RNA id: AMCG00020423


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00020423
length 9622
RNA type mRNA
GC content 0.41
exon number 12
gene id AMCG00020423
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 18438204 ~ 18454657 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

gactgatcatttctttgtcagtgggaaaacgtacaaaatcagcaggggatcaaatactttttcccccactgcaTATAGGCAAAATAAGAGAAGTGGCCACATCTGGCTGCTGTCCCTGCACACTGACAGGTGCTAAGAAGGCAGACAGATCTGTACATGCCTGCCAAAATAAAGCGGCCTCTTCAAAGTCTGACAAATGTCCACATCTGTGTCTGCATCAGTCTATAGCTGGTAGCTCTGTTTTATACACCATGCAATGGCAATGCTCTAACATTTCAGATATTAACAATAAGACAACCCACATGGTTTATAACAAGGGCTGCAGGTTATCTTTATCAATTTGTGTCTCCAACATGTATACCTCATTTGGGGCTATTTTGTGACTCATAGGtctaaaagcagtagatataaCTGAAAGTGATACTTTGAgattgtgtaattaaaaataaataagtaaccaAAGCCATGATTCTACATCTTTACTAACACTGTATTGTCAACACTGAGAGAAAGGTAAATGAGTCAACCTCCGTATTATAAAAACCAGAGGGCATGAACTTTAATTTCTGGCTAACATAGGGAGCTCAGGAATGAGAAGCAGCCTGAGTGTCAACACTGCTACAGCAGGTTAACCTCAGCTGAAGGAGAACTGGAAATTGATGTGTAAGCACGGACATCTCAATATTAGTCACTTTGTCACTTATTTCTCAGTCCTTGTATACATCTGCTCCCCCAGTTTAACCAACATGCTAATCAATCCAATGCAGTTATACTTCATTAAATAATGGGGGAAGTCCTGCTGTAGCAAAATTAGCAAACTTGATCGACAGAGATAATGTTCCATGCAACACAAGAACACTGCAGATACAAACACCATCTGTTATCAGGTAGCTTGGCCTTGGCAGTGTGCAGGGCttggcacagacacacatgcaaaagTCTGCTGCTATTAGTACCATGCATGGAAAATACAGAACGAAAAATTGGGCTTTGTTTTGGCTATAGTATGGCTGTGtgcattttaagattaaaaaggCATGAACTACACAAGTACAAGTCGAGAATCTGGGAACTTCGTGGAAAGTTATGtccttttaaagttgtttttctaCGACGTTCATGGCACCATGGTCcagtttataaaacataaactCCTACAGTCAGTACCTGAGGCTAGTGCTGAGCCCTACACATTTCAACCTTTGGAAATATCAGCACAATTGCTTTCATGACATCGCAGCATTACCCTGTACAAGACATCAATATATATgagtgaaattaattttgtcCTTTGCTCTGCACATAGAGTCTGCTCTTATTTAAGAGGCGGTGTTGAAATAAATGAGCACATACACAGGGAATGCAGTGTAAAATTCGTTTGTGTTAGGCAGCCTCATTGCATAATTAACATGCCTCTGTGCTTGCTAGAAAAGAGGTAGAGcttgtttcagtgtttatttttgtaatgctacAAAAGTCTATTATAAAAACTGAtattactgttttctttttttatgtggaCTGTgacatgtaaaaaaacaaaaattggagCAGAATAACAATCATGTACAGTGGAAGTAGATGACtggaaatattgtttttatcgTTTTTACCCTTTAATGTAGGCTATTGACCAATTCACTGAATACTTCAGTTCAGtgattaattgttgttttttcttatacATTTAGATTTGAATGAGTCCACAATAATGTCTATTTTAGGTGTGCCCCGTCTGACCTTGATGTTTAGACAGCTAGAACATGTGTGTGGGGGTGATAAAGTAATTTTGCATGTGTTCATGAAGGCTCCAGGGGGTAGATTTGCATTCTCATGTGTGTCCTGACTCATATATGACTAGTCCTGGTACTCAACAATAATTAATACCACTTAGGGATACTGAACTTCATTACTTGTCCAATCAACCCCAATGTTTTTGCCCCCTTGATAGAGACAAGgattaaaagtaaacaaaattcAGTCAGATTCACATTGGGGACTGGAGATAACATCCCATTATCTTCACTGATCCTCTTACTGGTTTTAAATGAAGCCTCTCATTCAGTCTTCTTCCACAAAAACATTGTGCTAGAGTATCTGACAGAACCAGGAATGAAAGAGACAAGgggtcagattaaatcaaaactttgacccacccgctaatagcaaactacaaacctgtacatcataatggttacatttatgattagaagaaagtgacatcttactaaaaatgcagccgcaactgaatatagttctgtagttttctattagcgggtgggtcaatggcttgatttaatccggcccaaggTTAAAGCATTCCTTAAGACTCATATAATAGTCCAGCACATACTCAGGGGTTTACGCAGAGTTATTTCTCATTGCCCATAAGTTTTAGCAGAGTAAACCTTGATCTGAAGAGATGTGGCAGGTCACGATGCGTTAGGGCTAGTGTCTGTTGGCTTGGCCACAGGCTGCAAACATAGACTTTCACAAAGCAGTGGTGATGCAGGCAAAGTTACAGCAAGAGATAACTGTCTTTCCTTTTTAAGGTTCTAGATAtgcaaattcaaaatattttggtaTTAAGAGCCTTTGctgaaatgtctttttaaaatagttagcAGTTAACTAGTATTTGTGCTGTTGTGCAGATTTTCAGCTACATAAACTATTAAATATATCAGACTTGCTGATATGGAAGTGTAAATTGCCAATTTGTGACTGGTAATTGGGAACTAATCATTACTGTACCACATTCATTGGATATAAATGGCTAATTCTAGAACATTTTAATAGagtaaaaactggaaaagcATCGTGTTAATGGAAGTACTGTACTGTTGCTGATCTGGAACGTACTAATggtctgtgactgaagctccagACAAGTTTATAGGGTTGTAAAAAAATGACTGAAGCAAGACTGAGTTATATGGTTGTACATCATTCACAGTCAACAATGAACCGCACCCAATTTACAGCTACTGGaagtaaacaaagaaaatattgactcatttttattctcattgaatattattattcaccCCAAACACAAAATCTACCATACAGTGAACTAGACATCTGTTCAATTTAGATGACCCTTTTGTCTATCGTATGAGAAAAGGCGGTACAAATTTGCCattgctctttaaaaaaaatggtagaaagaaatacaaacctgattttattttctttcgctcttgaacagttttgcaccattgtatagttttgtctttctctgtcaGTCTCTATGATACCAAACCCCCTAGCTGCCTATTTGAATGCCTGTCTAGACTTGCCAGTATAATGGGGAAGGTCTGAATATgtgaggtttgttttttttgttagagGAATTCACCAAGGGAGTCAGTGTCGCAACCTGAGGAAATTACAGTAGGAGTGACATTTTGTGTCTCTGAGTTCTGGTACCTGGCTTACATTGATCTGCAATAACAACATCTGATCCGAAGGGGATATTATGTCCAGCATAAAGGGATGAGGATGACCATTTTGATCATTTGGTTATGGTAGGCCAATTGTATCTATGAAAGCATTATCTTTTATTCGTTTAGCTTTATCCTTAGATTAATGTAATGTCAGacacatatacattaatgtTAAGATTAATTGTGGATACTATTACACTACAATTACgcatttaaatgttgcttaAGAAATAAAGAGGAAGGTTGTTAATATCTTCCTGAATAGTGGTATGGGTTAACAGAACACATGAAATGgaattgtaaaatacagatCATAATTTGTGTTGAGAGAATTCTATTTCAGATAAATTATTTTGCTTCTGTATACTCAGATATTCCttcattcaaaaagaaaatgactgcaAAATAATGTCATCCTTATGGGAAAAAGGGCTATAATGTAGTAAAAATACAGAATGGACATGTATTGCATTAGTGGTAACTATATATCAAATatgtaagacatttaaaatgctattaATTGTAAACCCCacagatatttatattgttaatagTAACCACCAACATCAACACTATCATATGCATCCCTTCTCTCTTTCAACACTGAAATGTCGTGAGATGTAGGGCTCTGAATGTAGACGGGCctcatgtatgtatgtggttCCTTCTTCCTGCTGTGGTGTGTCTGCTTCAGCATCAGCATGAATAAAGCATATTACAATACGcaagagagagactgaggaaccAAAAAAATTGTACTACATGGGATTTGACGGAGTATTGGGGTAACCTTTTACCCTAACCATGTACTGTTTTGCTGAATCATTTGTTGGTGTGTGGGCTGCAGACACAGGCATTCACGTTTCACTTAAATGGCGAAACTAAGAATTCAACCTATAACTCATAGCATTAGAAATATGCAAACCAATGTCAAACCACTATAATACTGGCTATATGTATTCAGTGGAAACCAGTGTCTGCGACGAGGTTTACATTTTCAGGAACTAATAACCTAATGACATCATCAGTTCTTACGATAATAGTGATTGACAAAGTGCGAAtgcaatatacttttttttaaaaacaccagacacaaaatattgcacaatacaaactgaaaatgtatccatttcATTTGACAAATTATAAATTCACATCTAATTTCACTTCAAGGGGAAACCTTGCAGACATTTTAGGAAAAACTTGAAGATGATggaataatgtaaaaatgaacCAAATCACCAAACTAGATACTTTTTAATTGGAATAGTGTATGcacttttttcagattttcagcCATATAAACTCATATACACATAGAATACCTTCAGGTTGTTGCCCTGCTATAATCCTGCTAATTCTACTAATCTGTGCTTCTCTTTAGACTACGTactttattaataacaatagtCCATaaagtcccagatcgctacattATGCAcgttgaaaaaacaaatacattaataaataaatgtcctatgatgtttttttcatgcatttccacttttgtttattacaatacaattatttttgcaattgtgtATGGAATATCCTTGATACCAGTTCAAAACCATCATATGATTTCCTCGATGAGGCGCTGACAAGCAGGGCACAGGTAGGTCGCACGTCCTAACCGCTCGGCTCTCTGGTCCGGCGCACTGGGGCTGCACGGGTCTCACGCCTTGCTGCTCAAAACTGAGCGTTTTGACGTTTGACGTTTTGAAAACGGAAGAGTGCAACCGGTGTTCCGTATCATGATGTTTCATCTAGGGTcgggattaaattaatttaaaactaagaACTAGAAGCAGACGCATCTGCGCATGTCTGAGAATGGAAATCGCGCCGCTGAATATCGCGGTATTCAATCTGAGCATTTGCGCCGCAGAACCGCCGTCTCGCGGCTCGCTCTCGCACAGGCGCAGCTCGGGTTGGCAGGTCGCGGCTCTGTGTGCAGGGCGGGAACGAAACAcatgttgcctattgttcgtgcacagttagaaaatatgttgttattgaatgtcattttatatcaGTGGCGGCGCTGGACCCACGACAAAataatccaagaatgaagaagcaGCTCCGCAAAACACCGTCAGCTCCATCGATCCTAGACAGTGTTTCCTAGCCCCCTAAACCCTGAAGTCTCCAACCGCCCCTGTTTTACACTATGTTTTGTTCAGTACTGTGTCAGTGTTCCTTTGGGTTTTGCTTTTTTACGTATTTATTCGTAAAAGGTGTACAGTTTTACACGtaacagaaaggtgggctgtgttcctttccattttaaaatgagaaaatgcccTCACCAGTGGCTTATTGCAGACGGGTATATCCAACATAAGGGCAAAGGTAATGCCGGCCAGTATCCGTGTATATTAGGTTAGCAGACATTGTTGTTCAAATATATCAGCATTACAGCAGTTCACGAGTTGAGcttcactgtcactcacatccagatacagcCTAGAAACCCGTAAGTCTCCTTTCTTAGTGCATCTGTACCCTAGAAGCCCGTCCAGTAACGCACTCACTgcagattgaatgtgtatttaatgtgtatCTAACCTGTATCTAATGATTGCAATTTGTAATCGACATGCGGACatatcaggttttcaataaCTGATGCATCTCTGCATCGAGTGACGCTGCTGTCAAAGCGGCTGTAGcctaaacatacagtataattgcagttattcatatttacacgaataggtaaagcatggagacgtctggatgatatttatggcATGtgtacaggcatatatggttgcgTAGCTTGCAAAGCCAGCACGGTGCATGAGCtgtgtgcactgcacattgggtggattaaatcaataaaacacataatCCTTTAAAGGCACATTTGCGCAATGTAGCCGATACATTCAGGAttggaaacaaatgtaatcttagaaaaataagaactatctgaacagataatcttTTAGGAGCTGGTCAGAGTTTTGCCTTTATCCGCAGGCACACTATACGAAGTGGAGGTGATAGCTACacgttacattgacacacacacactgtacacgaAGCAGGCTCGGTGCGGTCGGGTcgcacacacagacggacatgTTACGAGCTGGACTGTAAGAGTACTCACACGGACACCGCTCCGCCCGGGACTCCAGCCGAGCAGCAGCTGAGCGCAGTCACACCCGCACAGCCGCGCACATTGACGCAGGCGCACATTGTGCTGCGGTGTGTTGACTTTGTGTGAGAATACCTATTAATTGCGCTCAAATGCACCTACAAAGCATAACAAAGGCCACTGTCCTTCCCCAGGTAAACCGACACGACGTCCATTGATTGCACTCTAGACAAAGCAGcagttAGAGAACCAATTATGCGTGGTGTGAAGACGGCAGACCTGCAAAGTCTTATCATAGTACTCTCAGCATGCATTGTGCACgGTTTCAGCGAGAGGGACTTCAACTTTACCGGAAACTGGAAGCACGGCAGCAACCCTCTGACTCTTCAGTTCAATGTGAGCACCGGCGGCGACACTCTCTACATCAGCACCAACGAGACAACTCTGACTGTCATTGCCACAATCTCGATGGTCTGCAAAAATGAGTCAAACATTGAACTTCACCCAAACCAGTCTACACAGACGTCTTTCAGTGTCACCTGGGATGGGTTTCTGGACTTGTTACAGGTTAAGTACGACAATTGGACATATACACTGTGTGCATCCCCTGGTTTACAACCCACCTGCTACACTGGCCTGACGGATAAAGGAGGCCCAAATCCTAGTACAGGTTTTGGCATTTTTAATGGAAGAATTCGTGGAGACCTTATAACAGAGAAACTTGTGGATTCTTATACGTTTCTTGGAGAATCTTCTAGTTGTGTGAAGGACTTATGTGAAGAGGCACGTAAAGTAACCGCGGAGAGATCAAACCGTGTTGATGTAATAGAGGAGACGCTGATGAGGGCAAATGTCAATGGCAGCGTGGACTTGCAGTGTGCAAAAGCTACAGTCCTGAACATAGAGGCAGGATTTAAAGGCTACAGCACCTCCATGTTTGCTCCGCGAGATGTGCCCTCCGCAAAGTCCCCTTCAGTCCGAATCCCCCCCACTCTGCTAGCTTCAAAAGCTAGAAGCTCTGCCAAAGTGATCATCACCTACTACAGAAACTTCAGTCTGTTCCAGGCCATGGACCATAGTGTGATTCTCAACCGTGAGGTCATGGGTATCACTGTGCAGAATGAGGTCATCACTGAGCTGCCAGACCCTGTTGCCATCACCTTTCACCACCAGGAGCCCTTGCTCCAACTGGAGCAGAAACCTGTTCGATACCTGACAGCCTTGACTTTCATCACGTCTCTGGGCTGTATGCTCTCTGCCATCAGCTGCATCTGCCTCCTGGTGCTCTTCACACGACAACGAAGAAATTCCAGCTCGGAGTGCACCCCTGTGCATTGTAACCTCACCGTGGCCCTGCTTCTGCTCAgcctctccttcttcttcaatGGGATTCTGGCCTCTCTGAAGGAGCCACACCTGTGCAGGTTTTTGGCTGTCCTACTGCATTACTCATTGCTCTGCTCCTTCATGTGGATGGGGAATGAGGCCTTCAATGCCTTCAGGCTGGTGTACAAACCGATGGCATCCTATATACCACACTACATTGCAAAACTCTGCCTTTTGGGCTATGGCTTACCGCTAATTGTGGTGGCCGTGGTTTTATTGAGTGGTAATTTCTACGGAGAGCTCCGCATCATATCGGAGGAAAACACGGAGGCCTCAATGTGCTGGATTACAGAAGACCTGGTGCACTACATTACAAACATCGGCGTCTTCTCAGTAATCTTCTTTTTCAATTTGGCCATGCTGGTGTGCTTGGTCATCAATATTCAGGACAGAGGGCCCTGGAAGGATAAGCACATTATGCTCATCAGCATCTGGGGAATGAACTGCTTGTTCGGGATCACATGGGGCCTGGCCTTCTTTAACTTCGGACCCTTGACCGTGCCTGTTCAGTTCTTGTTCTGCATCGTTAACTCCCTCCAGGGGTTTTTCCTTTGCCTGCGGTTCTACCTTTTCCAGCGCCGCTCCTCCTCCAACCAGAGTGGGTTCTCCGGGTCTGGATCAGAGCGATACTCTTTGCGTGGGAATCAGACTGGGGCCAACGCACACTTAGTGTCGCAGACACAATAGAGGGACACCGGAGGGAAGGACTTCAGAGACTGGGTCATGTCGCTCTTTGTCTGTGGCAGGGGCGGACACTCCTGTCCTGTCTCACGACTGAATCTCAGGGAAAGGCAGCAAACTATAAAACACAGGCCACTCACATGCTGTGCATCCGAAAAAAACAAGGGTTATCAATAACCGAATTGCTATTTAGAGACATGGTATTTGTGACCCTGTTTTGTGGATCTAATCTGAACTAGAAGCAAGCGCAAGAAGTCTGTTGCAGTGAATTATGGATCCCCTCACATGTGCAAAGAAAGACATGAAAGTGATGTGCTGCCGCAAATCAAACTGCGCTGTATTGTGCTTTTACCTGCCTGTGTTTGGAAATTGGACTTTATTTGAAAATTTGTGGCAACACTGCCACAATAAGTTATGCATTAAGCATTCCATCGATCTTTCAGAATTTGTATGGTAAATAAGAATATCCCTGCACATGAGAGTTTAAATCtgtgaattttatttatttatctgtttgaaTAGTCTCTGTATTTTGCCAGACagcccattaaaaaaaatcaaaaaaaacataaaaagtacaaGTGTCACCAGTAGGTGGCAGGAATCTCTTCAGCAGTGAGGAAAACTCCCTCTTGTTCCAAACTAAAGAGGACATGGACTTGGGCAATGTCACACCACTGGCACAATTTGGCCATTATTCTCGTTAATCCTGTACATACAGAGCACAACTGTTAAAgccaaacactgaaaataatgtatataaatacttttaaaagccCATGCTGTTTTCTATAGATTTGAGATTCAAAATTGTTTctctgttaaaaaatgtatagtttgttATACTAATGTGTATAATCATCAAGCATTACCCTCTATGGCTTTCCCCTTTTTTTGGGAAGCTATGTTGTAAAATTTAACTTCTCTATTGTTgtctctaaatgtatttatttaatctagatagtttattttttaataaagcctTTGTCATTGCTCG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K08450 ADGRG1, GPR56; adhesion G-protein coupled receptor G1

