RNA id: AMCG00020078


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00020078
length 8599
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 10
gene id AMCG00020078
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 9021823 ~ 9049768 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

TATGTGAAAACTCTGACTTGTCTCTTGCAGGCCAGACAGCAGGCACAGCTACGTCACCAGATGGCAGCTGACAGCAAAGCTGAGTATTCAGCGTACCTGCAGAAGTTCAACCAGGAGCAGAATGAACATTACTACACCCTCATACCACACATTTTCCAGAGAATCcaggagatggaggagaggCGGATAGAGAGAGTGGGGGAATCAATGAAGACCTTCGCGGAGGTCGATCGGCAAGTGTTACCCATCGTGGGCAAGTGTCTGGATGGCATGACCAAGGCTGCCGAGTCCATTGAGCCCAAAACTGACTCTAAGCAAGTAGTAGAAGCTTTCAAATCTGGGTTTGAGCCCCCGGGAGATGTGGAGTTTGAGGACTACAGCCAGGCGATGAAACGGACTGTCTCAGAGTCCAGTCTGTCCAACACACGTGCGGATGGCAGGCCGGAGAAGCCCACCAGCAAGACCAAGGGCAAACTGTGGCCTTTCATCAAAAAGAACAAGCTTATGTCCCTTTTAACATCCCCACATcagccccctcctcctccccccgcCTCTGCCTCACCCTCTGCTGTTCCCAACGGCCCCCAGTCTCCCAAGCAGCAAAAGGAGCCCCTCTCCCATCGCCTCAACGAGTTCATGACCTCGAAACCCAAAATGCACTGCTTCCGGAGCCTAAAGCGCGGGATAACTCTGAATGCACAGGTCCGGAATCTAATCGAGGGTTCTGGACCAGAAGATTTTAGCCACTTGCCCCCAGAGCAGAGGAGAAAGAAACTGCAGGCAAAGATTGATGACATCAACAAAGATATCCAAAAAGAGATGGACCAGAAGGATGCTTTGACCAAAATGAAAGATGTCTATATAAAGAACCCCCAGATGGGAGACCCAGCCAGCGTCGACCCGCGATTGGCTGAAATCGCACAGAATATCGAGAAGCTGAGAGTCGAGGCACAGAAATTTGAAGGCTGGCTGGCGGAGGTGGAGGGCCGGCTGCCTGTGAAGAGCGACCCACCACGGAGACAGAGCAGCATGTACGACACTCAGAACAGCACGCCCGTCAACAACAACTGCGCACAGGACAGGGAGAGCCCGGATGGCAGTTACACAGAGGAGCAAAGTTCAGAGACTCAGATCAAGGTGCCAAATCCCGAGTTTGATGACGAGTTTGATGATGAAGAACCTCTCCCCACCATTGGCACCTGTAAAGCACTCTACCCGTTCGAAGGGCACAATGAAGGCACCATAGCTGTGGCGGAAGGGGAGATGCTGTATGTTATAGAGGAGGACAAAGGAGACGGTTGGACCCGGGTTCGAAGaaacgaggaggaggagggataCGTGCCCACGTCATATGTCGAAGTCTATTTGGACACAAACGCCAAAGGTGCTATGACATACATTTAACTGTAGACATATGAAGGGCGTCCAGAGTGCTATCacttgagtttttttttaccagtgCCACGAATACATTCAAGTGGCAGAACAGGACAGCCCTTGTGCTGGGCTTACCTATTCCATAAGTGACAGTGcagaacaatttaaaacacCCTTCATCACTGACTCAGCTCTTGATCTCACTGCTGAAGTCAGCATTGTAGCTCTACATGAAAGGGGAGCGTGAGGGGTGGGGGTTGCTGGAGGTTGAGGCCCTGTAGGAAAGTTTTCACAATCTCCTCCTTCTCTTTGTGTATACTActacattgttttcttaaaaaaaaagaaaaaaaaacatctttaagtGTGTTGTGCATTCAGCTCTGAAGTGCTGGTAACTGTGGAGGAATGCCATGTAGGCTGGAGAGCAAACGCATTAAAGAGCATCTTCCCTGTGTTGGTTGCACTGCTCTGTAAGGAAGGTTTTGTTAACTTGTGCGATACGTTTCCTCAATAAGCACAATCAGTGGAGAACAAGGTGTTGCTCCCTTCTCTCTCAGCTGTTTTTAACGTTTTAACGATAGCAAAATGGTGCCATAAGTGACTGAACAgatgtacataaatatttaaaaaatgaacaggtTTGCAGTTCcttaacattgtttttgctgCAAGCCTCAATGCtgcatgttttattgcatttactagtactattaatattacatttttgtattatcctCATTGCTGTTAATGATCTCCAAATGTATAAACTCCTAGTTTATACACTTGGATaatagaacataaaaataacatgacaATGTAGCATGACACTGACATTTTCACACATCCTAGCAAGAAGCTTCTTTCCTTTTATCACTGAGCGGGTACTATGTATATGTACagcttttgaatgtttttttgtattattcatttggCAATCCTTTCCCCTTTctactaaaatgtatttgcttaacAATAACAGATCTATAATCTCAAAAAGGATATTTCTGACCTGTTTTTTGCAGAACAGTTTACCATCCTTGCTGTGAAACATAAAACAGACTAGGTTAAGAagttaaaaataagaaacattggGAAGCAGTTTTCAGTGATTTTTTACGGTTGCCTTTAATTGCTGTTCTTTTAAATCATCTTACAGATAACACAAACCATATTTCCTCCCATTTACGGGATTTCCTTTAATTTCCAGGACTTAATATTCATTACCAAGGTTTCTTCGAGACATTTGGTTGTTTTCTGATTGCTGTTTGGTGCTTGGTCAGTCCCTGCACAGCATTCAGGTTTTGTCAAGTTTCTTCAATAAAGAAAGACAATTCAGTGACTGAATCCTTTTAAACATCTCTTCTTAAGTAAAGTCACATCTAACCAGATTGCTTAATGCaggtaaacattttgaaatccaCACTTCCTCCTCCACAACACCAGCTCTTTACATTAGTGATACCATATGTGACTTTTGGGGAAAATATACACCTTCTGTCTAAACTAACACTATTTGACATTTAATTCTCAATATACATATCTATCTGTGGGAGTAAATGTATGAGATGCACATGTTCTCCTGATGAGGTAGTACAGATTTGATTTTAGTGAACTAAGAAATCCTGAACTCCTAAGAATCTGTATAACAAAAATCCCACCTTCTGTTTCTTGTATAGTTTGCTTAACAGTTTATGAAAAACTAATTGAAGTCCCCCCAGCTTCAGCATTAGGAATGCATGGGAGGTTGGGTTTGTGTATGTGATGTTATTCTCTTACTGCCTTTTTCTAACAAGTGAGACGCTACCCTTACGAGTCTTCGTATCCAAACCTGACATGTTGCTTGTATAGAAAATGACTGTTGGCATTCGCATGCTTGTCTGGGATTTTTTCTACTACGTGaatcaaaaatattttccacCCTTTCCATAATAAAATCTCAAATCCTCATTCACACCCTCATCATTAGTGAAGTAACAAGCATCAGTTGTAGGGAAACAAGCATGATGTAAGGGAAAGTATACTCAAGTTGGTTTTAAAACagcatgaacattttttttttcaacaaccAAAAAGCACTGCACTCCTTGTGTGAAAGTTGTACAACAGAAGATTAAGTTGGTTATGCACTAGTCATGTGTACAATAATACTGCTATAAAAACAGTCTCTGTTCGCATGAACGTGTTCGATGACAAGCATGGAATCTTACTAGTGGTCTTTGTTCTTTCTAagcggttttgtttttttaaattgagacAGTCACATTTGCAGATAATTAGCCAATGTCAACTGACCATCCCTTAACAGTATTGGACTATtcatcattttttctttcatgctaATAAAAGCTGCATCTGCACAGTGGCAAAATTCTATTCAtgtgatcatttattttttcttgaccGTATATTACTCATATAAGCATTCTGATATGTCCATGGCAATAATGAAATGATGTGACTTGATGACTGTGGGTTTAATGAGATGCATGGAGCATTTCTTTTGCATAACAGAAGGGTGTTTGCATGCTTTATGTTGGTTTAAaccaatgtatttgaaatgttttataggATGCAGTGAATTTGCAGAAGATCTGTCTAActaagacaaacaaaaaatgttttagcaatataatgagatatacagtatacagtataactCATGCAGTGATAGGGTATTCagaatataaacatattatacattaaagCACTTGTCCCTTAATTGTAAATGACTAGCCAATGCAGTGTTGGATTTCAACAGGATTGCATTGTCTGTCTTAAGGGAACGTGAAAATCTGACACTCTTTTCTCCATCTCAAGTTGTGATTAtgattcttttattttccttttgcatCCTATCtaacttgtttttgttatttgtttttttgttgtttttgttttttgtttttgtttaaattgcagATTCCTAAAAGTGTGGGGCTGGCACAGGAATCACAGGGCAAGCTGCTTCTGGAGAAACCCATCCTCCTCTTAAAAGTCTTTTGTCAGAAAAGACTAAAGAAAAAGGGGACAGATTAGGACGCATTTGAATTTCAACactcaaaacaaaagaaacaaaaatcgaTTGATCACTCCTCCAGCAATGGTAgtttgaaagagaaaacaaaagaaaccaaacTAAATTTAGCAACCATCGCATTTTatcatttgctttttttatttctgcaagGCATGCTTCTCGACGTACTAACTTGGCTTCCTTTTCTGTGTCAGCGGTGGCCATTTGCTAACGCATAAAACTGTGAAAAAGCTGCCAGTCGTACAGGTGATCTCACCAGATGGCTGTACCACAGGATGAGAAAGCACATCTTCTGAAACTTGGTGTCTAGAGCCATTTATCAATATTGGATACAGCAAATGCATCTACTTTAACTCTAGGAGTGTTGTCATGGTGCACTATGAAGTCTCAACACAGTGTCCACTAATTGCAATTTCTTAGATTTCACTTAGATCTCCCTACTTGTCACATTGCACTCACTCATTTGCCACACTGAGGTAACTAAAGAGAGACAATTCAGTTAGCTGCAGTTCTGTCAAAAATGTACATCAATATCCTAAATATGgtgttgttgattttaatgATCAATCCCTTTAAAAGTGCA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K20121 