RNA id: AMCG00020547


Basic Information

Item Value
RNA id AMCG00020547
length 7077
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 7
gene id AMCG00020547
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030127.1
NCBI id CM030127.1
chromosome length 42978078
location 24557613 ~ 24576901 (-)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

ATTATctccttcttttttattttgaaaatatggaCAGTCGTTTGCCCCTTCACCCGCACACGCAAACCTAATACGTGCCACAGCAGCAGAAAGTGCAACCCACGGACAGCCACTGCACACGTCCACTCCTCCGCATCGCCGGGCCCGTGTGTGACGGCCAATATTTGGATACTAAACCTGCCCATCTGCGCCGTGAGCGGCCTGTGACGGAAACACGCTCCCTTACGTCGAGGGACAGGATTATACAAACCCAGCCGAAACATGAAACGACGAGATGATTGATAAATCGCCTGGCAGGAGCGGGGAGTGCCGTTTTCCCAAATTTGGAGATTAGTTATcgctttttgtatttatttatgtattattttgtattttaaccgAAGAACAAGAGTCACCAATTTTCGTAAACAATGGTGACTTTATCGGCAATTGTAGCACCGCTGGCTCGTCACCTGAGCAGACGCGCCGGACCTCAGCGATGGATCCCAGTCAGACACTGCAATCTGGTGTCGTGCTCTCGCAAACTTGTGCATTCACCAATGCACCCGATGTGGCAGGGGCCCCTGGAGGTGCCGGGGGGCAGCCGGCAGTCGCCCATCGACATCGCCGTGAAAGAAAGCGTCTTGGACCACCATCTGCACCCCCTGAAAATCAAATACGACCCCAAAACCTGCCAACAGATCTGGAACAACGGCTATTCCTTCTTGGTGGAGTACGATGACACATCGGATAAATCCGTCATCAGCGGGGGACCCCTGGAGGACCAGTACAGACTGTGCCAGTTCCATTTTCACTGGGGAGAGAACAACCACTGGGGTTCTGAGCACACAGTTGACCAAAAATACTACCCTGCTGAGCTTCATCTTGTGCACTGGAATGCAGACAAATATAGTCTGTTTGAAGAAGCAGTGATGGAAGACAGTGGCCTGGCCGTAATTGGGGTTTTTCTGAAGATCGGGAAAAGGCACGAAGGACTTCAGAAGCTGGTGGACGCTCTGCCTGCTGTCCGGCACAAGGACAGTGTAGTTGAGTTCACCAGATTTGACCCTAGCTGTCTGCTGCCCGACAACCAAGAATACTGGACTTACCCCGGCTCTCTGACCACCCCTCCGCTCACTGAGAGTGTGTCCTGGCTCATCATGAAGCAGCCAGTAGAGGTCAGCCATGACCAGTTGGCAGTGTTCCGCAGCCTGCTGTTCACGTCGGCCGAGGAGGAGGTCCAGATGAGTATGGTCAACAACTTCCGCAGCCAGCAGCCACTCCTGAGTCGCACTGTGCGCTCTTCCTTCACGCCCTTCCTGCACAACGACAAGGAGCCTGCGATTCCCGAGGTCCCGCCCAACACCAAGCAGTGACCTCCTCCCAGCCCCCACAGAGCGGGTTTGAGGGTGTCCAATGAGCAGTACAAACTCTTTCGCCTCTTCTCTAGCTAGACCAAATTGACTCCTCCAGGGAGCTTTTCAGATGCAATAAGCCCCAGATCCTGGGACCACAGCTTAGATTCTGTCCTACCTAGTGGTTGCTAATTAGCAGGGAAGGGCCACTCATGAACAGATGCAGCTGGTGGGCGATTTCAATAGCTCAAACTTGCCTGTGTGCACCAACGGTTCAATACAAAGAGAAGTTGATTCGGTATTTCTGCAGACTAGACTCTACATTATCAGATACATACAGTTAAAAATGTCCCATTCATTGTGTTGGTACagtatgtgctttttttgtgctttatttcGCAAAGTTGACCAAATTTGTATAAAATGGTCCACAGATGTTAATACATACTCTGCCAGAGAAAGCTGTAAACGTTTGTACTGTTCATTACTGAAGGCATCTTCTTTTTGAGGCTGATATTTATGTACAAGGAGTTTTATCATCGCAACGGGAACTCTAGTGATCAGTGACTAGTGATCACACCACATGAAACATTGAAACTGTTTGTAAGCTGGGGTTGTGTTACATTCCAAAACTGGAACACTGCAGTAGAATAGAAGGGGGATCCTTTCACTATGGGTGAATTTCTCAAAAACAATCATGCAATACAAAACCATACAAGAACTACACGATACTTACATTTTTCCAAACCCATACCAAATTGCAGATGACAAAAATGTGGTGTAAATAAACCCCTATTTTTGCCATATTTACTCTATACCAGGGGAGCCCAAGACGTCGATCACGGAGTGCTGTCCAGTCGATTGCGAGGTAATACAGAAGTTTTCAAAGTCCATGAGTGAGAGTTTTCACATTCCAGACATGCAGCTCTCCCGCTGGTTAAAgcaagtgtttgtttgtgtttgcatgtattGTGTATTGGGAGCGGGGTGTGTTGAGCATTTTGATAACAATATGACAATGACAGACATCGCTCACGGGGGGTGCAGGGTGCTAACGGAGATTTATGTGATAGATGCATGATACTGGTAGATCTCGTCAGGCAGGCAATTCACAAAGTAGGTCTGATATCGAAAAAGCTTGGGCACCCCTGGTCTACACCATACACTTACACCATATTTGATGTTTTTGAACCAAAACCAGACTTGACCCCTGATTTACAAGTAGCCATGTGTCTGTGATTTTAAGATGTCCATGGGAACCATATCTTTAATATTGCAGaccatgtaaaaataatacaaactgtaaACCCGCTTTTTTATGGTCACTGATATAGGATGTCAGTCGTTCAGCCTCTCACCGAGTGTAGTAAATAGGCTGTTATAATTAACGCACAATTAGTTCTGAATTGTAAATATGCAGTCAATTTATAATTACCCAGAGATCTTTGCATTACCTCACTTGAGTTAGAATCTCTTTTTAATAGGAGTGTGTTTATATGGATTTAAGTGTAACGTAATATATATGCTGTAGAAAAAGATGTGAAAATGCAAATCCTTCTAATCTGAATTGTAGTATTTGAAGAAAATCAAGCAGAAAGCTTAGAGATGTTATTCATATCACAGCAACCACAGATGTGGAAtttggaattaaatatataggGTTATGGCTGGACACTAAATGTTTATCTAGGCAGAGTTTATAACcctattacttaaaaaaaaaaaaaaaagtttaaagatTCCTGCATTTACACTTTTATATTGACCTTACTGGATACAGCCAccccacaaattacaaatgtactCTTTTTAGAAGTGCCTTCTAACGACACAGGGGCTCAACTGTGTTGTGCACAGTATCACTTAGCAGCCTTGGCCAACTCAAGCACAGACCGTATGTTATCACagtattaattttaacattttacttttacacCAATGTGCTATTCTCCAACTCTTAATTTTACAACAGTTGATATTTTCCACATTAACAGCCTTCTTCCTTGACTAGATAGCAAGTACCAGTGTAAATGTCTAATAGGACACCATGCCTTTATAGACTCTACAGTGTCCTTACTGACATTATTTGCTGGCTATGTCTGGACGTGTAATCGAAACAATTAAAATCGTAAAGTATCTTGGGAGAGAGTGAGATAAACTCATTCCTCAATAACCTTAGACAAACTGGCACCAGCTGTCAATGGCTGGTAACCTCTGTATCCGAATGATCAGTTCATTTTGAGAAGAGCTGTCTTAACCTGATCCCAGTTTGTCATTTTCAGAGGCTTTTGTGCTCTTCCAGCTCTTCCAGATGTTGCCTGTAAATAGGTTAAATTCCCCTCTAAAGAAGAGCCTCTCGTGTTTCTCATGACTTCGATTTGGTTAGGTCTGATCAAGTGTGTACAGAGAATTACTCTGGCTGCTCTGGCATCAACACTTAGCTGTTTCAAAGGTTTGGCAGGATGAATCTTAAGAGTCTTTCAAACTAATTATGGATTACACAaatcaaagtttaaaaataaagggaaagCTGTTTAAGATCCCTTAATTTATGctttctctcagtctctgtgtACTGTTATGTGACAGAGGACCAAGAGGTCTATTGATAAAGCACGGGAACATCCCTAATATTAATGAGACGTACTGGACTGGCAATGCTGTAGGAATCCCTTCCCTGCAAAGCAACAGTCTCTCTACATGTAAAGGTTCTTGCAGCAGTTTCATGGAAACCGAAGCAAGCCTTACCTTTAAGCAACCTGCAATTACTGGCTTACTTCATTGCTGGTGGTTTGCTAAGTGTTGTTATTATATGTAACATGGTGTGTTAACTTACATAGAAAATCCTTTGTTGACTTAGACAAAGTgtttaagcttttaaaaataacgtGTTCAGTGCTGTACAAATGTGATCTAGTTGTGGTAATgcctaacttttttttttcttattcttttgaGGATTTGCCTCCTTGATATAACTTAACCTATAACCACTTAATGATTATCTGGAGTGCTAGGCTTATTTTTCATGTTGAAATTACCCATAGATGGGCTCTAaagtttccttttattttatgatgttgATGAGTATTTTATCTAATCAGAGGTTTAATGATTTTTGCTAGTTTTAGGGATGATCAGTGTAACCAGGGGATTTATTAAGGTGCAGGGATCATACTTTGAACTGAGGATTATAGTTTTAAAACCATGTATTCTAGAAAGTGAATTAATGTTAAACagaattactttaattaaacaaacaacaaatctaGTCTTGAATATACAGAAAAGACTTAAGTCATAATTTCAAGGGATTAATTTGTGATACTGTAAACCATATGCATACTTCTGAGATGCGTGTCTTATAAACAAATAGGATAAACACAGGCAGTCTTTAAACCAACATCGCCTGTTACACATGGCATTAACTTATTTCTAGCAGGTCTTTTTCTGGATCCTTAACAGATTTTCTTTCCTACTAAACTTCATATGGGCCtgctttattttaactttttaaataatttgaataaggTCTTGTTTTCTATTGTATGAATACAAGCACCTCTGATGGTTTATTCTCtttttgacagtttttctttgttttatcaATTTAGCATTATTGTACAAAATAGGTTGATGACTAAACTGTAATGGCAAAAAACTTTA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Function