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU78982 lncRNA downstream 1265 18436525 ~ 18436939 (-) True G63096
TU78976 lncRNA downstream 39473 18397467 ~ 18398731 (-) True G63092
TU78936 lncRNA downstream 79294 18357825 ~ 18358910 (-) True G63057
TU78888 lncRNA downstream 252154 18184008 ~ 18186050 (-) True G63015
TU78844 lncRNA downstream 299906 18137480 ~ 18138298 (-) True G62981
TU79099 lncRNA upstream 622820 19077477 ~ 19077758 (-) True G63180
TU79184 lncRNA upstream 1179637 19634294 ~ 19636243 (-) True G63257
TU79277 lncRNA upstream 1801265 20255922 ~ 20256399 (-) True G63346
TU79287 lncRNA upstream 1834046 20288703 ~ 20299843 (-) False AMCG00020446
TU79396 lncRNA upstream 2628605 21083262 ~ 21083461 (-) True G63447
AMCG00020421 mRNA downstream 6949 18419182 ~ 18431255 (-) True AMCG00020421
AMCG00020424 mRNA downstream 22434 18398834 ~ 18415770 (-) True AMCG00020424
AMCG00020422 mRNA downstream 42908 18390806 ~ 18395296 (-) True AMCG00020422
AMCG00020416 mRNA downstream 104172 18314671 ~ 18334032 (-) True AMCG00020416
AMCG00020418 mRNA downstream 146599 18247657 ~ 18291605 (-) True AMCG00020418
AMCG00020434 mRNA upstream 420245 18874902 ~ 18901561 (-) True AMCG00020434
AMCG00020433 mRNA upstream 454321 18908978 ~ 18915511 (-) True AMCG00020433
AMCG00020437 mRNA upstream 860138 19314795 ~ 19316145 (-) True AMCG00020437
AMCG00020435 mRNA upstream 868738 19323395 ~ 19438437 (-) True AMCG00020435
AMCG00020440 mRNA upstream 1098301 19552958 ~ 19570840 (-) True AMCG00020440
TU78822 other downstream 398244 18037042 ~ 18039960 (-) False G62961
TU78814 other downstream 422344 18006168 ~ 18015860 (-) True G62961
TU78823 other downstream 441187 17994544 ~ 17997017 (-) False AMCG00020403
TU78680 other downstream 812015 17610664 ~ 17626189 (-) True G62853
TU78391 other downstream 1645037 16792866 ~ 16793167 (-) True G62618
TU79413 other upstream 2857545 21312202 ~ 21312605 (-) True G63464
TU79676 other upstream 4089185 22543842 ~ 22544689 (-) True G63679
TU79847 other upstream 4700035 23154692 ~ 23161900 (-) True G63819
TU80215 other upstream 6222090 24676747 ~ 24677810 (-) False AMCG00020561
TU80345 other upstream 6656453 25111110 ~ 25112551 (-) True AMCG00020581

Expression Profile