RNA id: AMCG00018930


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00018930
length 6436
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 4
gene id AMCG00018930
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030135.1
NCBI id CM030135.1
chromosome length 28454832
location 26777635 ~ 26797720 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

AGggaaatatgtgtttttctgatTGTTTCCCCAGGTGCGAGAAATTTTGGGACGCTGCTCCTGCCCTTCCCAGTTTCCAATGACTAAGGTTTCTGAAGGGAAGTATAAAGTGGGGGACTCCAGCGCTTTGATCTTCATCAGGGTGCTGAGAACTCATGTGATGGTGCGAGTTGGGGGGGGCTGGGACACCCTGGAACACTACTTGGACAAACATGACCCCTGCCGCTGTGCCACTTTTGCCCATCGTTATCAGCAGTCCAGATCTAGTGGACTGAACCCCTATAAGGCTGGAAGTACCCACCCCTTTCAAGCCCATAGCACTGGACCTCAATGGAGGACAGATGTAACAACACAGTTCAAGACACCAGACAGACGGACTCTGGACTCCTCTTCTCTGGGCCGCCCCCATCgcccctccctccctgcagAGCATGACAGCAACACAAGCCGGACACTCATGTTGCCCAGACCACCCAGAGACCGCTCTGAACCACGACACTTCACCCCACTCAGGTCCAAGGATTCTCTCCCGGTAGTGACTCAGAAACTCTCCGGAGGCAGCGATTCATCCACAGCATCCTCCAAGGGTGGTGGAAGTAGACCCTCTCTGCCTGAGGGCAATAGGCCCATTGAGGAAGTTGTACTACTGGTAAACAGAAGGGAAGGTAAGCATGTGATTGAGAGACCTGGAGGTACCAATAGCCCTGGCATACACCCCTCCCAGCTCAGAGCTCGCAGCCAGTCAAGAGAGCGCATCACAATGCTGAAACCCAATCCACCCCGGGACATCCCCAAACCAGAAGGAAATAAGGGGAGGCCTGACAGAGGACGTTCCCTGGGCCCTGATCATTTCAGGAAACCACAAACCCCTAGGTCTCAGAGCCAGGGAAAACCTCTTCATAGGGGCAGAGCCAATGACATTTCTCTGGGCTTCCCAAGAGTCAGAGATACTGAGCAGATCCGTGGTGAAAACTCATGGGAGGACAGGGTCAAAAGAGGGGATCCAAGAAACAAGCATGGGACTCCGAATTCTCCAAAACTTGGGAGTGGAAATTTCCCCAGGAGACAGAACACCTCTCCTTTAGGAAAAGGAGGCCAAAACAGCCCAAGCAAGAAGACTCCAACTCCTCGAACAACTGCCCCTTTGTCCCCAGCCCTAGGAAGGGGCAGACTGCTACCTCCAGTCTCACAGCCCAGACAGAATGGACCCAGAGGCACAAATGGTACTCTCAATAGAGGGGGTTCAAGTGAGTGGCTGGATGCAGAGGATGAAGACCTAGGATTGACTTTCCAGGGTTTTCGGTCTTTGGAACCTAGCCAGGAAAAGGAGCTATATCAGAGCTTTGAGGCAGAGTTTTTGGCAAACACTcaaataggcagctttgttgaGGAAGGGAGTGATTTTGTAGGACTCCACATGCAATCATCACACCAGCAGGCCCTGCGGCAGCCCCCTTTGGGGGACCCCAATGTCACAGACTCTGCATACTCTTCTTCCAACTCCTCAACTTCCTCCCTAAAAGTTGGAAATAAGCTGGGGGTTCTGCCTGATGTCCCGGTATATGGCACCCAGCATCCCTTTACCTCAGAATACAGAGTCCAGGTCAATGGCTGTAATGAAAGCAGTTTTGATAGTGATCCATGGGGAGGCCACTATGAACCTCCAGGCTGCAAGAAGCTGCCTGTTCTCTCAAGCTCTCTAGAGGAGAGTGCATTTCTGTCATCTCTGaacaacttgaaagataaagaGCTTGTAAATTCAAGAGCAGCAAAATATACACAGGATCTGAAAACTGGGGACTTGAGTGGCATTCATGATGTGAATTCTCAAATCCATCAATCATTGGGCTTTGGTCCTAGAACAAGAGGTGTGATGAGCTTCAAAAAAGAGAATTCAAGAACGCACCTAAATTCAGACGGCCTGGATGGAGATGAACACCTTGAAAAATCTGAGAACCTAGAATATGTCTCTGACCTTGAGGAGGATGATGATACCACACTGCTGCATCACGAGGTGCACCATCTACCTGTCTCGGAGGACTGCTCTTTCCTGGACTCCTCTAGTGAAGGCTCTTCCTCCTTGTGTGTGAGCCTAAATGAGGCCCATTCTTCTCCTCCTGTTTACACTACAGACTCAGGGGTGGTTCTACGGCCCAAAAAAGCCTTGAAGAAACCTGAGAGAGTGCCCTCAATCTACAAACTCAAGCTGCGTCCAAAAATTCGTCCCCGCACTGACAACCGGCCTGAAAAAAGCCCCTCCCGCATCCCAACTCCTGTGAGTTACAAACATGCACCCCATCCCCCTCAAAGCCCCAGGGTGAATGTTCACCCCAATTGGGCAGCTGATCACACATCTAGGAAGGCTCTGCATCAGGTCTTCAGAGATCTGATTGATCCCAGGGCTGAATCCCCTTTGGAGGACCAGAGAGACTATTCATCTGTGGAATCTGGCAGTTTGGATGAAGAGGCCTGGATGTAGATGGAGAGAACATGTTTGTGATTGCATTATTTCCTCCCTGCTATACTCTCTTTTAATGTTAATGTGTGGTTTCTATCCTTTCCTCTTAGGGAGATACATTTTGAGAAACAACAAGTAGTTGAAGAAAAAATGTACAAGAAAGATTGCACCACAGTTGGTCAGTAACATTGGGGTGGAGTGCAGTTTCAAGAGTTCAATTTAAAGCCATTCTGACCAACAAGTTGATAAAGTTTGGGTGAGGATCTGCAAAGCAAGACACATTCCATAAGCCTAGTGAGTCTGTAAGAGTTAATAAAGGGTCATAATAAAGACTGGTGTTATATGTACCAACTGTGGTGATTATAGTGACCATCAGAAAGAAAGGATGGTAGTGtgatttaataaattacagtCTGGGTGTTTGGACATTTTTCGTGCTATTAAAGCACTAtcaacactttacatttaacTAACTCCACCCTTGTTGTAGAAAGGGTGTAACACACTACAGATGTACAAATCCTATTGTGTTGCATTGTTCACACTACAAATTATAAGTTATGACCTTGATTGTTTTGTGATGAGctgtatgtgaaaataatgtaagtGAGACTGGAAGATAGTATAGCCATACTAGTAATGAAAACTGATGCACATCCAATATAGTGATATTGGTATATTCAGGGCAACTGCATATCATGTTtactaaaaatattaaatcttgGAGGCCTACCATAACTACCTACTGCATTTCTTAAAAGGTACAACAACCTCAATCACAGATTATTGTACCTTGATATTATAATAACACCATTTTGAGGCTGATGGTAAAATTCAACACTCAATGTACATTCTATGGCTAATTAAACATCATATTCTTGCTCTCTGCTCTAAGTTCAGCCCCACTGGATAACTTTAATGTCCAATTcaatttatttggttttagCAGGCTTTGTACCTTGTATTGTACAGCTGACAACTAGGTCattaaagaaattataaatgtagAGCCTAATACAGAAATGCACTTTGTTTTCAAAGCCTATATCACATGCTTGCTTAATGATTTAAGGATAATTATGCAATATTCACTTTTTTGtgattatataaaaatagaaatctaAGAAACTACAGTCTAAAAATGAACTCAAATTGCATACAAGAATATAAAGGTAAGGAGTGGTTAGATATGCAACATACTGGATATTTTGTGTTGGCAGTGGTGATACTTGCCATGTAAATCCTAAGGCACAATTTGCGGGATTAAGCCCAACAGAAGACCAATTTTTAAATCAACTAGTAAACCCTAATCAGCATGTTTATTATCACATGACAgctattcttgtttttttttttttgttgtttttttttattgttcagaAGTTGTTTTAAACCATAAATcctaaaatgttgtttaattgtaatattttatatgtaattaactaatttttattttgttatgttttgccATGTGTTTTTTGCCATTCTGCTTTTTAGAATTGTCATTCAGTTTGATGAACTTCTCTTAAAGGACATATGACAATTCATACAATTACATAAGATAATAAATAGAATATAGAACTATTTGGAATTTCATTGTAATCTGAGTggtgtatgaatatatatttctaaggGCCATCTTGTTGTAAAggcaaaattaaatttaatgtcATTTTAGTTGGTCAAGTTGTAGCTTGGGATTGCTGCTTCTAcaagttgttttttcctttctcccaGTTTTCTTTACATGTTGAAAATGGAGCAATCAAATAAAGTAATACTATAACATccatgaaaaagagaatactgcATCCTTCTAAGATAAGGTTTTACACAAAGAATACAATGGTTATTCCAActaatatttcaatataatttttacatatttcttcTAATGGCTAGCTGCTGCTGCTTATAATCTAGAAagaaaacagtataaaaatgacatttgtatatataaacttaatattatgtatgtatgttatcCTGCCTCAGCTATGCAAAACAGCTGTTAACAATGTTGCCTTGATTCCTCTTTGCCTTCAAATAATGTCTGCTCACAAATTCCATCCTCCAATGCACTTTACTTCAGTCAATGGACATGTCGGCATTCTGAAAACTATTGTAAACCCCTATTTGAAGTTCATTATCACAGCACAACTGTCAATTCTAAAATATTACTGGTTTCGGGTTACAATAACAGTCAGGCTTCAACTTGCTTATATATTGCTAttacaaaatctgaaatgttgtTCAGGAAACACACAAACGAATGTGATCTGATTGGAGCCTGAAAAACATTGACTTTAGTGTTGTTGTAAATTCAACCCTAAATAATGTGAACAATCTGAACAGATACGAGTCTAATTACAAACCACTTAGTAGGTTAACAATTTAGTaggttacatatatatatatatatatatatatatatatatatacttaattcGTTTATTTTCAGGATCACATTCCATGGTTTGACTGTTTTAGTGTTACATGATGAACTTGAAGAAGGGACATTCCAGCAGAATGGATACTGTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU150103 lncRNA downstream 275819 26501001 ~ 26501920 (-) True G119774
TU150098 lncRNA downstream 316579 26460618 ~ 26461160 (-) True G119770
TU150088 lncRNA downstream 319914 26457381 ~ 26457825 (-) False AMCG00018929
TU150034 lncRNA downstream 434661 26319977 ~ 26343078 (-) True G119713
TU150009 lncRNA downstream 626668 26119422 ~ 26151071 (-) True G119691
TU150161 lncRNA upstream 13164 26810884 ~ 26812556 (-) True G119825
TU150162 lncRNA upstream 15394 26813114 ~ 26813426 (-) True G119826
TU150235 lncRNA upstream 424786 27222506 ~ 27278009 (-) True G119891
TU150257 lncRNA upstream 558105 27355825 ~ 27356032 (-) True G119912
TU150274 lncRNA upstream 667667 27465387 ~ 27468649 (-) True G119929
AMCG00018931 mRNA downstream 6450 26733267 ~ 26771289 (-) True AMCG00018931
AMCG00018928 mRNA downstream 152191 26623824 ~ 26625548 (-) True AMCG00018928
AMCG00018929 mRNA downstream 292424 26451724 ~ 26485315 (-) True AMCG00018929
AMCG00018926 mRNA downstream 366954 26367350 ~ 26410785 (-) True AMCG00018926
AMCG00018925 mRNA downstream 421131 26344630 ~ 26356608 (-) True AMCG00018925
AMCG00018933 mRNA upstream 27542 26825262 ~ 26825957 (-) True AMCG00018933
AMCG00018932 mRNA upstream 47050 26844770 ~ 26869193 (-) True AMCG00018932
AMCG00018938 mRNA upstream 75174 26872894 ~ 26943014 (-) True AMCG00018938
AMCG00018937 mRNA upstream 145344 26943064 ~ 27063981 (-) True AMCG00018937
AMCG00018940 mRNA upstream 419442 27217162 ~ 27224946 (-) True AMCG00018940
TU149840 other downstream 1590331 25186207 ~ 25187408 (-) True G119545
TU149831 other downstream 1606095 25134771 ~ 25171644 (-) True G119538
TU149755 other downstream 1700159 25075398 ~ 25077580 (-) False AMCG00018898
TU149337 other downstream 3971401 22804345 ~ 22806338 (-) True G119144
TU149076 other downstream 4664044 22080464 ~ 22113695 (-) True G118936
TU150163 other upstream 15760 26813480 ~ 26814073 (-) True G119827
TU150237 other upstream 433153 27230873 ~ 27242574 (-) True G119893

Expression Profile