GO:

id name namespace
GO:0006730 one-carbon metabolic process biological_process
GO:0005739 mitochondrion cellular_component
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function
GO:0004089 carbonate dehydratase activity molecular_function

KEGG:

id description
K01672 CA; carbonic anhydrase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU80111 lncRNA downstream 252678 24304484 ~ 24304935 (-) True G64028
TU80091 lncRNA downstream 322486 24233642 ~ 24235127 (-) True G64013
TU80090 lncRNA downstream 324215 24232716 ~ 24233398 (-) True G64012
TU79973 lncRNA downstream 644392 23912862 ~ 23913221 (-) True G63921
TU79897 lncRNA downstream 1278540 23278792 ~ 23279073 (-) True G63858
TU80220 lncRNA upstream 108623 24685524 ~ 24687760 (-) True G64120
TU80224 lncRNA upstream 116741 24693642 ~ 24695563 (-) False AMCG00020559
TU80226 lncRNA upstream 124232 24701133 ~ 24701336 (-) True G64126
TU80247 lncRNA upstream 176981 24753882 ~ 24756305 (-) False AMCG00020560
TU80273 lncRNA upstream 278035 24854936 ~ 24856624 (-) True G64170
AMCG00020549 mRNA downstream 3619 24545936 ~ 24553994 (-) True AMCG00020549
AMCG00020550 mRNA downstream 26151 24526102 ~ 24531462 (-) True AMCG00020550
AMCG00020546 mRNA downstream 49176 24478501 ~ 24508437 (-) True AMCG00020546
AMCG00020545 mRNA downstream 155814 24401170 ~ 24401799 (-) True AMCG00020545
AMCG00020544 mRNA downstream 187570 24351481 ~ 24370043 (-) True AMCG00020544
AMCG00020548 mRNA upstream 1481 24578382 ~ 24586519 (-) True AMCG00020548
AMCG00020555 mRNA upstream 19610 24596511 ~ 24610073 (-) True AMCG00020555
AMCG00020554 mRNA upstream 54478 24631379 ~ 24636351 (-) True AMCG00020554
AMCG00020561 mRNA upstream 71102 24648003 ~ 24676995 (-) True AMCG00020561
AMCG00020559 mRNA upstream 114992 24691893 ~ 24698947 (-) True AMCG00020559
TU79847 other downstream 1395713 23154692 ~ 23161900 (-) True G63819
TU79676 other downstream 2012924 22543842 ~ 22544689 (-) True G63679
TU79413 other downstream 3245008 21312202 ~ 21312605 (-) True G63464
TU78822 other downstream 6517653 18037042 ~ 18039960 (-) False G62961
TU78814 other downstream 6541753 18006168 ~ 18015860 (-) True G62961
TU80215 other upstream 99846 24676747 ~ 24677810 (-) False AMCG00020561
TU80345 other upstream 534209 25111110 ~ 25112551 (-) True AMCG00020581
TU80367 other upstream 544197 25121098 ~ 25139385 (-) False G64247
TU80385 other upstream 632158 25209059 ~ 25211063 (-) True G64260
TU80401 other upstream 665268 25242169 ~ 25242511 (-) True G64271

Expression Profile