RNA id: AMCG00019295


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00019295
length 4404
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 4
gene id AMCG00019295
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 12767954 ~ 12778615 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ttttgtttcctatCTATAgctggtgttttttcttttttttttttttttttggggggggggtgtaattATGATGAAGCTATCTGAGCAGGGGGGACAGGACTTAAAGCTTTGCCACAGGCAGTACACTTCATTTCACGTCTATTTCGGATAGGCTAGCTTTTGATGTTATTCGTATTGagtatgttttgtgtatttatttaatttattttaccgtCTATTGGACATTTTGTGAGTCTTTTGGCGTTATATGAAAGTGTACTGGGCAAAAAAGCCAGTGAAGAGGCTATAGCAGGAGAGGGTTGGGacagaaatcaaaatgaaagtaAGCCGTACCTTGAGGGGCCAAAGACAAATAATGGTGTTGCCTGGCACTGGCGTCTCCACAAGGGGATTCCCTCTCAATTTCATAAAGTCCACTCTATAGACCGGAACCTGGATGGACCTCAGTGACCCCAGCTGGTCCATGGTCAAGCGGCATTCCTCTAGCAGCCCAGGGTCGTCGCCAGCCGGACAGAGCTACAGTGACAGGAGGGACAGACCTGCTTCTGCCTCTGAAGACCTGAGGTCCCCACCGGGCACCCATCTGGACACTGAAGGAAACCAGCCTTCCCAGAGCAGGTCACTACACTCCTACGTCTCGTTTGGACATCACAGCACCCTGCCCAATTCGGAGGACATCACCCTGTTCACGGATTTGGACCAGTGCAATAAACTCATCATCTCCAAAGGAAGTTTGATCGTTGATCCAAGCGACATGTATCAAACTCTAGCCATTGCGGCGGCCCAGGGCCAGGCAGGGTACGATTCCTCGGCCGGCAGCTACATGCACTCCACGACCAACTCTCCAGTCTATGTGCCCACCACCCGGGTAGGACCTATGATACCCAGTCTCCCGTACCTGCAGGGCAGCGGGTCTTCCCAGCCCAGCCACGGCGTCAGTAACCACCCGGTGTGGTCCCAGCCTGCCCCCGACAGTCCCTCATACAGCACCGGCAGCCCGCACACCTCCAACCGCTTCCATTactcccccagcccccccatGAATAACGGGGCTTCCCGGGACAGCGGCTACAGTAACACCCTTAACGTGAACGGCAGAGACCAGTATGGTACCCTTGGCCGCCCTCTCAATGGATCTTACCCCAGTCCATATTCTCCTTATGTGGGACCACAGCTGTCCACGGCCTGGCCTGGAGGACACTTTGACAACACCATGCTGCATACACTACAATCCAGAGGAGCGCCTATACCTATTCGAGGTCCTGGTGGAGGCAGCAGTAATCCAGTTCCCATGACTCCAACCTCCACGTCTTCTTCTAATTCCGAGGACTGTTCCAAGAACGGATCCCCGTCCGCGCAGGGGCAGCTGTCGGTTTCAGGGgtCAACTCCTCTGTGATGTCAGGCCAGGGGGAAGCATCCAGCTCTGGAGGGTCTGCGGTTAAGTACTCGGGTCAAGAAGGCCTCTATCCCGGAGTCAGCCTGACCTCCACGGCTGAAGTGGCCGCCTCTGTCCGAGGGGAGACGTGGTGTGCGCTGGCACTGGCCTAACTCTGTGGAAAACAAGATTGATGCAGGCCTCAGATATCTCACCAGCGGTCCATCTGCACTATCATCAAAGCAGCTGTTGAAACAAGGTGGAAAGGCATTACATGggaggatgttttttttcttttcatccttGGGCTTTGACTGAAGAAGAGCTGGACaactaagattttttttaatgtaattgttaaaaAGAAGATATCATTTTGGATAGAGGGAGATGTTGAAGCTAAAAGAAAATCGACATTGTCAACATTGTCAACATCGGCTTTAAAAAGGGAAACTTTTGAACAGACTTAGGAGggatttttaatatgtatatttttctgcaaTGGGTACTTTCAGAACAAGCTCGGCATTCTCTATAGCATATGTGGGAATATGTGAGGGACAAAACTATTTCATATAGATGAATAAAAGACAGATGCATTggctaaacatgtatatatggGTGTATGAATGTGCACTCCCTTTTTTAgcttgtttaattaattcaataattgattaatttggatttgtatgtttttttctgaaccTGTACTGTGGTGCAGAACTTGAGTACATTTGCTGGTAACTGGAATAgaagataaaatgtaaagaaattatTCCTGAATCAAAGCTGAAGTATTTATTAACCTTTCaatgttgaaaaaaatgattattgtCTTCAGTAAAGATGTGTCAGTAggacagaattaaatattttttagggGATTTACTCCTtcataatatacaaatacatattgattATGTGTTGTGGAGTAGTTTTCTTTTATGATAAAgctgcacatttgttttcttctgaaagtTCCTATTGTCGGACTGAAATGTTATGGTTTTATACAGGGTAGCAAACAGACATTCACTGACTTCCataagtttatattttttgtaagtgCAATGTTTTTGTCACAACCAACAGTGTTAAATCTAATGTTTCAGATTTAACAGTAAATTCTGcaattaatgtaaaacatctTAACTTAATGGTACttatcttatttaatttttttccagacatCAATAAAGCTTTAAAGATgtccagattttttttaaacaaaacataaccaaaacaacaactaaaactaaatataaaaataaaaaatgaccgCAAAATCTCTTAGAACAAACTTCACTCAGGAAAATTTTACTGACGCATctttttgttacattgtaaaatgcaaaagaaaaagagcaTTGCGGCAATATTTTCTGGACATGACTGAAACTTTACTACCTAAGTGATATGTGTAAATACTCCAAGACATGAAAATGTCTTAAGTTTTCATGATACCATTTGTAAAATAGACTAATGTATAGATTGGTTTaagccacattttattttaatttttttttctaaagattGAATTGCCtttgatgtatttgttgtttgttcagttaaactaattaaaacattaagtaaTTTTTAACAAGAAAGTATATTTTGCTTGCAGTTTCTCCTTCATTTCAGAAAGCATAATTTTTGCCTATTCTTAAGCAAAATATGTGCTGCataaatttttttaaatagtgagACACTAAGTAAGTGGTACTTTTGTATAAAAACATATGTTGGTATAGAAGAAGAATATTGCAAAGGGCCAGGAAATAATACAAGGAATGATAgaagataaaacaaatctatctTCATTAGCAGTGTGATAGTAGTGTGCTTTATTGGGCTCTGTGTAATGATGTAActacaataaaatgtacttcTGGACCCTGTCTGGTGTGGAGATAGCACTATTTAAAGGAACGTATGAGTAGGAAAAGAGGTCATTAACCTTCCAGAAgtcacagcaaaaaaaaaaagtagtataTGGAGCCTTGAAGTGGAAATTATTAGActacttattttctttcacttcaCTAAACttctaaacaaaacattaagcTCAATTGCTATATTTAAGacagaatacaattaattaactgtTTTTATACAGTCATTGTACTTTACTCTGCCTAAGCTACTTTATTGGTGCTCAACTCCAGTGGTCCAGAGCATTAACAGGCCTTTTAAAATCAGCCATACatggaaaaaagttaaattatgtCATTTAGGACATCAACAATGTCATGACATCAACATTGCGGCACCTTGATATCAGAAAGTGATAATTCCAGTCTGGCTGCCATGAGACACATATAACATCACCAGTGATGAAGCTAAGACTCTTTACCAGCCCATAACTGAAAACCAACAatcttttgaattatttatagtAATGCTGTAAGTGCATTATTGCTTTTAGAACCCCCTGAATGTAACATTTGTCAAAGACTCACATCATTATTGccaataagaacaaaaaaaagtgaaatatatatttatttccttctggCTTTGTAAGACAGAAAACTGGTGTTTCCATTATGGTGCAGAactaacacacagacagcaaaTTATGTGCCaaatatatacttaattatAGTAAAAATACCATAATAATGAGTCAAAACTGTAATCTGTCACAGCTTTAAGACACCCCTCTGATTTCTTCACAGATACAGACATGTATGTTATCTAGCTAAATTGTGTGGCATATACTTGATTTGGTGATTGAAATGATAAACTATCCATGTACTGATTATGATGATATAGGTATGCTATCTGTAGTTATAAAATATCCAGTCttgatttgaaacaatgtttttggttgttctttaattgaatacatgttGTTTATTACACTATACTCATGTCCAATGATATGTGAATATATACCTCTAGCGTCCCACAGTAATATCACAGTCATTTTTACTTGTTTGTATGTGCTTATGGGTAAAACGTTTTGgccatgtatattttatttggtaCGGtttgcagcaaaataaaaacaattatatgcaAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU41212 lncRNA upstream 154028 12613285 ~ 12613926 (+) True G32893
