RNA id: TU112007


Basic Information

Item Value
RNA id TU112007
length 3526
lncRNA type intronic
GC content 0.38
exon number 2
gene id G89803
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 166138 ~ 171750 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

cactTCCTTCATAAAGCTTTATTAATTAGATGATTACAGTGCAGTGAGTAATGCCTGTACCAGATCCAAAGTATATAATGTAGTACTTCAGCACATGGGGGGGAAGCTGCAAGTCATGAGTATATAAtttgtgtgcgcgcgtgtgtaTATGCAAAAGGTTTGGCACCCCTGGccaaattacatgttttgtttacacAACCTCTGTAACTTAACGACATATTTctgcaaattaaatgcagttactatttatttgctgaatttaacagattggaaaaaaaattaactgtAAATATGGCAAGTGCAAATGTTTAGGCACCCTCCCAGTTGATCCActaagtgttattttttttttttttaagttcttcAAACTGAATTTATTCGTTAGGCCTTAAATCTAAGTCACAGGGTTCCCAtggaaatcagattttttttttttttccatgactaaattatgtatttgtttagaaCAAAACGGCTGGAAAGTTGGAaatgtacacagaaaataatgaggatATATTGCTAAACAcaataggaaaaaaacacaatcagctTTTGTCATAACAGCCACCTAATTCAcccaatttaataaaacatgctaccatcaactaataaagagtacacaaagtaaatgcaaaattaaacctagTACTATCTGATCAATTTATATgtagtataaatgttaattacagtagAAACTATACAAAACCTTAACAATCTGTATTTTACTGATTTTAGCAGTAATTCTGAACATGGTCAGTTCAGTAATGctccgtttccactggcggacacGTCTGGATTgtatcggaagatataatctcaagtgcctgtgcgatcacgaagaaattgcagttttattagcagcacgtacagaaacaatgactgcttacagttaatatctgagttcattaaacacttggatttcacaggaccggtgcagtgcctgactagttaaaataaactgaaggataataatcggatcggtatCAGCcgatattcttaatattttatgaacaactggccatgtttcaggctgtgttttgcgaatggtgtgcaggacaatctgcagacaatcagtgtgaaggcgaacacgatttagttaacatGATGAATTTgcaagaaaaatgtatgaataaataaatacagcagatctgggtttccctctaaaacataaggactggtttaataaatgcgtccataaacgccatgactgagacgtgcacactttagttcaattaaacctgctatattgtatctggatgattcatcgttaaacgtgtgtattttgtttaaactgtaacttgcccaggttaaggacgtctgataagtaaattataaataatatggcaaaaagtatcgtttgcagttacaaatctgtagtaagagtaataaattaagggagtcacgctgtgccgtttaaaatacatatatactagcacaaatgatgacgataataatagcaatacatatttgctatttagtattattgttgcgcaTGGAAACTTATTCTTATGTgaacgtgcttgtctgaatataatgttgtctacacgtttagctcttcctaatatctctgaacagaaacttatatttattacacggtttaaaatcatgtaaagcacaaataataaaacagacacacaagtcctctccacgtcaggctgtattgctcgtagtgttgttctcggtctctgtttttaaaacaaaagaattcaaacccacagtcgctgctcttctCATCAGAGGGACGaatcacagcggcctggttttgcagaaaaagctctgggacgtgTCTGAGGacggacgcgtccggcacggcacggcacgacacgacgcttaagccagtggaaccgaggcataaggGCCTACAGTAATCCTGTACGCTGCTTTTAGAtgactgctttgttttaaacttgaacGCTTCTGATTAattcattcttaaaaaataaatacataattttcaaCAATAAATTaccagatttttgtatttgaggAGTTTGTATTTTACCAAGCTATTTTTTTCCTGGAACACTGTGTATGATAAtgtgaaaacaacaattaaaacagcatttcatctttttttcacaaaaacattttgatctACAAGAGATCTTCATCAGGAACCATATTCACATGTGTttgctaaaaacctgtgaagcatgggttacataaatacattttatttgtgcattggaGCTGTGGAAAGTGTGcaggtatttctttcttttatatacattttttcataccCTGCACCTACTAAGTAAGTTGCATGTGCGTGTGATTAACTTTTacaattaactttatttcacataaaaggGCGATCATCATTCTGGCAGATCCTGACCAATTTAGTCACGATCGCTTACACGGATTAACATGATGCTACACAGAATCTACACAACTACTGTGAATTTAGTGGCTTAATGGTCAGATTCTGTTCAGAATTACGTACATTTGTAGTACAAGAACACAACCAATTATCTTAGTTTGTCGGAATAGTAGTCCTGCAGAGTACTCCTTGAGAGCTACAGTGGAGAGCAGCACCTTCCCAGCTCAGGCATCCTGcagttttcacacacaaacacgcacataCAGCTGGAGAAAGCAGAGCTTGGCAGGCTGCCTAGGAGACAAGGAGGCGGTGGACCCGATGAAGCTGTGGGTGTGACAGTATGAGCTTGTGGACCTGCTCCTGCCCCCGAGGACAGGGGACCATCACCTTCCCGATGTACACCATGTcagcctccttctcctccttggCCTGGGAAAACAAAGCTCCACTGTGTCACACCATCATACCCATAAAACATGTCTCTGTGCCAAGCGCTGTTGTTATCTTAAGCTGTTTTCACATTACACATTAATCTCAGGTTGAGTGGACCTGGGGTGATTCACTCCTGAGTTTAACCCTGCTTGCATTCACATTTGCCTTGTGCTACTATAAACAGGTTCATCCCAGCTTCAGAGTTTTGTCTCGGGTTGAAAGATGGTTGGTAATGGACTGATTTCTATTCTGAAGAAACATTAAATCTGTGTGATTTTCATTGGTATATTGACTGGTACACAAGCCCAGATAATATACAGTTGGTTCCTTTTTTTCTATGACCTTGGTGTGCTTATTTTTCAGCATtgccaattaaaatattacaacacCTACAAGGGAATATCACATTGCCAGACACTAAATTATTATTGGAATGATAagctaaaacaaaccaaagaacCTTTAAACTATCTAAGCTGTTGATCTTGAAAGTGCATATGTTTTGGAGACACAAGACTACACAAAATGATCCCAACTGGAATTATTGCTAGTacacaacaaagaaaagcattgcagGGGAGATATGAAGGGCACAACATTTCAGATCATTTTATCTTGCTGTAAGGTATTGGCATTGGCATTCTGTCTGTAGGCcttgaagaatccccttttacTTACTGTCAGATGTGACACCAGAAATATATCTTAGCAGCCTGAACACCACAAAGTTTGAAATTAATCTGTATTGAGAAATGTTGACGATGTTTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU112074 lncRNA upstream 35836 207586 ~ 218550 (-) False AMCG00017384
TU112076 lncRNA upstream 35836 207586 ~ 219958 (-) False AMCG00017384
TU112090 lncRNA upstream 213921 385671 ~ 447085 (-) True G89870
TU112108 lncRNA upstream 291458 463208 ~ 463423 (-) True G89883
TU112110 lncRNA upstream 330417 502167 ~ 528797 (-) True G89885
AMCG00017387 mRNA upstream 188705 360455 ~ 470430 (-) True AMCG00017387
AMCG00017391 mRNA upstream 764131 935881 ~ 936676 (-) True AMCG00017391
AMCG00017393 mRNA upstream 1103482 1275232 ~ 1289433 (-) True AMCG00017393
AMCG00017394 mRNA upstream 1266778 1438528 ~ 1447581 (-) True AMCG00017394
AMCG00017395 mRNA upstream 1383778 1555528 ~ 1561186 (-) True AMCG00017395
TU112008 other downstream 60253 105685 ~ 105885 (-) True G89804
TU112073 other upstream 74180 245930 ~ 351786 (-) False AMCG00017384
TU112472 other upstream 2436939 2608689 ~ 2615524 (-) False AMCG00017418
TU112697 other upstream 4371025 4542775 ~ 4544760 (-) True G90400
TU112828 other upstream 4986634 5158384 ~ 5221021 (-) False G90501
TU112835 other upstream 4986634 5158384 ~ 5221021 (-) True G90501

Expression Profile