RNA id: TU112626


Basic Information

Item Value
RNA id TU112626
length 5229
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G90338
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 4385241 ~ 4390541 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

tgaaagtgTACAGAGCCACattggtttcattttaaatagaagGGATTACAAAAAAAGGGACAAATTATTTTGCTGGCTGAAATATAGACATGAACTGGGAAACTGATACCACACTATTGACAAAGAAACCACAAAGATTTGTGAGTTTTTCTTTGAATAGAGGAATTTGCAGATTTCAATTTCATTACATTCTGAATTTTTGCCTTTACTCTCCAGATAAAAAAGAGTGTGCACATGTAGGGTGTGCACTCCTCAGTCAGCTATCTGTAAGACATAGCATGTAAGTCTTTTTCATTCCTCAAAAAGCTGTACAAACATTTGTGGTTTCTTCCAAACCCTGTGAAAACTTAAAGTTCCATTTCAGgtattttttctctttggcTTTTAAATCGAGaacaaacagaagaataaagtgttttttccgTAATTAAACTTTACCCAGCATCCTAAACCTCATTGGTTGGAGAAATACATTGGtttaaatatggaaaacaaatacaacaagaTGCTGttcagATTAAGATTTTCTTTAAGGAGCATGGAAACCCTATACCCCGGGAAGAAGGAGATATGACAGGATTGTATaacaatcagccaatcagaaggGTTACATGATTTATGTTGTTCGCAAAGAACACCCCagggatttaaaaggaaattagttAGCGTTTTGCAGCACAAACTAACATGAAAACCTGAGCGGAagagtgtttttattgtatttaataccTTTAGATAAGAAATTGCCTCAGTATCATGTGACTTTTAAGGAGATCAATTTATATTAGTTTCATTATTGGAGGAAGGCAGTATGACACGTTTAGCTAAGacttttgatgttgttttagGGATCTTTAATTCTTAGCCACATTTATTGGGGGGAATTTTCAGTCATTTTTCTATAATCCCCCAAAAAATTACCAGACGTCCGTTTCTTGTTGTGAAGTATTAAGGGGAAGTAGGTTGTGCTAACCTCAACTACCACATATCAGATGACTTTCCCTAAGGGCACATTTGAAATACTCCAGATAAGTCAAAGTCTGTGAAATTGGTTTCTAAAAAGACTTGTATGGCCCTGGAGATTTAAGCCACTAAAACCCTCCCtttctgaaatgttaaaaaaaagaaatgcccAGATTGCAACaatcacagatttttttttaagcctagATAAATAATGAGAATAACCTGCTGATTTGTAGACTAAACACATCACTGAATTCTAAACTGAACACAATTTGGAGAAATCAAATCTCAAATATATGATATGGAGCTTCAAGACAGGGTGTTTCCCACTGTTCTCAACTTGTGACACTATGCaaagagatgtatttatttgtcttttttaattttttttgtagtagtagtagtagtagtagtatcacaTTTCCTGCCCGAGACTggcttcttttttgttttcatcactgTGGCGATCTACAAAAGGCCATGCTGCTTTAGAAGACCATTGCTTTTAAGTTTTCCATTCACCAGAAAGGGTACGATTTCTGTACATCAGATGGTAATGGATTCACCTTTAGGAACACCCAACAAAGAATTGCTGAACCAGTGTAAAGAACCAGTCAGCAGGGGTACAGAAAGCAAGCTGGGGAGGAACATGATCCAGGCTTGAATTTGCATAGGCAAGATTATCCTTCAGGATTTATTGCTCCTGATATTGTGCATCCAAAACACTAATAAGGCCGTTCCATATTCTGATATAACATTCACCATCATCAATTGCTGCTCAGCAAATCAATTCCTCCTTCATTCAGCTGCAAGTGCATTGAGAGACATTACCCGTCATTCAATTTATGTCATACTGACTCCTGGTGTCTGTTTTCCATCCACCCCATAGATCCATATGACAGTTTGAACCAGAGTTAAAGTTGTTAGCCAGCTAATGTATAGCTTTGTAAGTGTTACATTTTGCAGCAGTCAGCAAGTTGGGCTGAAGCGGCTGTTTCACAGAGAATAGGGGCTTTTACCAATTACTCTGGcgttttcccttttcttttgtttctgttttttttgtgcatttcctTTTGTAATTGCACTACACATAGCATGCTCACTCATGGGGAAATGCTATGTGTTCTTTTTGGTGCAACACAGGctgtgtgtaaataaaatgcacagggTGTGTGGCAGATTAATAGTAACTCCAATTAATCAGGCCTCAGTTAAAGAACACAAGCACCTTGATCCAGGAAGGTAACATGATTTGCTGTCAGACAGTAATGAACCAGTAATTTAACAAACTCATGATTTGTCATCTTTTACAGATGgcccattttgttttattttgttttctaaaagttcccacatattattattattattattattattattattattattattattattattattatttatgtcttagcAGATTCCCTTATCCAGAATATAATCGCAATACAAAGTacacaaatacagtgcagttcaaggcataaaacatattacgTATTCCAATttgcataatacagtgcaattcaaagcataatgcatttTAGAAGTTTAAAATTCATTCAGGACCCAGCTAGAGGTTTTCTAATAGTCCCTGCTATATGGAATTCAAATCATGTAAGAGTTCTCCCTTTGAGAAATTTAAAAGCCTGGTCTATGAATGCAGTTTGGTACCTTTTACTATGTTGTTAATCCCTTAACATGGGAATCAGAGGTATGTGCCTTTTTGTGGCAAAGTCCTTTCATTACTGAATATATAAGTGCATTTTGGAAGATTGACTGATGTTTCCGCAGTTGGTttccaaaaatgttttactCGGCAATAGCATTTGCTTAGTACAGTGTTCATggataattttttatttatcccTGTGGGTTCTCTGTTAGTATTAATACTTTTTGGCTCGGTTTATCCATCCTCTCCTGACTGTCAGTCTGTCAGACATCTTTAATATCACTGCATTGTTAACGGCAGTCTCCCGACTTGCTCTCACTAAAAATACACATGGAGCAGTTAACAAAGCATCATATTAATGAAAGATAGTCACTGTCCACTTGAATAGAGTGAGTTACGGTCAAGATTGTGAATTGTGAGTcttgtttgaaaagaaaacaatagtgtatatataatattatgctattgtttttgttttttatttgtttgtaatgtgtatttgtgtagaGGGCCTGAATGAGACTGGGTTTTAAATGATATCTGTGGACAGGTTGCTTTAAGAGCCACTGGTTACTAAATAATGATTTTGGTTGGCGGGGGGTACGGGAGTATTGGATAATGTGAACACACTTACTGGGCAATCACTAGCTTGTATCATATCtgatataattgtaaaatgccatttctttttaaaatgagagGTGGACTTACAATTTCAGACATTACTTAAATGGGAATGCGTCTAATGGACAATAAGCAAACAACTCGTTGCATAGCACTTAAAATGACAAGTGACGAGTCAGTAGCACTTTAGTGATATGTAGCTACAATATCccctttgatttaaatgtattgatctaTTGAATTCCTCTGTGCAGTTTAAATGTGCTATCACAAGGCAGGCACTGTTAAAAGACTGGGGTTCCTCTCTTTATTTCAAGATGGGGCACCTCCCAAATGCCttataatatactttatttgatttttatccCTCCAAGACTTCGTCTGCTAAACCTGTATACGAGATGTAGGTCCCTACTGCCCTTATGACCACTTTAATAAGGgttacatacatatttcagcTCTCAAGGGGATTACAGCATAGACTCAGCGCCAGGATGAAGAAAGATGCTGTTAATATGCTCAGAATATTTGAACACTAGAGTCCAGCATTGAATAAAACTGTGTAATATAAGTTTGCAGATAAAATACTACAAAAGAGATTCCCTTCCaacttttcagtgttttcttcaaGGTGTTAACTCTCGATTTTCCTGTCCAGGGGTCTAAATATAAAGTGGTGGAGTATGGGGTTGGGTTATTGGCTTGCTTAAGAATTCttcatgtaaatatacatttttacattatattacctGGGATAATGCGACACTTTTACCCTTTACCATCAATTCCGTATTCAGTGTTAGATCCTCTTCCATGAGGATCAATGTTCAAACCAGCCATTTTAATCTAGAATGATATAATACAGATTTTCCTTGTGCTTCTGTGGTTATTTCTACTATGGACAACTAAAGTTAACCATTGCTATTTGAGAAGGCTGAATCAGCCCTTTTAAGAACAAAGATTTTAGTTTAAATTTTGTCTTCAGGAAAAGCGGTTCCTCGGAGAGTGGCAATAACTGAACtggtatataaaatgtatgtgggTACCATTTTTagatattaatttgaaatatgtctTAAAACTCAGTGTTTGGAAGGGGAGTGGGTGTAATGATCTCTTTTAATGAAGCTGGGACATGGGCTTCATGAACATGTATGGCtgacatttagttttttagtcCTGACAGTGAACAAAGCATTTACCAGCTGGATAGAAACTCTCAACTGTCTTTTGAAGGATTCACAGCacttttttgtggttgttgcaGTTCAAATTGTAGGAGGAAACTTATTTGGTTCCCTTTCAAATGTGAAGAgctcatttgtaatatttaatttaaattggtttaaaCCATTTCTATAGGTGCATTGGAAgttgccaagttccttcaagtCATTAAAAGAAACGCACAGATCATtgaagttgtttttaataacttttaataataaagaatttAATATGTTTGAGTTGCTGCTCCACTGACTGCTGCTCATGTATATTTTGAGCTTCCCCTCCCCCACACCCTGTCACCATCAGCAATAGACAGTGTTTGACTGATTAGAGGCACAAGGAACTTCTTATTCAGTATTATGCTGTACAAACATTTCTCAGTGTCAGCCCCCCCATTTGAGACTTGAAAACGTCTTTTATAACTGGATGGTTTCACCAATCAAAATGTAACTAAAAGACTGTCTTCAAATGACCCAATGACTGAGTCTCTGGACATTTTCTTTAGACACTTTGTTAACACTGATAATGTTTATGGAGCATAGTAACTCAGTTTCATAGACATGTTTATAAACTAAGAATTCTGCAGCAGAATATTTTTGGAGACATTTGCTGTATTTGTAAGctctatttttgtatatttaattgctATTTTGAAACTGagatgcattttttcttttttttgttgctaatttcatgttttattcatttaaatgaaaaagtgttGCATGTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU112625 lncRNA upstream 54658 4330370 ~ 4330583 (+) True G90337
