RNA id: AMCG00018545


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00018545
length 5392
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 7
gene id AMCG00018545
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 14041641 ~ 14063120 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGACCATGatcactttatttttcagtgttccCAATTCCTGCCCAGCTAGTCCACGTGGGGCGGGATCCTCAGGGTATCGGTTTGGACGAAACATTACCTCAGACCTGCAGCTGGCTGCAGAGTTCGCAGCAAAGGCAGTGTCCGAACAGCAGGCCGAGACGTCGGGAGGTGACAGCCCAAAGGATGAGTCAAAGCCTCCATACTCATATGCACAGCTCATCGTTCAAGCAATCTCCTCAGCTCAGGACAGACAGCTAACACTAAGTGGCATCTACGCTCACATCACCAAGCATTACCCGTATTACAGAACAGCTGACAAAGGCTGGCAGAGGGGCGTGTCCTGCTTCCGCACGCCTTTTGGACCCCTATCCTCCAGGAGTGCCCCCGCCTCCCCTACCCACCCAGGTCTGCTCTCCCCTCACTCCAGCGGCCTACAGACCCCTGAGTGCCTGTCTCGAGAGGGGTCTCCCATCTCGCATGACCATGACTTTGGATCCAAGCTTGCTTCTGTGCCAGAGTACCGGTACACACAGAGTGCACCAGGATCTCCAGTCAGCGCTCAGCCTGTTATCATGGCAGTCCCACCACAGCCATCCACTGTAGTGGCCAAGCCTTTGACTTACATGCCCGCTTCCTTAATCACCTCCCAGCAGCCTTCTGGCCACGCCATACATGTGGTCCAGCAAGCCCCCACGGTCACCATGGTGAGAGTGGTGACCACAGCAGCCAACTCCTCTAATGGGTACATTCTCGCCAACACCACCCCTTCAGGAAACATACAGGGCGGGGCAGACAGTGCTGTCGATTTCAAAGGTATGGGAGAGGAGAAGCCCATGGTGACCTACACAACAATCCCAACTGCCAGCCGGGTGATCCAGGCAGTGAGCAGCCATGTCAGCCAGGGCGGCACTGGACAGACCTTCACAATCGTGCAACAGGCGGCACCCATCTCTCTGGGCCAGCACCAGCTGCCTGTTAGGCCTGTCACTCAGAACGGGAAACATGCTCTCCCCGTCACCAGCATCTCTGGCAATACATACGGCATCACTAACCCACTTCAGATTTTGGCAGCCCAAGCTAGCACATCCTCACCGGTTTTGGTAAACAGGCCGCTCAGTGTTGAGGCTGAAAAACCAACTTCTGCTCCTGGTGAACCTGAAGCTAAGAAGCCTAAGATAGAAGATGACAACGCAGCCCCTGTTCCCCAGCCGGTCATTGTGGCCGTGACCCCACAGCCACAGGATGCTGGTGATTAAAGTGTGAGAAGAGACGGGGAACAACAGAGAATCTTTCTGTTCTGCAGTACCATAAATGTAAGGTGCCAAACAAATGGGGGAAAACATGTCTCTTATTGTGAACTTTAAATgtcagaaagaaaagcaaaccacaaaaaaaagcaattcaGATACAGACAATTGATTGTATAATTTTTGGGAAAGGGGTTTTACAGTGTGTAATGAGCAGGTTCTGagcttaaaatgcatttatccATTAAGCCTTAAAAATAGAGATGTTCCTACTCTTTTGATTACctggagatttttttaaatgtccttcAGAAAATGGAGGGGAACACATTTCTATAAGTTCTCAAAAGTAAGAGCATTAATGTTGGTTTTTAATAGGTACCCTTGAAGTAGCGATATGTAATTTGAGTTGGGTCATGGTGGGACCAAGAAGTACGCAGCTATCTTTAACCATTGAGatcatttaatctttttaaaaagcattatgtttttatgagGCAGGAGAAGTTGAGGGTTTTCTCATCTGCTTTTAAAACTGTTGTGAATACTGATATATTTATCtcccatttttattatttaatgtgagCACCAGGGTCAGATGCAAatcaaacctttaaaaataatacaaatgggGACTGAACCTAATCTTTTCCTTGCCATAGCTTTGGGTAGCATGAGCTCCTTAATGTGGTAATATAAAGTAATTTGCAAACAGACCATTATCATacttacataaaaatgtattttaaatgttgcagtttgTGATTAGTAGAATGTGTAGTGCAAAGTTCATTTTACATGTTGAATCTAAAAAGATGCAACCGCAAACAAGgctaattattaaaaatgtttaatttccaatggataattatttaaacatttcagttggtACAAATAGTACCTAattaagggccggattaaatcaaaactNNNNNNNNNNcgctaatagaaaactacaaatctgtgcATAGAAGCACTTCcattatgattagaagaaagtggcatcttactaaaaatgaaatcGCAActaagtacagttctgtagtttttttattagagggtaggtcaaagttttgatttaatctggccctaagttaaggaaaatataaaaagttgATATCTGTGAAGTTAAAGTGGAAGAGCACATCCCAGGGTAGAAAAGTAGTTGCAAAGCCAGCTGTTTACACTGCTTTTCCATAGTAACAGCAAGAAAGGTTAGAGATTTAATATCCCTCTTTATGTAAATGGGATTTATTACAGTCTGTAGCAGCAGGAAAATGATGGCAGCTTGATGTTTTTAAGAAGTTAGAAACCAAGGAATTTTTTgctttgtgtgaaaatgtaaataagtcTTTAGGCTGAGAACCCTAGAACTCAATGCAGACTTTGAAATTAGAAATATGAATTTGGAACTTAAATCTTGAAATGTACtggaatttaaacaaatatctacttataattaaacatttacagtataCCGGAGTATAAAGCAGCAGGGGATAAGTGCACCAGGTAACTGTCCTTTATCCTTCAGAAAGATCATGAATCCAACTTTGAAATGAGGAATCGCGAGTGTTTCATATTTTACGGGTTAGCAAGTGTCCAGTTATGTAAATCGgttgttgcttttgtttaagAATCCAAAATCGGTtgcattttcctgttttcagatTCTTATGAAGcaattataaatacagcagaataataaaacaaactgattgaGGTTAATGATCACCCTGCAATAATATTATAGATGGTCCTTATTCAGCACAGTTAATTCAGCAGGATAAATTCCTGAGATGCTCGTTatagatttgcattttattttaagtctaATATTTTGAGAATAACTTATTAggtttaaattacttttaagcATCTAGGTTTGTGTGAGGGTAATGAAAAGAGAACGGTTGTGACACTGAATGCTTGAATTTAGCATTATATAAAGAACTAAATGTTTAAAGATGTGTTGtttgcatatacatacatacatatatgtatgtgttttaattatatttattttcccctccaGACTAGTGCCTTAAATGTCAAACCTcaactcaaaaaaaaaaaattgacgccaacactgaaataaaactttgtaaaagtaataaaatggtATCAATTTCTaagcattatttttgtaaaggttttattaaataaaaaggtcaaaCTTTAAATTTTTGACATcagatttaagttttttttttttttttttgtaaatagcaGTACAATAACTGCCTGTAATTTGGTACAGAAAGAATGTCCTTGGTTAGTTgcaattaactttttcagccTTTTGTTATACACCAAGATTGATGTAGATTTATGACCCAAACAcatatacagcatatatattttttctaaatataagcTTATTTCCTAacactttaatacttgttttaCTTCCTGATTGAGTAGTGCTTTATTAGACAAGAAATTTCCATTACTACAGCATTACTGcagcattaacacatttttcctTAAGTTTCAGCTGGAAATTGTTAGCCTATCCTCCAGATGACTGCATTTATTCCAGACAGTATAGTAAAAACACACAAGTTGGATGCTCTTTAATTACCTACTCAGAAGATTCTTTCAATTAATCTTCTAGATAACTGAATTATAATTTAGTGATTCATGACACAGCAGTATACACAGACGAACATAACGGTACATTTTTGCATCAAAAATGAATTATCTTTAGTGGCTGAACAGATTGTTTTAAGCCATATATATTGTCTGCTGTTGAAGAACAGTTCTGTCATATCTTCTTCCtaacacatttttcaaagtaaCATGCagaataggaaaacaaaaatgtcaatggtagttctgtacattttgcaaacatttctttgttttgcttttactttCACAGcctgcaatattttaatttagtttttaatctaAAACTTTGAGTAAGAACTTACCCTTGGCAAGTAGtttgtgcaaaatatattacattaattctgTGCAATTATTAGTTAACTATGTTCTGTTCGTTTTTACATATCTTTAACAAATAAagtaattcgtttttttttttttttttcgttctcAAGTTAAGAATGGTCAGTTTAAGATGCTTAAATACAAAAACCTGATATCAAATCTTTCAACATGTCTGCAGTTTTGGTATGGTTTATTTTGAAGAGAATCACCTTGGTTTCATAACTAAGAGGCTAggttatatattgtttttaggGAGCATCTGTCCTGGCATACAGGTTTATTTCTGAAACCCTCTTCCATGTCTTTTATGCTAATGCATTGTCAAGGCCATGTTACCTCATGGTCAGAATGTAGTTTTTaccaaaaaaacatatgaagtgctttttaaaaataaataaaaacaaagccattGCAAAGACTGTTGTTGTCCATAGTTTAGATAAATACAGTGGTAAGAATTGTGAAAATTGCTTTCAGAATTGATGTTTCTAGCCTgtggtattttatatatttgttccttTCCTTCTAATGTTCTCATGAGTTTAAAGGACCTGGTGCATCCCTAATGCTTTCAGTTAACTCCAGTACCACTGTTATTTTGTCAGAACCAAcaaaaagtattacaaatgtaaaaacttGGGCAGTAAATTAAACTGCATCTGTAGCACAGTTTAAACTTCTGTTATGAGTAAGCCTTTCATAcaacaaacattaaacacatgATGGGGGACTGGCATGCTTATTGTCACTCATTAGTAAATAATATTTGACTCATACATTCTTCACATAAAGAC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Function

