RNA id: TU115514


Basic Information

Item Value
RNA id TU115514
length 4547
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id G92609
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030131.1
NCBI id CM030131.1
chromosome length 33043351
location 19613241 ~ 19617787 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TATTTTTgaagtaatgtttattttacgtAAGAAAAACAGGATATGTAAATGATCCAAAATGTGTTACAAGACTAGGAAAAATGTAAGGAAAAAAAGGGGTGAACAGCTGCTTCCACATTTTTCCTGACACTGCTTACATGCTGTTGCTGATTACTTTGAATCCACTTATCAGCATTTGGacttttcagtttaaatgcagCCTTCAGTTCAGGGTGAAAAGTGTGTAAGGTAATTTTTCCTGGGTAACATAGGAAATGATAACTGAGAAGTTCATTCTTGTCATAATATAGAACATACAGGCAACATAAATCAGCACTGTAGAGTATCAGATTACAATAccaaatatgaaagaaaacattccTCTGTAATAACATTTGTGTTGTGCATGGTGTAACAAAAGAAGGAAGATCTACTtctgaataaaatacagatttaaaaatggacaGACAGAAAACTTTCAAATATTAACAGGTAAATATGTAATGCTGTCTGAAACTCCCGCCAGCTTGAGTTAATATTTTATGACCtggagaaatatttaaatgtcatatcAAACCTCAACTTGAAATGAAGACtactttcagttcagtttagctttcataaaaatgtttaacaggagccaaaaatatatataaaaaagtggtAAGTCATATGCATAGCTCCCAAAAATCTAATCTgtatcaaataattttttttatcaaatatttCTGCAAATATCTTTCATAAAAGTGaaggtaaaatatatttaattaacttaagaTGCAGTTCTTCCTGGACTCCATGCTCCACGTGACCAATGTtcaaattgataaaaaaaataataaaaaaatgtatacacagccttgcttaaaaaaattacagatcaactccatatatattcagtatatatacatgagagagagagagatacagagggggagagagagagagagaggtatatAAAAAGCtatgagaaaaaaagtttacaCTATGTAAAAAAGCTTaacaaatataaactgaaaatgcTCTTAATTCCAATATTAGAAAACGTAATTTAATTAGCACTGTGAAAGGAAATTCAGAGTTTAAAGCTGcaaattcagaagaaaaaagtttgaaaattgCACTTCATTCATGAACACAAAATGAACTCAACATTAATATTCCACTATACATATACTAAGCTACATTCAATATAGACCTATGAGAAACATTTGCAGACAATATCTGTGCCACGCATGCCAATGTCCTGTACTAATAGTCTGTCTGGgagattgatttgttttacttctttatttttacttttgaatatttatgattaaaaaactcataatacatcacatataattacaatatctggatttaaagtatattttcaatttaacaaTGCAACACAGCAATATATTACCATTGAATGTACAGTTCTAAGCGGCAGTAATAGTTAAAATATCCCAGGCACACTGTGCATATCCTTCAATAAATGCATGCTGTTTTtatcaaatataatatacatttttacaacaacaaagaataactggaaacaaaacaaaacaaatttgatCGTGTAAactcaaaagtaaaaaaaacataaacaaataatgttaGCTTATCCATGTGTGTGGTATAATTGTTGTGGAGAACACCAcacccataaaaaaaaaaacagaaacagtaaaacaaaaaacccaaagACAAATATGACTTATTAAAGCCATTTTATCCAGATTTTGTCTCCACAATACATTTGTCTCCAAAGCCACTCCATTCATGgaaagaacaaatatttataatacatgtatatgcaatatatgtcattttctgcattatttaatatgaattcttaatacaaatatgaacatAGAGAACAGTTCCAGATATACTAATTAAGCAAGTCACATAACTAAATACATCACTACAATAgttgaatacatatatttacaacatATGTTCTTTCCATACAGGACATCTCCACAGATCTTAACAGTAGATCACAGCTACAGAAAGTctatgaaaaagtgaaaaagctAAAGTAATGTACAATAATGTGGAAAGCTGGTATTTGaaccttaaaaaaaagagaacacaaAATTACCAGAACATGGAatgcatgtttaatatttttgagaaaaaataaaaaaacaataaaaaaataaaatgataaataaataactttaaaagtaataattgctgaaaatatacagaattttttaaatatgaaaaaccaaaacacattgACTCTGCCTGCCCGAACTTTCAGtcagtgctttaaaaatgtttcctcaACACAATCTATGTTCTTAGCACCATTATTAACGCTAAAAGAAACTGTTcaaagtattaattttattatttcattatatactttttattttcagaaaaagcAATTGAGtggcaatttatttaaataggttTTCTTGTGGCACCAGCAACCACACTGAGTGAAAAGAAAGGTGTATCGttttataaaaagtatttattttgtttgttggttttctaTTACAAACTTCAATTGTGGACAACATTTTCCAGTATACTAGTCCCAGGTTGAATCAAGACTTACTTTGCAGAACCAATGTATTCTAGTTGGTTTGTAGTATGCAGTTAACTGGTAAATTGAAGTCTGCACTTAATCTGGGTTCAGGTCTGAGACCAGAACCGATTTAAAACAGGGTAAAGGAACTGGTTGACTTGCCCTGGACCATTCACCCAATCCTGAAATGTAAGACCCTGTTTGGCTTTGTTTTGCCAGCTTCTCTATTGACTATACAGACTAATTCTAATGTTCCAGATTGAGTTGATAGGTCATGTCAAAACTCGACTGGTATTGGAATGTTATGTGTTCTGAGACACGCAATTGCCAAGCCCCAACATCAACAGCAACATGGTACATATTGACTGTGCCAGCAATATACATATTCTTCATGATATCCACAGTGTATCATAGTTATATAAAATGagatttaaataacattttttttaatgtatcttttcTTACTTGCAATAATACACTGACGAAACATACTTGAAACACTGGTATTAAACATCACCATGTTTGGAATTAATTATATGACTGGCATATAGCCCAGGAAACTACATTAATCTTCTTtactttgttttcacatttgcctctgtgcagtttaaacaaaatgttctgcAATTATCATTGTTATAATTTTCTTAATGCATCTGTCTGCTGAAGAAAAGTTATATTCATTAACCAAATTTTCCAAGAGGATTTCTGCTTAATGTGTGAGGGTGTGGTTTATTAAAAAGCTAAGAAGGACAGTGTTGCAGTTCAGCATGTCTGCCTCCTAAACCGAAAATGATGACCATTAGATAGCCAGGTTCTCATTTTGACTGGTCATAGAATACAATTGGAGGAGGGAATTGGTCTGAATTCTGTCATAGTGTTTGAGTCACTGTCATTAATCATTGGTATTACTACATTACTGTGAATTAGTTAATACTTTACAACAGGCATCtgctcaaataaaaaaaaaagtactttctTGTATTTATGTCTGATTTTAAGTACCTAGCAGCACAATTTATAGCCAAAGTAATCCACCAGTTTAGATAGCAATTGCTTTTGTTAGCCATAATTTGTAAATTATCTtctgcatttaaatttaaatttgacattgcattgataattaaaaacaaaacaggcttggcttaaaaaaataataatacaaaaactgttttaacataggttcataaaataaataaaaatactgtggGTGGTTTAATACTGCagcattgaaaaaaaacaaaagtataattCTCTAtactcaaaataattaattgttcatGTTTCCAACATAGAGAATGAATAGCAGACCATTGAGGCACCAAAGGCTATTatgcacaaataataatattgataaaaacacataataatgattaaaaaaaatccttccatTAAAACTCTCTTTGTAGGCCTTGCTGAATATTCTTCATAGCTGTCAAATGTTTGCTTGTGGAATCGTCCCAAAGATGACCCCTACCCTGTCCTCTcttcacaaattaaacaatccTTTGAAGAGGCATCTTTGGTTGCTGGAAAAATGAATTCATGTCCTTTGCTTTTGTCAAAAATTCTCCCCATGAAACTCAAGTGCTACATATCCATTACTGGCCTACTATAACCACCATATGAAGTAATAGGTGTCTCCCGTCCAAGTCTTTACCTGTCTAAACCAGTCCGTACTTGGCCAGGGAGTGTAGTTAGTGCCCATACTTTCTGCACACCTAAATTATAAACGCTGCTTGCTACATCAGCTTGAAAAACAGGTGTACACGCAGATGTGGGCACGGGAGCCACACTAGTGCAGGGCGAAGAGATGCAGATGAGAAACCTCTGCAGGGCTCAccacaataaagaaaaataagaaccaCTCTGTACTTCCTTTTCAAGCTACCAGCCATGGTGTGACTCCCTTTggaagaaaccaaaaaacaaaaaaaaaactaaaaatcacaATTCAGagctctgtttttgttgtttcacaAAGTAGCACTGAACCAACAGCCAGTTAGTTAGTGATTGAAGAAGCCATAAAATCTAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU115513 lncRNA downstream 59 19612705 ~ 19613182 (-) True G92608
