RNA id: TU22792


Basic Information

Item Value
RNA id TU22792
length 4332
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id G18366
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030122.1
NCBI id CM030122.1
chromosome length 54868152
location 46102262 ~ 46106593 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TGCtgctgtaaacattttattaagttacattattataaaactTTACACAAATGCACCAAACAATGTTATACATGCACAACTTTAGTATACAAGACAAATCCATTACTTTTCAATATGAAATCAACATTTGAAAGAACTATCTCACAGAGATAGagaaaacactgaattaatacagcagtattaaaaattaaaggcCAAGTgttgaaaaaactaacaaattcaaattgattacacatacaaaatacaatctcTTCACTTCTTTGGGGGGTAATATCTCAAAGTAACAGACAGGATTGATTtctcatgtgtgtctgtgttacacACATGAATGATTTTTGCTCAACACCGAAGAAATATGTCTAGATATCAtatatttcagattaattttaaaatagatttatttttacttgggatcatttcatattttcatcatGGGTTGCAAGCAGCCCCAAGGCTTTCTGGCTAAGTATTAAAGCAACATGTATTTCCTTAAATGGTCTGGATGATTTTGCCCATACGTTTAATATTGTATCATATTCTTCTACTTcttgtgattattatttgattattctgACAATACAGAAAACCTCTCTTGCACTTTAAGTGTAATCATACTCCAATTAGGAGTTAACTGGTTTTAGGAGACccttttgctctctctctgtatgtctatacattaatctctctctatatgtGTGAATGTATTCAAAAGTTTGTAGTCAAAGGTTTACATTTGTAAAGACCTCAGTTGACTGAACTAAGAAATGGGGTGTAATCCTTGGCCTGCCACTCCATAGACATCAACAGAATACCAGTTCAACTACACAATTCATCAATAAGTATAGTGTGATAGCAGTTTTGATTAAACTCAACGAATCAACTAACATTTTTAAacgaagggtgtgaatacttctaagactatacaaatacatacatagttaCCTActtgtacacatacacatgcatatgtGTAGTAAACAGACGATTCAAGATGTGTTTGGGTAATgcttataacaacaacaaaaaaacagacaaaaaaaataaaactgggagCTGGACGTGCTTATCACCAATATGCACCTACAAGAACTGCTCTGTTATGGCACCAGTAGCTATTTGTTAGATTTTGTCACCCCTTTATGACAACACTTGACCTTTAAAGAAAACTGGAAGGAAAATATGCAACTTTCCATCCTATAGGTGGATCTGTAATGTTTATAAtatccaaaacagaaaacaatagtTGCTAATccaaaaaataatgatgaattattattattattattattattattatttaaaaaaatgctattaCTGATGTTGCTGTACCCTTCTACTTTGCCATCCTATAAACTGATAAGACTTGGGCTGACACTAGATCAgatctttgacccacccaccaGTCACAAAAACAATTCCCATACAATAggattgcttttattttgattgcGGACTCCTTCTACTAAAAGCAAAAGCAGTAAGTAGAGGGTTTTTAATTTGTGGGTGGATTAGATTTGTGATTTGGTCTAAGCTTTAGTGATTTCCAATTTGTTATGACATGCTgttggaaagaaaaactgaaagaaaaaaaagacagagaagaagAGAAAGGATACATCAAACCTAGTGCCACAGCTGAACAAATACCAACAACAAGAATGCTGGCATCAGTCAATCTGCTGTCTAAACTGTGGCAGCGGCAATAATAGGAGAGAAAATCAATATCCCATTGACATCACTGCAGTAGAATTTAATCAGAGAACACAGGCCTTTATGAAATCACTGAATGTGGAGATAGGACAACCTAATGGTAACTGCTAAGGACTTTAAGCAGACTCATGGGCCTAAACACCTGTTCCAGAGGCTGAACAGCAGCTGAAAAGGGATTCGGTGTTACCTTGGATCATTTCCTTGTGTTTTCATTCgactttgaaatgcaatgtagTGGACCATAGAAAGTGTACCAATCACGAATTTGTACAAGACATGACAGTCCTTTGTTAAATGAAGGCACAACCCTATGGTAATCCTGCAGTATGGTACTTTTGTACGTTTTACATAACAGGTAATATTCTCCTGATTTTAGGATATTCCAGCCCATTTCGGACAGATGTGACATGGAGTAAAAAACTCCACATATAATGATATTCAAGCTTTATATCAGCAACAATGGCATTGCAAATTTGCTCTGATAGCTCCCATTATGGTTCATACTACATTTATCATACTCGGGTATAATGACAGCCATTATTCCACCAGAGCTACAAGTCGGAAAACCTCTGGCATGCTATAATTTATTTAGATGTCTTAATATCTCCTAAATTATGCCACAGAACAGACCTTACATTTATTATATCGGGACATGCTCTGTATTGAGTATAACTTTTTTGACGTTCCAATCCATCATGGCTATTTGTACAGCTTTCATCTCTTTGTAGCTATAACAGATTTCATGTACTGTTTTATGATTACCAGGTATGTTCCCATTGTCCCATTCTTAATTTCTCTTTtctatgaaacacacacacatatacagtatatacatatcCGCAGCAGCAGCCAATATCggtccactgctggatgaaggcctatATATATgagaatgttaaaatggcaatgggtcgGACAAACTGCAAGAAGatcagatcaaagatggacaagggaagctattgaatggataacaaaagaaggaaaagacatggaagatgaccacatagaagatggggagattaaatcataaaagtTGCATGCATGACATGgcaaagagaagctgtagatcgaagcaagtggaaaatCTTTGGGAGGTtttcacccagcagtggattgatatgggctgatggtgatgatatatatagcTTTAAAGTTGACCATTCCCCTAGAACAAAGTCTCTTTCAATGGTCACATATTCCAGTGTAAGGGGTAACTTTACTATACAGTATCAGTCCATGGGAAATTGCAGAACAGATGCACACTTAAGTCAAGCCGAATACCTAAAATGCATGCTGGTTAGCTAACAGTGTTTAATAGGATAATGAATTCTGGTATACTCTGGGTTTTGGAGGAGAGctgaacattattttatgtgcaGTGGAATCatcactgccaaataatgtACTATTTGGTGATATTAACGTAAGGAATTATGTGTATGGTTATCCAAATCGCACTCAAAAAGAAAGGGATTTGTAATGTCCCATATCCTGTTTGTGTTGTACTTGGCTCCCCCACCTCCATTAACACACAATCTACATATATAGTAAAGTCAACAATCAGTAAGTAAACAGATCATGAACAACAAGAAGTACCTCTTTGCTTATGACATGTCTCTAATTCTGACATAAGAGGTCTACCTTTATAAAATTGTTGATTCACCTGTAGGAAATGAGACAGACTATAAAATTTAAAGGatcaaattcaattttaacatggaattcaaataactaattggaaaatgtgtctttatattgattattaaatGGTTTCTAACCAAGATTCTTGATTGGGattataaaatgaattaaaaataagaacaattcTTCAGGATTATGAATTATCAAATATTTCTCCATCTTGTGTAAAGCTGTTGTGAATATAGAAGACCTAATACAATACAGGatataattattaacattaacattagaCAGCATAAATGAATGTGGGACCCATAttatatttgattgatttataaatcatgtatgatttatatacattataaagttACCACATCCATGAACTACACTGGGAATGATATCAGTCAATTTTCATATGGGAATGTATCAAGTTCCATGGCCAATGttgaatataattaattcagaggaattattttttaattttgttccacttatttattaaataaaccacaTAACCTGTAAGTGGGCGCTAGCCTTGTAACTGAGTGCAGATTTATTGTTGATCCAATTATTTGatccaattatttaatttgatcaaattatttaaacctatatattttaaacagtgttattttgtctttgtaacTCAGATAgtagtcaaaagttatgtctaccttggacaacaaatgatattaaataaatcaaaggaagagtaaaaatgggatggagtccatttggaagaaatagtgggctgttgaaaggaaatctacccattttcctgagagaaaagtatttgatcaatgcatactaccagagAAGGctaagtggaaacattttgggaagccttcatccagcagtggatcaatttATAGGTTAATTGTTacgatatattttatttgttacggtaaatgtgtgaaaatggtAAATGTACCATATAGGTGGTAAATTTATaaattttcacacatttaccatacatacata

