RNA id: AMCG00019403


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00019403
length 4466
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 7
gene id AMCG00019403
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 18988906 ~ 19004537 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TGTGGCGGCTGAAGCATTGGATGTAGGAAAATATAATGAAGATTTGACTAGCCTTTTTatcgtttttttaaataatcgtTTACATGTGAGTTGAGCGATAATAAAACTCATCTCTCAACTATATTTAACCCACCACCCCTTTTCCCTTCACACCGAGCAGTGCCGCTGCTCACAGCACAGAGACATCTCCGATAAGTGCAACCTTCCTGGTCTGATGTGCATGGCACAATAAGTGGCGACACCATGAGTGTGGAGCCAGATGCCTTGGCTGTAGTCAACCAGCTCCGGGACCTTGCAGCTGACCCCCTCAACAGACGAGCTATTGTCCAGGATCAAGGCTGCTTACCGGGCCTGATACTGTTTCTGGATCATCCAAACCCACAAGTCGTCTACTCTGCACTTCTGGCAGTGCGTTATCTAGCAGAATGCCGTGCCAACAGGGAGAAAATGAAGAGCGAGTTGGGGATGATGCTGAGCTTGCAAAATGTGATGCAGAAAACAACGACCCCTGGGGAGACAAAGCTGCTGGCCTCGGAGATCTACGAGATCCTGCAGTCTTCCAGTAGCGCGGAGGGAGGCCAGGCTGAAGAGGCCACCTCTTGCAGGCGCAAAGCCCAGTTCTTCCTGGGAACTACAAATAAGCGTGCCAAAACAGTGGTTTTACACATAGATGGCCTTGATGACGCCAGCCGGAGGAATCTCTGTGAGGAGGCGCTGCTGAAGATTCGAGGCGTCATCAGCTTCACCTTCCAGATGGCTGTCAAGAGGTGCATCGTCAGGATCAGGTCAGATCTGAAGGCAGAGgctCTGGGCACGGCAATCGCTTCTACCAAAGTCATGAAGGCACAGCAAGTAGTGAAGAGTGAAGACGGAGATGagGTCATGATTCCATTCCAGGAAGATGCCCCGGTAGAGGTAGAACAGATTACTGATCTTCCAGATTACTTGCCCGAGGAGGAGAGCCCATCTAAGGAGCAGGACAAGGCCGTGTCCCGGGTCGGGTCCAAGACTGATGGAAGCGGGTGGCTCAATACGGCAGCAAACTTTTTATCACGCTCCTTTTACTGGTGACCCCTCAGCCGCCGCAGGCTGTCGGAACGACTGTAAATAATTGGGGAACGGCTGGGTTCCGGCAGAGCAGTGGACTGCCAAGTGCAATTTGCAATAATATACccgtgtaaaaacaaaacaggttgTACACAAACATATGCTGCATTTGTTTCTTCACTATTACCAATCTAAGCCTTCAGAAGATGAGGACTTAACTGAAttggccttttttctttttcgttttttgttgactgtttattttcacttttttctggtctattaaaacaaaaacaaaaaattatatttttcattttggttaTTATTGGGTCCATGTTTTTAGAACCAAATGTCTTGTGACATGAAGCTTTACTAATGGATCTCTGCTGAGGTGTGGGTTCATTGTCTACGGCACTGAGTGTGGTCCTTACAAACAGGCCCTTTTGGCATTATGGAGTTTTAAGTACCTTAATGTGTGTGGTTTCAAAGGTATTATTTTATCTGCCTTTCCTTTATACGGTGATACTCCTTTTGGATTTCCTGATTGTTTTCATGATCCCAAGAGTATTCACCTCATTTTTTTATGGGCTTTACCGAACATGCATTAATTCTTGTTGCGTTCAAACTgccttttggttttctttgcattgatattccttattttgttgtgccttttatttactgctttaattactatttatgttttcatgtttccCCCTAtaatactgatttttttttttgtcttttaaattcTTAAGATCCTAATACCTTCATTTGACTGCTACCATTGCCCCCAGCTTTTTAATGTCCAGTCGCTAATTCCCCTGGGCTTTGTGGAATTAAATGAGACTCGTCCACTTTTGAATAATTTATCTGAACATTCATAATTTGTTTGTCAAAGTATACTGAAAGATTAAGTTTGGTGTtccttttcaatattttattgacCCTTTTCTTAACACTGCtgtcaataaattaatacatttacaattacataGCAATATGAtgtaaaatgccttttaaataatgtaccCCCCTAACTGGGTTTGCAGCTTGTGTATAGTGTACGTGCACCTAACAGCCCAGTACTGTATAAGGGTTTTTGTACCTAAACCATAGTGCAACAAAACAAGGCCTGACCAATTAGTTTGGTTACTGCATATCCACTACACATGGGCAAACAAAATTACAGAAACGTTTCAGAATTGTAACTGTAAACAATCTAACCATGTTCTTGTACAGCTTTTGGTTTTCATCCTCATTCCAAATCAAATCCCTTAATAGtaccaaaaatatttttaatttttaaagaataGATTTCAGTCTGCACATTGCCATTTTCTGAAAGTCTGTAAGATTAACGGGATGGCAGAATTCAATTAGCtagacaaatgtgtttttgtacttGTGGCCTCTAGCACACCTAAATATAATCTTATTTACAGTTCAAAAGCCTCATCAGTTCAGGTTTTGCAGCCAGTAGTGTCCTTAAAATTGAGCAAATGAAATGAGCGTACATTTCTGTGCTACCTTCATAAACACTGTCTGAGCACTTTTTATCGGggctatttatatttttcaaaataatttcgGGTCTCTAAGCAGGTGCCTGATCATCAAAACACTCTCGCAACATGATCAAATCTAATATTGAACTTCTGCTAGGATTTGTGTATGTTGCCAGCCATTTATTAGCATATGTAAATAATTGGCCCTAATCAGCAAGTCATTCAAAAGTATACATTGTTGTGCAGAGTGCTTTTGGATTTGGAGACGTTTCTGGAGGTTTTGTTTTAGGGCACAGCAGGATTCTTAAGATCCTTGGTCTTTTGTTGCAGGTGATCTTGAGCTATGATTTATATAAACCTACTTGCCAAACATATTTGAACATTGCTTATAATTTGTAGTACATTGCTGTAGAGCTACAAACTTAGTGTTTTGGGGAGCATGTAGCATTCTGTTTAGAGGTCATAAAAAGGAAGTGCTGTAAGCTTTGTTCTTGTATAGGTTTCTGTGTGTGATCTTCATTTCTCCCCAGCTTACAGTTGGACTTCTCGCAGGtcttttagtttagttttgctttttgcttttaagGAGTGGGTTTGTCATACCGGTCCTTTAACAAGGATTCCTAGAATAGATAACCACTGTTTATTGTCATAACTCAACAAGTACTGTAGATCTGTACTTAACTTGAGTGCTTCATGTTAAAGTTcgaaatgctttttttaagaGTGCAGGTCAGCAACACAGACATTAAGGTACAGTGGCAGATGTTTCTGAGGACTAACTAGAACTAGGAAAAGAAGCATAACTGGTCAACACAACTGTGTATCTATCAGGACAACTATTTAAGTTTAAGTTAAAACAGTGTTAAGACATTTgggtgctttttctttttgcatgcTGCCTCTTACGCACAAAACAATTCTTTATTTTGCCGTATTTGTACAACAAAATCTTGTTCAAGAATGTACAATGTCTGCTTAATTTGATCAACAATATTGCACTGTATAGCCGTTATTTTGATAAAGCTTACATGAGGTCTtcatacattattcatatttctagCTGTTAACACTTCTATTATCATGtaactgtataatatatttttgtgctttGGAgcatgtttatatgttttttttggggggggttttCCCCTCacctttgaaaaagaaaatatctatAATTACCCACAATTAATTCTATATCCATTACATTGGTTTTACTGAAACATTGTCAACCTCAACATAATAGCTTCACATCTGCTAAGTGTACGTGCTGTTTTATGTCAAGTGTTTAAAGATGTCAAACAAATTAAGATTCTCATTTATAATTACCACaaagaatatgaaataataaaattaaaattaagctgCATGTTTCACTCTTCCTCATTATTCTGTTGTCTTTATTATAATGTCATTGCTTTTGACACTCCGTGCTGTTaccagaaattaatttaaaatactaacAGAAACTACTAGCGGTTAAGTCAAAGGCCAGAGTattttgtaaatgcagtgtttttcatAATTATGTGCACTAATGTATTCTGTCTATGCTACATGTTAAACGGAGAACCTgttaacagtttaaatgtaattcaatttttGACCAGAAAAATGTGCAAAGCTTTTTTTCTGTTATCTGATTGCAAATTCTTGTCACATCTATTAATACTGCACTTGTGTATCCCAGCATTAGGcacctttacattttttttttttaatgtaatttcatataACGACTTTGTTTTAGGCAGGCTAACAAATAATCACAGTATATCAGTGGGCATCTTTATCAAATATTAGTATATAACAGTGACATTTAACATTTCCAAAACCCCTACAAAAACctgtactttttatttcttgataAGTGTTTGTCCCTATTAAAATCAGAGacaatttattaaa