TU112621 lncRNA upstream 72766 4312258 ~ 4312475 (+) True G90333
TU112571 lncRNA upstream 487116 3897818 ~ 3898125 (+) True G90284
TU112532 lncRNA upstream 1147515 3237445 ~ 3237726 (+) True G90248
TU112419 lncRNA upstream 1856440 2491907 ~ 2528801 (+) True G90149
TU112680 lncRNA downstream 206250 4596791 ~ 4606571 (+) True AMCG00017445
TU112713 lncRNA downstream 307397 4697938 ~ 4710074 (+) True G90413
TU112743 lncRNA downstream 510481 4901022 ~ 4910792 (+) True G90436
TU112786 lncRNA downstream 698052 5088593 ~ 5098887 (+) True G90475
TU112788 lncRNA downstream 701127 5091668 ~ 5138775 (+) True G90477
AMCG00017439 mRNA upstream 494 4383332 ~ 4384747 (+) True AMCG00017439
AMCG00017429 mRNA upstream 185787 4189248 ~ 4199454 (+) True AMCG00017429
AMCG00017428 mRNA upstream 816521 3567260 ~ 3568720 (+) True AMCG00017428
AMCG00017427 mRNA upstream 903519 3275663 ~ 3481722 (+) True AMCG00017427
AMCG00017423 mRNA upstream 1658414 2713157 ~ 2726827 (+) True AMCG00017423
AMCG00017445 mRNA downstream 202261 4592802 ~ 4599888 (+) False AMCG00017445
AMCG00017449 mRNA downstream 237674 4628215 ~ 4633610 (+) True AMCG00017449
AMCG00017446 mRNA downstream 272084 4662625 ~ 4688223 (+) False AMCG00017446
AMCG00017450 mRNA downstream 299337 4689878 ~ 4691955 (+) True AMCG00017450
AMCG00017451 mRNA downstream 470833 4861374 ~ 4868470 (+) True AMCG00017451
TU112484 other upstream 1689788 2687420 ~ 2695453 (+) True AMCG00017422
TU112485 other upstream 1689788 2687420 ~ 2695453 (+) False AMCG00017422
TU112033 other upstream 4173305 207586 ~ 211936 (+) True AMCG00017388
TU111992 other upstream 4286858 69898 ~ 98383 (+) False AMCG00017386
TU112690 other downstream 272118 4662659 ~ 4667830 (+) True AMCG00017446
TU113125 other downstream 2339197 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113143 other downstream 2339197 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113159 other downstream 2339197 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486
TU113167 other downstream 2339197 6729738 ~ 7184790 (+) False AMCG00017486

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) TU11635 False 4990 TUCP 0.40 7 NC_053112.1 29306021 ~ 29339824 (-)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) TU462540 False 3509 lncRNA 0.41 1 NC_047622.1 1747131 ~ 1750639 (+)