GO:

id name namespace
GO:0009888 tissue development biological_process
GO:0007389 pattern specification process biological_process
GO:0009790 embryo development biological_process
GO:0008301 DNA binding, bending molecular_function
GO:0000287 magnesium ion binding molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU146575 lncRNA downstream 75372 13897500 ~ 13966269 (-) True G117015
TU146572 lncRNA downstream 151538 13887421 ~ 13890103 (-) True G117012
TU146570 lncRNA downstream 154274 13886309 ~ 13887367 (-) True G117011
TU146497 lncRNA downstream 353527 13645368 ~ 13688114 (-) False AMCG00018528
TU146648 lncRNA upstream 32171 14095291 ~ 14100107 (-) True G117066
TU146724 lncRNA upstream 169676 14232796 ~ 14233624 (-) True G117122
TU146737 lncRNA upstream 182298 14245418 ~ 14248073 (-) False AMCG00018555
TU146857 lncRNA upstream 249138 14312258 ~ 14399555 (-) True G117221
TU146864 lncRNA upstream 258965 14322085 ~ 14408949 (-) True G117223
AMCG00018546 mRNA downstream 5009 14021055 ~ 14036632 (-) True AMCG00018546
AMCG00018535 mRNA downstream 125686 13903619 ~ 13915955 (-) True AMCG00018535
AMCG00018532 mRNA downstream 184051 13851411 ~ 13857590 (-) True AMCG00018532
AMCG00018531 mRNA downstream 209256 13783853 ~ 13832385 (-) True AMCG00018531
AMCG00018529 mRNA downstream 296537 13743989 ~ 13745104 (-) True AMCG00018529
AMCG00018548 mRNA upstream 26676 14089796 ~ 14090200 (-) True AMCG00018548
AMCG00018540 mRNA upstream 80056 14143176 ~ 14152386 (-) True AMCG00018540
AMCG00018541 mRNA upstream 90403 14153523 ~ 14158352 (-) True AMCG00018541
AMCG00018542 mRNA upstream 98869 14161989 ~ 14172891 (-) True AMCG00018542
AMCG00018543 mRNA upstream 110981 14174101 ~ 14178312 (-) True AMCG00018543
TU146385 other downstream 785872 13253085 ~ 13255769 (-) False AMCG00018522
TU146006 other downstream 2130305 11911014 ~ 11911336 (-) True G116577
TU145811 other downstream 2838753 11199578 ~ 11202888 (-) True G116428
TU145777 other downstream 2973323 11061655 ~ 11068318 (-) False AMCG00018437
TU145708 other downstream 3469639 10565795 ~ 10572002 (-) False AMCG00018431
TU146918 other upstream 440283 14503403 ~ 14520875 (-) True G117267
TU147067 other upstream 673018 14736138 ~ 14738312 (-) True G117377
TU147284 other upstream 1435542 15498662 ~ 15518181 (-) False AMCG00018617
TU147285 other upstream 1435542 15498662 ~ 15516282 (-) False AMCG00018617
TU147593 other upstream 2945778 17008898 ~ 17009301 (-) True G117784

Expression Profile