RNA id: TU114827


Basic Information

Item Value
RNA id TU114827
length 4900
lncRNA type sense_over
GC content 0.36
exon number 6
gene id AMCG00017652
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 15093191 ~ 15106835 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AAGCAACGCCAACCCGGCAAGCTTGCACACCGTCAGCTTTTCCCCCATTGATCGAGCAGCCATTCCCCGCCTGCCCGCCTCACTCGCCGCTTTCTCCGGGTTTGCAGCTGGATCCTCCTCGGCTGTTCAGCGATGTTTCTCTGCAGGGCCGCCTGGCGACACCTGGCTCCGCTGGCCCGGAGCTCCGTCAAACCACTGTCCCGCAATGCGGCCCCAGTTCGGCAGATGTCCGCTGGTGTTCCTGGCTCTTCAGGAGAGAACCTGATGTATTTCCTGCTCTGTGGAGGTTCCTTCACTGCAGCACTATTTTATGCTTACAGGACCGTTTCCTCTGACAAGGCCAGGTATGATGATAGAGTTAATGAGATCAACTCCAGGCCTAAGACTGAATGGACACCAAAGCCATGGCCACAAAACCAGAGTGATGAGTAAAATCAAGAGCCTGCAAGCTTTCCTAATCTAGATggagtttaaaaaataaccGTTGGACGGAAGGggcctcctcttctcttcttcagtACAGACACCACTCTGTAGTCctcctttgttttttctcaggTTTTATTCTAATTCgctcaatataaaaaataaaataattaaacagtctGTAAGGAATGTTCATCTACTGTTTATTTATCGCTGTATGAAGGAAATGTGAACTTCACTGTTTATTTGACAATAAACCACGCACAATCCTCCCGTGTTGTCACTGTCTTATTGGACTTGAAGATTTCAAGGTACCTGAAGCTCTGAACTGATGAATCTGAGGAGGCTGGAGAAGCACAAGTGGAGGCTGCTGAAGAGCCCGAGGTGGAGGCCGCTGTGGAGGCTGCTGTGGAGGCCGCTGTTGAGGCCACAGAGGAGACTGCAGAGGAGGCAGGAGCTGTGGCCTTGGAGGCGTCTCTGGCTGAGGCCATGGAGGAGCCTGCCAGTGAGTCCAACGGGGCTGTGGCCAATGGTGCAGCCCCTGCAGAGGAAGAAGCCTCCGCAGCTTCCTCACTCGAACAGGAAGAATTGCAGGAACCTTCTACTACACAGGCCTCCGAGGTCCAAggttaaaaacataataaagcgtgtctgtttttgttataaAGAAAACCGTCTAAGCTCACCCCAGGTAACATTTGACAATAAGCTGCAGAAATTCCTCAGTGTGAAATTCCATTTTAgggaaatttaaataattattttttagcaTTCCTTTTCTGCATAAATatcttaatatattaatttatttgatccTAGGATTACCCACGATGATTAGAAATTGTTTCAGAAGAGCCTTTTTCCAAAATCTTACAGTATAACccagttaaaaaaatgaactacATGTTTGGTGACTTAACCAGGGGCATCAATCAAGTGCATTTCAGAGAGTAGGCAAATCAAGAAGACATGACCACTAAAATAAgatataaaaacaagaatgcTAAGTCCCTCCCTGAAGAAATATTCCATTCTCAATCCTCTGTTTCATTCATCACAGTGAAATACAGCCCAAAAACCTGAAATgcatatagcctatataaaaatatgaatatttattttcaaaagcttgttTATTGTACAAAATGAATTTGATGGAAATCTAAAGTATTGTTTAAGGAATCCACATCTAAAAAGGCAATCTCTCAGTCCATCAGATTCAGAAAATCCTGTTTCTTCACTGTGGAAACGATAttgctgaaacaaacaaaaaagttgagtccgtttttaaatgcaaaaaccTTTAATGAGTAGCGTTGAAGTCTTTCTACATGTTCTATACATTTGGACAATTGACATTTAGATGCAATTCTATATTCTGtatctgaaatgttttatatagcCTGCATCTTATTGTGAAATGTAACCAATATCTGCTATAATTTCCAACACCACTTACAGCCTCGTTCCCTTGACTTATAAAATGCTTAATGTCTGTAATTTTACAGATCTTTGCATTGCTCCTGTACTGAATTGCAACAGTAGTGAAAGTATCTGCCTTATTTATATAGAAGCCAAATTTTTGTGGTATTTTGCCTGAAAAAGTGGTTAGGAGAGTTGTTTCATCTTTTTTCCTCCCTGTGTAGGAATTACcaattagaaataataaattaatacatattgacactaaaacaatatatagttGCTAGGCCTCAACAGTTATGCTTATCTGCCAGATATCACTCTGAAATTATCATGCTTTAGTAATGTGCTGCAGGTATTTATAGATACTTAATCAaccttttcagttttctatCCTTAATCATTTCTTATTTTCATAGACTTTAACCAGGAGAAAATTATGTGCAGAGATAACTGTTACAGTGTTTTTGTTCCTCACTATTTTTACTGTGAACTCATAGGGTAAAACTGGAAAATAGTATTTAACTCATAGTATATCACTGCAAGAactgtattatataatgtaatttatattgcTTTCTGGACAAACTTAAACAGACTAGttgtatacatattttggaTAACTGAATAAGGGAATTAACATTACACAATAAAGTTGTTGACAACGtttctgctgtgtttatttaacatGAAACTTCACATgaatgtattacatattttatgtgtttgaTGGAAAAAGTAAGGTTAACAATTTCTTGAGGAACAATTTGAAACTGGCCAGAAGACTaagcattttgcttttgatggaataaaatgttactttacaagtatatttaaactattacatgcattacattattgtaatttcacaaatataatacttttatttagaaatagaaataagTCCTTTGACCaaccaatgtttttttgtgtcctACACATTCAGATACAACAGAGGAATACACATAATGTCTTTTGACACTCAGATTTCCAAAagaaaattatgtaaatatctgTTTGACCTTGAATATATGATGCACAAAAAGTGGATTTAAAATCCACTTGTACTGTTGCTCCTATTTGATTAGTTCTATAGgtacataaatacagttttgtaaATAGCTTCAGTGCACACTTTTCATGTTATACCCAGTTATTGATTAATATCAAGGTTATGTTTTGTACTCTATATCatgaatatttatgaaaataaaatataataaattgttgtaaacgtttaaaataaaattttagCCAATATTAACATGgcacttcaatttaaaaatgtgcaaggATGTACTGTGTTTCAAGTAAACAACAAACTCCAAtggttttatagttttaattttattgtgatATTTGGCAGGTAGGCCTGTCCCTAACAACTTGGCCTAGCTTATAATATCTTACTATATTAATTGTGTACTACAAACAACACCCTACAGTGAAAAATGTTGAAGCctatttaaacactttttagGATTTGAACAAGCATTGGGTTGAGCATTTTTGAGACAGCATGACAGTCTTCTCAAAAATGGATTGTTTGTTGCTAacatgcttttttattattattttctttgttttatcgCTAACTTTTACCACATATTGTGTAGATTAATTTATGTCCTTCTTTACCCAGTGTTACCCTGCTTCCCTTTGCTTTATTATGCTTGTGGAGACATTACCTTGTGATTCCATGCTTTGTAGCTCATATACCAGCTATACTGCTATTGAAagttacactttttaaaaaactgACACAAAAGAACAGAATGATTGTAAAAATCATACaagttttgtcattttctttgcaTATATCGGatgtatgtaaacattttaaacacatcatTATCTCCTTTTGTCTTGAACATTCATGGAATCTGCAGCCGTTTTTCTTCCAGTGAGTCATGTTGAATAGGTCTGAAATTTCTCCAGGCTGTTTTCAGTTCACTATTTGCAATTATGCCTGCCTGAGCATGCAATTTGCTTtcagccatttttgttttttaatttggtttaggAAAACTATTAGTAACGTGCATTCctttctgtatatataaagcAGCACAAAGAATTGGCATGGAAATTGAATATTTACATCAATTCCAGATGGAACAATTAATTTGGTCCTCAGGCCTTTGCTATGTACTCCCTTAAATTATGTCCAAATGGTCTCCACTTGTGCTATATACattctgtgaaaaacaacagagaaaTCAGCCCTCttttaaagacaaacacaatactgaaaatgtgtgttttatgccATAGGGACATCAATAGGGGATTCTGTAAGCTCTAGTCTTTACTCATAACAAGAGCAAGAGCTAAAACATCATGTCAATAATGTAAATCATTCTAGTTTAGattatttccaaaacaaaatgttaatgtaagGAGATAATATATATCAGAGTAACATTATGTATTGAAATGCtctaaaaacactttcaaactAAACCAATGCTACAAAACATGGTGCATTagaaatagaacaaaaaaaaatacatgcaaggtttttttctttagtttcagGAATTTAAGGAATTACAagatttaaatagtttaaatagttTAAGTGTTTTCAcaaatgtgaaagtgaaaaaaacaaggtTAATGTCTGTTTCAAGCATGATTCCCTGTGCTGTGGTTTTACCATGGAGCTGGAGCTGTGGCCTGCAGAACATCGCTATGGGctattacatattaataatacacatattacatatcaataatacatttacaacactTAAAATATAAGAATGTGCCTTGTTCTGTTCACTTTAGAAACTAATACTTTTGGTTTCTAATCATCTACTTTTCTGTTCACATATTTAGAAGAGAATGGGCACCAGAACTGTTCTTTGCATGCCGTATTTCACAATCTGTCatgtataacaaaaacaaacagttggCATTGTTGACTAACACTATGGCTGTTACCCTTCACCAAATTAAACCATTCCTTTGCAGTGCATGGCTCCATTTGTGTTGCTTAATCTGGAATAGAATCATCCTTCATATTTTAGTATAGTTTCCCCACCTGAAT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU114822 lncRNA upstream 2790 15088132 ~ 15090475 (+) False AMCG00017651
