RNA id: AMCG00019868


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00019868
length 6786
RNA type mRNA
GC content 0.45
exon number 10
gene id AMCG00019868
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 50927280 ~ 50943520 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

GGCGGGTCTTCACAGTGACGGCGCGCGAGTCCGCGCTCAAACCCTCCCCTCTGCGGCGAGACCTGCCCCCGCACGGCCCCCGCACGGCCCCCCGCCGCCAGCCCGCCCCGCAGGACCCATGTCCTTGTTGCCCTGGTCGTGGCCTTGGCAGCTGCTACAAGAGGGAGTGCTGAGCGCCGTGGTGCCGGACTGCCTGCTCCTCCTCGGCAGCTCCTGGTGGTTACTCGTGCCCTGCGCCATGCTGCTGCTGGGGGCCGCGTTCATCGTGGCCTTCGTGCTGTTGTTGTACATGGTGTCTCCGCTCATCAGCCCCAAACCGCTCAAATTAAACGGGTCCCATGTCGTGGTAACCGGAGGCTCGAGTGGCATAGGCAAGAGCATTGCTGTTGAATGTTACAAGCATGGAGCCTTTATTACTCTGGTTGCACGAGATGAGAGTAAACTGGTTCAAGCCAAGAAGGAGATTGAAAAATATGCCATCAATGACAAGCagGTTGTGCTCTGCATATCTGTTGACGTCTCCAAGGACTACGGGCAAGTGGACAGTGTCATAAAACAAGCGCAGGAGAAGCTGGGGCCCGTGGACATGCTGGTGAACTGCGCCGGGACGTCTGTGGCTGCCAAGTTTGAGGAAGTGGAAGTGGACCGCTTCAAAAGGCTGATGGAGGTGAACTACCTGGGCAGTGTGTACCCCACGCGTGCGGTCATCCCCATCATGAAGGAGCGGCGCATGGGCCGTGTGGTGTTCGTCTCCTCGCAGGCGGGGCAGGTGGGCCTGTACGGGTACACCGCCTACTCCCCCTCTAAGTTCGCCCTGCGGGGGCTGGCCGAGGCACTGCAGATGGAGATGAAGCCTTACAATATTTATGTGACTGTTGCGTATCCTCCAGACACGGATACTCCTGGGCTGGCAGAGGAGAATAAAACAAAGCCTTTGGAAACAAAGATGATCTCGGAAACATCAGGCATTTGTCAGCCAGATCAAGTTGCTAAAATTGTTGTGAAAGATGCTGTGCAGGGCAATTTCAACAGCTCAGTGGGCCCAGATGGCTACATGCTCTCCGCTCTGACCTGTGGGATGTCTCCGGTCACCTCCATTACCGAGGGGCTCCAGCAGatcgTTACCATGGGCCTCTTCAGGACCATCGCCCTGTTCTACCTGGGGAGCTTTGACAGCATCGTCCGGCGCTGCATGATGCAGAGAGAAATAGCCAAGAATGCAGACAAGTCCGAGTAAACCTGAGCCACTGCCCGCCTCCACTGCTTTTCCACCGAAGCTATGTAGCGCTATGAGGCCCCAGCACCCCTGCAGCCCTGAGACACCCCCTGACTGATCTGACCCCGGGAAGGGAGCCCCAGGCCGCTGTCACAACAGGGTGGGAGGGGGTAGAGGGGCTGACCTCATCAGTATCAAGTGGTAACTCTACACAACTAcgcaaagacaaaaacagatatAATTTGCAACAGAGTGAGTAACGCTGCATGTGGGTCAACACGCCAGAttctgggtttgttttgtttggtgtgATCTGTCTCAATGGTCTTTCTCTTGCATAGagatttagttattttgttcTTGATGGCATCCTGACCCTGGGTCTCGCACTCCTTAGAGGACATCTGAACAGTATTTAGTGAAAAAATGATTTCTTTACCAGTATTAAGAATGACTTGGATTTGTTTATCATGTCCTGGAgctttgcttttaataattaaatgaagtCAATCTGCTGACTTGCCTGGACAATTTGCCTCTTCGCACAACCACACTCCTGAATACGTCTCGTCCCCTGTCACTGTCTTGGTCCATTTCTGTCCCTCTTCCTGAGCACTGCAGTATTTGATCTACATTTCGCCAAAACAAgaatggacacatttattttaattttagaagTACGTCTCACTTGGGGGTGCAATGGGGGTGGCGTTGCTCCTTAGTGCGATCTCCCAGCACAGCATCCAGACCAGTGGGAGAGCGGTACGTTGGCAGAGAATCAATCCATTGCTGAAAGCAGAGCTCCGGACCATGACATCGAAAACGAATGCAACTAAATCTTAATgttgaggtttttattttaatttcataattattttccataaatactgttcagtttaacattttaatagtttcctGAAGCAGCTGTGCGTTTTAAccatttggaaaatgaaaaagaaagagagaagcaGAGCCAAACATtccattatttatatacaacaacattttattgatttattgtatttaggGGGACAGTTTAATTCCAATTAGGCACTAAAACCCCTTCAGTCAGTATGTAAACTTGTGTACACCAAAATGCTGACTGTCTAAAGACTGTCTGGAGCACACAACTGGCAGGCAGGGGTTAATTCAGGAGCCACTACGCCAGGTTATGCCACAAAGACTTCTGCTCACAATGAGTGTCACTAAAGAAACTGAGAGCTGGACAGACATATTCTGTCCACTTGATGCTATAAGTACACTGAACAGAAATATCACCgtttgttttgcttaaaaatgataataaaatatccACCTCACACTTGACCCTGAGTATAATCTACCACCAGCACAGTAGCTGTAGGTAATCggtatatatattgcttttccATCTCGCCTTCCCTGTGTACAAACGCAAGCACAACCCATTTGTGTCTCCATTGGTTTGTTACCTGTACATTACTGGGGATCCTATATTGTCCATGATGTGGCTTGTTTGGGCCAAGATGGACGCTGCAAACACGCCTTTGTGCACCAAGAGGAAGGAGGTGGAAGTCTGCTTTGTTTTCAGTAGTGAATGTTGAGTTTAGTCTGTTGGGgggatttagttttttgttttttaggcaTGTACTTTACATTGCACCAGTGATGCACCAttggatgtttttttcagtAAGTTTTGCTGTACGTGGGgagatttttatatatttatttttaagcttctTTGATGCGATTTGATCTTTTAAAGTAATCCAGTTCACATCATTACAGTGTGACTGGAAATCTAGGACACTTATCCATCAAATCCTGACAAACAGATTTTTAGCATGCGTGGGCATCCAGAGCAGCCACCTCTCGGACTCCTCTGAACACCATGTCTTCGCGCTGAAGcacttgtttttgctttgctgAGAAGGCGGTTCCCTCATCACCACTGAAGGGTTTGATGAAGGAAAACCAGATGCATACATCctccaagaccagggttgggaactgCTACACACCAGGGGAAGCCATTCCAGTCCTTGGGGGCTTAAGGgtgtctggttttcattccaaccatCCTCATTGCTCAGCTGCAGTTGTCATCAGGACAGGAAGTCGAATCGCTAGTTAATTCCAGATCTTAGTCAGCTGATAATGGAAAAGTACCTATAATACCTGCAGAAAGTACAAAGAGCAGCAATCTCCCCCCTCCTCGAAACGAAACTGACCTATATCTAGGCCTGATAGCTTTCAAAGTTTATTTCCGTTCCCGTTTCAATCAGCTTCTAGTATATCACAAGCCATGCCCCATTCATGCCCAACCCAAACAGTCCTTCCCTAGCTGTACCGGGAACAGGATAGTTTGCTGTGCTCACTCAGGTGGTGTAATCCCTACCAACCACTTAATTAAGGCATTTATTTATCAACACACCTAGTGTTAGACTGTGCGTGTACGGTTGCTGCAGGAGTGGGTCTGTCCGCTGACCGTGGTGCACAGCACAGTCTGGGAAGCATTTGTGCTTTCAGGAAATGAGGTGAACAGTTCACTGTGGCTTtagcatgtttaaaaatggaGGCTGGGGTTACAACTGATGGAAACAATCCTGAGACTCGGGCAGACTAACAAAAACTCgccagatttatttaaaacgTAACGTAGTTTTagtttatataaacaaataacagcGGATTTCTTAGTGATGGAAACATAACTTCATGTTCAAGTCTCTTAAATATTCTCCAGCTCATGAAGTTGATCATTTTGAATTCTGAACAATAGCCCCATCTCTCACCGCCATTGTGTCCAGTAGACCAGCCTGTACCTGAAGTTTGACAGAAGTCCACTTTGCGTCAGTGTGCTCAGTTCGTCAACGGGTCGACACGCTTCAGCTATTATAGGTACCTTTCAATTGGCGAACGATTAATGGAATAAACAAGGGATTCGACTTCTTAATCTAATAATGAATTGAAATAAACCAGACCCCAGTTGGAATAAAAACTAGATGCCCTCGAGGACCCAAATTGCCTGCCCCTGGTGTAAGGCATCAACTGAAAAGCATCCAAACAGAAATGCTGATCGTCTTCACTGTATTCTCTTTAGACGTGATTACGAGTACATTCCTGCGACTCCGCGTCACTCCCGTGACCTGCAAAAGAGTTGTTTTAATGTAGCTCAAGACATGTAGTATTAGCACAAATCATACAGACTGTGAGGTTGAGGGAAAGGAAGTTcctaatttttgtttttgtttagggGCCTGTATTTCTATAAAGTGATGCATTACCCTTTAGAATAATTTTGCCCGATTGCTTCATGCAGTCCAGTACAGCCTTGACTAATGATCGAATGGTGTCTGTACAGGCAGATTCTTGGATTTAGTTGAAAACTATAATCACAGACAAAATTGTGCTTTGCTGTGGCTACTCTGCAAGAAGGGAGGGAATGGAGAATTGTGGCCCGTGTTACTCCTGCTCTCTTCACATGCGTATTCTGCTCTGGCGTCGGTGTTCCCAGTATCTGATTTTTATCTTGGTTGTTCGACAATGGTTCCACGTGTTCAGGGAACTGTTATTTCCTTTTTCCATAAATCTGTATTCCTCATGAGTAACCCCAGAAGTGAGTGAAGGCTTTATTCTGTGTCTTTATAGTAATGGATGTGTGACAGGAAATGTGCTCTTTAAACTGACATCAAATTGAAAATTAACCTTAAACAAAAACCTTTCTATTATTATGATGATCCTGATGATTCCTCCAGTAGTGGTATGTTGTTGCAGTGTCTTCCTTCACTCCTTGTGCCTG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Function

