcaatgattacattattttgacatggatgtaaacatgtattgcacttgGCTGTAATGCTTAGATCCAAATTTAAACCAGAGCACTTTATTTTGCCAGGTGTATGTATACAAGGGAAAATGTGTCACCATAAAAGCTTTGAGATTCTGAATTTTAATACCCAAGctcaaataatataatgtaagcACTATGGGGTGTCAAGTGATTTCATGAACACTGCATCACATGTGACAATCAACccagacattaaataaaaactcagGGAGCCAGTGAACACCATATCTCAACAATCCAAGACTCCTTTTTTGAATTACAGAATGCAACCCCCAACCCTACTGGAGCAAAAGTTATTGAAcagaataatgaaaaatataatggtGCAACTCTATACTTTAAGTTATATGAAGCTAGAACCTCAAAATTCACACACCATAAcagcttttatgtatttttatattttttcttggttAGAAAATAACTATTTTGCAGAAGATATGATTTGGAGAAAAATATCCGTAGCCCATACCAATGAATATCCATAATActttacaaaagtacaaatgGAATGAGAAACCCATTTTAAGTAAACAACCCAATAACAAGAACATTATATTACGGCACTGTTTTATTATGTCGCACACTGTAAGCCATTACAAAATGGCAAATGCATTCCAACCTGTAAGCAGttgtatacaaataaattaatgacacTCAAAGCAAGCCATGGGTTGGGTGTGAATTATCGcttgttattataaaataattatggcTTTTAGTTATGCAGAACAAACACTcagaaggggaaaacaaaaaagcataattttatGGAATCCCATAGGTCTCTATAGAAATACCTTGCTTGGCTGCCAATTTTAAGTAAGCAACCTTGGGAGACATTACAGACATGCTAGGGGTAAATTAAAGTTGAAGTGTTCAGTTAAAGCTGCTAAAGTTGGTCTACTGAATtggttaaaagaaaacaaaagaaaagaaaagaaaagaaaagccttAAATTGGATATTTAAAGCACAAACACCCCTGCTGTTACTTCCTTTATTGTACACGTActgcttaaaaaacacaaactggttGCAATCAGAAAAAGGCTGCCTGAACCAGATTTGACCTTTCCAATTGACTAAATACATACAGCTTTTCTTCATTTGGTCAGGCAGGAAATGCatgcaattaatttatatataaaaaaaaaaacttgcactTGTAACTAGAAACTGTGTAAGTTAATTCAAGGTTTAGTTAATGTGAATTAAACCCAGCATTTGGGAtttttaactaaaaacaaaaatgtggttttcagtttttcacattAAGTTATTCAGATCTGTCATTGGTAGGAGCCACACTTCTACAGagtaataaacatattaaaagaaaaattgaaaatgtgtgtatatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatacatatatacacacacacacacacacacacatcacggGTAGTAATCATCTGTAAGGATAAAAAAGttttagattttacatttttcacttttttgagtagagcacaacaaaaacaaccttATCTAAATATATAGTGAAATCACATTcctagttttatttgtttgtttatattatagttCAGTAAATTTAGCTTATTAACTAATACACTTCCCTTCACTTTGGTAAACATTCacttcccccccaaaaaaaagcaGAATGTCACAGCAAATCCAAATGTAGCTCAACCATCAGTAGTTCTTTGTATAAATATCAAAAATGGCTGTTTACTTTTATcctaaacaatgtatttgactaaGAACTGTGTACATCTTTGTTtcactttaaatgaaaaacaaacttaaactgGGACATTTTACaggttattaaaatataaaataagcatCTTCTGCATTAAATCATCAATATTTCATATCAGATCGATTGTATAGACAGGCTTGTTCTTTCGCAATACGAAGAGCctgattttgtattatatagcagtgtagtatttaaaaatatggataaggattttattaaatactaacCTATCTACTCATTACTCCCAGATTGAAGGCACCTATTTCTATCTACTGATTATATTcttacattgcattttcttcAGTGTAAACAATGAATATTCCCCAAGAAGCAGGATTGCAACATGCAATATTTTTGTGAAACTTAATTTGGACAATAGGCCCAAAAAATTGAAAAGGTCAGGAAAGAAACGCCAGGAACGGTTTAAATAAGGTTACACGCTATGACATACCAATGCAGAACTGCCAGACAAGAAACAGTGAGGTGGGACACCATCCGTCAGTTTGAAGAAAGgctgtattttcaaataatctAATCCGCTGAgctgaaagtttattttttgatgttAAAAGAAACTGATGCTTGTCCACATATTCTGAATTATATTAACTTTTCTCTCTGCCAAAACCAGTTACTCTAGGTCTGCTTGTTTACCCTAtagtaaaatgaatacaaatgcacCTTAAAGATTACATGAAATACAGGCATGTCCTATTAAGCATGTAGTCCCCATGTTCCTCTAAAGAAGGTTTTGATGCAGATTTTAACCTGGATTAAAAAGTTTTAATGCCTTCACACCCTTCACCTTTCCTTTACCatcagctatatatatattttaatataaactaaaatgtCATCAGTGTACAAGACAATACATATAGTTGCTTATGACTGTGGTGAAGCAAGCATATCCCCATGCATGCCCATGCCCTttactacagtacagcacagtccAAAAGTCCcattgggtgtttttttttgccccTGCAGCTTTTAGTTCACTACATTTAGCACCACTCCCAAGaatttgaaatttgtatttttcaggctttaaaaaaaaaaaaaaaactaaacaaaaaggacaaaaatgttttttatccCCAAAGCAGTTTTCtcagaacacaaatgcacatctaTTACAGTACTTAAGAGGAACAGCCAGAGCACCCAAGATGAAAATCCTAGTCAGCATTAAGACAGACGTCCAGAAGGGGAGCCGAGTCAGCTGTCAAAATGGCAGAGGTGGAAACCATTACTGGCCTTCTAGGAAGTTATAGTTTATCTCAAAGCAGTTATTTTAAGTAGACTATGCTGTCAAACTACTGACAACAGGATCTGAGCTTTACCTCGTCTAGGAATACGTCTACATGACCATATCTCCACCCGGGAAGGAGTGAAAGTGGTCGAGAGTCTTGATTCGAAGCCATGCCAACTTAGGAACAGTAATTGCCGACCACTGGTCACacgcattttgtttttacatcgCAAGCTGATCCtcctgaagaaaaagaaaatcctaaaAGTCTTCTGCAGACATTGTTCCTGCTTTTAAAGAGTTCTCATTGAAAAAGGCAGCTGGTGCTTCTGTGTTACACAGATAGAGCAGCACATTTATTAcgtaattttttttgttttgtttttttcctccagagGGTgacaggatttatttattattattattttttttttagagccCACAAAACTGGAACACGGGCAGCTTGTACAGAGTGGACATATGTGCTGAAGTGGTGTGATTTCTTCAGCTCCTGTAAGTGGTGTGCTCCTTACACTGCAGGCATTAAGAAGTCGCCGGAAACACAGTCAGCCAAGGGATAAAACATTGCTGCCAAGGATGTTGCATGAGGGAACTGATCGCTGCAGTGATACCCAAAACAAGGCTAAGGTGATCTCAAAGGGGAAACCAGAGCTTCCCTCCACTCCGGTTTACAGGTCCGTAATTGGATGGTTCCATTCTCCTGaagtagcacagttgacaggaTCCATGCGATTATATGGGCAGTGTTTGATGTGTTTGATTCTCAATGTGTGTGCACGCACTCAGTATTAAAAATGGTCTTGCATGTGAATTAATCTCTGTACTGGAACAACTCCAGTTTGTCAACAAGTgaatacagatttaatttttttttttttttttttgttttttgtgctaTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU22471 lncRNA upstream 274440 44387443 ~ 44387949 (+) True G18127
TU22469 lncRNA upstream 285161 44376993 ~ 44377228 (+) True G18125
TU22423 lncRNA upstream 461351 44116966 ~ 44201038 (+) True G18084
TU22414 lncRNA upstream 558990 44102026 ~ 44103399 (+) True G18077
TU22305 lncRNA upstream 1161913 43500170 ~ 43500476 (+) True G17987
TU22623 lncRNA downstream 234870 44949034 ~ 44952964 (+) True AMCG00017099
TU22639 lncRNA downstream 271632 44985796 ~ 44986081 (+) True G18255
TU22699 lncRNA downstream 529320 45243484 ~ 45243983 (+) True G18302
TU22717 lncRNA downstream 812580 45526744 ~ 45527005 (+) True G18316
TU22733 lncRNA downstream 1068033 45782197 ~ 45782467 (+) True G18330
AMCG00017088 mRNA upstream 3475 44656787 ~ 44658914 (+) True AMCG00017088
AMCG00017084 mRNA upstream 184599 44468119 ~ 44477790 (+) True AMCG00017084
AMCG00017083 mRNA upstream 208895 44445621 ~ 44453494 (+) True AMCG00017083
AMCG00017082 mRNA upstream 251050 44388912 ~ 44411339 (+) True AMCG00017082
AMCG00017081 mRNA upstream 276403 44372888 ~ 44385986 (+) True AMCG00017081
AMCG00017096 mRNA downstream 1227 44715391 ~ 44739801 (+) True AMCG00017096
AMCG00017102 mRNA downstream 153750 44867914 ~ 44876540 (+) True AMCG00017102
AMCG00017097 mRNA downstream 167701 44881865 ~ 44891870 (+) True AMCG00017097
AMCG00017098 mRNA downstream 188302 44902466 ~ 44923634 (+) True AMCG00017098
AMCG00017103 mRNA downstream 218892 44933056 ~ 44934249 (+) True AMCG00017103
TU22550 other upstream 6291 44654652 ~ 44656098 (+) True G18192
TU22431 other upstream 530787 44126214 ~ 44131602 (+) False AMCG00017078
TU21955 other upstream 2264602 42391297 ~ 42397787 (+) True G17697
TU21320 other upstream 6158757 38496051 ~ 38503632 (+) True G17193
TU20555 other upstream 10561526 34100315 ~ 34100863 (+) True G16550
TU23388 other downstream 4688555 49402719 ~ 49403634 (+) False AMCG00017173
TU23515 other downstream 4999360 49713524 ~ 49721471 (+) False AMCG00017183
TU23710 other downstream 5837716 50551880 ~ 50552985 (+) True G19113
TU23712 other downstream 5845286 50559450 ~ 50561788 (+) False G19114
TU24289 other downstream 8100089 52814253 ~ 52817098 (+) False AMCG00017280

Expression Profile