FNBP1; formin-binding protein 1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU76021 lncRNA downstream 4417 8980273 ~ 9017406 (-) True G60774
TU75971 lncRNA downstream 211930 8807020 ~ 8809893 (-) True G60730
TU75966 lncRNA downstream 222656 8798964 ~ 8799167 (-) True G60725
TU75964 lncRNA downstream 225508 8793968 ~ 8796315 (-) True G60723
TU75879 lncRNA downstream 974582 8044609 ~ 8047241 (-) True G60656
TU76097 lncRNA upstream 108159 9157927 ~ 9160733 (-) True G60833
TU76105 lncRNA upstream 219792 9269560 ~ 9303247 (-) True G60839
TU76310 lncRNA upstream 878209 9927977 ~ 9928866 (-) True G60993
TU76350 lncRNA upstream 1036145 10085913 ~ 10091086 (-) True G61027
TU76378 lncRNA upstream 1154071 10203839 ~ 10205678 (-) True G61052
AMCG00020081 mRNA downstream 55793 8964561 ~ 8966030 (-) True AMCG00020081
AMCG00020067 mRNA downstream 145560 8854816 ~ 8876263 (-) True AMCG00020067
AMCG00020066 mRNA downstream 194213 8812785 ~ 8827610 (-) False AMCG00020066
AMCG00020061 mRNA downstream 695448 8313813 ~ 8326375 (-) True AMCG00020061
AMCG00020062 mRNA downstream 715871 8302263 ~ 8305952 (-) True AMCG00020062
AMCG00020077 mRNA upstream 27972 9077740 ~ 9083125 (-) True AMCG00020077
AMCG00020082 mRNA upstream 65705 9115473 ~ 9127068 (-) True AMCG00020082
AMCG00020080 mRNA upstream 87965 9137733 ~ 9145085 (-) True AMCG00020080
AMCG00020083 mRNA upstream 95474 9145242 ~ 9148311 (-) True AMCG00020083
AMCG00020079 mRNA upstream 112238 9162006 ~ 9167067 (-) True AMCG00020079
TU75987 other downstream 181878 8839211 ~ 8839945 (-) True G60746
TU75977 other downstream 193714 8814259 ~ 8828109 (-) True AMCG00020066
TU75693 other downstream 1459231 7440803 ~ 7562592 (-) True G60516
TU75494 other downstream 2550389 6468288 ~ 6471434 (-) True AMCG00020019
TU75492 other downstream 2555237 6463548 ~ 6466586 (-) False G60348
TU76536 other upstream 1705700 10755468 ~ 10756419 (-) True G61170
TU76663 other upstream 2645923 11695691 ~ 11701645 (-) True G61269
TU76919 other upstream 3434601 12484369 ~ 12486334 (-) False AMCG00020180
TU76921 other upstream 3434601 12484369 ~ 12496740 (-) False AMCG00020180
TU76915 other upstream 3440930 12490698 ~ 12504677 (-) False AMCG00020180

Expression Profile