RNA id: AMCG00018635


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00018635
length 5307
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 8
gene id AMCG00018635
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 16256197 ~ 16278801 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATGGGACTTATTTTGGCTGCCAATAGAGATGAGTTGTACAACAGGCCATCGAAGCTCGTGGATTTCTGGGGAAGCGGCAATGAGGTGCTCAGTGGGCTAGACTTGGAGgaagggaaggaaggagggTCATGGCTTGGGATCAGTAAAAGGGGGAGACTGGCAGCTCTGACAAATTACATGGATGCCAGGCAAAACCCTGATGCCCAGGGCCGAGggtTCTTGGTATCAAACTTCTTGACTGATAGCCTGGACAGCTATTCCTATCTGAAGAAAGTGTCTTCTCAAGGGCATCTGTACAATGGCTTTAATTTGCTAGCTGCGGAGTTCAAGGCAAAAGAAGACACAGTTTGTTACTATGGAAACAAAGGAAACCCTGAACCCATCTTTTTAAAaccagGGATTTATGGGCTCAGTAACTCCCTCCTGGAGACACCATGGAGGAAGCTGCAGCACGGGAAACGCCTTTTTACTGATGTTATCAACCAGAACCTCCCCTCGGACAGCCTGGTCCAGGAGCTGCTGCACATCCTCAACAACGAAGAACTGCAAACCCCAGACCCAGCAATGGAGAGTCAGGGGGAGGGATACAGCCAGTCCATGCTCCTCGCTTTGGCTGCGGTTTGCGTGCGGACACCAGGTTACGGCACAAGGACCAATACCGTTATCCTCATCGATAGAGACGGGAACGTCAGTTTTACAGAACGCACCATGCTCAACTCGGACATCAACCAATGGAAAACgagttgttttaatttcaagctCCTGGAGTAAGGACAGCTGCAGGGGATGGTGGAGTGTTTGAAGAATATATACTTAGTGCCTTTCTGGGCAGTAATACACAGCGCTCAGACATGTGCAGACTTGCATATATCTGTTAACATCTTTGTGTTTAATCCAGTTACCTACCAGTATATTAagggtgtttgtttattatttcttttgatttataagATTTGAAATGTAGATTAAGGGGGATGCTGTAGCACAGGAACGTTTTTACCATATTCCGTGCATTCCAGTCTGTTCAGTTTAGCCAAACATGTAGCTGAACGTTGTGCTGAGCACCAGTAATACTAGCAGTGAGTGTCTGTCTTCTCTGAGCTTTAGACCAGTAAGCATAGAGCTACTTCATTAATTAAGACAGACATGTCAGGGTCCCAGGCTCTTGGTAACGTCATGTTATGTCTTGTCAAAGCTCAAgaagtgaaaacaacaacaacaacctagGTAATATTTAGCAATCAATGTATGTTTCCATAAAGGaagcagaagagaaaaaaatggttCAGTCAGGCCTGTGAAACGGGTGTAGGCCTCTCTGTTTTATGATCCCCTTGTTTGTTTATCCTTCAGCTCTTCAGGAGACAAGTGGTCTGTTTGTGTAGCATTCATATCGTTCCCGAAATCATGGACCTTTCTTAATGGggcactgcatttgtttttcatcttacCCCTCTGACAGAAGGTTAGACCgagcaaaaataaatcctaGAGCTCAGTATCTCTCTCATGGTTCAGAGTGAGTCAGTGTCACTAAGGAGGCGAGCCGCCACTGGTGCCCAGGGCATCGGAATGtggcaaagagagagagaaagtgttttattgttattattatttatgattttggATGGTCTGAGCTTCCCCTGTGAAGATCTGAATACACACTtgtttaactttattaaaactgaaatgttgtCTTCACTCTCCAGAGCCAAGGCATATAGTATAGGAGATGAGTGTGTGATTGCCTTGGCGCAGGGCCTGAGggtttgatttataatttataccTGGAGTCTGCAGTACCCTGCTTCCATGTGTGCTGAGGGACAGGCTGTTCAGTAGTAATTACCTGCCTCTTTCATTTCCCTTTTTCTCATAAAGCCAGCTCAGACACCTGGGCCAGCTCTCGGCTCTCACCGGGACACTTTTTCCATATATTCCATATCCCAAAAACTACACTTAAGGGGGTGCTGATGAAGTGTGAGCCTCAGTCATGACTCCTATAGTCCAGGCAGCAGCACAGTGAGGAAGCTTTGGGGGGCCATTCTTGTGCCACTAGCCAGGGTGGGCTCTTGGGCCTGTGCTTTGTCAGGAGCCCAGTCCTCTGCGGTGctcttgttttcatgttttacattggtttaatttgaactCGGCCCTGGTCATTGAAATTATAATTGTCATTCATGTCATTCTAGTCAACCTCCAACCTCAAGTCAAGCAGcagtattaaatatttcatgCTCAATGTTCAACCTTGCCCACTGGCAGCGGTTATTATTTTCAGGTGTCACCGCCGCTAGAATAATTAATCATTGTGGATGTTCTGTGTCAATTTTTAACTCCCCAAATGCAGAAGTTAATTACAAGACTCCCCTCAGCCGTTTAGATATGCATCTCTAGTATCAAgagtctcttttctttttcttttctccccccaGTGTAACAAAAACATCCCTGTGTGGCTGAAGCCAGCATTTTATATTGCCTGGGCTGAGATTACCAGAGGACTCCCCGAGTCCCGCTTAACTGCCTCAGAGATGCAGATAACGTTGTCACTGTGGTCTGGTACCTTCCTCCCATATCCCAGTAATTAATGTGATGTGCTATTTGTAGATTACTCATCTGTCACCTGAAGTGGAACTCAAACTATATATTGCCTCATTAATACCAGGCatcagtttataaataaataaattacatcgTATTAACCTGTACTAGCTTAACTTTGCTCACCTCACCCACTAaccacaaaattaatgtttttaatatgcttttgatttatatctttaaattaatggcAGTGCCCTGAAATTACATTAGCAGTAATTGCTCCTCTGAAGCTCAATGTAAATCACACCGCAGTTTTGTGAATACTGAGAGAGCTGAACAGAATAGCAGAGCTATTCATATCTGGACCCATTCAGACCTTGCATTACAAGCCACGTTATTACAGGGGGGAAAAGTCTAACGTCACTCTGTGTAAGTTCTCTTTTAAGTAACACATATTTGTGATTCagcattgataaatataaatagccTATAATATATATTCGGGTCATTACAGACTTTGCTTGATCATTTGTATGGAGGCACTGTAAATAACAGCATTTGTTCTTGATATTTGTACTCAGAGTAAGGTGGTGGAGACTTCCCTGTACCCCACTTAGAAGACTTATGTTTTTCTCTGATGATTTAAGCTTCAAGTATCCACGTAGCTCACAGATATAATgcaagtttttttccccccatgttTGGCCATTAGGGAACAGTGATATTTTAATCAGGCTTCTTTTgcgtttcttaaaaaaaagctttgtactTGACTCTTTCTAGTTAGCATTTGctaatgagaaactgaaacaAGTCATTTTCCATTagcaaaataaacagtacagaTGAGGTGTTTATTAGTAACAAAGGCTTTTGCAGCCAGCCTTCCATGCATTGGTAATTtgcactgaaactgaaaatgtactgGTCTTGCACATGAGGTGGCATCACATACCAAGGATCAGCGTTTCAGGTTGAAATAAAACCAGTACAGTTTCTATTGAGTTCCTGTCTGTGCATGCTACCTATTCTCTGTTATTCTTTTCACCTGTCAGCATGCAATTTCAGGTTTTGTTGCACACCATGGGCAGCCGTGGGTTGCGTCTGCTTGCAAACGTGGCAACTTTAAAGATTGGTTTAAAAACCTGTATTGAAGTGCAACGGCTTGGAACCAAATTGGGTGCTAATTAAGTAATAAGGACACCAACAGAGGTTAAAAGATAATGTTCCCCCTTATATGGAGTCTGAACCCATGCAGTGATAACATCACAGGGGGTGCTGGAGAGTGAATGCTTGAAGATTGCCATATTCTCCATGAgtcagcatgtgtgtgtttactatGACTTTGTTATATTTAAGCCATATTTCTTCTGTATGAACTCTTAAGGACTTTAACTCAGCGTATGGTATTAAACTTTAGAATACTGGATAACTCCCACAGCTAACACTGtaatgagtgagagagagactgagacagTGGGGTGGTATGAGTCTGTCTTATGGTTATGCAGGGTACTGTTTAAGCAAGTTCCTTTTGCTGCTTCAACCTAAACTTAATGCACtgaattaacttatttattcagtttgGTTAGAACAAATGTCATGCTCCATGTTgcttagatttgtatttattatttaaaaatggcttcatatttaaatctgaaaaaacaaacaaaaaaaaaaacatgggaaaTAAGTATTAGACATCTTCCAGGTGTCtacttcttttctttctgagaGTTAGAATCATATTCTATTTACACTTATTAATGCTTATATAGGAATGGTTTAAGAGATGAGTATATTTTGTTAGAGGATTTGAGGTTGTGGGAGTGTGGGTGATAGCAGGGGAGCTTGTGTGCAAAATGTAGAAGGAAGATGTTAAAAGTTTTAGGGCCGAAACAATTAGCCATTAGTTGATATTGTAGAGTATTATGATACTTCCCCCTAGTGCTAGTATGGTgtaatgtttctctttttctttttgctcacAATGTGAACTCCCTTGTGCTTGATTTGAAATTATTACTTGTATTAAAACCCCTGTTCCTAAATTGCTCCAAGTGCATTTAAGACTTTGGACAAGATTTTGAtatttttcaggatttttttttatagctccAGGCTCAGTAAAAGTGATATCACAAAACACTTGGTGTAACTTCTTTTCTCTGTCCTTTttgatgaaaaatgtattgaaaatgtctATTTGTAATGAAAGCCCTAAGTTTAAACAGtagatgtacattttgtttttggtgagGCCTGTAGGAGTGATTTGCTTGAGGCAATTCAGATAAATTGCTTAACAAATTCTCTTTGAATGTGGGATGTAATgataaatgtttgttattatatttaggCATATTTTGTGATACTCAGcatctaattaaaataactgaggATAACCAAAACTTAaagaaaatcattattttagatATTCCTAAACA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU147415 lncRNA upstream 134752 16083353 ~ 16121445 (+) True G117660
TU147317 lncRNA upstream 557332 15695426 ~ 15698865 (+) True G117573
TU147318 lncRNA upstream 560944 15693213 ~ 15695253 (+) True G117574
TU147297 lncRNA upstream 628478 15627339 ~ 15627719 (+) True G117557
TU147253 lncRNA upstream 726856 15525714 ~ 15529341 (+) False G117521
TU147567 lncRNA downstream 470068 16748869 ~ 16749971 (+) True G117768
TU147592 lncRNA downstream 730097 17008898 ~ 17009246 (+) True G117783
TU147612 lncRNA downstream 874981 17153782 ~ 17155824 (+) True G117801
TU147618 lncRNA downstream 881961 17160762 ~ 17161040 (+) True G117804
TU147619 lncRNA downstream 882713 17161514 ~ 17161723 (+) True G117805
AMCG00018630 mRNA upstream 231099 16012287 ~ 16025098 (+) True AMCG00018630
AMCG00018625 mRNA upstream 465300 15785893 ~ 15790897 (+) True AMCG00018625
AMCG00018623 mRNA upstream 478894 15772309 ~ 15777303 (+) True AMCG00018623
AMCG00018624 mRNA upstream 564456 15682455 ~ 15691741 (+) True AMCG00018624
AMCG00018620 mRNA upstream 586528 15668815 ~ 15669669 (+) True AMCG00018620
AMCG00018637 mRNA downstream 2032 16280833 ~ 16286663 (+) True AMCG00018637
AMCG00018638 mRNA downstream 17237 16296038 ~ 16298711 (+) True AMCG00018638
AMCG00018636 mRNA downstream 95095 16373896 ~ 16378701 (+) True AMCG00018636
AMCG00018641 mRNA downstream 140238 16419039 ~ 16434303 (+) True AMCG00018641
AMCG00018648 mRNA downstream 792553 17071354 ~ 17090022 (+) True AMCG00018648
TU147178 other upstream 1299617 14954564 ~ 14956580 (+) False AMCG00018602
TU147084 other upstream 1468064 14786623 ~ 14788133 (+) True G117383
TU147075 other upstream 1479703 14775789 ~ 14776494 (+) False G117379
TU146792 other upstream 1908456 14345090 ~ 14347741 (+) True G117178
TU146730 other upstream 2014160 14239498 ~ 14242037 (+) False AMCG00018551
TU147595 other downstream 789411 17068212 ~ 17069670 (+) True G117786
TU147848 other downstream 1702409 17981210 ~ 17982114 (+) False AMCG00018681
TU147849 other downstream 1702409 17981210 ~ 17982303 (+) False AMCG00018681
TU147936 other downstream 2440405 18719206 ~ 18721343 (+) True AMCG00018702
TU148213 other downstream 3169825 19448626 ~ 19450628 (+) False AMCG00018740

Expression Profile