Function

GO:

id name namespace
GO:0030001 metal ion transport biological_process
GO:0046872 metal ion binding molecular_function

KEGG:

id description
K17306 ARMC1; armadillo repeat-containing protein 1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU42360 lncRNA downstream 373652 18606141 ~ 18615254 (-) True G33830
TU42333 lncRNA downstream 601908 18384952 ~ 18386998 (-) False AMCG00019396
TU42278 lncRNA downstream 772164 18215608 ~ 18216742 (-) True G33765
TU42271 lncRNA downstream 790749 18179089 ~ 18198157 (-) True G33758
TU42194 lncRNA downstream 1215581 17743162 ~ 17773325 (-) True G33686
TU42512 lncRNA upstream 290275 19294812 ~ 19301547 (-) False AMCG00019417
TU42513 lncRNA upstream 290275 19294812 ~ 19301547 (-) True AMCG00019417
TU42514 lncRNA upstream 290275 19294812 ~ 19301547 (-) False AMCG00019417
TU42577 lncRNA upstream 462539 19467076 ~ 19480968 (-) True G34006
TU42753 lncRNA upstream 1473720 20478257 ~ 20549700 (-) True G34148
AMCG00019404 mRNA downstream 155101 18821163 ~ 18833805 (-) True AMCG00019404
AMCG00019398 mRNA downstream 383070 18594983 ~ 18605836 (-) True AMCG00019398
AMCG00019399 mRNA downstream 397987 18582850 ~ 18590919 (-) True AMCG00019399
AMCG00019396 mRNA downstream 546925 18384867 ~ 18441981 (-) True AMCG00019396
AMCG00019392 mRNA downstream 823772 18149487 ~ 18165134 (-) True AMCG00019392
AMCG00019405 mRNA upstream 12818 19017355 ~ 19037399 (-) True AMCG00019405
AMCG00019412 mRNA upstream 113860 19118397 ~ 19118897 (-) True AMCG00019412
AMCG00019409 mRNA upstream 214073 19218610 ~ 19229469 (-) True AMCG00019409
AMCG00019410 mRNA upstream 231660 19236197 ~ 19253413 (-) True AMCG00019410
AMCG00019417 mRNA upstream 290275 19294812 ~ 19301235 (-) False AMCG00019417
TU41832 other downstream 3267454 15692482 ~ 15721452 (-) True G33381
TU41680 other downstream 3996910 14951842 ~ 14991996 (-) True G33259
TU41560 other downstream 4430616 14491891 ~ 14558290 (-) False G33163
TU41559 other downstream 4496688 14491891 ~ 14492218 (-) True G33163
TU41485 other downstream 5323676 13662116 ~ 13665230 (-) True G33106
TU42573 other upstream 437858 19442395 ~ 19448573 (-) True AMCG00019419
TU42823 other upstream 1738993 20743530 ~ 20765496 (-) True AMCG00019446
TU43148 other upstream 4143324 23147861 ~ 23199608 (-) True G34470
TU43838 other upstream 10513459 29517996 ~ 29521984 (-) True G35067
TU43847 other upstream 10540694 29545231 ~ 29550162 (-) False AMCG00019556

Expression Profile