TU114805 lncRNA upstream 7867 15062297 ~ 15085398 (+) True G92038
TU114807 lncRNA upstream 25447 15066137 ~ 15067818 (+) True G92039
TU114777 lncRNA upstream 56884 14943383 ~ 15036381 (+) True G92016
TU114761 lncRNA upstream 292889 14800091 ~ 14800376 (+) True G92005
TU114831 lncRNA downstream 55495 15162330 ~ 15162692 (+) True G92059
TU114878 lncRNA downstream 420726 15527561 ~ 15527878 (+) True G92095
TU114917 lncRNA downstream 1059807 16166642 ~ 16182070 (+) True G92133
TU114933 lncRNA downstream 1208219 16315054 ~ 16315523 (+) True G92145
TU114935 lncRNA downstream 1323617 16430452 ~ 16430712 (+) True G92147
AMCG00017651 mRNA upstream 2436 15088147 ~ 15090829 (+) True AMCG00017651
AMCG00017643 mRNA upstream 30984 15053366 ~ 15062281 (+) True AMCG00017643
AMCG00017644 mRNA upstream 50466 15037305 ~ 15042799 (+) True AMCG00017644
AMCG00017642 mRNA upstream 59760 15021731 ~ 15033505 (+) True AMCG00017642
AMCG00017649 mRNA upstream 97199 14980564 ~ 14996066 (+) True AMCG00017649
AMCG00017650 mRNA downstream 2587 15109422 ~ 15116030 (+) True AMCG00017650
AMCG00017653 mRNA downstream 24588 15131423 ~ 15156693 (+) True AMCG00017653
AMCG00017655 mRNA downstream 86867 15193702 ~ 15194164 (+) True AMCG00017655
AMCG00017654 mRNA downstream 100774 15207609 ~ 15212259 (+) True AMCG00017654
AMCG00017657 mRNA downstream 492584 15599419 ~ 15605110 (+) True AMCG00017657
TU114814 other upstream 8987 15077325 ~ 15084278 (+) True G92046
TU114568 other upstream 1054202 14036876 ~ 14039063 (+) False AMCG00017620
TU114078 other upstream 3212766 11879614 ~ 11880499 (+) True G91452
TU113887 other upstream 5509985 9519773 ~ 9583280 (+) True G91281
TU113671 other upstream 6339484 8751713 ~ 8753781 (+) False AMCG00017527
TU114828 other downstream 5775 15112610 ~ 15116031 (+) False AMCG00017650
TU114906 other downstream 760196 15867031 ~ 15867634 (+) True G92123
TU114914 other downstream 1028190 16135025 ~ 16135316 (+) True G92130
TU115097 other downstream 2494700 17601535 ~ 17606208 (+) False AMCG00017668
TU115411 other downstream 3966403 19073238 ~ 19073662 (+) True G92538

Expression Profile