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko05033 Nicotine addiction

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU22790 lncRNA downstream 74 46101960 ~ 46102188 (-) True G18364
TU22760 lncRNA downstream 185642 45853062 ~ 45916620 (-) True G18352
TU22678 lncRNA downstream 950591 45118290 ~ 45151671 (-) False AMCG00017105
TU22596 lncRNA downstream 1273236 44799454 ~ 44829026 (-) True G18219
TU22583 lncRNA downstream 1446268 44653455 ~ 44655994 (-) False AMCG00017091
TU22837 lncRNA upstream 333476 46440069 ~ 46454396 (-) True G18405
TU22851 lncRNA upstream 456501 46563094 ~ 46563573 (-) True G18419
TU22853 lncRNA upstream 457338 46563931 ~ 46564202 (-) True G18421
TU22974 lncRNA upstream 1068053 47174646 ~ 47308372 (-) True G18519
TU22976 lncRNA upstream 1071455 47178048 ~ 47196175 (-) False G18519
AMCG00017111 mRNA downstream 202416 45867027 ~ 45899846 (-) True AMCG00017111
AMCG00017110 mRNA downstream 436601 45662634 ~ 45665661 (-) True AMCG00017110
AMCG00017109 mRNA downstream 455044 45623126 ~ 45647218 (-) True AMCG00017109
AMCG00017108 mRNA downstream 796946 45293659 ~ 45305316 (-) True AMCG00017108
AMCG00017107 mRNA downstream 844398 45245061 ~ 45257864 (-) True AMCG00017107
AMCG00017116 mRNA upstream 265873 46372466 ~ 46382868 (-) True AMCG00017116
AMCG00017115 mRNA upstream 279825 46386418 ~ 46403301 (-) True AMCG00017115
AMCG00017122 mRNA upstream 377344 46483937 ~ 46607444 (-) True AMCG00017122
AMCG00017126 mRNA upstream 799900 46906493 ~ 46916078 (-) True AMCG00017126
AMCG00017125 mRNA upstream 811767 46918360 ~ 46930810 (-) True AMCG00017125
TU22128 other downstream 3237646 42808711 ~ 42864616 (-) True G17842
TU21619 other downstream 4885031 41216651 ~ 41217231 (-) True G17421
TU21144 other downstream 8043323 38027483 ~ 38058939 (-) False AMCG00016959
TU21143 other downstream 8043323 38054665 ~ 38058939 (-) False AMCG00016959
TU21119 other downstream 8343791 37758157 ~ 37758471 (-) True G17032
TU23267 other upstream 2382534 48489127 ~ 48494349 (-) True AMCG00017158
TU23976 other upstream 5324262 51430855 ~ 51435068 (-) False AMCG00017234
TU23984 other upstream 5338994 51445587 ~ 51449786 (-) True G19335
TU23985 other upstream 5338994 51445587 ~ 51449786 (-) False G19335
TU24132 other upstream 5749653 51856246 ~ 51860142 (-) False AMCG00017251

Expression Profile