RNA id: AMCG00019712


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00019712
length 5081
RNA type mRNA
GC content 0.34
exon number 10
gene id AMCG00019712
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 38842142 ~ 38865670 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

CAGAAACAAGGCTGCAAGGCCATTGCTTACTCACTACCTACCGTTTACGGATATCTAGGTGGAAGTAACTTTGCACGGATCTGGATAAATAATCcgttgtttttttacagaataGGattttaagaGCGGTCGGCTTCCTTTTTGGTGATGGCTGAGCAGCTGGTCTTGTGACCGGGTGGTAGTCAAGCTTTCTCTTTCTGAACTGATGAAATGATGTGATGTGTTGTGATACCAGCAACTGTCAGTAGTTGTCCAGGATGGAAAGTACACTGAGTGGCAGCCTGGACTCCAGGGCCTCCCTCCGCGTGGTAAACTCCATCAATACAGCCCAGCTGGCTGCGAGGCTCGAGTCCTACGAGGGTTTGGAGAAGAAGTCCATCTCTGACGTCAGGAGGACCTTCTGCCTCTTTGTCACCTTTGACCTGCTCTTCATCACACTGCTGTGGATCATAgaactgaatGTTAATGGAGGTATCGAGAAGCAGCTGATAAAAGAAGTTCTCCATTATGATTATCATGATTCCTTCTTTGATATATTTataCTGGCGGTGTTTAGGTTTGCTGTGTTAATCCTTGCATATGCTGTCTGCAAACTGCATCACTGGTGGGCTATAGCGATAACAACAGCAGCTACTAGTGCCTTCTTGATAGCAAAAGTAATTATCTCCAAGCTTCTTTCTCAAGGGGCTTTTGGTTACCTGCTACCAATTATTTCATTCATCCTGGCTTGGATTGAGACCTGGTTCCTAGACTTTAAGGTCTTGCCTCAAGAAGCAGAGGATGAAAACCGGCTACTTTCGATTGTGGATACTTCAGACAGGGCACCTCTTATCCATCCCGGTCCCCTCTCAGATGGCCAGTTCTACTCTCCTCCAGAGTCTGTTGCAGATTCTGATGAGGATATCGAAGAGAAGCACGACAGTGAGAAGCCAGTACTTTAGTGGCATTTTGGGGAATACTTCATGAAAAGATTGTGCCGTCTGTCGAGGCATGAATCACTGACAACCTGAGTCTGCTCTGTGATCGTCATACCAGCACTAGTCTGGGGTCTTTCTTGGTGGAAGTGGCACGGGGCGGCGGGTTGCTTGGTTTACTGGTATCAATGTTCGGGCATGGGATCTTTCGCTGCCTTCCAACGGCACTAGGAGCTGCTGTTTTTCCTACCATACTCACTGCACTACCTTCCCAGGCAAACTGTTATGCTTACccttgttttcaaaaggtaatatttgtttttaacgaATTTAACACACATTATCATCTATAGcttctcctttttgttttagctAATTGCTATATTGAGCACTGTGATGAGAACagttacatacatttaatcagattttacttttattttgtacaaaccCTAAAGAAAGAGAAGTGCATAATGCACAGTTTACAATACATGTTCACACACACTGTTGACTTAtttgcatttcagatttaagtcattatttgtatttgtgtaaatgtaGCTGTCATGCActggtatttttttgttttccagaatgACATCTATAATTGGACATTTCAAACACACTGAAGCATTTACTGTTCCTGCACGAACTCTATTACAGCTGTCTCTTATGTGAGCTTCAGTCCAGTGTCTTTTCAAACAAAATCTAACTTCAATATCAACTCTAACATATCAATTAGTACACACATTGCACTGAAATAGGGCACTGTCTAATTGGATCCTCTCCAATTAGCATGGTTATTATTCAGTGCATTTCAGCTGAAACGATTTAATGTCTTAAGAGACAAGGACCATGAAGAATAAACACGTTTAAATCCTCATGCTAGAGTagatgattaaattaaaatatttgacagTACATGGAAAGGCTATGGTATAGGACATGTTAATAATATGAAAGCCATAAGTATTTAGCTGTAAGAGACATTGCAGTAGTTATTGCATTTGTTGTATACAGATAATTTAGCAAATATAAAGAATGTACTCTAAAGTTGTGAAACACTGGAGTGTACAGTACCATGTTAGACTTTAACTTGTTTCTTGCATTCGTTAACCACTGCCTGGCTGactgtttgaaaaacaaatgttcctgtgtgtgtgtgtatgtatgtatgtatgtatgggcAAAAAgtcaatagttttatttttatcaattgGAGTTTCGAAAATCTGGCTTTCGAAGTGGATACTCTCTGACTTTCTGGCTCTGACTCTCTCAgattatatctatatctataagTAATAATTACTTTTCGATAATGTAAAGGAAATTGCAAAAATCTCTGtctacaaattatatttcatactTTGCTGCgttgttttcataaatatgcATTCTAGCTAAGCGGCGCATCATTCTGCACATTCTGTAAGCAGGCATAATGGAGGCTGCCATGACCTTCTCTTTCATCACACAGAGGTACAGAtggcttgtttatttaatagaagaaaatacaacatCACAATCAGaacatttttgtctgttttaagtAGGAAGCTGATTATTTTATGTACGTATACTTAAtaaactgaattacatttgatttaactCCTTGAACtcaatttgttgttgtttttacatacatacacacacaaacctgtaGTAAGTATTCACACGCATCATTTGAAACTTccaaaaatatctatttttttaataaatcattttatttatgatttgagTTTTAAGGTTCCAGGCGTTTAAACTGATACAGGATGGGGATTGTAAACTTAAATATCTGTTTTCAGCatactgtggaaaaaaatatgattacattAAATGAATCGACAAATTAAGGTTGTACATTTAAACTACAACCATACAGATATAcacgttgttgtttttctcccaagtatttacttttgaatttgtTTGCTGTGACGTTTGGGCAAAGTGCAAACATTAAATTCTTCTAAGATCTACGTTAATCTcttttacaaaataatcaattgTTGGTCAATGACATTTCAGACATTtcttttgtgtattattattatttataatcatCTCTGGTTATATctataatgttttttgtgagGAGGCCAAATAACCAAGTTTGAAAGGTTTTAGATTATTGACTCACCTTATTTTATCTATTAACTATTGCCATATATTCTGCCATATATTCTGCATGTGTTCTATAGTCATACATAAtcagaaaattatttatatatatatatatataattgttttggcATTGGCTTTAGCATTTAGATATGTTTTCCACAACTGCTTAGAATGAGCATTTGCTAACTGAAAACCAAGTCACTAGtagcaattacattttacatgtcaCTTTCCTTCTGCTTCTACCatgaatcattttaatgtaatgggTTTAAATTCTTACAGTATAATGTGAATGTGGTAAGACTTTAAATAGATGtttttctattgattttaaatagctTCTTGGGCTGAATTAAATGAAGAATTAGTGGTTGATTttagtgtgtgtgcatatatatacatgcaaatgccatgcttattttttataaactttgtttaaatgtgtttttttcacccTATGAAATTATCTGATAAGTGTCCAgtgtattcatttgtattgtgcCCTTATCCTTATTTAAGGGCCGAAATAAAAAAATTCAACAttgaaaccttttttaaatggtcacaaatttttgtattttcttgtcttcagttttaacaacacaacaaaaaggttttaataaatgaattgtacaatattttgtcCCCTGCTTAGAAGTCATTTTTTGtaactaaaaaaatatgtaatcatgACCTGCcatgttatttgtattagttgAGCTGGCTAATGTAGAGTTCAACAACAGCAAATAAAcgatatacatttatacaatagaaactgcatacaaatacacaaatgttgCCTAAATGTTGTTGTCTACTAGGTTCTAAAGTACAAATAGGGCTTTTGTCTTttgattataatgtatttgtcctaaagggaaaaaaaaattcaaattagTTTACAAAGCTAAAAGATACCTATGTCACTGAATCCAGTCAAATGGAAATGTTCTTTGGTAATGTGACTTGTTTGCTGTAGTTAAAATGATCAATTTTAAGAGTGAAAttgttattctttaaaaatattataagtGATCCTGAAATTTTCCAAAATTGTTTCCCTGTTTTCTTCTGCAATAGATATTCTCTGAGAATGTTTTAGTAGTGCCTATTCAGAATCAATGCCAGTTCTGCCAAAGTTGCTTGTAATTTAGCTGTATATGCTTTTAAGtctaatgtaaaaaaaaatatgtatatgcataccataatatttaatcatattaatgtatataatgtataaataaacttaaatgttCAGTTAATTGTGTTGTCCTGTGTATAACAGTTCTTCAAATCTGTAATTATTCTGTACtgctaatttaaacaaatttgaaGCTTACGGTAATTAACTGAAAGGTTAACACTTGCAAAACAGAATGTAGCGTTACTATGTACATAACAGTGGAGcaatactttgttttttgttttttcaatacgAGGTGTTGAAGGACTTAATACATTGCATAAGGTTGATTAAATCTCTTCCTCCAGCATGAATGTATGCCCTGTAGTCAATCCAGACATGagacataattataatttttaatgtattttaataacgTTTATTTGTCTGATTTGGATATACAAtctgttctgtaaaatgttcTGTGGTTTCACGACCTGCGGATCACCACTACACCTGGAGTTTACACAGTTTTTGATATGTGATATATTTAGTTTGCAATATTTCAAAAAATACTTTGATATGTTATATGACACACACCTTGGTATGTGACATAGCTAGCTTGCAATTGAAACTTTGGTGTATGATGTATCAAGTTTGCttaatgaaaaattacattgataTATGACatgtaatttgtgtatttaatgagCAGATTTTGAATTGGtcgatttattttgtaattggaaCATGTATTGCTCTGCTCACTAAACTAACACTGTGATGTTTCTCAAAAAATACGATTAAAAACACTTACAGCAATGACAGgaaaatgtgattgttttcttattttatttaaatttgatacacgtaaaacattttatataaagtacTTGTTGAATGAGCATTTGCAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU45501 lncRNA downstream 222485 38618841 ~ 38619657 (-) True G36386
TU45429 lncRNA downstream 387833 38454024 ~ 38454309 (-) True G36349
TU45387 lncRNA downstream 723208 38118720 ~ 38118934 (-) True G36312
TU45377 lncRNA downstream 732205 38100553 ~ 38109937 (-) False AMCG00019698
TU45585 lncRNA upstream 212833 39078503 ~ 39081979 (-) True G36456
TU45604 lncRNA upstream 380122 39245792 ~ 39293373 (-) True G36470
TU45630 lncRNA upstream 514138 39379808 ~ 39380708 (-) True G36495
TU45651 lncRNA upstream 551332 39417002 ~ 39417956 (-) False AMCG00019724
TU45676 lncRNA upstream 840932 39706602 ~ 39709528 (-) True G36534
AMCG00019707 mRNA downstream 22862 38816499 ~ 38819280 (-) True AMCG00019707
AMCG00019706 mRNA downstream 66298 38768161 ~ 38775844 (-) True AMCG00019706
AMCG00019705 mRNA downstream 215338 38626274 ~ 38626804 (-) True AMCG00019705
AMCG00019704 mRNA downstream 491526 38342972 ~ 38350616 (-) True AMCG00019704
AMCG00019702 mRNA downstream 572819 38266354 ~ 38269323 (-) True AMCG00019702
AMCG00019711 mRNA upstream 19336 38885006 ~ 38893548 (-) True AMCG00019711
AMCG00019715 mRNA upstream 37133 38902803 ~ 38907186 (-) True AMCG00019715
AMCG00019714 mRNA upstream 63735 38929405 ~ 38953013 (-) True AMCG00019714
AMCG00019713 mRNA upstream 114440 38980110 ~ 38989131 (-) True AMCG00019713
AMCG00019719 mRNA upstream 216432 39082102 ~ 39097112 (-) True AMCG00019719
TU44832 other downstream 3786698 35055019 ~ 35055444 (-) True G35867
TU44748 other downstream 4319872 34510733 ~ 34522270 (-) True AMCG00019645
TU44357 other downstream 6608744 32222064 ~ 32233398 (-) True G35476
TU43881 other downstream 9156840 29679229 ~ 29685302 (-) True G35101
TU43875 other downstream 9196179 29638566 ~ 29645963 (-) False AMCG00019554
TU45993 other upstream 3678446 42544116 ~ 42544524 (-) True G36817
TU46040 other upstream 3778654 42644324 ~ 42656393 (-) True G36862
TU46211 other upstream 4432561 43298231 ~ 43360906 (-) True G36982
TU46276 other upstream 4711639 43577309 ~ 43656444 (-) False AMCG00019768
TU46596 other upstream 6030829 44896499 ~ 44910150 (-) False AMCG00019799

Expression Profile