TU115414 lncRNA downstream 486892 19126060 ~ 19126349 (-) True G92541
TU115412 lncRNA downstream 539376 19073238 ~ 19073865 (-) True G92539
TU115365 lncRNA downstream 762613 18850062 ~ 18850628 (-) True G92499
TU115324 lncRNA downstream 849580 18763097 ~ 18763661 (-) True G92464
TU115574 lncRNA upstream 248185 19865972 ~ 19866417 (-) True G92657
TU115579 lncRNA upstream 249631 19867418 ~ 19867636 (-) True G92660
TU115611 lncRNA upstream 288205 19905992 ~ 19920152 (-) True G92682
TU115645 lncRNA upstream 684213 20302000 ~ 20358625 (-) False AMCG00017725
TU115646 lncRNA upstream 684213 20302000 ~ 20317431 (-) True AMCG00017725
AMCG00017711 mRNA downstream 179552 19426039 ~ 19433689 (-) True AMCG00017711
AMCG00017709 mRNA downstream 229158 19367714 ~ 19384083 (-) True AMCG00017709
AMCG00017707 mRNA downstream 410416 19196121 ~ 19202825 (-) True AMCG00017707
AMCG00017701 mRNA downstream 688805 18913165 ~ 18924436 (-) True AMCG00017701
AMCG00017700 mRNA downstream 701370 18907263 ~ 18911871 (-) True AMCG00017700
AMCG00017715 mRNA upstream 33729 19651516 ~ 19654680 (-) True AMCG00017715
AMCG00017716 mRNA upstream 39146 19656933 ~ 19659528 (-) True AMCG00017716
AMCG00017720 mRNA upstream 78766 19696553 ~ 19810128 (-) True AMCG00017720
AMCG00017728 mRNA upstream 251212 19868999 ~ 19869457 (-) True AMCG00017728
AMCG00017724 mRNA upstream 271149 19888936 ~ 19890529 (-) True AMCG00017724
TU115494 other downstream 193885 19412987 ~ 19419356 (-) False G92591
TU115492 other downstream 193885 19418201 ~ 19419356 (-) True G92591
TU115289 other downstream 1150065 18462784 ~ 18463176 (-) True G92436
TU115048 other downstream 2138902 17468605 ~ 17474339 (-) False AMCG00017665
TU114912 other downstream 3582336 16030456 ~ 16030905 (-) False G92129
TU116215 other upstream 3700339 23318126 ~ 23321954 (-) True AMCG00017780
TU116216 other upstream 3700339 23318126 ~ 23321954 (-) False AMCG00017780
TU116217 other upstream 3700339 23318126 ~ 23321954 (-) False AMCG00017780
TU116981 other upstream 6394874 26012661 ~ 26015492 (-) False AMCG00017866
TU116982 other upstream 6394874 26012661 ~ 26015492 (-) False AMCG00017866

Expression Profile