TU41211 lncRNA upstream 155421 12609401 ~ 12612533 (+) True G32892
TU41061 lncRNA upstream 766790 12000963 ~ 12001164 (+) True G32778
TU40936 lncRNA upstream 1130074 11632358 ~ 11637880 (+) True G32674
TU41445 lncRNA downstream 532799 13311414 ~ 13311742 (+) True G33075
TU41465 lncRNA downstream 855087 13633702 ~ 13638171 (+) True G33093
TU41531 lncRNA downstream 1374187 14152802 ~ 14160703 (+) True G33141
TU41546 lncRNA downstream 1506950 14285565 ~ 14286016 (+) True G33153
TU41557 lncRNA downstream 1713277 14491892 ~ 14492206 (+) True G33161
AMCG00019293 mRNA upstream 45744 12708565 ~ 12722210 (+) True AMCG00019293
AMCG00019289 mRNA upstream 96925 12641964 ~ 12671029 (+) True AMCG00019289
AMCG00019290 mRNA upstream 169437 12572727 ~ 12598517 (+) True AMCG00019290
AMCG00019280 mRNA upstream 313582 12446933 ~ 12454372 (+) True AMCG00019280
AMCG00019283 mRNA upstream 327103 12430978 ~ 12440851 (+) True AMCG00019283
AMCG00019297 mRNA downstream 80365 12858980 ~ 12873054 (+) True AMCG00019297
AMCG00019300 mRNA downstream 103366 12881981 ~ 12882526 (+) True AMCG00019300
AMCG00019296 mRNA downstream 126859 12905474 ~ 12916716 (+) True AMCG00019296
AMCG00019298 mRNA downstream 148167 12926782 ~ 12928334 (+) True AMCG00019298
AMCG00019294 mRNA downstream 192360 12970975 ~ 12977312 (+) True AMCG00019294
TU40734 other upstream 2358457 10404639 ~ 10409497 (+) True G32539
TU40438 other upstream 3139292 9369898 ~ 9628662 (+) True G32293
TU40426 other upstream 3228743 9261374 ~ 9539211 (+) True G32286
TU40432 other upstream 3419135 9329479 ~ 9348819 (+) True AMCG00019215
TU40199 other upstream 4383362 8345455 ~ 8384592 (+) True G32130
TU41554 other downstream 1660638 14439253 ~ 14486706 (+) True G33159
TU41707 other downstream 2385733 15164348 ~ 15169841 (+) True G33283
TU41862 other downstream 3265327 16043942 ~ 16081943 (+) True G33406
TU42780 other downstream 7828859 20607474 ~ 20610889 (+) False G34170
TU42783 other downstream 7828859 20607474 ~ 20610889 (+) True G34170

Expression Profile