GO:

id name namespace
GO:0055114 oxidation-reduction process biological_process
GO:0016491 oxidoreductase activity molecular_function

KEGG:

id description
K04708 KDSR; 3-dehydrosphinganine reductase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU47593 lncRNA downstream 77113 50845977 ~ 50850167 (-) True G38152
TU47594 lncRNA downstream 77454 50845977 ~ 50849826 (-) False G38152
TU47586 lncRNA downstream 83640 50830633 ~ 50843640 (-) True G38145
TU47577 lncRNA downstream 141264 50784990 ~ 50786016 (-) True G38139
TU47573 lncRNA downstream 159871 50766797 ~ 50767409 (-) True G38135
AMCG00019871 mRNA downstream 5754 50920266 ~ 50921526 (-) True AMCG00019871
AMCG00019866 mRNA downstream 215666 50705840 ~ 50711614 (-) False AMCG00019866
AMCG00019865 mRNA downstream 229117 50682329 ~ 50698163 (-) True AMCG00019865
AMCG00019862 mRNA downstream 417413 50494102 ~ 50509867 (-) True AMCG00019862
AMCG00019863 mRNA downstream 576036 50345149 ~ 50351244 (-) True AMCG00019863
AMCG00019870 mRNA upstream 2352 50945872 ~ 50952372 (-) True AMCG00019870
AMCG00019869 mRNA upstream 19900 50963420 ~ 50965530 (-) False AMCG00019869
TU47554 other downstream 215137 50710748 ~ 50712143 (-) True AMCG00019866
TU47195 other downstream 2403578 48522668 ~ 48523702 (-) True G37806
TU47064 other downstream 3025677 47892203 ~ 47901603 (-) False AMCG00019824
TU46822 other downstream 4534182 46365338 ~ 46393098 (-) True G37492
TU46596 other downstream 6017130 44896499 ~ 44910150 (-) False AMCG00019799
TU47623 other upstream 19893 50963413 ~ 50966929 (-) True AMCG00019869

Expression Profile